genome.fa.s48.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_018397301.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_119.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  217128

Tables:   1   2   

This is table  2  of  2  ( 211 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
120464--130578	514	20.0	501	68	13	2614	38	12	14	34	1.83
120464--124204	341	11.1	339	73	9	2302	38	12	13	35	1.83
122055--122108	22	2.5	22	93	0	90	64	9	1	24	1.32
120563--127925	855	8.8	828	72	11	2975	38	12	14	35	1.83
122569--122852	147	1.9	148	86	2	401	41	9	14	33	1.79
122704--124203	171	8.8	168	75	8	1127	39	12	13	34	1.82
124310--128037	171	21.9	170	76	6	2679	38	12	14	35	1.84
124310--128037	343	10.9	337	76	7	2764	38	12	14	35	1.84
128076--129688	170	9.4	169	74	6	1033	39	11	13	35	1.82
128071--130598	343	7.3	339	73	9	1623	39	11	14	34	1.82
128076--130601	171	14.7	171	72	10	1067	39	11	13	34	1.82
128441--130578	513	4.1	512	74	10	1331	39	11	13	34	1.82
129701--130598	169	5.3	165	75	8	571	39	11	14	34	1.82
129701--130592	338	2.6	337	77	9	848	39	11	14	34	1.82
130010--131219	618	2.0	615	90	2	1890	40	11	13	33	1.81
130624--131504	171	5.2	169	76	7	672	39	11	13	34	1.81
132305--133298	171	5.8	171	77	6	764	39	11	12	36	1.80
132305--133301	342	2.9	336	80	5	1045	39	11	12	35	1.80
133583--134204	171	3.7	171	78	5	562	38	11	13	36	1.81
134119--134378	133	1.9	133	80	12	302	36	12	15	35	1.85
134246--136195	171	11.4	169	77	5	1647	37	12	14	35	1.84
135078--135120	20	2.2	20	83	8	52	51	6	9	32	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
134253--136194	681	2.8	679	80	6	1882	37	12	14	35	1.84
137964--138287	172	1.9	172	82	3	411	35	12	14	37	1.85
140062--141269	171	7.1	168	74	6	772	37	12	13	35	1.83
140400--141271	341	2.6	343	77	4	780	37	12	13	36	1.83
141458--142401	172	5.5	169	76	8	601	39	12	13	33	1.83
141763--142395	344	1.8	342	79	5	731	40	12	13	33	1.82
142402--142451	13	4.2	13	80	19	65	52	8	6	34	1.55
142403--142456	12	4.7	12	82	15	69	53	9	7	29	1.60
142409--142451	21	2.0	22	95	4	79	55	9	4	30	1.52
142639--142679	21	1.9	22	85	5	57	34	17	7	41	1.77
143231--143855	170	3.7	169	78	6	630	37	12	14	34	1.84
144398--146031	342	4.8	340	77	6	1381	39	12	12	34	1.81
144391--146031	170	9.6	170	77	7	1261	39	12	13	34	1.82
144644--146031	341	4.1	339	77	7	1082	40	11	13	34	1.81
146817--147034	115	1.9	115	84	3	296	45	9	12	33	1.73
146932--147246	172	1.8	172	85	4	440	37	13	15	34	1.86
147286--149324	170	12.0	169	77	7	1475	38	12	14	34	1.84
147286--149324	340	6.0	338	77	5	1768	38	12	14	34	1.84
149451--149755	162	2.0	150	85	5	337	38	13	10	34	1.79
149952--151828	171	11.0	170	77	6	1441	38	12	14	33	1.84
149952--151686	343	5.1	337	77	7	862	38	12	14	34	1.83
149952--154082	341	12.3	338	69	12	1768	37	13	14	34	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
151853--153160	171	7.7	170	76	6	1001	37	12	14	34	1.85
153190--154082	171	5.2	171	80	5	869	38	13	13	34	1.84
154296--156671	171	13.9	171	76	4	1805	38	12	13	34	1.83
154296--155882	681	2.3	678	80	4	1681	39	12	13	34	1.82
154388--156119	852	2.0	850	81	5	1987	39	12	13	33	1.82
156680--158009	171	7.8	168	76	7	949	37	12	14	35	1.84
156680--158009	342	3.9	341	78	7	1168	37	12	14	35	1.84
157894--158154	143	1.8	144	81	4	330	34	14	13	36	1.86
159545--160393	170	5.0	167	77	7	694	36	12	15	34	1.86
163420--166435	170	17.7	171	77	6	2327	37	12	14	35	1.84
163708--166435	512	5.3	508	76	7	2335	37	12	14	35	1.84
163425--166435	854	3.5	841	78	7	2630	37	12	14	35	1.84
167601--167643	20	2.2	20	95	0	77	25	11	13	48	1.77
167670--168221	170	3.2	169	80	2	579	38	12	13	36	1.81
169171--171625	171	14.4	170	77	6	1924	38	11	14	35	1.82
169173--171625	684	3.6	676	78	6	2229	38	11	14	35	1.82
169171--171625	513	4.8	511	78	6	2265	38	11	14	35	1.82
172413--173229	172	4.8	169	78	7	763	36	14	10	38	1.81
172413--173229	343	2.4	338	81	6	914	36	14	10	38	1.81
174326--174637	170	1.8	171	86	4	461	40	13	10	36	1.78
174307--174948	171	3.8	171	76	8	552	38	13	13	35	1.84
175302--176300	171	5.8	170	77	5	895	37	13	15	34	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
175303--176300	343	2.9	334	77	6	951	37	13	15	34	1.86
178511--179355	170	5.0	168	75	8	678	37	12	14	34	1.83
179439--180424	339	2.9	333	81	5	998	37	11	13	36	1.82
179439--180417	170	5.8	169	77	6	827	37	11	13	35	1.82
180572--180998	172	2.5	170	81	6	504	37	9	16	36	1.82
186852--187267	170	2.4	171	80	5	441	39	11	13	35	1.81
189605--190704	170	6.5	170	81	4	1046	39	12	12	35	1.81
189629--190704	510	2.1	510	82	3	1274	39	12	12	35	1.81
200805--201133	168	2.0	160	81	5	308	37	10	13	35	1.79
201627--202279	171	3.8	170	74	3	497	36	10	13	35	1.80
203813--203852	21	1.9	21	84	0	53	27	7	17	47	1.74
202433--206669	171	24.9	168	71	7	2154	37	11	12	34	1.80
208064--208352	150	1.9	150	87	4	422	40	11	15	32	1.83
208193--209675	171	8.7	168	75	5	1080	38	12	12	34	1.81
208193--209673	341	4.3	336	76	6	1140	38	12	12	34	1.81
208189--209673	683	2.2	682	80	4	1602	38	12	12	34	1.81
210024--211080	171	6.2	171	71	6	665	38	10	13	33	1.79
212038--213574	171	9.0	169	75	6	1041	37	12	13	34	1.83
212760--212799	21	1.9	21	85	10	55	32	17	10	40	1.83
212642--213570	343	2.7	340	78	8	979	39	13	13	34	1.82
213790--216126	171	13.7	170	78	5	2053	37	11	14	35	1.83
213838--217037	342	9.3	338	75	7	2195	37	11	14	34	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
215481--216820	702	2.0	638	77	7	999	36	11	13	33	1.81
216184--217037	171	5.0	169	77	8	707	38	12	14	35	1.83
216184--216902	170	4.3	161	77	9	586	37	12	14	35	1.83

Tables:   1   2

The End!