genome.fa.s45.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_018397298.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_11.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  284433

Tables:   1   2   

This is table  2  of  2  ( 239 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
155965--156002	18	2.1	18	85	9	51	39	2	7	50	1.46
156188--156902	168	4.2	170	70	8	431	36	11	11	36	1.78
157132--157456	171	1.9	169	80	8	383	37	12	13	36	1.82
158320--159174	171	5.0	170	76	5	697	38	10	13	35	1.80
160399--161228	171	4.9	171	73	5	486	37	10	13	36	1.78
161578--162386	171	4.7	170	74	3	683	36	10	12	37	1.78
161578--162386	342	2.4	336	79	6	824	36	10	12	37	1.78
165642--166069	170	2.5	170	81	6	508	40	11	13	34	1.81
167052--167373	168	2.0	159	82	0	313	34	12	10	36	1.78
168050--169125	171	6.3	170	74	5	826	36	11	13	34	1.82
168050--169141	513	2.1	513	78	2	1188	36	11	14	34	1.82
177388--178049	170	3.9	171	80	5	763	34	14	11	39	1.82
177388--178049	340	1.9	340	84	3	884	34	14	11	39	1.82
178564--178886	171	1.9	163	84	2	355	39	11	12	33	1.80
178737--179530	342	2.3	341	82	6	921	39	11	14	33	1.82
178986--179530	171	3.2	168	80	9	654	39	10	15	34	1.83
179663--180139	171	2.8	172	76	6	444	37	12	14	33	1.84
182673--183141	169	2.8	170	80	4	507	42	10	13	31	1.78
182673--183177	172	3.0	171	79	4	538	40	10	13	33	1.79
183332--185025	171	9.9	169	77	5	1383	39	11	13	33	1.81
183332--185025	343	5.0	342	78	5	1522	39	11	13	33	1.81
183365--184867	681	2.2	682	83	3	1828	39	11	13	34	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
185586--186069	170	2.8	166	80	7	508	39	12	14	33	1.83
186259--186700	171	2.6	169	80	8	484	38	11	15	34	1.84
186592--186812	111	2.0	110	82	7	268	35	12	17	33	1.88
186419--186929	282	1.8	282	87	2	767	38	12	15	33	1.85
186703--187849	171	6.7	170	80	5	1190	39	11	14	34	1.82
188663--189461	171	4.7	170	80	7	837	39	11	14	35	1.82
190538--191076	171	3.2	171	75	5	419	33	12	11	38	1.79
192179--192873	344	2.0	335	81	7	779	32	13	11	38	1.81
192337--193075	171	4.3	169	71	7	479	32	13	11	38	1.81
192249--193075	344	2.4	342	80	3	775	32	13	11	37	1.81
194711--195362	340	1.9	332	79	5	649	32	13	11	39	1.80
197960--198284	170	2.0	161	81	2	305	30	13	11	38	1.80
198982--199349	170	2.2	172	81	6	419	34	13	12	39	1.82
200191--200670	171	2.8	170	79	8	574	34	14	12	37	1.85
200863--201264	171	2.3	170	82	6	474	36	13	10	39	1.79
201482--202156	170	4.0	170	83	3	788	34	14	11	39	1.82
201931--202441	282	1.8	282	89	0	806	32	17	11	38	1.85
202160--205596	171	19.9	169	74	10	2135	35	13	11	39	1.82
201734--202610	453	1.9	451	85	1	1184	33	15	11	38	1.84
201544--202781	624	2.0	619	86	3	1727	34	14	11	39	1.83
202160--205596	342	10.0	341	76	8	2866	35	13	11	39	1.82
203439--203493	28	2.0	28	96	0	101	34	9	18	38	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
202160--205596	683	5.0	679	82	5	3734	35	13	11	39	1.82
205871--206354	170	2.8	168	78	3	475	34	14	11	37	1.82
208470--208805	169	2.0	171	85	2	453	36	13	10	39	1.80
208470--209083	171	3.6	169	78	2	516	35	13	11	36	1.81
211112--212564	171	8.5	169	79	5	1296	38	11	14	35	1.82
211115--212615	513	2.9	509	81	3	1638	39	11	14	35	1.82
211112--212615	342	4.4	340	78	4	1481	39	11	14	35	1.82
213608--215038	171	8.4	170	80	6	1396	39	11	14	34	1.82
213608--215038	513	2.8	508	82	4	1630	39	11	14	34	1.82
215139--217902	171	16.2	170	77	6	2141	34	13	12	38	1.82
215139--217902	510	5.4	512	77	5	2195	34	13	12	38	1.82
215139--217902	681	4.0	678	81	5	2502	34	13	12	38	1.82
218733--219338	170	3.6	170	78	2	635	38	11	12	33	1.80
221635--224272	171	15.4	170	79	5	2513	34	13	12	39	1.82
