genome.fa.s1470.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01001470.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00002847_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1178067

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
750646--750700	22	2.5	22	81	0	74	20	16	40	23	1.91
750846--751038	20	9.6	20	82	5	219	19	19	25	35	1.95
750846--751038	60	3.2	60	83	0	251	19	19	25	35	1.95
751094--751165	20	3.6	20	98	0	135	22	13	26	37	1.92
751086--751181	40	2.4	39	81	5	129	20	15	29	34	1.94
762834--762922	45	2.0	45	88	2	135	40	6	16	35	1.75
764140--764172	3	11.0	3	93	0	57	63	0	3	33	1.10
764846--765146	101	3.0	100	95	1	521	17	28	11	41	1.85
769562--769631	31	2.3	31	92	0	113	25	7	14	52	1.66
777642--777669	14	2.0	14	100	0	56	50	14	21	14	1.78
781787--781816	15	2.0	15	93	0	51	50	13	10	26	1.73
786476--786796	6	54.2	6	97	2	614	33	0	16	50	1.46
787848--787895	10	4.7	10	78	12	53	31	0	2	66	1.03
788493--788552	29	2.0	30	84	9	79	28	13	8	50	1.70
788792--788846	17	3.3	17	69	5	58	38	5	12	43	1.66
788864--788908	17	2.6	17	79	6	56	28	0	17	53	1.44
788938--788981	15	2.7	17	79	13	56	29	9	20	40	1.83
789623--789662	15	2.7	15	88	0	62	47	17	17	17	1.83
789590--789688	45	2.2	45	83	0	126	44	17	18	20	1.87
789645--789748	30	3.5	30	86	0	145	44	20	19	16	1.87
791662--791744	26	3.2	26	84	3	87	26	14	12	46	1.79
791662--791745	13	6.5	13	74	10	64	26	14	13	46	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
792467--792560	16	5.9	15	77	12	73	17	3	17	62	1.45
792454--792561	16	6.9	15	68	13	65	17	3	15	62	1.46
792454--792560	32	3.4	31	81	2	115	17	3	15	62	1.46
794039--794100	22	3.0	22	75	15	78	24	20	27	27	1.99
794751--794809	12	5.0	12	75	10	50	20	15	23	40	1.90
796248--796317	35	2.0	35	94	0	122	17	22	10	50	1.76
796723--796773	23	2.2	23	78	0	57	15	9	15	58	1.62
799130--799175	20	2.2	20	88	3	65	39	10	15	34	1.82
800399--800444	24	1.9	24	90	0	74	32	13	15	39	1.85
801214--801258	22	2.0	22	91	0	72	22	20	20	37	1.94
801218--801265	22	2.2	22	84	0	60	22	22	16	37	1.94
801917--801950	18	1.9	17	88	5	50	23	8	11	55	1.63
805639--805664	11	2.4	11	100	0	52	15	0	0	84	0.62
814567--814613	23	2.0	23	100	0	94	12	17	34	36	1.87
816545--816733	42	4.5	42	78	4	195	29	17	19	33	1.95
816550--816751	83	2.4	83	79	3	201	29	18	18	33	1.95
828395--828527	54	2.4	54	93	2	221	34	18	17	30	1.93
839254--839709	227	2.0	227	93	2	792	38	8	12	40	1.74
841509--841554	23	2.0	23	87	8	67	17	21	26	34	1.95
844132--844172	18	2.2	18	86	4	55	46	0	0	53	1.00
844862--844901	3	13.7	3	84	5	55	30	0	2	67	1.04
846417--846554	30	4.7	28	78	7	132	18	14	7	60	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
846415--846553	61	2.4	57	87	4	188	17	14	7	59	1.58
848617--848755	69	2.1	66	91	4	224	58	7	2	31	1.40
849589--849688	42	2.3	43	88	5	141	25	17	30	28	1.97
849593--849667	21	3.6	21	70	20	66	22	20	28	29	1.98
849857--849883	13	2.1	13	100	0	54	48	14	0	37	1.45
855317--855434	44	2.7	44	79	8	118	28	17	27	26	1.98
855316--855413	23	4.5	21	76	13	83	28	18	27	25	1.98
855316--855396	21	3.8	20	81	13	83	27	18	25	28	1.98
861286--861339	19	2.8	20	80	5	65	22	18	33	25	1.97
861286--861331	20	2.3	20	85	3	58	19	17	36	26	1.94
862255--862445	90	2.1	90	95	3	341	30	13	18	38	1.89
863336--863375	19	2.0	20	95	4	73	32	20	0	47	1.50
867546--867572	13	2.1	13	100	0	54	48	14	0	37	1.45
869282--869324	18	2.4	18	88	3	70	4	9	0	86	0.71
869924--869978	3	18.7	3	81	10	51	72	0	3	23	1.00
