genome.fa.s1448.2.7.7.80.10.50.1000.3.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01001448.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00002799_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1849635

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
589750--589802	27	1.9	28	85	11	74	41	0	3	54	1.18
609684--609734	21	2.4	21	96	0	93	49	9	17	23	1.77
614507--614600	9	11.1	8	81	12	59	35	0	0	64	0.94
614526--614600	3	25.0	3	86	10	109	37	0	0	62	0.95
618366--618403	14	2.7	14	87	0	58	31	10	0	57	1.32
621977--622029	10	5.3	10	80	17	56	79	0	20	0	0.74
621991--622028	10	3.9	10	89	3	60	86	0	13	0	0.56
621991--622028	20	1.9	20	94	0	67	86	0	13	0	0.56
626702--626756	22	2.5	22	93	0	101	34	10	14	40	1.81
627156--627834	113	6.0	113	90	1	966	38	15	18	27	1.91
627750--627977	120	1.9	119	84	10	311	39	15	21	23	1.92
627878--627936	17	3.4	17	70	25	59	49	11	23	15	1.77
627163--627838	341	2.0	330	85	5	807	38	14	18	27	1.91
628185--628232	3	16.0	3	91	0	60	41	0	0	58	0.98
632397--632448	20	2.6	20	78	9	61	32	26	9	30	1.89
636215--636531	158	2.0	156	90	2	492	30	25	15	28	1.96
638444--638513	22	3.3	20	71	26	63	44	2	2	50	1.31
645171--645345	89	2.0	88	90	3	280	44	6	10	38	1.65
646524--646557	17	2.0	17	94	0	59	38	11	5	44	1.65
651246--651296	21	2.4	22	83	3	59	43	23	3	29	1.72
652615--652650	16	2.2	16	100	0	72	22	36	5	36	1.78
656384--656629	116	2.0	122	86	8	344	45	2	6	45	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
656607--656654	22	2.2	21	85	7	60	66	6	0	27	1.15
658897--658926	15	2.0	15	93	0	51	33	16	13	36	1.88
659933--660037	31	3.2	31	65	15	75	49	13	10	26	1.74
659916--660059	68	2.1	69	92	3	247	49	12	11	27	1.74
660894--660920	7	3.9	7	100	0	54	40	59	0	0	0.98
663973--664055	29	2.8	29	90	1	130	42	10	14	32	1.80
668290--668659	150	2.5	150	91	0	596	26	25	18	28	1.98
670838--670880	17	2.5	17	84	3	50	41	34	4	18	1.71
690739--690780	18	2.3	18	100	0	84	30	47	0	21	1.51
691798--691843	20	2.4	20	82	7	60	28	17	19	34	1.94
697756--697789	9	3.6	10	92	7	54	32	0	17	50	1.47
703544--703600	25	2.2	25	79	17	64	36	3	8	50	1.50
710336--710377	22	1.9	22	90	0	66	26	21	21	30	1.98
718991--719169	94	1.9	95	85	6	247	31	16	22	30	1.95
719550--719690	59	2.4	59	80	3	169	31	13	19	36	1.90
720064--720523	68	6.8	68	84	2	559	34	13	21	30	1.92
720076--720480	202	2.0	205	89	3	622	34	13	21	31	1.91
720364--720471	31	3.3	30	68	24	83	31	12	23	32	1.92
720493--720772	81	3.5	81	85	0	335	39	8	23	28	1.83
720474--720791	162	2.0	162	82	1	386	38	10	22	27	1.86
724845--724894	20	2.5	20	93	0	91	32	14	28	26	1.94
724726--724946	115	1.9	117	82	7	281	32	14	24	28	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
725310--725477	59	2.9	59	81	7	207	33	10	20	35	1.87
725325--725510	58	3.2	54	78	11	158	37	8	19	34	1.83
725852--726308	68	6.8	68	87	3	620	33	13	22	30	1.92
726258--726573	81	3.9	81	83	4	417	37	11	23	28	1.89
728832--728870	20	2.0	20	89	0	60	30	15	20	33	1.94
728851--729039	95	2.0	97	83	6	242	31	15	23	29	1.95
729040--729077	20	1.9	20	88	0	58	31	10	28	28	1.90
728905--729077	95	1.8	95	80	5	206	30	13	24	31	1.93
729391--729558	59	2.9	59	78	7	189	31	11	19	36	1.88
729955--730352	68	5.9	68	92	0	645	31	13	23	31	1.93
729934--730392	68	6.8	68	89	3	388	33	12	22	31	1.92
730343--730914	81	7.2	80	79	7	517	36	11	21	30	1.89
730343--730943	162	3.8	162	78	6	663	36	11	21	30	1.89
730424--730865	230	1.9	230	85	0	616	35	11	21	30	1.89
