genome.fa.s39.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_018397292.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_251.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  480488

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2952--3006	27	2.0	27	100	0	110	25	18	14	41	1.88
14956--15335	171	2.2	171	82	5	448	33	13	14	38	1.85
28830--29314	170	2.9	163	78	12	400	33	12	14	39	1.84
28988--32789	170	22.5	166	69	12	875	34	13	13	38	1.85
32987--34029	170	6.1	168	74	9	724	34	15	13	37	1.86
34173--34579	170	2.4	169	78	7	421	34	12	13	39	1.82
34191--34665	171	2.8	169	78	6	385	35	12	14	37	1.83
36500--36534	16	2.2	16	89	0	52	65	11	2	20	1.37
36892--37804	169	5.4	166	74	9	570	36	13	12	37	1.82
36897--38271	171	8.1	167	73	9	693	36	13	12	37	1.84
39139--39579	171	2.6	170	79	3	435	34	12	12	40	1.81
40280--40474	36	5.5	36	91	1	304	45	13	7	32	1.72
40280--40494	107	2.0	106	88	3	319	45	13	7	33	1.72
40280--40474	71	2.7	71	93	0	336	45	13	7	32	1.72
41719--42461	170	4.4	168	74	8	454	34	12	13	39	1.82
42558--42587	15	2.0	15	100	0	60	13	13	20	53	1.72
42803--42878	37	2.1	37	87	5	109	31	7	11	48	1.68
43551--44530	171	5.8	169	73	7	673	36	12	11	38	1.80
43649--44440	167	4.7	166	73	10	454	36	14	12	36	1.83
43608--44530	343	2.7	335	79	7	893	37	12	11	38	1.80
45416--45777	193	1.9	194	85	2	514	32	14	11	41	1.82
45603--49214	171	21.3	171	74	6	2435	34	13	13	38	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
45603--49214	341	10.6	339	73	7	1784	34	13	13	38	1.84
52321--52730	171	2.4	171	86	4	553	34	14	12	38	1.84
52243--54113	170	11.1	170	72	9	603	33	15	13	37	1.86
57425--57808	169	2.3	167	78	8	409	36	12	11	39	1.78
61147--61196	16	3.1	16	75	16	50	40	2	0	58	1.10
61165--61212	19	2.6	19	90	3	71	37	0	2	60	1.09
61330--64669	171	19.7	168	72	10	1727	34	13	13	37	1.84
63410--64051	172	3.7	169	76	11	477	34	14	13	36	1.86
61330--64076	340	8.1	343	71	10	815	34	14	13	37	1.85
69496--69534	20	2.0	20	90	10	62	35	20	28	15	1.93
69975--70583	171	3.6	170	77	4	579	33	14	13	38	1.86
73511--74628	170	6.6	170	72	9	601	33	13	14	38	1.86
73511--74378	335	2.6	338	79	5	824	33	13	14	38	1.85
73865--74611	340	2.2	339	79	2	773	33	14	14	38	1.86
74588--74659	37	1.9	37	88	5	110	27	4	15	52	1.61
74708--76330	170	9.6	168	70	10	533	34	13	13	38	1.83
77363--81482	171	24.3	171	74	8	2318	34	13	14	38	1.84
77530--78780	330	3.7	342	75	7	764	33	12	13	39	1.83
78433--78472	20	2.1	19	86	9	55	32	7	7	52	1.58
77933--78872	501	1.9	499	83	3	1219	33	11	12	41	1.79
78815--79263	170	2.6	173	81	5	495	35	12	14	37	1.85
81880--82330	168	2.7	168	79	4	469	33	14	12	38	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83111--83179	36	1.9	35	85	8	95	34	31	18	14	1.91
85873--86409	170	3.2	170	78	5	484	33	11	14	40	1.82
93715--93747	15	2.1	16	94	5	59	21	12	15	51	1.75
94814--95298	169	2.9	167	76	8	460	39	11	15	33	1.84
96083--96143	28	2.2	27	88	2	86	37	9	14	37	1.80
101681--102251	170	3.4	169	78	3	497	36	13	16	32	1.88
101940--102259	167	1.9	169	82	1	401	37	11	16	34	1.85
121342--122671	680	2.0	670	79	5	1457	33	12	13	38	1.82
123246--123642	170	2.3	169	79	7	394	34	11	12	41	1.79
123246--123705	169	2.7	168	78	8	434	34	11	13	39	1.82
125709--125870	73	2.2	73	80	2	173	38	16	19	25	1.92
127049--127476	169	2.5	169	76	8	431	36	13	12	37	1.83
128221--128702	170	2.8	168	79	5	483	32	13	14	38	1.86
128397--128702	167	1.8	170	83	4	415	33	13	14	38	1.85
128151--134070	171	34.9	166	67	12	748	33	13	13	37	1.84
