genome.fa.s20.2.7.7.80.10.50.1000.7.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_018397273.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_239.1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3496717

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2333598--2333626	15	1.9	15	100	0	58	27	37	13	20	1.91
2348382--2348414	15	2.2	15	89	10	50	24	6	3	66	1.28
2353678--2353818	75	1.9	75	87	0	210	34	19	20	26	1.96
2354787--2354856	27	3.0	22	71	18	59	42	1	1	54	1.18
2354835--2354934	41	2.5	41	82	12	134	38	2	2	58	1.21
2354847--2354938	20	4.6	20	70	16	64	38	2	1	58	1.17
2355147--2355176	14	2.1	15	93	6	53	50	0	0	50	1.00
2355245--2355275	16	1.9	16	93	0	53	54	0	0	45	0.99
2355344--2355378	16	2.2	16	89	0	52	42	0	2	54	1.15
2361313--2361364	21	2.5	21	83	0	68	25	17	19	38	1.93
2361968--2362088	52	2.3	50	80	6	143	48	14	10	26	1.76
2364450--2364488	2	19.5	2	84	10	53	51	2	0	46	1.14
2368837--2368889	26	2.0	26	82	7	63	35	3	1	58	1.27
2400489--2400553	30	2.2	30	85	0	85	49	3	32	15	1.60
2402971--2403076	54	2.0	54	83	3	133	38	12	16	33	1.85
2413135--2413162	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
2426287--2426311	6	4.2	6	100	0	50	64	0	0	36	0.94
2426142--2426397	132	2.0	130	90	4	412	39	12	10	37	1.78
2446782--2446821	15	2.7	14	81	11	53	0	37	0	62	0.95
2456138--2456180	13	3.3	13	78	12	52	0	39	0	60	0.97
2460174--2460324	77	1.9	78	85	4	207	38	11	6	43	1.68
2461392--2461493	51	2.0	51	100	0	204	43	11	7	37	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2476647--2476859	107	2.0	107	95	0	381	30	29	10	30	1.90
2478725--2478801	35	2.2	35	85	0	100	37	20	28	12	1.90
2482460--2482561	16	6.6	16	88	8	167	6	3	37	51	1.47
2482462--2482561	30	3.3	30	95	0	182	7	4	37	52	1.48
2484052--2484144	40	2.3	40	83	0	114	31	13	20	34	1.92
2487330--2487445	60	1.9	60	89	0	178	45	14	11	28	1.79
2487163--2487488	160	2.0	164	89	4	498	46	16	10	26	1.79
2487660--2487756	48	2.0	48	93	0	167	38	13	23	24	1.91
2493041--2493120	42	1.9	42	89	0	124	27	16	11	45	1.81
2498273--2498298	1	26.0	1	100	0	52	0	100	0	0	0.00
2498333--2498473	75	1.9	75	89	0	219	27	18	12	41	1.87
2499657--2499698	22	1.9	22	100	0	84	19	21	2	57	1.52
2508241--2508284	22	2.0	21	82	4	52	54	2	4	38	1.33
2521127--2521159	17	1.9	17	88	11	50	39	0	9	51	1.34
2520923--2522458	252	6.1	250	80	4	1506	48	5	10	35	1.62
2520923--2522458	500	3.1	493	80	5	1654	48	5	10	35	1.62
2530227--2530412	54	3.4	54	82	0	219	30	19	14	36	1.91
2531463--2531497	3	11.7	3	100	0	70	65	0	0	34	0.93
2533156--2533197	12	3.5	12	87	6	50	7	2	4	85	0.80
2533947--2533976	15	1.9	16	93	6	53	20	0	6	73	1.05
2546443--2546525	36	2.3	36	78	0	103	31	28	13	26	1.94
2548237--2548277	19	2.2	19	86	0	55	53	19	9	17	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2549717--2549857	28	5.1	28	73	12	103	31	23	15	29	1.95
2549738--2549857	28	4.3	28	77	9	111	32	25	15	27	1.95
2557508--2557614	53	2.0	53	100	0	214	45	13	5	35	1.66
2581485--2581514	13	2.2	14	94	5	53	33	0	0	66	0.92
2583871--2584450	240	2.4	241	87	2	817	45	7	13	32	1.70
2584605--2585380	239	3.2	241	85	6	1016	45	7	13	34	1.70
2585400--2586080	242	2.8	243	84	5	851	50	5	10	33	1.60
2585401--2586223	242	3.4	233	77	10	585	48	6	10	33	1.62
2586598--2586663	17	3.8	17	76	6	60	66	3	0	30	1.06
2589625--2589679	28	2.0	28	85	3	76	49	3	0	47	1.19
2601844--2602007	83	2.0	83	86	7	235	39	12	10	38	1.77
2603109--2603191	43	2.0	42	80	7	96	32	18	10	38	1.85
2603733--2603830	43	2.3	43	83	0	115	31	16	18	33	1.93
2605317--2605341	7	3.6	7	100	0	50	12	12	0	76	1.04
