genome.fa.s42.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_018397295.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_188.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  325355

Tables:   1   2   

This is table  1  of  2  ( 175 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12255--12566	170	1.9	158	82	2	302	38	12	11	33	1.80
15054--15964	171	5.3	169	76	5	764	37	11	13	35	1.81
14884--15964	342	3.2	336	77	6	878	37	12	13	34	1.82
16518--17461	171	5.5	171	74	9	672	38	13	13	32	1.84
16694--17461	342	2.2	339	80	8	810	39	13	13	33	1.84
17253--17291	20	2.1	19	85	9	53	46	7	7	38	1.61
16394--17461	513	2.1	513	89	0	1591	37	13	13	33	1.83
29044--29648	171	3.5	169	80	5	603	33	15	11	37	1.85
29450--29489	20	2.1	19	86	9	55	35	7	7	50	1.59
31644--33053	170	8.3	170	74	7	817	35	13	13	37	1.84
31646--33045	339	4.1	336	75	9	1041	35	13	13	37	1.84
34345--34951	171	3.6	168	79	2	552	36	11	15	34	1.84
36063--36092	16	1.9	15	93	6	51	36	23	13	26	1.92
36139--37031	170	5.3	169	74	8	551	36	14	10	38	1.81
35635--37047	169	8.4	169	74	8	872	36	14	11	37	1.82
39579--40290	169	4.2	171	75	11	509	36	12	12	37	1.82
40594--41019	169	2.5	169	75	6	432	36	14	12	36	1.84
52824--53773	171	5.6	169	72	5	630	35	14	11	36	1.82
54180--54493	171	1.8	171	81	9	390	37	13	13	35	1.84
62476--62874	170	2.4	170	80	7	397	35	14	13	37	1.85
63415--63742	169	1.9	170	80	3	374	35	12	11	36	1.80
64610--64935	171	2.0	161	80	11	356	38	12	13	32	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66687--66727	20	2.2	19	86	8	57	51	2	7	39	1.43
69301--70946	172	9.7	169	73	10	758	35	13	12	37	1.84
69991--70033	10	4.3	10	77	11	52	39	9	2	48	1.48
69291--71009	171	10.1	168	75	8	1124	35	14	12	37	1.84
69301--70952	343	4.8	337	77	7	1023	35	13	12	37	1.83
79986--80010	13	1.9	13	100	0	50	24	8	20	48	1.76
87466--87570	35	2.9	36	77	2	122	42	12	7	37	1.71
105942--110837	170	28.8	170	74	8	2794	35	13	12	38	1.82
108812--115447	170	39.4	164	69	12	866	34	13	13	39	1.83
110953--115462	170	26.7	168	73	8	2477	34	13	13	38	1.83
111954--112261	169	1.8	170	81	6	383	32	11	14	40	1.82
112331--113442	511	2.2	508	78	8	1123	34	13	13	38	1.84
112331--113700	511	2.7	507	76	8	1066	35	13	13	37	1.85
115205--115508	162	1.9	162	79	2	351	31	11	14	42	1.82
115663--119219	170	20.9	167	72	10	1584	34	13	13	38	1.84
116364--116672	156	2.0	157	81	10	364	33	11	14	40	1.82
110873--115463	341	13.6	335	71	10	1401	34	12	13	39	1.83
117346--117977	339	1.9	341	82	5	798	34	13	15	36	1.87
122438--123273	170	4.9	169	77	6	676	35	12	13	38	1.82
122600--123289	341	2.0	338	80	7	772	34	13	11	39	1.82
123901--124265	170	2.1	169	80	4	412	38	12	13	36	1.82
125481--126348	170	5.1	169	77	5	712	34	14	13	38	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
125497--126287	339	2.3	340	79	5	787	34	15	12	36	1.86
126562--126620	30	2.0	30	89	0	91	40	5	10	44	1.60
126592--127446	170	5.0	168	77	7	697	34	14	13	38	1.84
127439--128827	171	8.2	167	76	8	966	34	12	14	38	1.83
127684--128463	340	2.3	340	79	8	816	35	12	13	37	1.84
128995--129054	30	2.0	30	93	0	102	33	3	13	50	1.58
129022--131325	169	13.6	166	72	9	832	34	13	13	38	1.84
129022--142595	170	80.7	169	70	11	4096	35	12	13	38	1.83
131227--131514	145	2.0	145	83	6	368	36	10	14	38	1.80
132386--132696	162	1.9	163	81	5	380	36	12	13	37	1.82
131870--134275	169	14.2	169	73	8	805	35	13	12	38	1.83
133725--134389	338	2.0	339	83	3	849	35	13	14	37	1.84
134461--135266	171	4.7	165	75	7	548	37	12	11	38	1.80
135373--135410	20	2.0	20	89	5	60	34	5	7	52	1.53
136086--138079	172	11.7	172	74	10	497	35	11	13	38	1.82
