genome.fa.s1568.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01001568.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00003103_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  302910

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1--7535	7	1110.0	7	92	7	12663	42	42	0	14	1.47
7565--7668	7	15.4	7	94	6	180	14	56	28	0	1.38
7567--7668	27	3.8	27	94	5	181	14	55	29	0	1.40
8369--8557	14	13.5	14	94	0	207	35	55	7	2	1.40
8361--8535	7	25.0	7	97	0	233	38	54	4	2	1.36
8397--8556	7	22.9	7	98	0	194	33	57	8	0	1.30
8552--8604	7	7.6	7	100	0	106	13	58	28	0	1.35
8601--8627	7	3.9	7	100	0	54	25	44	14	14	1.84
8532--8625	14	6.7	14	90	2	91	17	55	24	3	1.56
8538--8611	21	3.5	21	88	3	96	14	56	27	1	1.47
7405--9313	957	2.0	957	94	2	3343	34	24	19	21	1.96
9738--9789	25	2.1	25	96	0	95	25	19	21	34	1.96
10192--10263	17	4.2	17	81	10	76	38	8	13	38	1.75
10219--10262	18	2.5	18	85	10	56	43	11	9	36	1.72
11804--11833	13	2.3	13	100	0	60	16	46	23	13	1.82
14311--14398	24	3.7	24	89	0	131	22	19	21	36	1.95
14311--14408	24	4.1	24	86	5	117	23	17	21	37	1.94
46925--47040	3	38.7	3	100	0	232	0	32	0	67	0.91
47706--47745	8	5.0	8	82	11	55	75	0	15	10	1.05
47706--47744	15	2.5	15	91	8	60	76	0	12	10	1.01
49228--49309	23	3.5	23	77	9	78	32	25	19	21	1.97
49258--49379	47	2.6	48	80	7	135	36	23	21	18	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
49269--49379	23	4.8	23	80	4	125	35	25	21	18	1.95
69560--69632	36	2.0	36	94	5	130	35	15	5	43	1.69
69596--69706	22	5.1	22	74	7	93	40	15	5	38	1.70
70106--70165	29	2.1	29	100	0	120	13	31	36	18	1.89
70204--70274	17	4.4	16	75	18	67	21	9	52	16	1.73
70833--70876	21	2.1	21	91	0	70	29	0	15	54	1.42
70852--70913	27	2.2	28	91	5	99	29	0	11	59	1.32
71392--71443	15	3.1	15	73	23	50	42	0	9	48	1.36
71693--71757	26	2.4	26	75	14	69	49	9	3	38	1.51
73217--73245	14	2.1	14	100	0	58	27	20	20	31	1.98
74279--74325	14	3.5	14	74	11	53	42	2	12	42	1.55
74279--74614	26	13.7	26	77	16	258	43	2	10	43	1.52
74293--74386	23	4.2	22	81	14	72	45	3	7	43	1.48
74226--74671	120	3.7	121	94	3	803	42	2	10	44	1.51
74295--74577	97	2.9	100	80	14	283	43	2	10	43	1.53
74482--74533	16	2.9	18	75	13	54	36	0	13	50	1.42
74274--74588	11	28.2	11	67	26	50	42	2	11	43	1.53
74870--74902	17	1.9	17	93	0	57	36	6	12	45	1.66
74816--74895	24	3.3	23	71	21	67	38	3	8	48	1.52
77045--77075	15	2.1	14	94	5	53	54	6	0	38	1.26
77050--77096	16	3.0	16	84	9	53	59	10	0	29	1.31
77252--77339	45	1.9	47	86	9	128	47	12	0	39	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77252--77350	45	2.1	47	83	10	125	48	13	0	38	1.42
77538--77589	21	2.5	21	90	3	79	1	34	0	63	1.06
77593--77636	23	1.9	23	95	0	79	9	38	6	45	1.63
77653--77704	25	2.1	25	100	0	104	26	34	11	26	1.91
77875--77906	13	2.5	13	100	0	64	31	0	46	21	1.52
77907--77997	29	3.1	29	98	0	173	23	35	30	10	1.89
78063--78122	17	3.6	17	65	4	50	18	26	35	20	1.95
78041--78203	26	5.4	30	82	16	189	20	23	34	20	1.96
78036--78168	59	2.3	59	94	3	236	21	25	33	19	1.97
78139--78226	35	2.5	35	98	0	167	18	21	32	27	1.96
78221--78262	12	3.5	12	93	0	75	19	35	19	26	1.95
78271--78336	35	2.0	32	86	13	91	19	19	36	24	1.95
78349--78430	29	2.8	29	100	0	164	18	28	28	25	1.98
83904--83958	21	2.6	21	94	0	92	20	21	27	30	1.98
83904--84144	42	5.6	42	75	14	174	22	21	21	34	1.97
83885--83970	21	4.1	21	83	1	84	22	22	22	33	1.97
