genome.fa.s20.2.7.7.80.10.50.1000.3.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_018397273.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_239.1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3496717

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   

This is table  3  of  9  ( 994 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
702091--702151	28	2.2	28	91	5	97	27	16	16	39	1.90
702387--702421	17	2.1	17	88	0	52	48	17	11	22	1.79
711245--711292	21	2.3	20	80	19	55	31	0	4	64	1.12
711242--711281	15	2.5	17	80	11	50	30	0	7	62	1.23
711275--711309	17	2.0	18	88	5	54	34	0	0	65	0.93
711350--711425	13	5.9	13	72	14	59	46	5	0	48	1.24
716760--716823	11	6.1	11	72	24	50	78	1	1	18	0.92
716766--716822	19	3.1	17	78	14	60	78	1	0	19	0.83
721304--721373	26	2.7	26	84	2	88	47	7	21	24	1.76
721789--721831	21	2.0	22	81	4	52	9	27	4	58	1.49
726664--726689	12	2.2	12	100	0	52	69	0	30	0	0.89
729217--729254	19	2.0	19	100	0	76	31	10	21	36	1.87
734176--734216	17	2.4	18	80	15	52	34	0	0	65	0.93
736784--736814	12	2.6	12	100	0	62	45	32	9	12	1.75
747734--747763	11	2.7	11	89	0	51	43	6	3	46	1.46
750428--750465	15	2.6	15	83	4	51	18	7	0	73	1.06
750641--750669	14	2.0	15	93	6	51	31	13	0	55	1.39
755103--755127	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
758266--758295	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
759583--759652	22	3.1	23	77	8	72	50	0	0	50	1.00
763389--763413	7	3.6	7	100	0	50	16	0	0	84	0.63
763554--763630	29	2.8	28	83	11	88	66	3	0	29	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
770186--770269	33	2.5	35	80	7	100	26	4	1	67	1.17
770177--770240	28	2.3	26	80	15	74	25	4	1	68	1.17
773256--773281	3	8.7	3	100	0	52	0	34	0	65	0.93
777918--778167	108	2.3	111	84	6	330	32	15	8	43	1.77
781555--781583	3	9.7	3	100	0	58	34	0	0	65	0.93
790498--790530	9	3.5	10	92	8	52	24	0	6	69	1.10
790591--790634	16	2.6	18	85	7	56	25	2	0	72	0.96
790756--790790	16	2.2	16	90	5	54	40	0	0	60	0.97
792806--792837	6	5.3	6	96	0	55	15	62	0	21	1.32
795056--795173	60	2.0	60	84	3	157	30	8	11	49	1.69
795588--795632	3	15.0	3	100	0	90	66	0	0	33	0.92
801265--801305	18	2.1	21	86	13	61	34	9	21	34	1.87
804694--804718	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
805060--805095	16	2.3	16	90	4	56	19	8	13	58	1.61
805416--806897	543	2.7	539	80	7	1610	35	12	11	41	1.77
807236--809545	545	4.3	544	82	5	2509	35	11	11	41	1.78
809495--809553	22	2.7	22	80	19	70	50	1	1	45	1.21
811582--811633	26	1.9	28	84	7	72	46	1	9	42	1.47
820407--820485	28	2.8	29	78	5	99	49	10	22	17	1.77
821795--821828	17	2.0	17	94	0	59	52	0	8	38	1.33
822447--822500	22	2.5	22	78	6	56	5	20	5	68	1.30
822527--822566	20	2.0	20	95	0	71	37	27	10	25	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
826264--826329	35	1.9	34	87	3	96	37	12	21	28	1.89
830472--830516	13	3.4	13	84	6	63	40	0	17	42	1.50
830472--830520	14	3.6	14	88	2	66	38	0	18	42	1.50
833579--833619	19	2.2	19	86	0	55	31	0	4	63	1.15
834374--834868	247	2.0	249	83	6	619	33	13	8	44	1.74
839584--839638	21	2.6	21	85	0	74	21	18	20	40	1.92
846995--847158	77	2.1	77	82	2	204	40	11	6	41	1.68
863095--863170	21	3.6	21	75	16	68	39	2	2	55	1.28
863099--863212	42	2.7	42	82	5	122	39	4	3	52	1.38
863852--863984	66	2.0	66	100	0	266	27	15	13	44	1.83
864873--864938	28	2.3	28	81	5	78	31	25	9	33	1.87
865036--865103	21	3.2	21	67	23	52	39	17	10	32	1.84
865031--865112	42	2.0	42	95	0	146	45	15	9	29	1.79
