genome.fa.s1701.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01001701.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00003403_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  790467

Tables:   1   2   3   4   

This is table  2  of  4  ( 470 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
165646--165687	12	3.5	12	83	0	57	54	2	2	40	1.26
166128--166203	2	37.5	2	92	7	127	48	0	2	48	1.15
166567--166606	14	2.9	14	80	0	53	50	25	0	25	1.50
166615--166653	14	2.8	14	88	0	51	48	25	0	25	1.51
166567--166640	21	3.5	21	87	7	98	51	25	0	22	1.48
166655--166702	20	2.5	20	89	3	71	47	6	6	39	1.54
166671--166722	2	25.0	2	80	7	59	48	5	1	44	1.38
166838--166884	15	3.3	15	82	11	62	40	4	6	48	1.48
166838--166939	13	7.1	14	72	19	68	43	5	4	46	1.49
166955--167063	41	2.6	42	81	15	120	46	1	3	47	1.30
166992--167064	2	37.5	2	81	15	91	47	0	2	49	1.15
168825--168876	21	2.5	21	81	3	61	38	19	25	17	1.93
168865--168918	20	2.7	20	97	0	99	31	24	18	25	1.97
169531--169671	19	7.8	19	70	17	86	12	23	19	44	1.84
169559--169646	33	2.6	33	92	1	140	11	27	21	39	1.87
169614--169671	20	2.9	20	80	10	64	13	25	17	43	1.86
173230--173265	14	2.6	14	95	0	63	30	0	25	44	1.54
173410--173499	19	5.3	19	62	24	65	13	24	20	42	1.87
173408--173503	33	2.9	32	86	10	149	15	22	19	41	1.89
175799--175823	12	2.1	12	100	0	50	0	28	0	72	0.86
175998--176051	24	2.2	24	90	0	81	40	20	16	22	1.91
176781--176853	20	3.7	20	88	0	110	26	19	27	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
178014--178084	15	4.9	15	76	13	69	69	1	26	2	1.11
178024--178082	23	2.6	22	78	7	64	69	1	25	3	1.13
184905--184955	20	2.5	20	93	0	84	39	11	27	21	1.88
185000--185050	20	2.5	20	87	6	66	35	17	19	27	1.94
185522--185808	45	6.4	45	87	1	369	40	15	19	24	1.90
187170--187210	21	2.0	21	90	0	64	17	46	4	31	1.69
189263--189446	3	61.0	3	89	7	284	2	30	0	67	1.03
189263--189481	18	12.2	17	88	7	237	2	30	0	67	1.05
189769--189954	40	4.7	40	80	6	200	28	13	39	17	1.88
189767--189940	79	2.2	81	82	3	208	29	13	41	15	1.85
192744--192888	60	2.4	60	85	4	195	44	7	17	31	1.76
194029--194067	16	2.5	15	88	12	60	30	0	2	66	1.05
194513--194559	22	2.1	22	88	7	69	63	8	27	0	1.23
200781--200844	17	3.9	15	76	15	56	71	0	21	6	1.07
200770--200844	17	4.6	14	75	21	51	72	0	22	5	1.05
200781--200846	33	2.0	33	85	5	89	69	0	22	7	1.13
200799--200853	17	3.2	18	73	21	55	67	0	27	5	1.12
201275--201325	16	3.1	16	78	15	68	70	0	25	3	1.04
201277--201329	17	3.2	17	82	12	74	71	0	24	3	1.02
200793--201747	476	2.0	476	98	0	1829	43	11	20	23	1.85
205966--206020	22	2.5	22	81	0	74	38	10	10	40	1.76
206698--206946	76	3.3	76	92	0	408	24	20	21	33	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
206977--207040	20	3.2	20	63	20	53	42	9	23	25	1.84
206964--207381	112	3.8	113	81	6	503	36	13	21	28	1.91
207702--207756	3	18.7	3	85	10	78	32	0	1	65	1.03
209445--209506	24	2.6	25	80	14	62	51	1	1	45	1.20
211138--211178	22	2.0	22	85	9	59	36	7	4	51	1.51
211701--211746	14	2.8	18	68	25	55	45	4	21	28	1.71
214559--214593	17	2.0	18	88	5	54	28	17	5	48	1.69
217998--218047	22	2.2	24	85	7	68	72	8	0	20	1.10
219712--220509	135	5.9	136	84	1	982	28	19	17	35	1.94
219709--220509	271	3.0	270	85	2	1076	28	19	17	35	1.94
236468--236823	41	8.7	41	76	4	232	31	18	16	33	1.93
236472--236823	82	4.3	82	75	5	280	31	18	16	34	1.93
243300--243337	14	2.7	14	80	11	51	23	10	26	39	1.87
244359--244397	3	13.3	3	84	15	55	30	0	0	69	0.89
