genome.fa.s1162.2.7.7.80.10.50.1000.8.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01001162.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00002317_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1560963

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1336022--1336144	42	2.9	41	80	7	113	22	17	36	22	1.95
1338158--1338254	33	3.0	33	86	4	126	40	25	22	11	1.87
1338133--1338315	19	10.1	19	75	15	156	44	21	21	12	1.85
1338311--1338377	19	3.5	19	85	2	89	10	16	25	47	1.78
1338887--1339000	20	5.7	20	82	6	122	25	18	24	31	1.97
1338887--1339003	61	1.9	61	87	0	171	24	17	23	33	1.97
1338887--1339021	61	2.2	61	82	2	155	23	20	23	32	1.98
1339071--1339111	21	2.0	21	85	0	55	34	31	17	17	1.93
1346396--1346465	33	2.1	34	91	2	115	34	22	7	35	1.82
1347019--1347049	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
1350980--1351047	29	2.3	29	90	5	102	36	11	11	39	1.79
1374577--1374608	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
1375058--1375094	18	2.2	17	90	9	58	56	0	0	43	0.99
1378162--1378188	7	3.9	7	100	0	54	40	0	44	14	1.46
1379055--1379085	10	3.1	10	100	0	62	41	38	9	9	1.71
1381814--1381847	17	2.1	16	88	5	50	14	8	0	76	1.01
1391413--1391454	13	3.4	12	81	15	50	4	9	4	80	0.99
1391444--1391492	19	2.4	19	86	10	62	16	14	2	67	1.33
1405781--1405841	26	2.3	26	97	0	113	9	34	9	45	1.70
1406508--1406590	40	2.1	38	84	4	103	37	25	14	22	1.92
1408113--1408170	29	2.0	29	86	6	82	31	17	1	50	1.56
1408573--1408608	16	2.2	16	90	0	54	25	16	5	52	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1412356--1412402	7	6.4	7	77	18	51	72	2	25	0	0.96
1412346--1412400	23	2.3	23	87	9	76	70	3	23	1	1.12
1415084--1415363	104	2.7	103	81	7	309	35	16	12	36	1.85
1415084--1415405	105	3.1	104	78	8	291	35	16	12	36	1.85
1415312--1415506	66	2.9	67	85	4	277	28	17	14	39	1.89
1415359--1415469	30	3.5	30	72	13	96	28	18	12	39	1.88
1415323--1415439	36	3.4	35	72	17	111	26	17	14	41	1.88
1415428--1415593	88	1.9	87	89	1	260	30	18	13	37	1.89
1415516--1415726	66	3.2	66	77	7	212	32	18	13	36	1.89
1415511--1415623	30	3.6	30	74	17	102	27	18	15	38	1.90
1415850--1416117	139	1.9	139	80	0	311	31	26	15	26	1.96
1415850--1416147	139	2.1	139	79	0	308	31	27	14	26	1.95
1416104--1416190	40	2.2	40	95	0	156	34	28	10	26	1.89
1416104--1416209	40	2.7	40	86	5	135	34	27	11	26	1.90
1419901--1420043	77	1.9	77	90	0	232	41	4	9	43	1.59
1419916--1420035	40	3.1	37	68	24	86	40	5	10	44	1.60
1420069--1420107	14	2.9	13	79	20	53	41	10	0	48	1.37
1420069--1420105	13	2.7	14	84	15	51	43	8	0	48	1.32
1420328--1420449	2	61.0	2	100	0	244	50	0	0	50	1.00
1420549--1420617	33	2.0	33	86	8	93	44	1	15	37	1.56
1428085--1428397	45	7.0	44	84	6	387	36	9	22	30	1.87
1428085--1428401	134	2.3	135	87	5	453	37	9	22	30	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1434142--1434205	22	3.0	21	80	6	76	32	12	28	26	1.93
1434128--1434287	88	1.8	87	83	4	214	30	14	26	28	1.95
1434698--1434977	45	6.2	45	90	1	409	35	11	23	30	1.89
1435858--1435900	19	2.3	19	84	15	54	72	0	13	13	1.13
1439579--1439729	77	2.0	77	95	0	275	34	18	17	29	1.94
1440322--1440366	21	2.1	21	83	0	54	31	15	24	28	1.96
1444191--1444230	3	13.3	3	89	0	62	32	0	5	62	1.17
1444272--1444327	21	2.6	22	73	15	55	53	28	0	17	1.44
1449546--1449581	18	1.9	19	88	5	56	52	5	11	30	1.59
1451233--1451272	2	20.5	2	84	5	55	50	0	0	50	1.00
1451392--1451437	24	2.0	23	82	4	56	43	8	0	47	1.34
1451263--1451553	150	1.9	152	83	8	374	37	7	7	47	1.62
1452154--1452193	20	2.0	20	85	0	53	47	0	0	52	1.00
1452786--1452824	17	2.2	17	86	9	51	53	2	0	43	1.14
