genome.fa.s1448.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01001448.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00002799_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1849635

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
531--598	3	23.0	3	96	3	129	66	0	0	33	0.92
732--1357	111	5.6	112	89	6	889	28	19	14	37	1.91
732--1340	216	2.7	222	88	7	862	28	19	14	37	1.91
1982--2446	83	5.7	82	92	3	749	36	23	14	26	1.93
3097--3144	16	2.8	16	84	9	60	52	8	6	33	1.57
15629--15671	23	2.0	21	90	9	68	0	25	9	65	1.22
16089--16122	15	2.3	15	90	5	52	41	0	0	58	0.98
16121--16184	3	21.7	3	96	3	121	67	0	0	32	0.91
21213--21321	35	3.0	36	91	5	175	44	19	5	30	1.73
21253--21313	21	3.2	21	65	29	64	42	21	4	31	1.74
21220--21348	35	3.6	36	85	9	142	41	18	6	32	1.77
25385--25418	16	2.1	16	88	0	50	29	26	8	35	1.87
25827--25945	35	3.3	35	85	10	152	44	18	5	31	1.71
25875--25937	20	3.4	20	68	28	66	46	19	4	30	1.70
26969--27082	43	2.7	43	86	1	158	29	20	15	34	1.94
26926--27082	85	1.9	85	80	5	185	28	18	15	37	1.92
26980--27116	43	3.2	43	83	3	143	31	18	13	36	1.90
29510--29586	33	2.3	34	90	2	120	53	22	10	14	1.71
29931--30027	42	2.3	42	83	1	113	23	16	17	42	1.89
34163--34284	58	2.1	57	89	4	183	31	9	16	41	1.81
34368--34496	59	2.2	59	85	0	168	29	17	23	30	1.97
34576--34683	45	2.4	45	98	0	207	39	3	23	33	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36997--37126	6	19.0	7	69	23	82	81	0	16	2	0.79
36981--37124	36	4.3	32	77	14	112	80	0	16	2	0.83
36997--37124	50	2.6	47	72	18	82	82	0	15	2	0.78
36981--37121	62	2.2	62	84	12	171	80	0	17	2	0.84
36997--37126	10	12.7	10	70	22	67	81	0	16	2	0.79
36997--37113	1	117.0	1	65	0	54	82	0	14	2	0.76
36995--37121	46	2.7	46	75	19	84	81	0	16	2	0.80
40635--40683	24	2.0	24	100	0	98	32	12	12	42	1.79
40667--40704	20	1.9	20	100	0	76	26	15	15	42	1.87
40833--40958	58	2.2	58	89	1	191	33	10	16	39	1.83
41243--41394	45	3.4	45	88	0	234	40	4	21	33	1.74
43354--43404	22	2.3	22	96	0	93	47	25	17	9	1.78
44984--45344	112	3.2	111	85	5	451	31	14	21	32	1.93
46541--46565	12	2.1	12	100	0	50	8	8	0	84	0.79
53318--53359	21	2.0	21	90	0	66	40	16	16	26	1.90
53728--53776	21	2.3	21	96	0	89	63	2	10	24	1.37
57936--57970	19	1.9	17	88	11	52	65	8	2	22	1.34
59602--59646	20	2.2	20	84	0	54	22	8	4	64	1.40
68721--68749	8	3.6	8	100	0	58	48	0	0	51	1.00
68940--69000	20	2.8	22	85	11	74	67	1	1	29	1.10
70206--70286	3	27.0	3	77	12	69	56	0	0	43	0.99
70219--70284	16	4.3	16	80	12	68	57	0	0	42	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70206--70272	19	3.5	19	81	15	68	58	0	0	41	0.98
70206--70286	37	2.3	34	87	12	110	56	0	0	43	0.99
70219--70286	24	3.0	21	85	10	82	57	0	0	42	0.98
70440--71151	76	9.4	76	96	0	1302	34	22	19	23	1.96
70440--71151	151	4.7	151	96	0	1298	34	22	19	23	1.96
70440--71151	227	3.1	227	96	1	1300	34	22	19	23	1.96
71994--72048	22	2.5	22	90	0	92	40	12	10	36	1.79
74584--74918	114	2.9	114	93	0	553	30	21	14	32	1.94
79125--79165	22	1.9	22	90	5	66	58	12	12	17	1.63
82166--82209	21	2.0	22	82	4	54	45	0	6	47	1.29
82462--82558	21	4.5	21	77	15	76	63	2	2	31	1.17
83767--83849	3	27.0	3	79	9	71	56	0	0	43	0.99
83767--83849	34	2.2	37	82	16	75	56	0	0	43	0.99
88054--88097	2	22.0	2	100	0	88	50	0	0	50	1.00
88733--88762	14	2.1	15	93	6	53	70	6	0	23	1.11
90384--90510	48	2.6	50	87	3	177	23	15	18	42	1.88
