genome.fa.s114.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01000114.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00000205_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  799156

Tables:   1   2   3   4   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12742--12774	10	3.2	10	95	4	57	90	0	0	9	0.44
12742--12774	11	3.1	11	91	8	59	90	0	0	9	0.44
13722--14225	55	9.1	55	87	0	693	30	14	26	28	1.95
19014--19051	18	2.1	18	100	0	76	52	0	21	26	1.47
23791--23855	3	20.7	3	81	9	67	60	0	0	40	0.97
23791--23829	19	2.1	19	100	0	78	61	0	0	38	0.96
23962--24110	45	3.3	45	89	0	226	36	19	21	22	1.95
24043--25609	76	20.6	76	94	0	2735	34	22	19	24	1.96
26286--26345	22	2.7	22	89	0	102	41	13	11	33	1.80
28912--29139	114	2.0	114	93	0	393	31	20	16	32	1.95
36389--36430	20	2.1	20	95	0	75	64	4	2	28	1.26
37838--37893	29	1.9	29	96	0	103	53	0	0	46	1.00
45386--45434	5	9.8	5	88	0	71	2	38	38	20	1.64
45432--45462	6	5.2	6	92	0	53	0	19	45	35	1.51
47192--47250	30	2.0	30	93	0	100	22	6	6	64	1.42
48398--48450	15	3.0	19	65	21	51	33	13	5	47	1.66
48576--48624	18	2.7	18	93	0	80	26	14	34	24	1.94
49313--49385	36	2.0	36	94	0	128	24	2	31	41	1.69
49768--49860	40	2.4	38	89	7	143	33	10	2	53	1.47
52256--52288	17	1.9	17	93	0	57	27	39	18	15	1.90
52240--52398	64	2.5	63	86	9	200	30	25	19	24	1.98
52370--52418	19	2.6	19	84	9	57	24	28	20	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52240--52418	64	2.8	61	80	15	177	29	25	19	25	1.98
58289--58340	20	2.6	20	100	0	104	21	25	32	21	1.98
60505--60542	19	2.0	19	100	0	76	42	0	21	36	1.53
60968--60998	16	1.9	16	93	0	53	29	35	19	16	1.93
60986--61092	45	2.4	45	82	7	119	32	20	18	28	1.96
69284--69338	20	2.8	20	82	0	65	27	16	18	38	1.92
72955--72999	23	2.0	22	91	4	72	35	4	22	37	1.74
73997--74033	19	1.9	19	94	0	65	59	24	5	10	1.52
76140--76179	20	2.0	20	90	0	62	45	0	30	25	1.54
76595--76671	24	3.2	24	92	0	127	42	14	16	25	1.86
76611--76686	24	3.2	24	88	0	80	46	14	11	27	1.80
76595--76686	48	1.9	48	81	0	112	42	15	15	27	1.86
76711--77353	327	1.9	322	90	4	991	43	16	13	25	1.85
78190--78303	60	1.9	60	87	0	165	30	17	14	37	1.89
82820--82857	16	2.3	17	86	4	51	65	15	2	15	1.38
96908--96970	21	3.0	21	80	11	67	39	19	14	26	1.90
96889--96972	42	2.0	43	80	4	98	42	17	11	27	1.84
97650--97731	29	2.8	29	80	10	96	35	10	8	45	1.70
98045--98092	3	16.0	3	91	0	51	25	2	8	64	1.32
99729--99781	17	3.1	17	73	13	54	39	13	7	39	1.73
99739--99794	17	3.3	17	70	7	51	50	12	3	33	1.58
99720--99803	35	2.4	35	80	5	100	46	11	5	35	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
100155--100316	65	2.5	65	84	6	204	28	24	19	27	1.98
100157--100334	65	2.7	63	81	9	164	26	25	19	28	1.99
101900--101958	26	2.2	27	96	3	111	47	13	25	13	1.79
108348--108375	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
108857--108978	65	1.9	63	81	11	149	32	22	17	27	1.96
108887--109048	65	2.5	65	84	6	195	30	24	17	27	1.97
112761--112818	18	3.2	17	75	15	53	50	1	5	43	1.35
113030--113094	2	32.5	2	100	0	130	50	0	0	49	1.00
114729--114765	3	12.7	3	94	5	67	70	0	0	29	0.88
119935--120032	17	5.6	18	76	11	78	45	11	8	34	1.69
119935--120032	34	2.8	35	78	6	110	45	11	8	34	1.69
124604--124637	12	2.8	12	95	0	59	38	23	14	23	1.92
125160--125276	40	3.0	39	88	2	164	33	26	16	23	1.96
128545--128603	7	8.3	7	80	10	57	86	1	8	3	0.75
128545--128582	1	38.0	1	89	0	58	94	0	5	0	0.30
