genome.fa.s48.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_018397301.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_119.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  217128

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
222--1730	343	4.4	342	77	5	1266	37	11	14	35	1.83
218--1824	171	9.4	169	77	6	1276	37	12	14	35	1.83
1958--4790	171	16.6	170	76	6	2149	35	13	12	38	1.83
5140--7437	171	13.4	172	76	7	1683	35	13	12	39	1.82
5140--7438	342	6.7	338	78	5	1954	35	13	12	39	1.82
8214--8602	171	2.3	172	82	3	464	35	15	13	35	1.86
9082--10607	171	8.9	171	79	4	1373	35	13	12	38	1.83
8619--10607	342	5.9	342	78	6	1944	35	14	12	38	1.83
8619--10607	683	2.9	677	80	5	2031	35	14	12	38	1.83
10609--11846	171	7.2	171	78	5	971	34	13	12	38	1.83
10718--11698	514	1.9	516	80	4	1158	34	13	12	38	1.83
10702--11848	343	3.3	338	77	7	1055	34	14	12	38	1.83
12627--13868	171	7.3	169	76	7	844	35	13	11	40	1.81
12627--13868	342	3.6	338	76	7	1061	35	13	11	40	1.81
12747--13868	513	2.2	512	78	7	1089	34	14	11	39	1.81
12863--14017	171	6.7	171	76	6	481	35	14	12	38	1.84
14123--15212	171	6.4	171	81	4	984	39	11	14	34	1.83
14218--15152	513	1.8	514	81	5	1156	40	11	13	34	1.81
14156--15209	513	2.1	513	79	6	1141	39	12	14	34	1.83
16938--19086	171	12.6	169	77	6	1588	38	12	14	34	1.83
16912--19117	686	3.2	676	80	5	2237	38	12	14	34	1.84
16912--19087	857	2.5	850	79	5	2332	38	12	14	34	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19308--20974	171	9.8	171	78	4	1373	39	12	13	34	1.82
20842--21112	146	1.9	146	87	4	404	44	9	14	32	1.76
21568--21941	171	2.2	172	81	7	456	37	14	14	33	1.87
22676--24096	171	8.3	170	78	4	1249	38	12	14	34	1.83
22676--28988	340	18.7	335	71	9	2291	38	11	12	34	1.81
22676--29018	511	12.5	506	71	9	2999	38	11	13	34	1.81
24138--25901	171	10.4	171	77	4	1408	39	11	12	34	1.80
22676--24917	826	2.7	825	80	6	1987	39	11	13	35	1.82
26037--26748	171	4.2	169	80	6	726	39	11	13	35	1.80
26597--26898	149	2.0	150	80	4	333	35	13	15	35	1.86
26992--29010	171	11.8	171	77	5	1581	39	12	13	35	1.82
29774--30086	171	1.8	171	81	8	386	38	12	13	35	1.82
30336--31880	171	9.1	169	77	6	1230	38	12	13	35	1.82
30317--31880	682	2.3	679	81	5	1708	38	12	13	35	1.82
32809--34108	171	7.7	171	77	7	1112	35	13	12	39	1.82
33674--34570	477	1.9	477	84	3	1196	32	13	13	40	1.83
34127--39130	171	28.8	170	70	11	1835	35	13	12	39	1.82
34127--35883	170	10.3	170	78	4	1511	34	13	12	39	1.83
35916--39127	171	18.9	171	76	6	2242	35	12	12	39	1.81
35899--43132	341	21.5	339	76	7	4958	35	13	12	39	1.82
39128--41686	171	15.0	170	79	5	2256	35	13	12	38	1.83
41684--42137	169	2.7	169	80	4	491	33	14	11	40	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
42157--43132	171	5.7	170	78	5	857	35	14	11	37	1.83
43251--44144	171	5.2	171	70	8	584	32	13	13	38	1.83
45458--48702	170	19.1	170	76	7	2238	35	13	12	38	1.82
45458--49604	341	12.3	340	74	9	2598	35	13	12	38	1.82
48559--48848	146	2.0	147	86	2	413	31	14	10	43	1.80
48810--49080	148	1.8	148	84	3	366	36	15	13	34	1.87
48957--49604	171	3.8	169	79	4	692	35	13	12	39	1.82
50741--51335	171	3.5	164	80	7	577	37	13	9	40	1.77
51647--51685	20	1.9	21	89	5	62	51	12	10	25	1.71
51588--52237	172	3.8	171	80	6	654	36	13	11	39	1.81
52258--53912	171	9.7	169	76	5	1321	33	13	13	39	1.84
52259--53912	342	4.9	341	77	4	1493	33	13	13	39	1.84
54520--55204	170	4.0	170	75	5	537	32	13	13	38	1.83
54522--55196	341	2.0	329	78	10	752	32	13	13	38	1.83
55719--56026	170	1.8	168	80	10	376	34	14	12	39	1.83