96486--97029	57	9.5	57	89	0	802	37	11	18	32	1.87
97507--97542	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
115190--115527	181	1.9	183	84	2	466	38	5	8	47	1.56
120204--120247	20	2.2	20	95	0	79	38	9	15	36	1.80
120872--120918	19	2.6	18	83	12	60	65	0	14	19	1.26
121344--121380	19	1.9	19	88	0	56	40	5	16	37	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
122260--122319	30	2.0	31	83	3	77	51	10	10	28	1.67
124734--124788	18	3.1	18	79	12	60	1	18	1	78	0.94
125054--125100	19	2.6	18	83	12	60	65	0	14	19	1.26
125509--125553	22	2.2	20	84	11	56	42	4	13	40	1.64
129176--129311	64	2.1	65	86	4	186	30	19	19	29	1.97
131215--131265	20	2.5	20	93	0	84	39	25	19	15	1.91
131254--131324	23	3.2	22	73	15	74	28	23	21	26	1.99
143523--143599	26	3.0	26	87	11	97	46	9	7	36	1.64
146326--146363	20	2.0	19	90	10	60	26	36	5	31	1.79
148112--148480	120	3.1	120	91	0	576	28	20	16	34	1.95
151266--151298	16	2.1	16	88	11	50	33	24	12	30	1.91
152012--152055	2	22.0	2	100	0	88	50	0	0	50	1.00
172744--172786	19	2.3	19	92	4	70	79	2	18	0	0.85
182398--182445	19	2.7	17	79	17	53	18	12	0	68	1.20
187619--187785	82	2.0	82	100	0	334	37	10	20	32	1.86
195156--195358	81	2.5	81	80	4	223	28	21	20	29	1.98
195246--195395	80	1.9	82	85	5	216	26	22	20	30	1.98
195246--195466	81	2.7	81	80	6	182	25	19	21	33	1.97
195388--195632	42	6.0	40	76	8	156	27	17	20	34	1.95
195435--195547	41	2.8	41	86	1	147	24	19	19	36	1.95
195484--195655	42	4.1	41	81	10	179	26	19	18	35	1.95
195484--195656	84	2.1	84	83	6	226	26	19	18	35	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
200800--200848	24	2.0	24	96	0	89	32	12	10	44	1.75
200978--201099	58	2.1	58	93	1	210	31	9	19	39	1.84
201184--201317	59	2.3	59	85	0	178	27	16	23	32	1.96
201392--201544	45	3.4	45	95	0	279	39	5	22	32	1.78
203562--203706	22	6.8	22	77	16	94	78	1	15	4	0.98
203587--203707	8	14.6	8	78	14	95	81	1	13	3	0.88
203577--203708	29	4.9	27	71	15	94	81	1	13	3	0.91
203585--203705	57	2.1	56	80	6	136	80	1	14	3	0.90
206580--206677	48	2.0	48	96	0	178	33	10	21	34	1.87
207259--207307	24	2.0	24	96	0	89	30	12	12	44	1.78
207444--207560	58	2.0	57	93	1	198	30	9	20	39	1.84
207849--208001	45	3.4	45	92	0	252	37	5	22	33	1.79
207860--207933	25	3.2	25	62	31	63	37	9	22	29	1.86
211269--211293	4	6.2	4	100	0	50	76	0	0	24	0.80
211702--212138	112	3.9	112	84	5	519	32	14	21	31	1.94
214863--215066	101	2.0	102	96	0	374	26	20	18	34	1.96
226211--226236	6	4.3	6	100	0	52	34	0	0	65	0.93
231477--231511	10	3.6	10	88	3	54	17	25	0	57	1.40
240205--240279	28	2.7	28	93	0	123	41	28	12	18	1.86
241531--241559	13	2.3	13	94	5	51	68	0	17	13	1.20
241601--241673	35	2.1	35	97	0	137	31	17	17	32	1.94
245465--245499	15	2.2	16	90	10	54	0	17	0	82	0.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
245649--245677	13	2.3	13	94	5	51	68	0	17	13	1.20
258245--258327	8	9.4	9	69	20	52	50	2	2	44	1.28
258293--258328	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
258960--258989	14	2.1	15	93	6	53	70	6	0	23	1.11
259298--259339	22	1.9	22	95	0	75	59	11	7	21	1.56
260650--260704	20	2.8	20	80	5	67	21	23	20	34	1.97
263990--264053	32	2.0	31	82	8	76	31	7	9	51	1.62
264023--264367	182	1.9	181	87	2	503	38	4	8	48	1.54
269632--269678	19	2.6	18	83	12	60	65	0	14	19	1.26
270087--270138	19	2.6	20	87	6	70	42	5	15	36	1.71

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9