130210--130235	13	2.0	13	100	0	52	46	30	0	23	1.53
131486--131529	20	2.3	19	80	11	54	22	11	0	65	1.24
131609--131733	32	3.9	32	75	15	123	29	16	4	49	1.64
132443--132497	29	1.9	29	85	3	76	18	5	3	72	1.18
134800--134835	4	9.8	4	82	17	51	19	0	0	80	0.71
134800--134874	18	4.2	18	76	17	68	17	4	4	74	1.12
134800--134850	22	2.4	21	83	6	66	15	0	5	78	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
135811--135853	5	8.8	5	87	5	61	76	0	20	2	0.89
135808--135852	19	2.4	19	85	3	65	77	0	20	2	0.87
144032--144145	59	1.9	59	92	0	192	35	22	16	25	1.95
151842--151889	23	2.0	23	84	12	60	56	6	4	33	1.44
156051--156575	196	2.7	198	80	3	576	45	9	6	39	1.61
160607--160675	28	2.4	28	76	9	68	43	20	4	31	1.71
161976--162024	20	2.5	20	96	0	89	28	22	16	32	1.95
162160--162199	20	2.0	21	95	5	73	32	20	20	27	1.97
164948--164995	18	2.7	18	96	0	87	31	22	22	22	1.99
165143--165418	43	6.4	43	73	9	179	22	14	24	37	1.92
165143--165433	86	3.4	86	73	5	239	23	15	24	36	1.94
165410--165503	43	2.2	43	84	5	120	26	17	26	29	1.97
165881--165928	25	1.9	25	84	16	64	0	37	12	50	1.41
173286--173320	16	2.2	16	89	0	52	57	20	8	14	1.63
174468--174601	41	3.3	41	81	6	112	38	16	20	25	1.93
174595--174698	44	2.5	41	80	11	129	39	16	10	33	1.83
174603--174692	44	2.0	44	93	4	155	43	14	10	32	1.78
174669--175013	41	8.4	41	82	3	354	34	19	17	28	1.95
176424--176603	41	4.4	40	76	10	132	29	14	16	39	1.88
176548--176684	42	3.4	39	75	13	125	24	16	21	37	1.94
176548--176697	41	3.7	41	77	14	157	25	16	22	36	1.94
176588--176727	41	3.5	39	77	18	144	22	17	22	37	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
176573--176725	81	1.9	82	89	6	240	23	17	21	37	1.94
178252--178293	21	2.0	21	90	0	66	57	0	4	38	1.20
179664--179690	4	6.8	4	100	0	54	77	0	0	22	0.76
179742--179773	16	2.1	15	94	5	55	78	3	0	18	0.89
181107--181146	20	2.0	20	95	0	71	47	15	0	37	1.45
181138--181447	36	8.6	36	78	14	275	44	7	3	44	1.49
181138--181239	38	2.7	38	86	11	147	48	6	1	43	1.41
181195--181263	28	2.4	28	83	11	86	43	7	2	46	1.46
181126--181447	148	2.2	141	81	7	364	45	8	3	43	1.49
181212--181275	27	2.4	28	87	10	98	40	6	4	48	1.49
181359--181463	36	3.0	34	87	8	156	48	11	0	39	1.46
182081--182581	85	5.9	84	86	3	664	26	17	21	34	1.95
184125--184312	96	2.0	96	89	2	288	32	18	17	31	1.94
186289--186506	97	2.2	96	83	6	262	40	20	10	28	1.85
187460--187519	27	2.2	27	84	3	75	21	15	20	43	1.88
190900--191117	97	2.2	96	82	4	242	38	19	11	29	1.88
191898--191965	27	2.5	27	87	2	91	19	11	22	47	1.81
192859--192889	11	2.9	11	95	4	55	19	29	32	19	1.96
195784--195967	96	1.9	97	98	1	361	32	35	10	21	1.87
196078--196128	23	2.2	23	96	0	93	23	11	27	37	1.90
196644--196708	22	3.1	21	75	12	62	76	4	3	15	1.07
196742--196783	20	2.0	21	86	4	59	45	11	2	40	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
196775--197094	38	8.6	37	83	11	372	43	8	3	44	1.50
196873--196932	11	5.1	11	72	20	50	38	8	8	45	1.65
197423--197470	23	2.0	24	88	4	71	54	2	0	43	1.12
198358--198479	36	3.2	36	65	17	102	39	17	6	36	1.75
198344--198500	78	2.0	78	100	0	314	41	15	7	35	1.75
201034--201074	3	13.7	3	84	0	55	68	4	0	26	1.10
206878--207214	168	2.0	168	99	0	665	30	10	23	35	1.89
211796--211831	19	1.9	19	88	5	56	19	16	11	52	1.73
213569--213607	21	1.9	20	89	5	60	38	20	12	28	1.89
214970--215023	24	2.2	24	83	0	81	33	22	16	27	1.95

Tables:   1   2   3   4