84023--84130	21	5.2	21	69	12	89	19	19	25	35	1.95
84023--84155	42	3.2	42	94	2	225	20	18	24	36	1.95
84040--84147	21	5.2	21	69	18	84	20	18	23	37	1.94
84053--84159	21	5.2	19	69	16	79	24	18	22	34	1.96
84856--85040	21	8.8	21	73	15	143	36	23	20	20	1.95
84856--85049	42	4.7	42	92	1	320	36	23	19	20	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86079--86190	38	2.9	39	80	9	124	44	5	5	44	1.49
86672--86705	3	11.3	3	100	0	68	32	0	0	67	0.91
91719--91751	17	1.9	17	88	11	50	33	0	9	57	1.30
95796--95872	38	2.0	38	87	0	109	27	27	16	28	1.97
96118--96150	14	2.4	14	94	0	57	33	15	9	42	1.78
98173--98248	31	2.5	31	79	14	86	32	18	7	40	1.79
98552--98656	31	3.4	31	83	1	102	15	24	30	29	1.95
122489--122554	33	2.0	34	96	3	125	22	13	24	39	1.90
133004--133054	2	25.5	2	100	0	102	49	0	0	50	1.00
141099--141127	3	9.7	3	100	0	58	68	0	0	31	0.89
141336--141445	40	2.8	40	91	2	168	24	16	36	22	1.94
141381--141675	131	2.3	131	84	4	373	28	18	27	25	1.98
142418--142599	85	2.1	85	81	2	213	24	17	22	35	1.95
142728--142920	87	2.2	87	91	0	305	24	17	25	32	1.97
142985--143282	64	4.7	63	86	5	411	28	12	22	36	1.91
143457--143545	32	2.8	32	84	0	115	33	25	13	26	1.93
144875--145125	128	2.0	128	92	0	421	29	17	14	38	1.90
147534--147571	16	2.3	17	90	9	69	57	5	5	31	1.43
150278--150340	24	2.6	24	78	19	60	47	3	1	47	1.27
150312--150355	22	2.0	23	86	4	63	40	4	0	54	1.21
150306--150385	32	2.5	32	78	14	83	46	3	0	50	1.19
153998--154110	59	1.9	59	94	0	199	32	15	16	34	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
158637--158676	18	2.2	19	86	4	55	52	5	2	40	1.37
163608--163705	45	2.1	48	86	5	139	27	12	20	39	1.88
169851--169886	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
173385--173486	49	2.1	50	81	9	120	73	0	15	10	1.09
173381--173531	72	2.1	73	77	13	161	72	0	15	11	1.11
173376--173518	15	9.8	15	70	22	74	72	0	16	11	1.13
173443--173526	31	2.7	30	81	15	100	71	0	16	11	1.14
173444--173516	23	3.2	22	76	19	62	71	0	16	12	1.15
173404--173516	7	15.7	7	76	18	81	71	0	18	9	1.12
174753--175299	55	9.9	55	87	4	764	26	15	24	33	1.95
180041--180080	22	1.9	21	85	10	55	10	25	37	27	1.88
180039--180121	20	3.9	21	74	12	69	19	22	34	22	1.96
180062--180123	20	2.9	21	83	11	72	19	24	33	22	1.97
183878--183917	21	1.9	21	85	10	55	35	10	2	52	1.48
188219--188279	20	2.9	21	87	7	79	18	26	34	21	1.96
197279--197308	14	2.1	14	100	0	60	50	13	20	16	1.78
201697--201743	23	2.0	23	95	0	85	29	21	12	36	1.91
210456--210532	4	20.0	4	86	7	115	72	1	25	0	0.92
210781--210839	31	1.9	31	96	0	109	42	3	8	45	1.51
210863--211421	22	25.5	22	87	3	815	47	11	0	40	1.41
215245--215716	184	2.6	182	84	4	657	42	13	17	26	1.86
217862--217914	21	2.5	21	93	0	97	35	16	15	32	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
217881--218398	179	2.8	184	91	3	886	38	13	14	33	1.85
221563--221612	23	2.2	23	96	0	91	42	8	12	38	1.71
226854--226912	19	3.1	19	92	0	100	54	15	13	16	1.72
230298--230478	14	12.3	14	65	24	61	42	29	0	27	1.60
230342--230475	7	18.9	7	67	11	67	44	32	0	23	1.59
230296--230361	21	3.2	20	79	8	87	42	25	0	31	1.55
230340--230474	28	4.8	28	70	13	78	43	31	0	23	1.59
230342--230456	44	2.7	43	85	5	153	42	32	0	24	1.61
232723--233076	177	2.0	177	100	0	708	28	22	20	28	1.98
235048--235103	3	20.0	3	75	14	57	33	1	3	60	1.24

Tables:   1   2