1455350--1455401	17	3.0	18	73	18	56	67	0	13	19	1.23
1455421--1455499	19	4.1	18	76	14	68	70	2	7	18	1.22
1455456--1455515	19	3.2	19	86	6	70	70	1	10	18	1.24
1455704--1455731	13	2.2	13	100	0	56	46	0	0	53	1.00
1456900--1457136	78	2.9	81	77	10	225	24	18	21	35	1.96
1457152--1457239	35	2.6	34	82	5	115	30	7	15	45	1.75
1457151--1457240	34	2.7	34	83	8	114	30	7	16	45	1.76
1457226--1457720	36	14.1	36	78	11	476	40	13	19	25	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1457226--1457720	73	7.1	73	75	11	313	40	13	19	25	1.89
1457226--1457384	37	4.4	37	86	3	225	41	13	20	24	1.88
1457416--1457480	21	3.4	21	68	24	70	41	12	21	24	1.87
1457236--1457720	170	2.8	171	90	2	733	40	13	19	25	1.89
1457431--1457693	138	1.9	137	86	0	373	39	14	19	26	1.90
1457590--1457657	21	3.5	21	64	22	58	44	14	17	23	1.86
1457467--1457657	101	1.9	102	82	1	240	39	14	18	26	1.90
1459381--1459434	26	2.1	25	86	10	74	5	11	3	79	1.02
1460248--1461065	406	2.0	415	91	4	1340	31	16	18	33	1.94
1462658--1462698	8	5.1	8	82	11	57	87	0	0	12	0.53
1462668--1462699	9	3.6	9	100	0	64	90	0	0	9	0.45
1462660--1462700	15	2.9	14	89	10	57	90	0	0	9	0.46
1462808--1462876	26	2.6	26	82	13	79	75	4	8	11	1.17
1462814--1462876	8	7.2	8	74	13	54	77	3	7	11	1.08
1462865--1462946	42	1.9	42	83	11	105	71	0	13	14	1.14
1463287--1463323	17	2.0	20	85	15	53	75	0	5	18	0.99
1463108--1463884	391	2.0	386	93	6	1331	50	10	11	27	1.71
1468966--1469296	167	2.0	164	96	2	610	24	26	21	28	1.99
1481723--1481796	34	2.2	35	92	4	125	37	21	17	22	1.94
1482929--1482988	31	1.9	31	89	0	93	41	15	8	35	1.77
1483640--1483672	15	2.2	15	100	0	66	33	33	18	15	1.92
1483784--1483852	24	2.8	26	83	12	85	31	24	5	37	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1483817--1483852	12	3.0	12	91	0	63	36	25	5	33	1.79
1484159--1484384	64	3.5	62	80	5	220	28	18	19	34	1.95
1489200--1489296	3	31.7	3	88	4	140	61	0	1	37	1.03
1489441--1489656	113	1.9	113	84	1	290	29	18	15	36	1.92
1489563--1489748	92	2.1	89	81	10	209	32	17	15	34	1.92
1489652--1490087	113	3.8	113	82	3	545	30	18	13	37	1.89
1489460--1490230	205	3.7	204	82	11	944	30	17	14	37	1.90
1489666--1490087	226	1.9	226	96	1	783	31	17	13	37	1.89
1489994--1490179	92	2.1	89	81	5	212	32	17	15	35	1.91
1489441--1490268	431	1.9	431	90	2	1333	30	18	14	37	1.90
1489892--1490268	205	1.8	205	91	1	621	30	17	15	36	1.91
1491079--1491484	85	4.8	85	96	1	701	37	22	12	27	1.90
1498170--1498234	27	2.4	27	97	2	121	30	9	30	29	1.88
1504931--1505018	3	28.7	3	82	4	104	59	0	1	39	1.05
1507160--1507189	15	2.0	15	100	0	60	33	26	20	20	1.97
1507300--1507368	24	2.8	26	83	12	85	31	24	5	37	1.79
1507333--1507368	12	3.0	12	91	0	63	36	25	5	33	1.79
1507671--1507901	64	3.6	64	81	4	225	28	19	19	33	1.96
1517785--1517862	31	2.5	31	87	0	111	30	16	11	41	1.84
1525824--1525894	37	1.9	37	91	0	115	30	2	19	46	1.64
1525825--1525904	37	2.2	37	86	2	108	33	3	18	43	1.68
1536995--1537031	15	2.4	16	86	13	60	0	16	5	78	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1537270--1537333	27	2.4	27	94	0	110	18	17	43	20	1.88
1537451--1537561	3	36.7	3	85	1	150	60	0	1	36	1.14
1538190--1539262	113	9.2	111	76	12	768	30	19	14	35	1.92
1538505--1538542	18	2.1	18	100	0	76	42	23	10	23	1.85
1538393--1538643	130	1.9	129	97	0	475	32	19	13	34	1.91
1538546--1539262	118	6.2	115	87	5	924	30	19	14	35	1.92
1538546--1539262	231	3.1	227	87	6	961	30	19	14	35	1.92
1539683--1539737	22	2.5	22	90	0	92	38	14	12	34	1.84
1540108--1540308	54	3.8	54	85	6	252	24	21	14	38	1.92
1542464--1543103	84	7.7	84	97	1	1155	36	22	13	28	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9