genome.fa.s1739.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01001739.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00003518_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  329412

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2166--2220	28	2.0	27	82	3	65	36	12	3	47	1.59
3441--3492	21	2.5	21	96	0	95	17	23	0	59	1.37
3435--3492	21	2.7	23	91	5	79	17	20	0	62	1.33
6788--6839	14	3.6	14	79	5	59	26	17	23	32	1.96
8587--9198	305	2.0	305	98	0	1170	26	11	17	44	1.83
9625--12959	952	3.6	882	74	13	2948	32	10	15	41	1.81
11225--11269	4	11.5	4	92	4	74	28	0	20	51	1.48
12185--12225	2	20.5	2	94	0	73	46	0	2	51	1.14
13140--13324	4	46.2	4	98	0	361	49	25	0	24	1.50
13326--13416	10	9.3	10	83	4	87	38	0	10	50	1.38
13326--13420	16	5.8	16	91	2	82	38	0	10	50	1.37
13368--13420	2	26.5	2	100	0	106	49	0	0	50	1.00
13456--13970	260	2.0	260	96	0	951	33	11	13	41	1.80
14581--16256	6	281.5	6	93	3	2676	33	2	17	47	1.61
22352--22429	2	38.5	2	97	2	147	48	0	1	50	1.09
28539--28568	15	2.0	15	100	0	60	33	20	0	46	1.51
31897--31934	16	2.4	16	90	0	58	39	0	2	57	1.12
34008--34079	18	3.7	18	76	20	81	40	18	9	31	1.83
34015--34091	21	3.7	22	71	22	67	40	18	9	32	1.82
34009--34088	42	1.9	42	97	0	151	40	18	8	32	1.82
34927--37866	928	3.1	921	81	7	3410	33	10	15	40	1.81
37734--38009	141	2.0	141	89	2	421	39	6	9	44	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38022--43409	6	916.8	6	87	8	6057	16	11	33	38	1.84
41849--41880	8	4.2	8	84	15	50	12	12	37	37	1.81
44457--44496	21	2.0	20	90	5	62	40	20	10	30	1.85
47886--48324	229	1.9	229	100	0	878	28	17	21	32	1.96
53047--53109	29	2.2	29	97	0	117	33	23	11	31	1.90
53076--53449	194	1.9	194	80	1	435	37	12	10	38	1.79
55890--56061	54	3.2	53	87	0	245	38	14	12	34	1.84
60734--60775	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
63966--64069	24	4.4	24	91	2	156	37	21	18	23	1.94
68679--68790	24	4.7	24	91	4	163	36	21	18	23	1.95
70186--70238	27	2.0	27	81	7	63	45	11	3	39	1.58
71179--71226	22	2.2	22	85	3	62	25	27	27	20	1.99
71858--71904	20	2.3	20	100	0	94	44	0	31	23	1.54
72084--74076	932	2.1	923	87	4	2670	32	9	15	41	1.80
76491--76565	29	2.6	29	82	0	96	24	4	26	45	1.71
76594--76665	29	2.4	29	84	6	83	33	1	12	52	1.48
77339--77442	24	4.3	24	88	0	136	25	15	18	41	1.89
79206--81146	943	2.1	937	88	2	2889	32	10	15	41	1.82
81879--81903	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
82308--84246	944	2.1	938	88	2	2901	32	11	15	40	1.82
84994--85018	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
85423--88901	939	3.8	930	85	6	4399	32	10	16	41	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92142--92257	24	4.8	24	84	6	137	25	18	18	38	1.92
92215--92264	24	2.1	24	88	0	73	22	18	14	46	1.84
96764--96879	24	4.8	24	84	6	137	25	18	18	38	1.92
96837--96886	24	2.1	24	88	0	73	22	18	14	46	1.84
98703--98736	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
100709--100763	2	28.0	2	79	3	58	47	0	7	45	1.30
100742--102530	932	1.9	911	85	5	2416	32	10	15	41	1.81
104252--108046	947	4.1	929	85	4	4769	32	10	15	41	1.81
112142--112176	18	1.9	18	88	0	52	28	17	0	54	1.43
113432--113461	13	2.3	13	94	0	51	16	23	43	16	1.87
113440--113484	18	2.5	18	92	0	81	11	20	51	17	1.75
115620--115687	12	5.8	12	72	10	59	50	19	10	20	1.76
115616--115687	24	3.0	23	86	6	99	50	18	9	22	1.76
115618--115708	47	1.9	48	80	10	107	49	16	13	20	1.79