128637--129611	508	1.9	502	85	2	1280	33	13	12	37	1.82
130478--134031	171	20.7	167	68	11	831	34	13	13	37	1.84
131129--131557	170	2.5	166	81	4	450	35	11	10	41	1.77
132226--134044	170	10.7	168	70	8	616	34	13	12	37	1.83
135909--136090	98	1.9	98	82	2	231	34	14	15	35	1.88
138296--138338	19	2.3	19	87	0	59	23	32	6	37	1.82
143397--143851	169	2.7	168	79	8	449	38	15	13	32	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
142954--143935	170	5.8	169	72	7	578	37	13	13	33	1.84
144463--145558	170	6.4	170	75	6	824	39	13	12	34	1.83
144463--145558	341	3.2	338	75	7	1011	39	13	12	34	1.83
149903--149945	19	2.3	19	91	0	68	32	4	37	25	1.77
150611--150747	73	1.9	73	83	6	179	22	18	18	40	1.92
152485--152527	19	2.3	19	91	0	68	23	34	6	34	1.82
160447--160608	73	2.2	73	82	4	193	25	19	15	39	1.91
161298--161715	166	2.5	169	79	7	438	39	12	13	34	1.82
163379--164093	170	4.2	167	75	6	573	39	12	12	33	1.81
164509--165053	168	3.2	168	77	6	485	39	12	13	35	1.82
166804--167664	171	5.0	170	74	7	573	34	13	12	39	1.83
170627--172051	171	8.4	170	75	6	987	34	15	13	37	1.86
171046--172027	503	2.0	503	80	3	1107	34	14	13	37	1.86
178438--178749	171	1.9	161	82	2	313	35	11	9	39	1.75
179233--179282	23	2.2	23	96	0	91	50	18	6	26	1.69
179286--180139	342	2.5	342	80	2	903	34	14	12	38	1.84
179286--180139	171	5.0	171	77	3	819	34	14	12	38	1.84
182115--183167	171	6.2	169	76	6	846	33	15	13	36	1.87
182204--183064	341	2.6	336	79	4	844	33	14	13	38	1.86
183036--183307	140	1.9	139	82	4	332	35	13	13	37	1.84
182868--183477	311	2.0	308	84	4	789	34	14	13	37	1.85
184539--185505	171	5.7	170	78	3	843	36	13	14	35	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
185197--185849	326	2.0	327	80	5	739	36	13	15	33	1.87
185522--185932	171	2.4	171	80	5	456	37	13	15	33	1.87
188223--188846	169	3.8	163	78	7	483	35	13	12	37	1.84
188223--189664	171	8.5	169	73	9	901	34	13	12	38	1.84
188212--189308	501	2.2	508	79	6	1138	34	14	13	37	1.85
192613--194081	171	8.7	167	72	9	607	38	12	13	34	1.83
193089--193903	342	2.4	340	78	4	811	39	12	14	33	1.83
193604--194064	161	2.8	163	82	7	490	40	12	13	33	1.82
195284--195605	170	1.9	161	76	7	306	37	14	13	31	1.85
195617--195979	167	2.2	167	81	4	417	39	13	12	34	1.83
196346--197007	171	3.9	171	76	6	583	38	12	13	35	1.82
200425--202206	340	5.2	337	73	7	962	38	13	13	34	1.84
200730--201485	170	4.4	170	75	6	491	39	13	12	35	1.82
200006--202207	171	13.0	171	72	8	914	38	13	12	34	1.83
200863--201696	339	2.5	336	79	6	799	38	13	12	35	1.82
203302--203719	169	2.5	168	77	6	405	36	13	12	37	1.83
204892--205254	171	2.1	170	80	3	406	35	11	12	39	1.80
208316--209078	170	4.5	170	75	8	552	33	13	13	38	1.83
208690--209078	171	2.3	169	80	5	392	35	13	11	38	1.82
212032--212063	14	2.3	14	100	0	64	37	0	37	25	1.56
215558--215604	22	2.1	23	92	4	78	27	19	14	38	1.91
217122--217178	25	2.3	25	84	6	80	31	17	26	24	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
219933--220365	171	2.5	169	79	8	448	34	11	12	42	1.78
221146--222074	171	5.4	171	73	6	620	37	12	13	34	1.82
223543--223876	170	2.0	160	73	14	316	35	11	13	36	1.81
223904--225653	171	10.3	169	72	11	738	38	12	14	34	1.84
228993--229052	25	2.4	25	72	5	59	25	30	16	28	1.97
229639--230113	170	2.8	172	81	4	487	36	13	14	35	1.85
229666--230504	170	4.9	170	73	9	476	37	13	13	34	1.84
230590--231555	169	5.6	167	71	11	567	38	12	13	33	1.82
231218--231242	10	2.5	10	100	0	50	40	8	24	28	1.83
231809--231856	22	2.2	22	88	0	69	54	6	4	35	1.45

Tables:   1   2