870215--870658	133	3.3	132	83	2	532	29	15	21	32	1.95
871006--871079	21	3.5	21	71	14	62	35	16	17	31	1.92
873353--873452	24	4.2	24	87	2	148	23	26	24	27	2.00
875350--875447	21	4.7	21	70	5	72	25	16	20	37	1.93
875357--875454	42	2.3	42	83	0	124	26	16	22	34	1.95
881392--881642	20	12.4	20	84	7	249	39	21	18	20	1.93
881370--881645	60	4.6	59	81	7	277	39	21	18	20	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
885091--885271	33	5.3	33	80	9	209	43	19	22	14	1.87
885119--885146	14	2.0	14	100	0	56	42	21	21	14	1.88
885133--885204	20	3.7	19	74	5	54	43	20	18	18	1.89
885271--885378	19	6.2	19	67	22	67	14	20	19	45	1.85
885286--885379	33	2.8	33	93	0	161	13	21	18	46	1.83
885486--885522	14	2.6	14	91	0	65	45	21	0	32	1.52
886874--886940	21	3.2	21	68	4	55	19	20	35	23	1.95
886874--886996	42	2.9	41	79	7	113	22	18	36	21	1.95
887181--887232	24	2.2	24	100	0	104	57	17	13	11	1.64
887211--887560	94	3.9	93	87	7	515	47	18	12	20	1.81
887380--887549	87	2.0	87	94	1	297	47	20	12	19	1.81
889252--889359	20	5.8	19	76	14	91	45	20	21	12	1.84
889376--889428	14	3.4	14	72	22	52	7	26	22	43	1.80
889360--889440	33	2.5	33	91	0	135	11	22	19	46	1.81
889417--889495	20	3.9	21	85	5	85	12	18	16	51	1.75
890057--890266	20	10.4	20	77	7	217	19	17	24	38	1.93
890057--890266	41	5.2	41	92	1	325	19	17	24	38	1.93
890275--890327	20	2.7	20	91	5	81	13	18	24	43	1.86
890052--890327	40	6.8	39	77	10	200	19	18	24	38	1.93
899647--899689	15	2.9	15	89	0	59	13	65	13	6	1.46
908270--908314	22	2.0	22	86	4	63	31	33	26	8	1.87
909422--909738	103	3.1	103	96	1	579	25	13	24	36	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
909754--909806	23	2.3	23	90	0	88	20	26	26	26	1.99
909745--909822	23	3.3	23	80	1	66	24	20	21	33	1.97
913633--913677	22	2.0	22	86	4	63	31	28	26	13	1.94
914788--915108	103	3.1	103	95	0	570	26	12	23	37	1.91
915124--915184	23	2.7	23	89	0	95	19	26	27	26	1.99
922506--922786	150	1.9	150	80	4	334	37	17	27	18	1.93
923716--923861	76	1.9	76	91	0	238	31	19	17	31	1.95
924832--925046	64	3.4	64	87	1	306	36	20	11	31	1.88
925034--925336	109	2.8	109	90	1	464	35	23	14	27	1.93
925707--926029	85	3.8	85	81	8	336	35	20	16	26	1.94
925707--926018	171	1.8	170	82	7	400	36	19	16	26	1.94
927436--927477	20	2.1	19	86	8	57	38	7	16	38	1.76
927939--928013	9	8.2	9	78	19	59	29	1	1	68	1.06
927938--927991	22	2.6	21	91	5	83	27	1	0	70	0.98
927938--928006	22	3.2	21	79	18	72	30	1	1	66	1.09
928118--928167	3	16.7	3	100	0	100	32	0	0	68	0.90
928180--928242	5	13.2	5	80	9	62	15	3	1	79	0.94
928127--928222	24	3.8	24	78	12	61	26	2	2	69	1.10
928180--928242	29	2.2	28	91	2	99	15	3	1	79	0.94
928192--928254	14	4.5	13	78	20	56	12	7	1	77	1.05
928117--928291	9	19.3	9	75	16	68	20	5	2	72	1.16
929117--929161	8	5.5	8	94	2	72	80	0	11	8	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
929126--929172	16	3.1	15	87	9	60	78	0	12	8	0.95
929925--930027	32	3.2	31	82	6	118	48	3	0	46	1.27
932318--932365	25	1.9	25	91	0	78	50	8	18	22	1.74
940056--940182	60	2.1	60	84	5	159	33	23	6	37	1.80
940309--940426	60	2.0	60	81	9	143	39	4	24	31	1.74
953055--953262	55	3.8	55	91	0	337	34	15	11	37	1.84
956811--957099	105	2.7	107	84	5	368	26	19	14	39	1.90
957027--957691	136	4.9	136	91	1	1045	26	23	18	31	1.97
957703--958034	90	3.7	90	89	2	492	32	21	19	25	1.97
958028--958290	43	6.2	43	81	8	281	30	29	11	29	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7