genome.fa.s36.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_018397289.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_121.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  741006

Tables:   1   2   

This is table  2  of  2  ( 235 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
215830--215926	31	3.2	30	69	15	81	29	19	25	24	1.98
215795--215944	62	2.4	61	87	1	210	32	18	23	26	1.97
215799--215962	62	2.7	62	80	6	190	29	17	25	28	1.97
219818--220016	31	6.5	31	84	0	247	36	17	14	31	1.90
220639--220760	47	2.6	47	85	0	154	26	34	14	24	1.94
220951--221094	24	6.1	24	72	3	103	31	33	13	22	1.92
220951--221094	71	2.0	71	95	0	261	31	33	13	22	1.92
220889--221036	47	3.2	46	84	1	188	29	32	12	25	1.93
221022--221237	47	4.6	47	82	5	231	27	30	13	27	1.94
220889--221188	165	1.8	164	86	2	440	28	32	13	26	1.94
220904--221141	118	2.0	118	88	0	350	28	33	13	24	1.93
221022--221237	94	2.3	94	80	4	256	27	30	13	27	1.94
222037--224965	171	17.3	170	73	7	1755	36	13	13	37	1.83
222037--222960	341	2.7	342	80	4	922	37	13	12	36	1.84
222341--222960	343	1.8	340	82	2	803	36	13	13	35	1.85
222376--224489	340	6.2	338	76	6	1415	36	13	13	36	1.84
226105--226598	170	2.9	172	77	10	456	31	12	14	40	1.84
226105--226966	161	5.1	171	71	14	483	32	12	14	40	1.83
227313--228215	172	5.4	162	74	13	472	34	12	13	40	1.81
227476--228212	172	4.3	166	75	11	492	34	12	13	40	1.81
231691--235966	171	25.1	169	71	11	650	35	13	12	38	1.83
231665--236630	170	29.2	170	72	11	1866	35	13	12	38	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
231665--236630	341	14.6	338	71	10	2137	35	13	12	38	1.83
233663--233987	160	2.0	160	83	7	410	33	13	12	40	1.82
234814--235121	164	1.9	165	82	8	387	37	10	13	38	1.79
233819--236613	171	16.4	170	74	7	1708	36	12	12	38	1.82
237466--237605	73	1.9	73	80	0	163	25	20	17	36	1.95
241906--242847	341	2.7	340	78	6	812	35	12	13	39	1.82
241502--242846	171	7.9	169	73	9	743	35	12	13	38	1.83
244405--244456	4	13.0	4	80	8	61	67	0	30	1	1.02
244398--244460	8	7.8	8	84	8	74	63	1	33	1	1.13
250275--255999	171	33.6	169	74	9	1292	34	14	12	38	1.83
250399--251177	340	2.3	340	80	4	784	35	13	13	37	1.85
249685--255999	341	18.5	337	74	8	3071	34	13	12	38	1.83
255863--256132	133	2.0	133	94	0	477	38	14	10	36	1.81
256317--257210	171	5.2	171	78	5	715	35	12	12	39	1.80
256439--257196	341	2.2	343	80	4	820	35	11	11	41	1.78
257207--257798	171	3.5	169	79	5	570	31	13	14	40	1.85
256753--257652	463	1.9	463	81	3	1060	32	12	13	41	1.82
257549--258032	251	1.9	250	79	5	530	32	11	14	41	1.81
257923--259730	171	10.6	166	72	10	864	35	13	12	38	1.82
258656--258981	175	1.9	176	81	5	410	35	11	13	39	1.81
259628--259844	114	1.9	114	83	6	280	35	16	12	35	1.86
259457--260014	284	2.0	284	82	4	678	35	15	12	36	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
259720--260123	170	2.4	170	78	9	408	35	15	12	36	1.84
259720--260349	341	1.8	340	80	3	746	34	14	12	38	1.84
260314--260612	117	2.5	120	85	7	376	31	9	12	47	1.72
260553--262924	171	13.9	170	76	6	1701	34	14	12	38	1.84
261133--262924	683	2.6	678	78	6	1718	34	15	12	37	1.85
262960--263992	171	6.0	172	78	5	934	37	12	14	34	1.85
262960--263992	514	2.0	513	80	5	1140	37	12	14	34	1.85
266259--267078	171	4.8	167	73	7	587	39	12	12	33	1.81
266245--267129	170	5.2	170	74	7	657	38	13	12	34	1.83
267124--267488	171	2.1	171	80	6	391	40	14	10	33	1.81
