genome.fa.s45.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_018397298.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_11.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  284433

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
485--1962	172	8.6	171	80	4	1514	37	12	13	36	1.83
485--1962	343	4.3	341	81	4	1566	37	12	13	36	1.83
6580--6938	169	2.1	170	78	8	374	38	13	9	38	1.76
6189--7258	170	6.3	168	70	7	543	35	14	10	35	1.81
7436--8752	171	7.7	168	75	9	906	35	13	11	39	1.81
7514--8784	339	3.7	333	76	8	1042	35	13	12	38	1.82
10151--11425	170	7.5	168	79	8	1174	35	14	11	38	1.82
10151--11433	341	3.8	343	81	5	1447	35	14	11	38	1.82
12482--14255	171	10.4	170	75	6	1185	34	13	11	37	1.81
14372--15127	340	2.2	340	79	10	755	36	14	11	35	1.82
16905--18393	171	8.8	171	80	7	1423	35	13	11	39	1.80
16905--20466	341	10.6	340	70	12	1619	35	13	12	38	1.82
16905--18393	498	2.9	499	78	8	1291	35	13	11	39	1.80
18453--20466	171	11.8	171	79	4	1870	35	13	12	37	1.83
18453--20466	514	3.9	510	80	4	1977	35	13	12	37	1.83
22308--22348	21	2.0	21	85	9	57	26	12	9	51	1.70
21966--22703	171	4.3	171	75	4	648	33	12	11	39	1.78
25250--25603	170	2.1	170	81	4	410	33	14	9	38	1.80
27753--30911	171	18.4	169	81	4	2928	33	12	13	40	1.82
31096--31576	170	2.8	169	78	6	506	36	13	13	36	1.84
32495--32801	163	1.9	154	86	8	429	30	13	10	41	1.78
32933--33283	172	2.1	167	80	8	372	34	13	11	41	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33490--34988	171	8.8	169	76	4	1236	34	14	11	38	1.82
33490--34988	511	2.9	508	80	5	1575	34	14	11	38	1.82
33490--34991	342	4.4	342	78	3	1455	34	14	11	38	1.82
35751--36146	171	2.3	172	81	2	447	33	13	10	39	1.80
35987--36303	171	1.9	158	81	5	278	35	14	9	36	1.79
36158--36480	171	1.9	162	76	12	307	35	14	10	35	1.82
36682--37371	172	4.0	170	72	4	431	32	13	11	38	1.80
37889--38662	171	4.5	171	79	4	666	34	14	12	38	1.84
38738--39051	170	1.8	170	82	4	400	35	13	11	39	1.81
40632--41169	171	3.1	168	78	7	496	40	12	13	33	1.82
41190--41230	20	2.0	20	100	0	82	46	9	14	29	1.77
41194--41238	20	2.2	20	92	0	72	48	8	13	28	1.72
41831--43495	170	9.7	170	79	5	1488	39	10	13	35	1.79
41830--43495	342	4.9	341	78	4	1757	39	10	13	35	1.80
41830--43495	684	2.4	685	89	1	2524	39	10	13	35	1.80
43745--44444	171	4.1	168	78	4	648	39	12	11	34	1.80
45086--45705	171	3.6	168	79	5	602	38	12	13	33	1.82
45267--45719	169	2.7	168	82	4	550	39	12	13	34	1.83
47975--48807	171	4.9	169	76	3	704	38	12	12	34	1.81
47970--48807	341	2.4	341	79	2	851	38	12	12	34	1.80
50400--51992	171	9.3	171	81	4	1658	39	12	13	34	1.82
52819--54058	171	7.3	170	81	4	1244	39	12	13	35	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
55838--56162	172	1.9	172	84	2	438	33	14	11	37	1.82
55835--56196	172	2.1	172	82	4	435	33	12	11	39	1.80
56678--56955	147	1.9	147	83	0	358	34	9	13	38	1.78
56825--57535	171	4.1	170	79	6	686	34	13	12	39	1.82
58156--58488	171	1.9	171	82	2	409	34	14	12	38	1.84
61173--61504	171	2.0	158	75	13	287	35	12	10	38	1.77
62065--63784	171	10.1	171	79	6	1575	34	13	13	39	1.83
64687--67822	171	18.4	171	74	4	1897	38	11	13	33	1.80
64685--67822	685	4.6	684	80	3	2198	38	11	13	33	1.80
66228--67806	856	1.9	846	82	1	1957	38	11	13	33	1.81
69563--70072	173	3.0	173	74	5	406	39	12	12	33	1.81
73325--73728	171	2.4	170	81	4	429	35	12	12	37	1.80
75455--75854	171	2.3	171	79	7	386	36	11	12	39	1.79
77447--80251	171	16.4	170	76	5	2164	40	12	12	33	1.81
77447--80251	685	4.1	679	77	5	2420	40	12	12	33	1.81
