genome.fa.s36.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_018397289.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_121.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  741006

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5--1582	171	9.2	169	77	3	1257	34	12	12	38	1.81
1456--1756	150	2.0	150	86	1	417	35	12	11	39	1.81
1609--4397	171	16.4	170	79	5	2496	35	13	12	38	1.83
5--8444	341	25.0	340	71	8	3587	34	13	12	38	1.83
4438--8444	170	23.6	170	71	8	1876	33	12	13	38	1.82
4438--5754	172	7.7	169	77	7	1037	34	13	12	39	1.83
5945--8444	171	14.7	171	76	4	1804	33	13	13	38	1.83
10143--13401	171	19.1	168	77	7	2474	38	12	13	35	1.83
10143--13403	342	9.5	341	79	5	2879	38	12	13	35	1.83
10143--13380	512	6.3	510	78	6	2850	38	12	13	35	1.83
13889--15714	171	10.7	170	74	4	1248	38	12	13	34	1.83
16010--16852	171	4.9	171	76	1	684	37	12	12	34	1.81
16236--16550	172	1.9	161	84	3	346	38	13	11	33	1.81
16947--20825	171	22.7	171	75	5	2623	38	11	13	35	1.81
17005--20825	511	7.5	507	76	6	2565	38	11	13	35	1.81
16852--20822	682	5.8	678	77	5	3045	38	11	13	35	1.81
28017--28155	73	1.9	73	92	2	235	37	17	20	25	1.93
28017--28194	73	2.4	73	84	2	214	35	16	21	26	1.94
31195--33302	171	12.3	168	74	7	1388	34	13	12	38	1.82
31195--33304	342	6.2	339	78	4	1795	34	13	12	38	1.82
31191--33304	513	4.1	507	75	7	1550	34	13	12	38	1.82
33439--33482	21	2.0	22	82	4	54	27	0	11	61	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
40296--40343	18	2.6	19	93	3	80	39	2	0	58	1.10
51006--52075	231	4.8	228	76	7	949	38	14	11	35	1.82
51012--52075	452	2.4	451	80	5	1118	38	14	11	35	1.83
53927--55050	170	6.6	169	78	6	965	37	13	13	35	1.85
57009--57670	231	2.9	231	79	5	712	38	10	14	37	1.80
57877--57916	20	2.0	20	90	4	64	52	0	0	47	1.00
57877--57932	17	3.2	17	78	14	51	51	0	0	48	1.00
64758--65877	231	4.8	229	76	7	975	36	14	11	37	1.82
65271--65721	244	1.9	244	83	5	590	35	15	12	36	1.84
64757--65813	476	2.3	462	78	7	1105	37	14	11	37	1.81
67647--70518	231	12.3	232	75	7	1829	37	13	10	38	1.80
67653--69175	694	2.2	693	78	5	1570	37	13	10	38	1.80
71225--71275	21	2.6	20	82	11	61	45	3	1	49	1.32
72877--73884	231	4.3	231	74	10	640	38	13	10	37	1.79
73337--73831	242	2.0	241	81	3	573	37	13	10	38	1.80
74679--75049	206	1.8	206	88	3	577	39	12	11	37	1.78
74847--75755	233	3.9	230	80	8	924	37	13	10	37	1.81
73879--85384	926	12.6	897	72	12	4106	37	13	11	37	1.81
73958--76654	900	3.0	899	81	6	2425	37	13	11	37	1.81
75765--85413	232	42.0	232	76	7	7605	37	13	11	37	1.82
77190--77219	15	2.0	15	100	0	60	26	6	6	60	1.47
75082--85746	676	15.6	676	71	11	4256	37	13	11	37	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81128--82210	216	4.8	218	76	9	824	37	12	12	37	1.81
82487--85413	453	6.4	453	78	5	2749	36	13	11	37	1.81
84104--85413	222	5.8	223	75	10	1124	36	14	11	37	1.82
91419--91478	25	2.4	25	88	0	84	30	16	30	23	1.96
93356--93398	18	2.2	20	80	12	54	60	0	4	34	1.17
93358--93405	19	2.6	19	86	3	62	56	0	4	39	1.19
93381--93423	16	2.6	17	79	17	54	51	0	0	48	1.00
115193--115345	31	4.9	31	73	5	96	30	19	4	45	1.70
115957--116051	30	3.2	30	98	0	181	47	3	3	46	1.34
116459--116526	31	2.2	31	82	7	86	47	2	27	22	1.66
116736--116802	21	3.2	21	74	19	59	68	1	28	1	1.07
116743--116804	28	2.2	28	88	8	90	69	1	29	0	0.98
116743--116804	14	4.3	15	77	22	71	69	1	29	0	0.98
119341--120113	170	4.5	168	78	7	729	33	13	13	39	1.84
119388--120113	341	2.1	342	80	5	799	34	13	13	38	1.85
120194--122532	171	13.8	166	73	10	1093	34	13	12	38	1.83