866284--866326	22	1.9	23	81	13	54	46	13	2	37	1.57
866455--866507	15	3.6	14	70	9	52	32	3	7	56	1.45
866455--866488	14	2.4	14	90	5	50	35	5	5	52	1.50
870381--870409	8	3.6	8	100	0	58	13	24	0	62	1.32
872789--872844	4	13.8	4	77	3	58	46	1	1	50	1.22
872798--872881	29	2.9	29	81	12	84	50	1	0	48	1.08
872803--872874	13	5.5	13	72	19	60	50	0	0	50	1.00
873171--873287	59	2.0	59	93	0	198	37	23	21	17	1.94
876963--876989	13	2.1	13	100	0	54	22	29	0	48	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
879344--879479	68	2.0	70	92	4	231	33	11	15	40	1.82
881538--881590	25	2.1	25	82	6	63	50	3	5	39	1.44
881772--881843	30	2.5	28	82	10	92	61	1	0	37	1.05
882208--882241	7	5.0	7	89	3	52	88	0	2	8	0.62
891857--891990	67	2.0	67	100	0	268	34	7	22	35	1.82
897512--898232	366	2.0	364	95	0	1289	25	21	18	34	1.96
905549--905611	33	2.0	32	84	12	85	60	1	9	28	1.37
914641--914673	15	2.2	15	89	10	50	72	0	27	0	0.85
914655--914697	12	3.7	11	87	3	50	67	2	30	0	1.03
914711--914763	20	2.7	20	88	5	81	66	0	32	1	1.03
914658--914758	32	3.2	31	73	20	84	64	2	30	1	1.19
914877--914933	18	3.0	18	85	10	78	77	1	19	1	0.95
915086--915139	22	2.6	20	82	5	54	70	0	14	14	1.17
915259--915302	20	2.1	21	88	12	65	63	0	11	25	1.27
915351--915377	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
921276--921359	41	2.0	41	95	0	150	45	13	20	21	1.84
921276--921378	41	2.5	41	87	3	118	45	13	17	23	1.84
923078--923180	31	3.4	30	72	9	84	36	17	17	28	1.93
923021--923407	61	6.3	62	77	7	306	33	16	18	31	1.93
923016--923415	124	3.2	124	83	2	457	33	16	19	31	1.93
923102--923399	31	9.6	31	71	11	173	33	16	19	31	1.93
925703--925751	21	2.5	20	90	6	73	81	2	12	4	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
925704--925742	12	3.4	11	86	10	51	84	2	10	2	0.81
926176--926218	19	2.3	19	79	0	50	69	2	13	13	1.28
926182--926218	19	1.9	20	88	5	58	64	2	16	16	1.40
927860--927918	21	2.7	22	82	10	77	25	28	11	33	1.91
927798--928238	123	3.6	123	89	0	684	31	18	14	35	1.91
927983--928040	21	2.7	22	83	5	82	31	29	6	32	1.84
928107--928162	21	2.6	21	85	2	76	28	26	10	33	1.90
928318--928359	9	4.7	9	91	5	59	90	4	0	4	0.55
928318--928359	10	4.4	10	85	8	52	90	4	0	4	0.55
929027--929116	40	2.2	41	80	13	105	43	10	41	5	1.61
929749--929786	3	12.7	3	100	0	76	65	0	0	34	0.93
939445--939508	28	2.3	28	94	0	110	20	4	32	42	1.73
942155--942198	21	2.2	20	87	4	61	25	4	4	65	1.30
951691--951732	22	1.9	22	85	0	57	30	0	0	69	0.89
956814--957500	343	2.0	344	90	1	1074	36	18	13	31	1.90
959752--959825	37	1.9	39	91	8	125	31	6	10	51	1.63
962016--962243	122	1.9	123	86	2	334	29	15	19	35	1.93
966244--966270	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
969810--969920	44	2.6	43	84	2	150	45	2	40	11	1.55
976343--976396	16	3.2	18	80	15	62	59	0	40	0	0.98
984029--984109	42	1.9	42	82	5	101	44	19	13	22	1.86
988818--988870	21	2.5	21	93	0	88	30	28	7	33	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
989821--989880	24	2.5	24	82	15	70	65	11	1	21	1.34
990065--990165	52	1.9	52	91	0	166	35	4	18	40	1.73
996525--996644	29	4.1	29	80	6	143	41	7	9	41	1.65
996526--996644	59	2.1	57	87	3	166	42	7	9	41	1.65
996620--996667	23	2.1	23	88	0	69	47	12	6	33	1.66
997883--997931	21	2.3	21	96	0	89	48	16	2	32	1.57
1005996--1006180	71	2.6	71	74	6	169	24	21	15	38	1.92
1007933--1007979	12	4.0	12	84	15	71	0	40	17	42	1.49
1007933--1007976	23	1.9	23	90	9	72	0	38	18	43	1.50
1016464--1016511	12	4.0	12	89	5	71	0	39	16	43	1.48

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9