77447--80251	856	3.3	853	84	3	3354	40	12	12	33	1.81
80352--83137	171	16.3	171	74	5	1609	38	12	12	32	1.81
80356--81673	514	2.6	511	79	6	1363	39	13	12	34	1.83
81774--83129	686	2.0	685	85	1	1815	39	12	12	34	1.82
83285--83658	170	2.2	172	80	6	413	39	11	13	35	1.80
83286--83946	171	3.9	168	74	6	524	38	11	12	34	1.80
84187--84518	171	2.0	164	79	5	353	39	12	12	31	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84187--84684	170	3.0	159	74	13	385	39	13	11	31	1.80
86995--87359	170	2.1	170	76	2	383	38	11	12	34	1.80
89560--90068	171	3.0	165	75	7	405	33	12	13	38	1.82
92255--95661	171	20.0	169	80	5	3080	33	13	12	39	1.83
92255--95654	855	4.0	852	82	4	3712	33	13	12	39	1.83
95910--96465	172	3.3	171	79	6	581	34	13	12	40	1.81
96755--96788	10	3.4	10	100	0	68	8	20	8	61	1.52
96755--96797	17	2.3	19	88	11	63	9	18	9	62	1.51
96815--98907	171	12.3	169	78	4	1846	39	12	13	33	1.83
96815--102527	342	16.4	336	72	10	2926	39	12	13	33	1.82
96807--98907	685	3.1	682	79	5	1866	39	12	13	33	1.83
98801--99016	110	2.0	110	82	3	265	45	11	14	29	1.79
98630--99170	281	1.9	281	86	3	777	42	12	13	32	1.81
98911--102194	171	19.2	171	80	4	3253	39	12	13	34	1.82
98918--102545	516	7.1	512	79	5	3273	39	12	13	34	1.82
102874--103805	171	5.4	169	71	6	556	38	12	11	34	1.79
104226--105148	171	5.4	169	73	8	571	38	12	12	33	1.80
105253--105579	172	2.0	162	85	2	361	33	12	12	37	1.82
107218--108757	171	9.0	170	79	6	1424	40	12	12	34	1.81
107217--108757	344	4.5	340	80	4	1673	40	12	12	34	1.81
107241--108757	515	2.9	509	79	6	1653	40	12	12	35	1.80
109895--110733	173	4.9	169	75	7	602	33	13	12	37	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
111811--112406	171	3.5	172	75	7	557	32	13	11	40	1.80
112759--113158	170	2.3	171	80	4	441	34	14	11	39	1.82
113292--115439	171	12.6	170	77	4	1573	34	12	11	39	1.80
113292--115439	342	6.3	339	77	4	1795	34	12	11	39	1.80
113298--115439	684	3.1	678	79	4	2059	34	12	11	39	1.80
116100--117401	171	7.6	172	70	8	669	33	12	12	37	1.81
118358--122331	171	23.3	170	79	4	3560	35	12	12	39	1.81
118358--127230	342	26.1	340	77	6	6830	35	13	11	39	1.80
122333--127237	171	28.8	171	78	5	4150	36	13	11	39	1.80
127909--132063	171	24.4	171	77	6	3112	35	13	10	39	1.80
131947--132173	120	1.9	121	80	8	266	39	10	11	38	1.75
133232--134475	171	7.3	171	76	5	1050	36	13	11	38	1.81
133229--134475	343	3.7	340	81	4	1307	36	13	11	38	1.81
133229--134475	514	2.4	507	79	5	1238	36	13	11	38	1.81
135157--135769	170	3.6	168	72	9	506	37	11	11	38	1.77
135962--136498	171	3.2	169	74	8	471	39	11	11	35	1.79
136960--137370	170	2.4	171	78	7	410	41	9	12	36	1.76
138399--140713	170	13.6	170	73	8	1515	38	11	12	36	1.79
138399--140713	341	6.8	338	76	7	1801	38	11	12	36	1.79
139005--140713	511	3.4	508	81	6	2062	39	11	12	37	1.79
141669--143058	170	8.1	171	78	5	1331	38	11	13	37	1.80
141669--143059	341	4.1	342	80	6	1435	38	11	13	37	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
143508--145087	171	9.4	169	76	7	993	37	11	12	36	1.80
143938--144247	151	2.1	151	84	2	399	38	13	12	35	1.82
143787--144736	322	2.9	320	76	10	740	38	12	13	36	1.81
145477--146311	171	4.9	170	80	7	825	39	11	13	36	1.80
145473--146258	342	2.3	342	84	3	974	40	10	12	35	1.79
146624--147278	172	3.9	171	73	6	544	39	10	13	35	1.78
149458--151244	171	10.5	169	71	6	755	35	11	13	35	1.80
153139--153525	171	2.3	171	76	5	399	37	11	13	35	1.81
155266--155587	170	2.0	156	80	3	286	37	10	11	36	1.77
155019--155929	171	5.4	169	74	6	484	38	9	11	36	1.76

Tables:   1   2