120597--122569	169	11.6	169	75	8	1213	35	13	12	38	1.83
121510--122334	341	2.4	340	78	7	850	36	12	12	39	1.81
120194--122569	342	7.0	337	72	11	1321	35	13	12	38	1.83
122673--124982	170	13.7	166	72	10	1097	34	13	13	38	1.84
123846--124650	343	2.4	339	80	5	845	33	14	12	38	1.84
122672--124909	512	4.4	504	75	9	1346	34	13	13	38	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
127432--127474	18	2.3	19	92	4	70	60	0	2	37	1.10
136982--137405	170	2.5	167	80	6	444	33	14	12	38	1.84
138330--138640	170	1.8	171	80	3	376	33	12	14	39	1.84
137518--140416	171	17.1	170	72	10	1384	36	13	12	38	1.82
141861--142753	169	5.3	169	76	7	731	33	14	13	38	1.85
141423--142256	436	1.9	437	86	4	1191	35	12	12	39	1.81
141861--142753	338	2.6	338	74	9	830	33	14	13	38	1.85
147495--149232	171	10.3	169	75	7	1265	35	12	12	38	1.82
147625--148538	496	1.8	495	81	5	1121	35	12	12	39	1.81
147188--149232	342	6.1	339	75	9	1388	34	12	13	39	1.82
152855--152893	21	2.0	21	85	10	55	41	5	7	46	1.55
153110--153467	171	2.1	171	82	5	438	38	11	10	38	1.77
153857--153886	11	2.7	11	100	0	60	26	43	10	20	1.83
154777--156167	169	8.3	168	74	10	818	35	14	12	38	1.83
156244--158480	341	6.6	334	74	8	779	34	13	12	39	1.83
156192--158480	170	13.4	170	75	4	1665	34	13	12	39	1.83
159193--159687	171	2.9	169	75	8	464	33	11	13	40	1.82
159552--160182	338	1.9	337	80	5	756	36	12	12	37	1.82
159257--161070	171	10.6	171	71	7	771	35	12	12	38	1.82
159723--160653	170	5.5	171	73	6	487	35	13	12	37	1.83
163370--163414	22	2.1	21	84	8	56	0	33	0	66	0.92
169656--169699	21	2.0	22	91	4	72	31	0	6	61	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
176629--176677	20	2.7	18	80	20	57	0	26	2	71	0.97
176640--176700	28	2.2	28	93	0	104	1	29	1	67	1.10
178930--184862	171	34.9	168	72	10	2631	34	13	13	38	1.84
178907--184862	512	11.7	502	72	9	2617	34	13	13	38	1.84
178900--184863	341	17.5	337	73	8	2027	34	13	13	38	1.84
184350--184973	340	1.8	340	82	5	785	34	12	13	39	1.81
184989--187389	171	14.2	170	72	10	1007	35	12	13	38	1.82
186112--186971	343	2.5	337	77	8	833	35	12	13	38	1.83
187475--188444	169	5.7	168	75	8	660	37	12	11	38	1.79
188516--190812	342	6.8	337	75	8	1276	35	13	12	38	1.83
189431--189745	160	2.0	161	81	8	374	34	11	13	39	1.82
188444--190823	683	3.5	662	76	8	1794	35	13	12	38	1.82
189715--190725	514	2.0	507	79	5	1072	34	13	12	39	1.82
188440--190812	169	14.0	167	74	10	1367	35	13	12	38	1.82
191369--194076	341	8.0	339	75	7	1890	35	13	13	37	1.83
192144--192863	171	4.2	169	76	9	498	34	12	14	38	1.84
191369--194092	170	16.0	168	74	7	1629	35	13	13	38	1.83
193762--195390	406	4.0	406	90	1	2462	34	14	15	35	1.88
195064--195716	328	2.0	328	88	2	981	35	15	14	34	1.88
198509--198563	25	2.2	25	87	6	85	25	18	36	20	1.94
202033--202081	10	4.9	10	78	9	55	2	18	4	75	1.06
206282--206309	10	2.8	10	100	0	56	0	39	0	60	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
208203--208342	73	1.9	73	94	0	244	25	22	16	36	1.94
208636--208793	85	1.9	84	83	1	208	39	17	13	29	1.88
209942--210934	169	5.9	168	70	10	441	34	11	14	39	1.82
209498--210527	339	3.0	336	76	6	835	33	12	14	40	1.83
209523--210934	170	8.3	169	71	8	489	33	12	14	39	1.83
210673--210986	171	1.8	170	80	3	371	33	11	14	40	1.81
210937--211262	171	1.9	168	83	4	397	37	16	11	34	1.85
211473--211592	63	1.9	63	85	0	168	25	28	10	35	1.89
211827--211954	44	2.9	44	82	3	170	28	11	19	39	1.87
211826--211969	22	6.5	22	77	10	123	29	11	20	37	1.89

Tables:   1   2