2605938--2606029	34	2.7	34	83	6	107	36	30	7	25	1.84
2608783--2608855	25	2.9	25	79	0	74	45	4	9	41	1.56
2613060--2613123	8	8.0	8	75	18	62	60	0	39	0	0.97
2618423--2618452	3	10.0	3	100	0	60	33	0	0	66	0.92
2623333--2623398	30	2.2	30	88	0	96	51	4	28	15	1.63
2623388--2623434	18	2.6	18	86	0	58	57	2	23	17	1.50
2623382--2623436	12	4.7	12	81	2	67	56	1	25	16	1.50
2624376--2624428	21	2.5	21	76	14	63	33	1	7	56	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2626105--2626174	21	3.3	21	73	0	77	44	1	4	50	1.30
2627266--2627466	47	4.2	47	86	4	287	36	4	10	47	1.59
2627297--2627375	27	3.1	27	65	20	80	31	2	11	54	1.49
2627266--2627466	95	2.1	95	87	3	289	36	4	10	47	1.59
2631637--2631683	25	1.9	24	86	4	67	29	12	31	25	1.93
2638907--2638932	11	2.4	11	100	0	52	42	0	0	57	0.98
2641834--2642166	169	2.0	168	97	1	632	34	21	14	29	1.93
2646103--2646137	18	1.9	18	88	0	52	40	0	11	48	1.39
2653230--2653264	18	1.9	18	88	0	52	48	11	0	40	1.39
2653303--2653329	10	2.7	10	100	0	54	40	0	7	51	1.30
2655297--2655388	48	1.9	48	95	0	166	40	8	14	36	1.76
2658206--2658238	15	2.1	16	94	5	59	15	6	0	78	0.93
2665722--2665875	59	2.6	60	81	6	190	24	16	36	22	1.94
2667053--2667191	69	2.0	69	84	2	181	45	21	7	25	1.77
2669512--2669626	31	3.8	30	81	4	131	55	1	12	30	1.46
2671503--2671627	39	3.2	38	85	2	160	32	5	16	45	1.71
2671740--2671837	33	3.0	33	76	8	101	29	20	19	30	1.97
2679940--2679999	31	1.9	31	96	0	111	46	10	23	20	1.80
2685619--2685732	57	2.0	58	84	1	149	21	13	26	38	1.90
2686828--2686946	59	2.0	59	90	3	186	35	15	9	40	1.79
2693744--2693790	23	2.0	23	100	0	94	17	8	25	48	1.74
2695743--2695828	35	2.4	35	86	9	113	55	2	0	41	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2695743--2695828	36	2.5	33	84	9	100	55	2	0	41	1.12
2695785--2695822	14	2.7	14	88	8	51	52	2	0	44	1.14
2696325--2696395	32	2.2	33	85	7	92	52	14	7	26	1.67
2696404--2696466	30	2.1	30	93	0	108	44	6	6	42	1.55
2706000--2706038	20	1.9	21	89	5	62	35	17	7	38	1.79
2706423--2706479	29	2.0	29	92	0	96	49	15	10	24	1.76
2716768--2716841	36	2.1	36	84	0	94	18	16	31	33	1.93
2718347--2718401	19	2.9	18	84	10	58	69	0	29	1	0.99
2719794--2719848	25	2.2	25	90	0	83	29	10	30	29	1.91
2725395--2725445	26	2.0	26	96	0	93	39	15	27	17	1.90
2726476--2726518	21	2.0	21	90	0	68	30	0	9	60	1.28
2727042--2727099	21	2.7	22	81	5	82	22	25	39	12	1.89
2727194--2727230	12	3.1	12	100	0	74	40	16	43	0	1.48
2728726--2728784	30	1.9	31	83	10	77	18	5	22	54	1.63
2735568--2735887	155	2.1	155	90	3	502	28	21	10	40	1.86
2736098--2736130	16	1.9	18	88	11	52	42	27	3	27	1.70
2736283--2736325	21	2.0	21	100	0	86	13	18	23	44	1.86
2745673--2746202	261	2.0	261	98	0	1015	34	12	17	35	1.87
2765043--2765161	58	2.1	58	98	0	229	12	26	26	34	1.92
2783202--2783245	21	2.0	22	86	4	63	61	9	0	29	1.27
2783434--2783477	20	2.2	20	88	4	63	36	11	18	34	1.86
2787139--2787183	22	2.1	21	87	4	63	8	20	0	71	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2787139--2787188	15	3.3	15	80	8	57	10	20	0	70	1.16
2790690--2790743	28	1.9	28	85	7	74	20	5	9	64	1.42
2800431--2800490	25	2.4	25	83	5	77	33	30	11	25	1.91
2809268--2809324	23	2.5	22	80	8	60	31	5	7	56	1.49
2820891--2821073	74	2.5	74	85	5	262	40	15	19	24	1.90
2829760--2829937	74	2.4	74	85	1	232	41	16	18	23	1.90
2834805--2834847	22	2.0	22	86	9	61	32	6	16	44	1.74
2845296--2845320	2	12.5	2	100	0	50	0	0	48	52	1.00
2849062--2849119	20	2.6	22	84	10	66	12	15	1	70	1.24
2851865--2851920	27	2.1	27	96	3	105	42	7	8	41	1.63

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9