135853--142595	170	39.6	169	74	6	4376	34	12	13	38	1.83
136184--142441	677	9.2	679	73	8	1969	35	12	13	38	1.82
150913--155294	170	25.7	167	73	10	1054	35	12	12	39	1.81
150854--158824	171	46.7	169	74	9	4240	34	13	12	39	1.82
155500--155537	20	1.9	20	88	0	58	44	2	7	44	1.47
158965--163229	171	25.0	171	73	5	2201	38	12	12	33	1.81
159643--159971	170	2.0	160	77	10	315	37	14	13	31	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
159475--160133	340	2.0	332	81	3	700	37	13	13	32	1.84
161165--161775	337	1.8	340	81	6	783	39	12	12	35	1.81
161190--162195	337	3.0	331	74	12	635	38	12	13	35	1.82
162075--162388	169	1.9	160	84	6	341	36	12	13	34	1.82
161058--162441	508	2.7	504	77	5	1246	38	12	13	34	1.81
162228--162918	340	2.0	342	80	3	784	38	10	15	34	1.82
164921--165249	169	2.0	160	77	11	308	35	11	12	37	1.80
165836--167226	171	8.2	171	75	7	829	39	12	13	34	1.82
165848--166919	342	3.2	334	78	8	947	39	12	13	34	1.83
165966--167088	506	2.2	512	81	4	1254	40	12	13	33	1.82
169599--170363	171	4.5	165	70	8	453	34	13	14	32	1.85
179219--179541	171	1.9	169	79	5	364	36	11	13	34	1.82
179849--180957	171	6.6	169	75	7	831	38	12	12	34	1.81
179849--180957	341	3.3	332	80	6	1017	38	12	12	34	1.81
182585--183076	169	2.9	169	76	9	480	38	13	12	35	1.82
183113--183419	171	1.9	161	81	2	303	38	11	12	33	1.80
182590--183260	341	2.0	341	80	5	759	38	12	11	35	1.80
186314--186510	73	2.7	73	96	1	360	25	24	15	34	1.94
193625--193762	67	2.1	67	91	0	222	28	26	8	36	1.86
194827--194860	3	11.3	3	100	0	68	0	32	0	67	0.91
198717--202611	171	22.9	169	73	7	2134	38	13	12	33	1.82
198946--202581	343	10.7	339	74	7	2154	38	13	12	33	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
201887--202298	169	2.5	161	79	9	375	38	15	10	33	1.82
202999--203761	341	2.2	341	80	4	851	38	13	14	33	1.85
202999--203761	171	4.5	171	79	4	797	38	13	14	33	1.85
204828--204885	25	2.2	25	87	6	80	29	34	15	20	1.94
206107--206157	8	6.4	8	73	8	50	3	29	1	64	1.22
207826--208887	171	6.2	169	74	5	767	38	11	14	34	1.81
207827--208685	341	2.5	334	76	9	842	37	11	14	34	1.81
207544--208933	171	8.1	169	72	5	757	37	11	13	34	1.81
209863--210605	171	4.4	168	75	8	479	38	12	13	34	1.83
209359--210618	171	7.4	171	72	6	453	37	13	12	34	1.83
210773--211361	171	3.4	170	78	8	511	38	13	12	34	1.83
211646--213518	171	11.1	169	70	10	883	38	12	13	34	1.82
211739--212187	170	2.6	170	79	5	442	40	12	12	34	1.80
212205--213513	171	7.7	170	74	5	926	38	12	13	34	1.82
211706--212668	495	1.9	493	80	6	1088	40	12	12	34	1.80
211646--213513	683	2.8	662	79	6	1668	38	12	13	34	1.82
216371--218119	171	10.3	171	73	7	1094	34	12	13	37	1.83
220088--223184	171	18.3	170	72	6	1513	37	12	12	34	1.81
220088--223184	341	9.1	337	72	7	1501	37	12	12	34	1.81
223556--224453	171	5.3	170	77	4	813	39	12	13	33	1.83
223556--224453	341	2.6	338	81	4	973	39	12	13	33	1.83
224530--227728	171	18.6	171	73	5	2156	38	12	13	34	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
227880--228694	171	4.8	170	79	3	792	38	13	13	35	1.83
227880--228696	343	2.4	340	82	3	915	38	13	13	35	1.83
229376--231075	343	5.0	339	72	7	781	36	12	14	34	1.84
229719--230704	511	1.9	500	77	8	992	36	13	14	33	1.85
229376--231075	171	9.9	171	73	4	730	36	12	14	34	1.84
230851--231332	257	1.9	257	83	1	626	39	11	11	38	1.77
231101--233595	171	14.8	170	71	9	949	38	12	12	34	1.81
231101--233683	342	7.6	337	73	9	1618	38	12	12	34	1.81
231605--232891	663	1.9	663	79	4	1423	38	12	12	34	1.81
233926--235298	171	8.1	171	72	6	845	39	13	13	32	1.82

Tables:   1   2