genome.fa.s818.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: scaffold374
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  633698

Tables:   1   2   3   

This is table  1  of  3  ( 265 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3235--3265	15	2.1	15	93	0	53	54	0	3	41	1.16
7356--7668	109	3.0	106	83	11	417	35	19	16	27	1.94
7425--7624	100	2.0	100	91	3	323	37	18	16	27	1.92
7695--7739	21	2.2	20	84	11	56	53	2	15	28	1.54
8007--8038	3	10.7	3	93	0	55	65	3	0	31	1.08
8464--8488	2	12.5	2	100	0	50	0	52	0	48	1.00
10089--10193	37	3.0	33	76	16	95	67	1	4	25	1.20
10563--10632	26	2.9	25	78	12	76	28	4	0	67	1.10
10603--10637	15	2.2	16	90	5	54	28	0	0	71	0.86
10554--10623	26	2.8	26	81	12	76	27	5	0	67	1.13
12628--12728	51	2.0	51	82	3	123	19	17	29	32	1.95
15016--15063	24	2.0	24	95	0	87	25	18	25	31	1.98
15103--15194	39	2.4	39	83	3	105	26	18	21	33	1.96
15010--15165	63	2.5	63	78	4	188	24	19	24	32	1.98
31375--31488	47	2.4	49	85	2	151	27	14	25	32	1.95
31380--31488	49	2.3	47	83	3	137	28	13	25	32	1.94
35172--35275	23	4.3	23	79	15	129	19	21	26	32	1.97
35182--35264	29	3.1	28	77	22	106	15	22	27	33	1.95
35405--35477	38	1.9	37	86	8	103	45	1	21	31	1.61
40320--40378	25	2.4	23	78	13	64	40	11	15	32	1.83
40320--40380	26	2.5	24	81	5	77	40	11	14	32	1.82
40320--40392	26	2.9	24	71	13	67	41	10	16	31	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
42086--42118	7	4.6	7	92	7	57	72	0	0	27	0.85
42086--42116	15	2.1	15	100	0	62	74	0	0	25	0.82
43809--43833	12	2.1	12	100	0	50	44	0	8	48	1.32
49901--49947	24	2.0	24	86	0	67	51	8	6	34	1.58
52558--52610	20	2.7	20	82	8	65	45	11	22	20	1.83
56919--56980	16	3.9	16	70	8	54	45	1	3	50	1.27
59542--59584	22	2.0	21	90	4	68	65	2	6	25	1.30
60574--60637	20	3.2	19	78	8	74	9	26	21	42	1.83
65240--65889	327	2.0	327	87	0	940	33	24	17	25	1.96
66165--66284	62	1.9	62	96	0	222	24	30	22	22	1.99
70038--70084	15	3.3	14	78	21	53	31	0	8	59	1.27
84202--84379	70	2.6	68	85	4	232	32	25	17	24	1.97
84406--84568	58	2.8	58	80	6	188	39	19	11	29	1.87
84413--84588	58	3.1	58	78	7	180	40	17	11	30	1.86
86525--86665	50	2.8	51	83	4	187	26	14	28	30	1.95
93799--93835	19	1.9	19	88	0	56	64	2	0	32	1.07
101697--101794	7	13.9	7	91	2	151	53	0	15	31	1.42
102156--102197	18	2.3	19	91	4	68	35	2	2	59	1.23
102147--102190	10	4.5	10	78	16	56	36	2	0	61	1.09
111479--111528	18	2.7	19	84	9	59	64	0	2	34	1.05
111479--111530	19	2.8	18	83	11	61	65	0	1	32	1.04
112943--113499	166	3.4	166	89	0	826	31	22	20	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
113859--113904	23	2.0	24	87	8	69	23	8	28	39	1.84
114056--114115	22	2.8	22	78	12	70	18	6	43	31	1.76
114356--114408	21	2.5	21	72	6	54	24	0	22	52	1.47
114894--115141	83	3.0	83	78	5	252	29	15	20	34	1.94
116954--116988	17	2.1	17	94	0	61	42	0	0	57	0.99
116948--117046	22	4.6	21	74	19	80	43	2	2	52	1.24
117064--117145	12	6.3	13	76	16	64	50	17	0	32	1.46
117264--117406	43	3.3	43	86	0	198	30	29	18	22	1.97
117920--117970	23	2.2	23	82	0	57	33	7	31	27	1.85
118068--118130	29	2.3	29	84	15	89	55	9	11	23	1.64
118303--118339	18	2.1	18	100	0	74	32	10	10	45	1.74
121801--121846	21	2.2	21	84	7	58	23	2	50	23	1.61
122790--122862	33	2.2	33	87	0	101	34	46	2	16	1.61
123638--123881	41	6.0	41	94	3	402	27	30	22	19	1.98
123917--123991	39	1.9	38	89	2	114	22	24	20	33	1.97