221635--224284	342	7.7	341	79	5	2799	35	13	12	39	1.82
224708--225161	172	2.7	171	79	6	431	35	14	12	38	1.83
224538--225163	169	3.7	170	76	8	477	34	14	11	37	1.83
225473--226492	343	3.0	339	80	6	1184	34	14	11	39	1.82
225473--226492	172	6.0	172	80	4	1064	34	14	11	39	1.82
227230--230157	171	17.1	170	76	4	2402	34	13	11	38	1.81
227391--230162	514	5.4	510	76	6	2258	34	13	11	38	1.82
231402--232920	171	8.9	170	78	3	1422	33	13	12	38	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
231399--232918	683	2.2	683	87	1	2168	33	13	12	38	1.82
231402--232658	512	2.5	512	80	3	1328	34	14	12	38	1.83
233203--234114	171	5.4	171	81	5	1033	35	13	12	38	1.82
234441--235846	171	8.2	170	82	4	1544	35	14	12	37	1.83
237135--240673	171	20.8	171	74	4	2377	37	11	13	34	1.80
243298--244309	171	5.9	169	75	8	776	35	13	12	38	1.82
243298--244309	341	3.0	341	76	6	1008	35	13	12	38	1.82
244693--245709	171	5.9	171	76	7	792	35	13	12	39	1.82
244690--245722	343	3.0	339	78	6	1035	35	13	12	39	1.82
248306--249307	170	5.9	170	77	6	888	35	12	11	38	1.79
248326--249331	508	2.0	512	80	5	1155	35	12	11	38	1.79
251896--253242	171	7.9	171	81	2	1333	34	13	11	40	1.81
251896--253242	342	3.9	341	81	3	1551	34	13	11	40	1.81
251896--253242	685	2.0	686	85	1	1849	34	13	11	40	1.81
253736--254250	171	3.0	169	72	9	504	34	13	11	38	1.80
253802--254130	172	2.0	159	81	6	297	34	13	11	36	1.81
254351--255278	171	5.4	169	70	7	570	39	10	11	34	1.76
254438--255056	342	1.8	331	82	3	697	37	11	12	33	1.79
256042--257078	171	6.1	168	74	6	679	38	11	12	33	1.79
256557--256886	170	2.0	161	80	12	357	37	13	10	35	1.79
257533--257857	171	1.9	171	79	6	372	39	12	12	34	1.82
258472--259235	343	2.2	332	75	10	710	33	13	10	40	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
258445--259238	171	4.6	170	73	6	532	32	13	11	40	1.80
259995--260325	170	1.9	172	81	4	393	34	12	12	40	1.81
261938--262083	76	1.9	78	84	4	197	37	16	14	31	1.89
263275--264210	171	5.5	170	75	4	817	33	13	13	38	1.84
263275--264205	342	2.7	341	78	4	1018	33	13	13	38	1.84
264781--264891	52	2.1	52	89	1	168	23	21	13	41	1.89
264632--265046	223	1.9	225	83	6	547	33	14	12	39	1.83
264857--266842	171	11.6	171	76	4	1656	33	12	12	39	1.81
264857--266842	343	5.8	341	77	4	1679	33	12	12	39	1.81
264833--266439	684	2.3	683	85	3	2138	34	13	12	39	1.82
264834--266841	684	2.9	682	81	4	2058	33	13	12	39	1.81
267997--270005	171	11.8	167	70	11	639	35	12	11	39	1.80
268119--269445	324	4.0	322	78	10	1062	34	12	12	40	1.81
268448--270005	171	9.1	169	75	6	1063	35	12	11	38	1.80
268001--270005	683	3.0	671	81	6	2111	35	12	11	39	1.80
271664--273922	171	13.2	169	73	5	1441	37	12	12	33	1.81
271873--273922	343	6.0	340	78	3	1363	37	12	12	33	1.81
272257--275594	856	4.0	840	80	6	2808	38	12	13	33	1.82
273802--274042	123	2.0	123	88	0	356	37	14	11	36	1.82
273625--274217	294	2.0	296	82	3	721	40	12	12	34	1.81
273454--274388	466	2.0	466	87	1	1356	39	13	12	34	1.82
273911--275846	171	11.3	171	79	3	1863	39	12	13	34	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
273920--275827	343	5.6	340	80	3	1986	39	12	13	34	1.83
275947--277522	172	9.2	168	77	5	1350	34	13	11	40	1.81
275947--277522	513	3.1	503	82	5	1723	34	13	11	40	1.81
277841--278148	171	1.8	170	81	4	388	36	11	13	38	1.80
278305--278617	171	1.8	171	85	0	446	33	13	12	40	1.82
278855--279170	171	1.9	160	82	6	316	32	13	12	37	1.83
280718--281502	170	4.6	171	82	2	848	33	13	11	41	1.80
282594--283082	171	2.9	171	79	1	568	38	11	13	34	1.81
283663--284433	171	4.5	171	75	4	568	38	11	12	33	1.79

Tables:   1   2

The End!