genome.fa.s35.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_018397288.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_60.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  745614

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
883--5290	171	26.0	170	78	6	3301	35	13	12	37	1.82
1780--2079	161	1.9	161	87	5	446	39	13	10	37	1.79
2012--2327	156	2.0	159	86	3	442	34	14	10	40	1.80
883--5290	343	13.0	341	76	7	3027	35	13	12	37	1.82
5893--6198	172	1.8	160	78	5	163	36	13	12	37	1.82
5732--6354	171	3.6	170	78	2	554	35	13	11	35	1.82
9071--9737	170	4.0	160	71	13	330	33	14	11	36	1.83
9095--9758	341	2.0	329	77	8	653	33	14	11	36	1.83
8876--10790	171	11.2	169	75	5	887	33	13	11	38	1.81
8876--10790	342	5.6	342	75	5	1114	33	13	11	38	1.81
8876--10790	511	3.7	507	75	5	1516	33	13	11	38	1.81
10909--11331	171	2.5	168	81	5	479	34	11	13	41	1.80
11530--12605	172	6.3	171	71	5	532	35	12	9	38	1.77
13400--13772	171	2.2	171	79	8	384	35	10	12	41	1.77
14448--14489	19	2.2	19	91	0	66	47	7	0	45	1.30
14454--14496	19	2.3	19	95	0	77	37	6	0	55	1.27
14600--15922	171	7.7	171	72	7	502	38	13	12	33	1.81
14664--15922	513	2.5	501	78	5	1311	39	12	11	32	1.80
16190--16585	170	2.3	170	79	3	395	35	13	13	35	1.84
17485--18332	171	5.0	171	74	4	539	38	11	12	33	1.80
18522--20306	171	10.4	170	73	6	975	37	12	13	34	1.81
18522--20306	855	2.1	843	82	4	2157	37	12	13	34	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18640--20306	341	4.9	341	75	5	898	37	12	12	33	1.81
28612--28999	171	2.3	171	81	3	449	36	13	10	39	1.78
32336--32949	171	3.7	166	83	4	707	36	13	17	33	1.88
33076--33158	41	2.0	42	95	2	150	48	14	7	30	1.71
35732--35792	27	2.2	28	78	18	74	54	3	1	40	1.27
35736--35817	30	2.8	27	79	15	83	54	3	1	40	1.26
36291--36726	170	2.6	170	84	4	583	35	13	11	38	1.81
36867--42541	171	33.3	171	76	4	4363	35	13	12	36	1.82
36867--42541	341	16.6	339	76	5	4345	35	13	12	36	1.82
40075--40101	10	2.7	10	100	0	54	37	29	11	22	1.89
42673--45353	171	15.8	170	76	5	2042	35	13	11	37	1.81
42683--45353	341	7.9	336	76	7	1937	35	13	11	37	1.81
42689--45353	512	5.2	505	76	6	2145	35	13	11	37	1.81
48532--48651	65	1.9	63	91	5	197	36	3	7	52	1.46
55276--55346	36	2.0	36	100	0	142	30	18	25	25	1.98
57875--57932	25	2.2	26	79	17	66	77	5	1	15	1.02
57888--57932	15	2.9	17	81	18	55	82	4	0	13	0.82
57891--57931	21	2.0	21	85	9	57	82	4	0	12	0.81
58423--58451	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
58727--58849	60	2.0	62	87	7	180	50	7	3	39	1.46
63386--63465	30	2.7	30	72	14	76	56	0	5	38	1.21
65257--65365	27	4.0	27	74	1	83	17	28	22	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65407--65469	27	2.3	27	72	0	63	22	33	20	23	1.97
65453--65550	27	3.6	27	79	2	90	20	28	22	28	1.98
65358--65550	81	2.4	81	81	4	219	21	30	21	26	1.99
65353--65540	54	3.5	54	70	3	155	20	30	22	27	1.98
68985--69019	12	2.8	13	83	16	56	0	45	17	37	1.48
69667--69712	20	2.3	20	88	7	67	56	8	0	34	1.30
70086--70152	35	1.9	35	82	11	84	32	22	11	32	1.90
72378--72559	47	3.9	47	84	4	217	51	9	10	28	1.68
72378--72558	94	1.9	94	84	6	242	51	9	10	28	1.68
73373--73428	21	2.7	21	77	0	67	35	17	19	26	1.94
76623--76677	23	2.4	24	87	9	87	38	30	10	20	1.87
76866--76905	21	1.9	21	90	10	64	37	20	10	32	1.85
84478--84648	70	2.4	69	78	3	191	25	19	19	35	1.96
93098--93133	15	2.3	16	90	4	56	83	0	0	16	0.65
99245--99287	11	3.7	11	84	9	59	13	2	9	74	1.16