117247--117322	26	2.7	29	84	10	95	17	22	46	14	1.84
117283--117327	18	2.5	18	88	0	72	13	20	48	17	1.80
117247--117304	13	4.5	13	93	0	89	17	24	44	13	1.85
119266--119381	24	4.8	24	89	0	133	24	18	19	37	1.93
119269--119381	48	2.3	49	87	3	158	23	18	20	37	1.94
120167--124351	930	4.5	937	84	5	5201	32	10	15	41	1.82
125043--125070	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
125790--125828	18	2.2	18	95	0	69	17	48	20	12	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
125879--126029	29	5.2	29	77	4	115	35	3	14	46	1.61
125903--125969	30	2.3	30	84	2	82	41	2	11	43	1.57
126746--126849	24	4.3	23	80	7	109	25	13	18	43	1.86
126868--126920	2	26.5	2	100	0	106	50	0	0	49	1.00
127498--127551	14	3.9	14	95	0	99	46	11	20	22	1.82
127498--127565	28	2.3	29	92	5	111	45	8	20	25	1.80
128639--128692	2	27.0	2	100	0	108	50	0	0	50	1.00
130829--130894	2	33.5	2	96	3	125	50	0	0	50	1.00
129923--131796	971	1.9	970	90	2	2960	32	9	15	42	1.80
129780--133122	932	3.6	932	86	6	4538	33	10	15	41	1.80
149270--149319	6	8.5	6	82	8	59	78	2	0	20	0.86
149272--149310	19	2.1	18	90	4	60	82	0	0	17	0.68
149513--149868	134	2.7	134	80	2	385	32	18	17	30	1.95
150172--150228	23	2.5	23	94	0	96	38	10	8	42	1.71
150551--150775	45	5.1	45	77	8	212	42	18	16	22	1.89
150544--150775	90	2.6	90	84	3	265	40	18	16	24	1.90
150572--150828	45	6.0	42	73	10	164	40	18	15	25	1.90
150711--150845	38	3.4	38	79	4	144	38	17	14	30	1.89
150712--150860	38	3.8	37	75	8	127	37	16	16	29	1.91
151908--152016	43	2.5	43	84	1	137	31	20	13	34	1.91
155215--155251	14	2.6	14	100	0	74	29	13	21	35	1.92
160524--160575	15	3.4	15	81	2	59	0	21	5	73	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
161088--161134	22	2.1	22	84	4	58	72	0	2	25	0.96
161076--161134	23	2.6	23	83	2	66	72	1	1	23	1.02
161737--161801	28	2.3	29	80	15	75	27	7	18	46	1.76
163766--164103	152	2.2	155	84	3	439	27	14	6	52	1.65
166306--166468	71	2.3	71	88	5	231	32	12	8	46	1.73
169439--169677	54	4.5	54	75	4	180	29	18	17	34	1.94
169492--169728	108	2.2	108	77	6	246	31	19	15	33	1.93
171675--171828	64	2.4	62	91	5	231	30	19	22	27	1.98
171785--171824	18	2.3	18	86	4	55	32	17	25	25	1.97
171834--171871	20	1.9	20	88	0	58	23	21	26	28	1.99
172865--172917	27	2.0	27	84	0	70	33	13	43	9	1.76
174512--174565	21	2.6	21	96	0	99	25	18	20	35	1.95
185985--186021	18	2.1	18	100	0	74	29	16	32	21	1.95
185876--186031	64	2.4	64	84	5	190	29	17	23	29	1.97
186036--186073	20	1.9	20	94	0	67	23	18	26	31	1.97
197279--197572	41	7.1	41	68	13	163	31	22	18	27	1.97
197279--197570	83	3.5	81	82	7	320	32	21	18	27	1.97
197567--198001	74	5.9	74	85	3	563	43	17	6	31	1.75
197606--198000	149	2.7	148	89	2	587	45	17	6	31	1.74
200684--200785	24	4.3	24	86	2	125	22	24	21	31	1.98
200888--200926	19	2.0	20	85	5	53	51	7	12	28	1.67
204914--204946	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
205330--205850	55	9.5	55	88	1	742	34	18	17	29	1.94
209421--209503	20	4.2	20	92	6	141	14	30	40	14	1.86
211449--211486	3	13.0	3	86	5	51	0	28	2	68	1.03
212896--212995	20	5.1	19	79	10	94	17	26	36	21	1.94
212896--212970	38	1.9	40	91	5	127	16	26	36	21	1.94
212896--212995	40	2.5	39	84	12	116	17	26	36	21	1.94
214793--214852	21	2.9	21	78	9	68	55	10	16	18	1.69
214822--214853	13	2.3	15	89	10	50	56	12	12	18	1.67
225918--225960	21	2.0	21	86	0	59	65	4	9	20	1.40
226127--226160	16	2.1	16	100	0	68	50	17	8	23	1.74

Tables:   1   2