267586--269565	171	11.6	170	76	7	1615	38	13	12	34	1.83
266657--268007	465	2.9	461	85	3	1764	38	14	13	34	1.85
268098--268122	11	2.3	11	100	0	50	36	0	16	48	1.46
267586--269565	347	5.8	338	74	8	1119	38	13	12	34	1.83
272316--272732	171	2.4	170	78	4	444	37	13	13	35	1.84
273015--277256	512	8.3	510	74	7	1830	38	12	12	34	1.82
272800--277258	171	26.1	170	74	5	2832	38	12	12	34	1.82
277298--279314	171	11.8	171	77	6	1543	39	12	13	34	1.83
279644--279718	35	2.1	35	90	0	114	32	26	12	29	1.92
281054--281103	26	1.9	26	88	8	75	36	20	14	30	1.91
286719--286770	26	2.0	26	88	7	79	34	23	13	28	1.92
289898--289968	35	2.0	35	86	0	97	35	29	9	25	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
290555--290611	21	2.7	21	86	0	78	21	29	14	35	1.92
294798--294875	35	2.2	35	81	4	86	24	10	32	33	1.89
304411--304450	21	1.9	21	85	10	55	32	20	17	30	1.95
311674--311745	35	2.1	35	84	5	92	26	9	30	33	1.89
316261--316317	21	2.7	21	97	0	105	36	14	31	17	1.89
316870--316954	35	2.4	35	86	0	107	22	14	31	31	1.93
316888--316970	35	2.4	35	89	4	123	28	13	27	30	1.94
324088--324162	35	2.1	35	95	0	132	30	12	28	29	1.92
327851--328412	171	3.3	168	80	3	572	33	14	13	38	1.86
383323--383361	18	2.2	18	90	9	62	51	0	5	43	1.24
391430--391472	20	2.2	20	86	0	59	46	2	0	51	1.13
398109--398146	19	2.0	19	90	10	60	55	0	5	39	1.23
405679--405740	7	8.6	7	84	8	72	59	0	40	0	0.97
405678--405741	8	8.4	8	80	15	73	59	0	40	0	0.97
407302--407377	28	2.7	27	88	6	116	43	14	6	35	1.71
410832--410895	23	2.8	22	84	13	85	64	0	35	0	0.94
410825--410908	31	2.7	32	82	10	104	63	1	35	0	1.03
410825--410888	15	4.0	16	78	15	62	60	1	37	0	1.06
410832--410908	23	3.4	23	75	10	70	64	0	35	0	0.93
418393--418439	24	1.9	25	86	4	69	61	6	4	27	1.39
418708--418737	11	2.7	11	89	0	51	56	0	0	43	0.99
434855--434930	40	1.9	39	89	2	116	38	7	5	48	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
438253--438329	40	1.9	39	89	2	118	37	6	5	50	1.51
452081--452119	19	2.0	20	90	5	62	46	5	5	43	1.48
461302--462301	169	5.9	169	73	9	592	34	13	12	38	1.83
461277--462259	170	5.8	169	74	6	556	34	14	12	38	1.84
464284--464816	171	3.1	171	77	6	431	35	13	13	36	1.85
464344--464877	171	3.1	167	73	8	418	34	13	14	36	1.86
471369--471426	29	2.0	29	89	0	89	32	10	20	36	1.87
475071--475675	169	3.6	170	78	5	534	33	13	14	39	1.84
475097--475517	170	2.5	169	82	3	479	32	13	14	40	1.84
521353--521383	16	1.9	16	93	0	53	25	0	0	74	0.82
521351--521390	20	2.0	20	85	9	55	25	2	0	72	0.97
528109--528139	16	1.9	16	93	0	53	25	0	0	74	0.82
543192--543222	16	1.9	16	93	0	53	25	0	0	74	0.82
543190--543229	20	2.0	20	90	9	64	25	0	0	75	0.81
550301--550352	3	16.7	3	82	11	61	34	1	0	63	1.06
590977--591018	18	2.3	18	91	0	66	28	0	0	71	0.86
600254--600291	20	1.9	19	85	15	51	34	5	5	55	1.45
620217--620255	20	2.0	19	85	14	53	33	5	5	56	1.43
644894--645207	172	1.8	172	82	4	409	37	14	14	33	1.86
659167--659313	80	1.8	79	84	4	197	41	10	19	29	1.84
662142--662538	171	2.3	171	78	0	411	36	12	15	36	1.85
662142--662610	169	2.8	170	76	2	467	35	13	14	36	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
670727--670899	85	2.0	84	84	3	222	49	8	12	30	1.70
694722--695117	171	2.3	172	78	3	397	41	10	12	35	1.76
696659--696971	168	1.9	170	80	6	377	35	14	14	35	1.87
720278--720654	170	2.2	170	79	6	388	38	12	12	35	1.82
721307--721352	20	2.3	20	100	0	92	45	6	4	43	1.49

Tables:   1   2

The End!