103261--103294	12	2.8	12	83	16	52	17	17	0	64	1.29
107262--107306	7	6.4	7	81	0	54	17	2	31	48	1.59
121490--121686	74	2.7	72	85	2	241	22	15	18	43	1.87
130861--131147	29	9.9	28	77	5	250	34	12	10	39	1.77
130861--131044	88	2.1	88	85	4	255	34	14	10	41	1.79
134865--134905	21	1.9	22	85	14	59	31	7	14	46	1.72
156484--156530	14	3.6	13	77	11	51	21	0	6	72	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
156858--156901	21	2.0	22	86	4	63	29	0	9	61	1.27
159674--159741	21	3.2	21	75	10	66	39	14	19	26	1.90
169572--169634	30	2.1	30	93	0	108	15	38	26	19	1.92
171751--171794	18	2.5	18	77	3	54	13	0	13	72	1.12
171750--171813	30	2.1	31	82	2	76	20	0	10	68	1.19
176712--176798	43	2.0	45	90	4	142	29	32	19	18	1.96
193970--194009	21	1.9	21	84	0	53	47	22	5	25	1.71
193976--194017	21	2.0	21	81	9	50	47	21	4	26	1.70
198149--198320	58	3.0	57	84	7	206	37	9	9	43	1.70
198170--198320	28	5.3	28	79	10	155	37	9	9	43	1.69
208400--208452	22	2.3	25	81	15	69	0	37	0	62	0.96
213901--213942	21	2.0	20	90	4	66	0	33	0	66	0.92
213901--213942	11	3.9	11	84	6	59	0	33	0	66	0.92
223920--224986	171	6.2	170	75	7	707	37	12	13	34	1.83
224956--225016	30	2.0	31	87	9	90	34	6	24	34	1.81
225104--225427	170	2.0	161	83	5	334	35	13	12	35	1.83
225092--225575	172	2.8	171	75	4	474	36	13	12	34	1.84
225857--227230	341	4.0	341	76	5	1034	36	11	14	35	1.83
225857--227230	171	8.0	171	75	5	1099	36	11	14	35	1.83
229507--229648	29	4.9	28	77	11	142	42	9	9	37	1.71
229507--229648	60	2.4	60	86	6	186	42	9	9	37	1.71
229507--229660	28	5.3	28	77	9	139	43	9	9	37	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
229823--229855	17	1.9	17	88	11	50	39	3	15	42	1.62
233239--233906	341	2.0	331	77	7	659	34	13	10	38	1.80
233101--235012	171	11.2	170	72	7	793	34	13	11	37	1.80
235402--236429	171	6.0	169	76	7	686	36	13	12	36	1.83
235478--236302	342	2.4	341	79	7	859	36	14	12	36	1.83
235561--236429	342	2.5	337	78	6	795	36	14	12	36	1.84
241078--241123	24	1.9	24	82	8	58	69	13	10	6	1.35
243086--243701	172	3.6	170	77	6	429	37	12	11	37	1.80
242750--246455	171	21.7	169	71	6	1643	35	13	10	35	1.80
244248--244926	340	2.0	331	78	7	697	36	13	11	35	1.81
244250--244968	344	2.1	339	78	3	755	36	13	11	36	1.81
246648--247174	171	3.1	167	76	9	465	36	13	12	36	1.82
246858--247174	174	1.8	173	82	8	412	35	13	12	38	1.82
247880--248395	171	3.0	169	81	4	565	36	14	10	38	1.80
248502--252801	171	25.2	171	73	7	2656	34	14	11	36	1.83
248502--252800	512	8.4	507	74	7	2526	34	14	11	36	1.83
248506--251641	852	3.7	852	78	5	2449	34	14	12	36	1.83
253076--254631	171	9.1	170	74	5	1037	37	12	13	34	1.82
255078--256175	171	6.4	171	72	11	524	35	12	10	37	1.79
258790--258814	11	2.3	11	100	0	50	28	0	0	72	0.86
260827--260866	19	2.1	19	85	0	53	60	2	0	37	1.11
267691--267743	28	2.0	27	88	7	81	37	15	11	35	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
269335--269408	31	2.4	31	100	0	148	22	40	4	32	1.73
272776--272857	30	2.7	31	83	7	98	35	21	15	26	1.94
272860--273028	61	2.8	61	78	3	162	24	30	15	29	1.95
277799--277898	50	2.0	50	98	0	191	35	18	13	34	1.89
285636--285705	7	10.0	7	76	17	65	0	37	0	62	0.95
285636--285685	21	2.4	21	100	0	100	0	38	0	62	0.96
286324--286350	14	1.9	14	100	0	54	33	7	14	44	1.73
288446--288484	20	2.0	20	89	0	60	30	7	20	41	1.80
288519--288572	20	2.7	20	97	0	99	27	12	27	31	1.93
290232--290282	26	2.0	26	92	0	84	39	1	15	43	1.58

Tables:   1   2