55756--56344	318	1.9	317	83	5	769	34	12	12	40	1.81
56055--56598	170	3.2	170	85	2	698	34	13	13	38	1.84
56685--57264	169	3.4	168	82	5	636	34	15	12	38	1.85
58439--59441	171	5.9	166	74	9	592	37	12	12	33	1.82
58607--59264	341	1.9	342	81	3	806	39	12	12	34	1.81
58768--59423	341	1.9	341	81	5	781	38	12	12	34	1.82
60002--60400	170	2.3	169	80	5	419	33	11	12	40	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60968--64551	171	21.0	171	77	5	2994	34	13	12	38	1.83
60968--68279	512	14.2	506	72	11	3654	35	13	12	38	1.83
64584--66071	171	8.7	168	79	6	1193	35	12	12	38	1.82
64542--66075	342	4.5	343	79	7	1400	35	12	12	38	1.82
66309--68279	171	11.6	170	77	6	1693	35	13	12	38	1.83
66309--68279	849	2.3	847	81	6	2216	35	13	12	38	1.83
68380--69444	171	6.3	170	73	6	611	37	12	14	33	1.84
70903--71560	171	3.8	168	76	7	551	37	12	13	34	1.83
71240--71611	171	2.2	170	80	3	435	38	13	12	34	1.84
71743--73599	171	10.9	171	76	7	1492	38	12	13	35	1.83
71743--73593	339	5.5	340	76	7	1467	38	12	13	35	1.82
74567--77150	170	15.2	171	77	7	2069	39	13	12	34	1.82
74627--77150	341	7.4	340	78	6	2199	39	12	12	34	1.82
77548--77977	172	2.5	169	81	4	459	41	12	12	33	1.81
78301--79225	171	5.4	166	74	9	638	37	11	12	35	1.80
80397--82100	171	10.0	168	77	8	1300	39	12	13	34	1.83
80408--82100	341	4.9	338	78	8	1479	39	12	13	34	1.83
80397--82226	512	3.6	504	77	8	1612	38	12	13	34	1.83
82351--83682	171	7.8	170	77	5	927	38	13	13	34	1.83
82579--83682	513	2.2	512	80	5	1212	39	13	13	33	1.83
84241--84557	170	1.9	160	84	3	341	35	11	10	39	1.76
84009--86588	171	15.2	170	76	7	1714	34	13	12	38	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84006--86492	513	4.9	506	77	7	2022	34	13	12	39	1.82
87144--88028	171	5.2	169	82	2	788	34	14	12	37	1.85
87134--88024	340	2.6	339	78	3	901	34	15	13	37	1.85
88276--88813	171	3.2	169	76	6	487	34	12	12	39	1.80
88942--89412	170	2.8	169	82	5	520	41	11	12	33	1.80
90422--92000	171	9.3	170	78	6	1168	39	11	13	35	1.80
90422--92000	341	4.6	334	76	6	1248	39	11	13	35	1.80
90440--92000	510	3.1	508	78	6	1400	39	11	13	35	1.80
93620--94080	171	2.7	172	77	8	420	40	12	14	33	1.83
94207--94528	171	1.9	160	81	3	297	38	13	11	33	1.81
94992--96203	171	7.1	169	76	6	862	38	13	13	34	1.85
94992--96203	513	2.4	508	78	6	1201	38	13	13	34	1.85
98293--99776	171	8.7	171	78	4	1297	38	13	13	34	1.85
100584--100614	15	2.1	15	100	0	62	32	0	32	35	1.58
100604--102630	171	11.8	169	76	7	1515	37	11	14	36	1.83
100724--102630	514	3.7	510	76	8	1369	37	11	14	36	1.82
103447--103776	171	1.9	171	82	3	405	38	13	13	34	1.84
103877--105942	171	12.1	171	77	5	1697	35	14	12	37	1.84
103877--105944	341	6.0	340	77	6	1754	35	14	12	37	1.84
103889--105944	855	2.4	851	79	5	2155	35	14	12	37	1.84
108196--109329	171	6.7	169	78	6	954	38	11	13	36	1.82
109438--110053	171	3.6	170	77	6	620	35	14	12	37	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
114607--115229	171	3.7	168	76	7	499	35	14	13	37	1.84
114600--115387	342	2.3	340	78	4	739	35	14	12	37	1.84
116222--117221	171	5.9	168	74	9	605	35	15	12	37	1.85
116458--117064	170	3.6	169	77	7	507	34	15	12	38	1.84
117385--117807	171	2.5	169	85	4	530	35	12	10	41	1.77
117665--117946	146	1.9	147	83	3	363	34	14	8	42	1.76
118427--118737	155	2.0	155	79	3	340	33	14	12	39	1.85
118582--118905	170	1.9	171	84	4	440	34	15	10	40	1.81
119192--119619	174	2.5	172	78	5	434	35	15	10	38	1.83
120465--122706	171	13.2	169	75	10	1496	38	12	13	35	1.83

Tables:   1   2