244359--244399	13	3.2	13	90	10	66	31	0	0	68	0.90
244359--244397	16	2.4	17	91	8	64	30	0	0	69	0.89
245639--245696	29	2.0	30	86	3	82	15	13	15	55	1.70
245649--245708	29	2.1	29	81	6	68	20	13	13	53	1.72
249538--249868	165	2.0	166	98	0	637	27	16	25	29	1.97
261975--262005	16	1.9	16	93	0	53	51	12	0	35	1.40
264064--264127	27	2.4	27	97	0	119	46	17	9	26	1.78
265542--265778	118	2.0	118	99	0	465	43	10	19	27	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
266465--266493	15	1.9	15	100	0	58	20	10	13	55	1.68
269390--269465	20	3.7	20	75	14	73	30	19	26	23	1.98
270971--271043	18	3.9	18	80	7	83	21	20	28	28	1.98
274071--274095	13	1.9	13	100	0	50	0	40	0	60	0.97
277895--278218	84	3.9	84	79	5	334	30	25	19	25	1.98
277897--278208	164	1.9	165	87	0	455	30	24	19	25	1.98
280635--280728	31	3.0	31	88	0	134	28	26	10	34	1.90
282911--282986	38	2.0	38	97	0	143	26	25	10	38	1.88
283078--283113	16	2.2	16	100	0	72	27	5	30	36	1.80
287126--287247	45	2.6	45	81	12	142	29	22	18	29	1.97
287217--287264	18	2.6	19	84	12	57	25	29	18	27	1.98
288443--288501	31	2.0	29	83	12	75	50	0	1	47	1.11
290181--290236	3	20.0	3	82	14	66	66	1	0	32	1.03
290181--290233	19	2.8	19	85	0	70	66	1	0	32	1.03
290159--290240	22	3.8	21	79	7	83	62	1	0	36	1.03
290181--290236	14	4.0	15	75	15	66	66	1	0	32	1.03
290499--291151	113	5.8	113	87	2	945	27	20	14	37	1.92
290500--291158	226	2.9	226	92	1	1097	27	19	14	37	1.92
292667--292715	20	2.4	20	93	3	80	8	18	0	73	1.07
299991--300022	15	2.1	15	94	0	55	46	9	18	25	1.79
303321--303374	28	2.0	27	85	3	72	61	1	5	31	1.30
303848--303903	26	2.2	26	84	12	71	50	0	1	48	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
304008--304058	24	2.1	23	82	13	59	52	0	1	45	1.12
304013--304061	21	2.2	22	86	13	66	48	0	2	48	1.12
304113--304157	19	2.4	19	92	3	74	62	0	6	31	1.21
305399--305444	3	16.0	3	82	17	53	67	2	0	30	1.03
305415--305454	20	2.0	20	95	0	71	72	5	0	22	1.04
305693--306345	113	5.8	113	90	1	1015	28	20	13	37	1.91
305694--306352	226	2.9	226	94	1	1142	28	20	14	37	1.91
314784--314815	15	2.1	15	94	0	55	46	9	18	25	1.79
318109--318162	28	2.0	27	85	3	72	61	1	5	31	1.30
318905--318942	18	2.1	18	85	9	51	65	2	2	28	1.19
318684--318997	149	2.1	148	78	12	324	49	6	6	37	1.55
320369--320421	3	19.0	3	77	14	51	64	1	0	33	1.05
320369--320431	22	2.8	22	82	2	72	66	3	0	30	1.07
320671--321328	113	5.8	113	89	1	991	27	19	14	37	1.91
320672--321330	226	2.9	226	94	1	1133	27	19	14	37	1.91
330189--330220	15	2.1	15	94	0	55	46	9	18	25	1.79
333445--333498	28	2.0	27	85	3	72	61	1	5	31	1.30
334193--334230	18	2.1	18	90	0	58	71	0	5	23	1.07
334219--334273	19	2.8	20	77	2	58	65	0	7	27	1.19
334311--334340	3	10.0	3	92	0	51	63	0	3	33	1.11
335655--335699	22	2.0	23	91	4	74	71	4	0	24	1.05
340265--340347	23	3.7	23	80	8	98	25	26	21	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
343050--343202	65	2.4	64	84	9	197	31	22	18	27	1.97
347531--347572	22	1.9	22	90	0	66	42	0	0	57	0.99
359805--359845	22	1.9	22	85	5	57	36	21	14	26	1.93
359890--359929	20	2.0	20	85	0	53	30	15	25	30	1.95
382760--383016	82	3.1	82	88	0	372	36	18	11	33	1.87
392412--392447	19	1.9	18	88	5	54	66	0	0	33	0.92
393857--393894	13	2.6	14	84	15	51	55	0	0	44	0.99
397072--397896	331	2.5	332	88	4	1174	44	4	6	44	1.51
397894--397942	26	1.9	26	87	4	73	48	0	2	48	1.12
399250--399438	94	2.0	94	100	0	378	25	14	20	39	1.90

Tables:   1   2   3   4