genome.fa.s46.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_018397299.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_163.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  271445

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2297--2619	170	2.0	161	76	10	303	34	13	15	34	1.86
591--4257	171	21.5	170	70	7	1612	37	11	13	33	1.82
3005--4179	341	3.4	336	77	8	965	39	12	13	34	1.82
4275--5522	172	7.3	170	81	5	1203	38	13	14	33	1.85
5375--5645	147	1.8	146	86	2	391	42	10	16	30	1.83
5521--26843	513	41.5	511	72	6	7940	37	13	12	33	1.83
15020--15059	21	1.9	21	89	0	62	25	20	15	40	1.90
5521--26843	171	124.5	168	70	8	7129	37	13	12	33	1.83
21188--21509	170	1.9	161	75	9	290	36	12	13	34	1.83
20458--26843	341	18.7	338	73	6	3546	38	13	12	33	1.82
20458--25800	512	10.4	509	73	7	1726	38	13	12	33	1.82
21534--26729	512	10.1	512	74	6	1678	38	13	12	33	1.83
27351--27747	171	2.3	171	82	3	469	42	13	10	34	1.78
27335--27878	171	3.2	171	80	3	452	40	13	10	34	1.79
28823--34062	171	30.7	168	72	6	1271	37	13	12	32	1.83
28913--29390	170	2.8	171	80	3	435	37	14	13	34	1.85
28446--34564	341	17.9	339	73	4	3488	37	14	12	32	1.83
31826--34564	171	16.0	171	71	4	1401	37	14	12	32	1.83
36036--36667	341	1.9	341	80	4	754	40	12	11	34	1.79
36738--39556	171	16.5	170	74	6	1762	37	13	13	33	1.83
35650--41388	342	16.8	341	72	8	2430	37	13	12	33	1.83
35702--39296	683	5.3	677	77	5	2753	38	13	12	33	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
40070--41388	171	7.7	171	78	4	1067	38	13	13	33	1.83
42274--43293	170	6.0	169	71	7	535	38	12	13	31	1.82
42274--42936	341	2.0	322	77	9	575	37	12	13	31	1.82
47163--47499	170	2.0	160	77	9	320	34	16	11	34	1.85
47074--47839	171	4.5	169	73	4	446	33	15	13	34	1.86
47896--48792	170	5.3	170	73	8	687	32	14	11	40	1.82
47895--48798	341	2.7	339	84	3	1136	32	14	11	40	1.82
49963--51476	341	4.4	342	80	4	1497	39	13	13	32	1.84
49963--51480	171	8.9	169	76	4	1223	39	13	13	32	1.84
51747--52062	171	1.8	171	79	5	370	34	13	17	34	1.90
52218--58622	171	37.5	171	73	6	3841	38	12	13	33	1.84
52218--58622	512	12.5	512	75	7	3184	38	12	13	33	1.84
52248--58622	341	18.7	339	74	6	3841	37	13	13	33	1.84
59577--60110	170	3.1	170	77	7	474	40	14	12	32	1.83
59577--60328	341	2.2	340	80	5	822	38	13	13	32	1.84
59577--60425	341	2.5	330	76	10	652	38	13	13	32	1.84
59579--61208	171	9.6	167	73	7	602	37	13	13	32	1.84
61391--61709	171	1.9	171	82	1	406	36	12	15	36	1.85
61566--61906	169	2.1	160	72	15	307	38	12	14	31	1.83
62268--62598	171	2.0	160	81	8	305	36	12	14	33	1.84
62442--82668	171	118.2	171	71	9	3984	37	12	13	33	1.83
73297--73943	341	1.9	331	80	3	665	35	12	15	33	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80299--82534	511	4.4	500	74	8	1057	38	13	14	32	1.85
77348--82668	170	31.2	168	72	8	820	37	12	13	33	1.83
83168--83858	170	3.9	180	74	10	522	37	14	13	33	1.85
82796--85395	171	15.1	171	72	8	628	37	13	13	32	1.84
85515--87623	170	12.4	170	78	3	1522	37	13	14	33	1.85
85515--88145	511	5.2	506	74	8	1465	37	13	14	33	1.85
85515--87541	681	3.0	671	81	5	2213	37	13	14	34	1.85
87204--87702	171	3.0	161	76	10	430	36	13	13	32	1.84
88237--88696	170	2.7	168	70	11	378	34	15	14	33	1.88
89234--97435	171	48.1	170	73	6	4844	36	13	14	33	1.85
96747--97407	172	3.9	161	74	12	349	33	13	16	34	1.88
98034--98419	172	2.3	171	79	5	413	32	13	12	40	1.83
98875--99187	170	1.9	160	83	6	328	35	10	13	37	1.79
98161--99407	171	7.3	169	72	7	567	32	13	13	38	1.83
98714--99368	341	1.9	331	81	3	710	32	12	13	38	1.81