730275--730907	311	2.0	311	89	1	973	35	12	21	30	1.90
744985--745032	24	2.0	24	88	8	71	66	4	22	6	1.32
744985--745032	25	2.0	24	87	4	69	66	4	22	6	1.32
754761--754811	20	2.5	20	93	0	84	25	17	31	25	1.97
755245--755461	46	4.8	45	90	5	348	30	20	6	41	1.79
755245--755461	91	2.4	91	93	3	368	30	20	6	41	1.79
766361--766407	22	2.2	21	84	3	58	42	23	12	21	1.87
766719--766756	20	1.9	20	94	0	67	28	18	15	36	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
770050--770086	17	2.1	18	90	5	58	48	24	2	24	1.64
773274--773303	15	2.0	15	100	0	60	40	26	13	20	1.89
786474--786502	15	1.9	15	100	0	58	48	0	17	34	1.47
787764--787811	15	3.3	15	79	5	62	25	6	25	43	1.77
787923--787972	25	2.0	24	92	3	82	22	26	24	28	1.99
789075--789107	14	2.4	14	90	10	50	51	18	6	24	1.68
793794--793881	43	2.1	42	97	2	167	21	25	15	37	1.93
802962--803013	21	2.5	21	100	0	104	32	11	21	34	1.89
803106--803148	22	1.9	23	85	4	61	41	9	25	23	1.84
803512--803575	30	2.1	30	82	0	74	29	10	21	37	1.88
803682--803752	25	2.9	25	75	10	74	26	21	18	33	1.96
803740--803784	23	1.9	24	86	13	67	22	20	26	31	1.98
807915--807966	19	2.7	18	72	21	52	30	13	19	36	1.90
810469--810509	17	2.4	17	91	0	64	58	4	21	14	1.55
811259--811292	15	2.2	15	94	5	59	67	0	0	32	0.91
812873--812920	20	2.4	21	76	16	57	47	0	6	45	1.27
814083--814113	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
816890--816949	22	2.7	22	85	10	70	8	18	0	73	1.08
816903--816964	22	2.7	22	80	11	70	9	17	0	72	1.10
817003--817082	8	9.6	8	73	10	54	6	13	2	77	1.06
816975--817083	9	12.3	9	74	6	57	7	12	1	77	1.04
825012--825412	106	3.8	107	78	10	396	28	23	16	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
825013--825412	55	7.5	54	81	7	394	29	24	16	30	1.97
825425--825534	37	3.0	35	86	6	139	21	20	18	39	1.93
827216--827266	19	2.7	19	80	11	61	47	0	1	50	1.12
827215--827274	27	2.4	24	81	10	68	48	0	1	50	1.11
830250--830321	24	3.0	24	83	2	92	50	18	11	20	1.77
830254--830345	12	7.8	12	71	16	57	47	18	14	19	1.82
830252--830357	47	2.2	48	80	12	121	48	17	13	20	1.81
830253--830357	24	4.4	24	73	11	83	47	18	13	20	1.82
832796--832833	13	2.9	13	92	0	67	15	21	47	15	1.82
834979--835050	24	3.0	24	83	2	92	50	18	11	20	1.77
834983--835074	12	7.8	12	71	16	57	47	18	14	19	1.82
834981--835071	47	1.9	48	82	10	116	48	17	14	19	1.81
837528--837562	18	1.9	18	94	0	61	22	17	42	17	1.88
839703--839812	24	4.6	24	75	10	93	46	17	15	20	1.84
839711--839795	12	7.3	11	72	17	64	48	17	15	18	1.82
842194--842237	15	2.8	15	89	6	61	27	27	31	13	1.94
842230--842264	18	1.9	18	100	0	70	14	17	51	17	1.77
843538--843567	12	2.6	12	94	5	53	16	0	10	73	1.09
844286--844340	24	2.3	24	96	3	103	29	18	16	36	1.92
844560--844623	29	2.2	29	82	2	74	12	28	23	35	1.91
844819--845462	182	3.7	178	80	11	729	42	13	15	28	1.85
852416--853767	198	6.8	199	88	4	1978	38	13	16	31	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
852413--853767	398	3.4	395	87	5	2005	38	13	16	31	1.88
853731--853774	21	2.0	22	91	4	72	29	9	11	50	1.69
854052--854111	15	3.7	15	77	14	66	26	40	3	30	1.72
855229--855268	18	2.2	18	90	0	62	47	2	27	22	1.64
856679--856715	18	2.1	18	89	0	56	32	5	10	51	1.60
856671--856723	24	2.2	24	86	0	70	35	3	13	47	1.61
857879--857923	21	2.1	22	95	4	83	46	13	11	28	1.77
861356--861401	21	2.2	20	81	7	56	26	13	15	45	1.82
873244--873332	45	2.0	45	100	0	178	26	17	12	42	1.85
873344--873407	31	2.1	30	82	2	74	42	4	6	46	1.49

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9