124166--124286	16	7.8	16	67	18	67	43	23	2	30	1.67
124141--124189	25	2.0	25	87	0	71	42	24	4	28	1.73
124166--124284	34	3.8	32	72	22	101	43	23	2	30	1.67
124197--124257	25	2.5	24	89	5	86	42	22	1	32	1.64
124138--124429	9	34.7	9	70	15	153	46	20	2	30	1.62
124244--124400	25	6.3	25	82	2	172	48	20	1	29	1.58
124216--124293	34	2.3	34	86	4	113	42	24	1	32	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
124221--124400	50	3.6	50	79	5	186	47	21	1	30	1.58
124138--124318	59	3.1	58	83	6	206	45	22	2	29	1.66
125800--125871	36	2.0	36	97	0	135	30	12	19	37	1.89
129780--129828	21	2.3	20	83	10	62	32	16	44	6	1.72
129737--129913	87	2.0	87	88	0	264	40	16	31	11	1.85
129737--129939	87	2.3	87	83	1	228	40	17	30	11	1.86
130269--130531	43	6.1	44	79	9	224	29	18	25	26	1.98
131855--131902	25	1.9	25	82	0	60	45	14	12	27	1.81
132964--133026	15	4.4	14	78	13	65	65	1	4	28	1.22
146759--146829	3	23.3	3	94	2	124	63	1	0	35	1.03
153817--153863	17	2.8	17	78	9	53	48	4	0	46	1.21
161836--162105	113	2.4	113	81	5	296	32	20	7	40	1.81
163919--163992	36	2.1	36	81	0	85	41	17	18	21	1.90
170945--170974	15	2.0	15	100	0	60	46	20	20	13	1.83
171646--171701	26	2.2	26	83	0	67	26	17	26	28	1.98
175211--175339	43	3.0	43	76	6	136	24	18	27	29	1.98
176956--176987	2	16.0	2	93	0	55	50	3	0	46	1.17
178391--178514	43	2.8	43	78	11	144	22	16	29	31	1.96
186817--186843	13	2.1	13	100	0	54	22	22	18	37	1.95
190017--190079	28	2.3	27	86	13	92	68	1	1	28	1.08
192587--192828	120	2.0	121	97	2	461	47	8	14	29	1.73
192811--192873	28	2.3	27	86	13	92	68	1	1	28	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
199126--199163	20	1.9	20	84	10	51	39	7	7	44	1.63
201352--201416	33	2.0	33	81	3	78	53	9	3	33	1.48
201383--201633	53	4.8	51	68	17	140	44	11	3	40	1.59
201366--201785	154	2.7	155	85	6	559	44	10	4	40	1.59
201976--202021	24	2.0	23	87	12	67	82	0	13	4	0.81
202565--202688	39	3.1	39	82	5	115	37	25	16	20	1.94
202584--203030	42	10.7	42	87	0	603	34	23	21	21	1.97
216518--216576	10	5.7	10	75	13	57	71	1	6	20	1.18
216600--216646	25	1.9	24	82	4	58	55	6	6	31	1.51
217140--217561	153	2.8	150	82	8	471	45	9	4	41	1.55
217456--217500	20	2.2	20	84	4	54	53	6	0	40	1.27
219497--219599	28	3.7	28	86	0	143	38	14	22	24	1.91
221208--221241	17	2.0	17	88	0	50	41	0	0	58	0.98
225674--225702	15	1.9	15	100	0	58	13	0	37	48	1.43
230616--230659	24	1.9	22	90	9	70	27	0	4	68	1.09
231266--231312	24	2.0	24	83	8	60	55	27	8	8	1.59
233212--233380	84	2.0	84	97	0	320	40	14	14	30	1.86
240881--241021	42	3.5	40	81	8	169	31	30	14	23	1.94
248576--248619	3	14.7	3	100	0	88	68	0	0	31	0.90
250501--250842	41	8.3	41	82	1	389	18	22	28	31	1.97
250935--250985	26	2.0	26	84	0	66	58	5	11	23	1.55
251216--251249	14	2.3	15	90	5	52	35	0	29	35	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
251331--251371	14	2.8	14	88	7	55	12	0	46	41	1.41
251730--251777	25	1.9	25	83	8	62	45	4	0	50	1.21
251857--251912	16	3.5	16	80	7	69	66	3	7	23	1.33
252228--252285	25	2.4	25	88	2	82	27	50	1	20	1.58
252687--252712	12	2.2	12	100	0	52	23	7	11	57	1.59
253660--253694	18	1.9	18	100	0	70	54	5	11	28	1.59
253717--253758	22	1.9	22	95	0	75	47	14	0	38	1.44
254055--254124	25	2.8	25	88	0	104	48	15	0	35	1.46
254059--254124	9	7.8	9	75	13	68	46	16	0	36	1.47
254093--254124	16	2.0	16	100	0	64	50	18	0	31	1.48

Tables:   1   2   3