100030--100490	173	2.7	170	78	3	440	34	14	14	33	1.88
100421--101240	342	2.4	341	78	5	773	32	13	14	38	1.85
100768--101240	172	2.8	169	77	6	477	32	13	15	39	1.85
100769--101238	169	2.8	168	77	6	498	32	13	15	38	1.86
102802--102840	20	1.9	21	89	5	62	38	7	25	28	1.83
102183--103041	170	5.0	170	75	4	692	33	14	13	38	1.85
104586--105339	341	2.2	336	76	9	713	38	12	12	34	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
104630--105005	170	2.2	171	79	3	409	42	11	11	34	1.78
103526--106454	171	17.2	170	71	7	1455	37	12	13	33	1.83
105883--106531	339	1.9	339	84	4	869	39	11	14	34	1.83
105881--106607	339	2.1	339	81	5	849	39	11	14	32	1.83
105883--106680	342	2.3	339	79	5	779	38	12	13	33	1.82
106774--107165	168	2.3	168	79	5	387	39	13	11	33	1.81
107426--115576	171	47.7	168	75	7	5059	39	12	13	33	1.82
112379--112412	16	2.1	16	100	0	68	52	0	11	35	1.38
113653--113694	20	2.1	21	87	12	63	33	11	9	45	1.73
117440--118760	341	3.9	336	77	5	1046	38	12	12	33	1.81
117482--118767	171	7.5	169	70	7	677	39	11	13	32	1.81
117440--118767	682	1.9	676	79	4	1425	38	12	13	32	1.81
118868--119710	171	4.9	171	73	6	582	33	15	13	37	1.86
118868--119704	342	2.4	339	77	7	821	33	15	13	37	1.86
120809--121383	171	3.4	171	75	3	426	30	17	14	34	1.89
124721--126612	171	11.0	169	73	5	1149	36	14	14	31	1.86
124716--126612	341	5.5	339	71	6	876	36	14	14	31	1.86
126066--126612	172	3.1	169	78	7	510	38	13	13	31	1.85
127477--127936	169	2.7	169	80	7	477	35	12	12	40	1.80
128467--128571	50	2.1	50	98	0	201	35	28	12	23	1.91
128990--129392	170	2.4	171	81	4	474	34	16	14	32	1.88
130100--130504	172	2.4	170	81	8	448	30	15	13	39	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
131170--131760	171	3.5	170	77	3	528	31	12	14	37	1.84
132165--132637	171	2.8	168	77	6	398	34	15	12	35	1.84
133494--133518	10	2.5	10	100	0	50	24	40	12	24	1.88
136523--136912	172	2.3	172	83	3	504	31	13	16	38	1.88
140303--140628	171	2.0	160	84	5	343	34	16	14	30	1.89
142178--142551	171	2.2	170	83	1	444	36	14	14	32	1.86
142821--143779	172	5.7	171	70	7	530	38	13	14	31	1.86
147760--148326	171	3.3	170	77	6	529	32	16	12	37	1.85
159034--159437	171	2.4	171	85	2	517	37	15	12	33	1.86
168299--168681	171	2.2	171	75	3	405	38	13	13	31	1.83
169785--170210	171	2.5	170	76	3	428	37	15	12	32	1.85
171041--171356	170	1.9	160	82	5	316	37	13	12	33	1.83
170457--171713	171	7.4	169	71	4	552	36	12	13	32	1.82
172569--172897	171	2.0	161	82	2	320	37	12	14	32	1.84
172752--173062	171	1.9	161	82	2	311	36	13	14	32	1.85
180129--180853	171	4.2	169	73	8	417	33	14	12	35	1.85
180427--180853	171	2.5	172	79	3	439	33	14	14	34	1.87
182417--182790	173	2.2	171	84	3	482	32	13	13	40	1.83
183575--184338	170	4.5	169	76	4	498	34	13	13	37	1.83
183497--184672	341	3.4	338	80	4	1044	33	12	13	38	1.83
183497--184672	171	6.9	168	74	6	794	33	12	13	38	1.83
185852--186222	170	2.2	168	83	7	473	38	14	12	34	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
185486--186253	171	4.5	170	73	10	453	36	13	13	33	1.84
189736--190859	171	6.6	170	77	5	1014	37	13	15	32	1.87
191810--193382	171	9.2	170	75	4	1119	37	13	13	34	1.83
192139--193395	341	3.7	335	75	8	1000	37	12	13	34	1.83
196792--197426	171	3.7	171	78	4	582	33	14	13	39	1.85
197438--199216	170	10.4	169	77	5	1524	33	14	14	37	1.86
197438--199216	342	5.2	338	77	7	1519	33	14	14	37	1.86
197438--199216	512	3.5	502	77	8	1615	33	14	14	37	1.86
203698--204439	171	4.3	170	76	5	595	32	14	13	36	1.86
205325--205720	170	2.3	169	87	3	555	33	14	13	38	1.86

Tables:   1   2