genome.fa.s47.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_018397300.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_505.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  267416

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1--789	172	4.6	167	80	7	660	41	13	12	32	1.81
157--789	341	1.9	342	80	5	760	42	12	12	33	1.80
1955--2365	171	2.4	170	80	6	436	33	13	11	41	1.80
2412--3404	171	5.8	173	77	5	784	35	13	12	37	1.83
3671--4380	171	4.2	169	75	5	570	34	14	12	37	1.84
4551--6321	171	10.4	170	77	6	1483	38	11	13	35	1.82
4551--6321	341	5.2	341	78	5	1655	38	11	13	35	1.82
6612--7683	173	6.3	169	72	10	600	32	13	13	39	1.84
7792--8273	173	2.8	170	77	7	420	31	13	15	39	1.86
13319--14983	172	9.7	172	73	7	1083	34	13	12	38	1.83
14109--14924	171	4.8	170	76	7	681	36	14	12	36	1.85
14136--14937	343	2.3	343	80	5	883	36	14	12	36	1.84
16080--16462	172	2.2	172	80	5	418	34	12	13	40	1.82
18630--18998	170	2.1	173	82	6	446	31	12	15	41	1.84
22452--22781	170	1.9	170	81	7	402	40	13	12	34	1.81
23506--24001	171	2.9	170	77	4	494	40	12	11	35	1.79
23451--24059	172	3.5	171	74	6	496	38	12	13	34	1.83
26199--27212	172	5.9	171	80	3	959	39	13	13	34	1.83
26199--27212	341	3.0	336	79	5	1050	39	13	13	34	1.83
27613--27993	172	2.2	171	81	3	426	38	13	13	35	1.84
28256--28294	20	2.1	18	85	9	51	56	5	0	38	1.22
28571--29269	171	4.1	171	78	3	631	33	13	13	38	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30408--31064	161	4.0	161	72	8	517	33	13	11	38	1.80
30153--31281	171	6.7	170	76	4	796	34	12	12	37	1.81
31792--34960	171	18.6	168	77	6	2318	34	13	12	38	1.83
31788--34994	682	4.7	680	78	5	2782	34	13	12	38	1.83
34734--35565	301	2.8	303	88	3	1171	36	10	11	42	1.75
35755--35793	20	1.9	20	89	5	60	43	5	15	35	1.69
35338--36635	339	3.8	341	78	5	1116	36	13	11	38	1.81
35333--37161	171	10.6	170	73	7	1125	35	13	12	38	1.82
35333--37166	510	3.5	507	77	7	1356	35	13	12	38	1.82
36701--37168	169	2.7	167	81	4	535	33	13	13	39	1.84
40291--46427	171	35.9	170	76	5	4466	35	13	12	37	1.83
44264--44303	21	1.9	21	89	0	62	42	20	15	22	1.88
47343--47387	22	2.0	22	82	0	54	37	0	6	55	1.26
47891--48324	171	2.5	170	79	7	441	34	11	14	38	1.83
48003--48453	170	2.6	171	80	3	435	32	11	13	39	1.81
48625--49004	172	2.2	171	80	3	406	35	15	11	37	1.84
51001--55521	171	26.5	169	75	6	2879	34	13	12	37	1.82
50997--55406	341	12.9	339	75	6	3003	34	13	12	37	1.82
51003--55406	512	8.6	509	75	7	2040	34	13	12	37	1.82
56208--58153	342	5.7	338	78	7	1536	39	14	12	33	1.83
56039--58150	172	12.4	170	77	7	1658	39	14	12	33	1.83
59247--59759	174	3.0	171	80	5	547	38	13	13	35	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59864--61034	171	6.9	170	75	6	951	35	13	11	39	1.80
59865--61027	341	3.4	338	80	5	1238	36	12	11	39	1.80
61883--62231	171	2.0	170	80	2	378	34	14	14	36	1.86
62530--62866	171	2.0	171	81	2	399	34	13	9	42	1.77
62941--63265	172	1.9	171	81	8	394	34	13	12	39	1.82
63603--64074	171	2.8	170	79	5	475	34	12	12	40	1.81
64139--67069	172	17.3	171	77	5	2300	40	13	12	33	1.83
64243--67057	338	8.3	335	76	7	2111	40	13	12	33	1.83
64079--67055	507	5.8	503	76	7	2153	39	13	13	33	1.83
67276--67812	171	3.2	171	77	6	421	38	12	14	35	1.83
68907--69564	172	3.8	169	79	8	575	33	13	13	39	1.84
68978--69564	172	3.4	167	79	8	578	33	12	13	40	1.82
69705--73400	172	21.7	170	75	7	2457	39	13	13	34	1.83
69705--89866	343	59.0	341	75	6	12830	38	13	13	34	1.83
73413--80295	171	40.2	171	76	5	5211	39	13	13	34	1.83
80402--81199	171	4.6	171	77	6	623	39	13	13	32	1.83
81163--81230	31	2.2	31	100	0	136	35	13	13	38	1.83
81303--81636	159	2.1	160	81	3	379	38	12	12	35	1.82
81855--82136	153	1.8	152	82	3	332	39	14	13	32	1.86
81977--89863	171	46.2	169	76	7	5213	39	13	13	34	1.83
95352--96003	171	3.8	169	79	4	573	32	11	13	41	1.81
96349--96813	171	2.7	169	75	7	436	33	14	15	36	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98187--98814	170	3.7	168	77	5	562	35	12	12	38	1.80
98161--99323	172	6.8	170	74	4	730	34	12	11	38	1.80
103915--104426	173	3.0	170	81	5	514	34	13	13	38	1.84
103911--104426	171	3.0	171	81	6	535	34	13	13	38	1.84
105921--106698	169	4.6	167	76	8	507	32	11	13	41	1.80
106072--106644	169	3.4	165	76	10	509	32	12	13	40	1.83
108364--108811	171	2.6	171	79	3	499	41	11	13	34	1.80
108970--111177	171	12.9	170	77	6	1691	39	12	12	34	1.82
108969--111553	342	7.6	339	74	8	1643	39	12	12	34	1.81
108973--111557	513	5.1	509	76	8	2095	39	12	12	34	1.81
111177--111551	171	2.2	171	82	3	443	41	10	13	35	1.78
111586--112132	170	3.2	169	86	4	699	38	12	13	35	1.83
113152--113620	171	2.7	169	79	6	507	40	10	12	36	1.78
114275--114322	22	2.2	22	92	0	78	50	6	12	31	1.65
116258--117828	171	9.2	171	76	5	1248	39	12	13	35	1.82
116258--117673	515	2.8	509	80	3	1540	39	12	13	35	1.81
118797--119188	170	2.3	170	80	7	386	41	12	11	34	1.79
119474--119922	171	2.6	170	79	5	424	38	12	11	34	1.81
120042--122232	171	12.9	170	77	5	1769	39	12	13	34	1.82
122200--122275	21	3.6	21	85	7	100	17	23	18	40	1.91
123487--123895	172	2.4	171	82	6	402	42	13	11	32	1.81
123511--123924	171	2.4	168	83	8	480	43	13	11	31	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
124150--125778	340	4.8	340	78	6	1413	39	12	12	35	1.81
124151--125778	171	9.6	170	76	8	1215	39	12	12	35	1.81
128461--128981	163	3.1	164	80	7	514	38	12	14	35	1.83
135899--136209	170	1.8	170	83	2	419	38	13	12	35	1.82
136530--137031	171	2.9	171	76	7	385	36	12	13	35	1.82
156321--156363	18	2.3	19	84	4	52	60	2	4	32	1.30
161485--161554	21	3.3	21	69	15	72	42	0	5	51	1.25
161899--163842	171	11.4	171	78	4	1679	34	13	13	39	1.83
165092--165134	18	2.3	19	84	4	52	60	2	4	32	1.30
168101--169552	171	8.5	172	76	6	1083	40	11	13	34	1.81
168101--169552	342	4.2	340	77	6	1331	40	11	13	34	1.81
171512--175057	171	20.6	171	74	8	2178	33	13	12	39	1.82
171512--175057	342	10.3	340	76	7	2429	33	13	12	39	1.82
171518--175056	685	5.1	676	75	7	2403	33	13	12	39	1.82
174041--174087	23	2.0	23	87	0	67	44	8	14	31	1.76
182768--183720	172	5.6	172	77	5	838	39	14	14	32	1.86
182769--183721	514	1.9	513	79	4	1114	39	14	14	32	1.86
183020--184644	814	2.0	814	92	0	2671	40	13	13	32	1.83
183889--184534	171	3.8	170	78	8	589	40	13	13	32	1.84
184595--191785	171	42.1	169	73	8	3769	38	12	13	35	1.83
188683--188739	30	1.9	30	88	0	87	38	8	24	28	1.85
184538--191769	341	21.2	340	74	8	4171	38	12	13	35	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
192726--192772	19	2.5	19	96	3	87	51	0	4	44	1.21
194086--223575	171	172.9	172	76	5	21190	39	13	13	33	1.84
193417--196188	171	16.3	171	76	7	2016	39	14	13	32	1.85
196468--223575	172	159.0	170	76	6	19409	39	13	13	33	1.84
198700--198986	159	1.8	157	80	8	348	39	14	12	33	1.85
205296--205335	19	2.1	19	86	13	55	57	5	5	32	1.42
205509--205830	163	2.0	162	85	3	432	41	13	10	33	1.80
212874--212925	24	2.2	24	92	0	86	15	17	13	53	1.72
215537--215577	20	2.2	18	86	8	55	53	2	2	41	1.27
224186--224218	17	1.9	17	88	11	50	42	18	3	36	1.66

Tables:   1   2