genome.fa.s1981.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01001981.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00004035_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1059896

Tables:   1   2   3   4   5   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10966--11016	18	2.9	18	91	2	77	41	7	1	49	1.43
10977--11123	72	2.1	69	81	8	163	40	8	8	42	1.66
11047--11269	62	3.6	61	75	13	229	40	6	11	42	1.66
11152--11198	18	2.5	19	89	3	69	46	2	8	42	1.46
11047--11300	126	2.0	126	88	0	373	39	6	11	42	1.67
13107--13147	17	2.6	16	85	11	50	36	9	0	53	1.34
13644--13701	21	2.8	21	79	10	73	25	20	8	44	1.80
23470--23519	15	3.3	15	100	0	100	14	24	34	28	1.93
34070--34101	16	1.9	17	93	6	57	31	0	3	65	1.08
34199--34257	13	4.5	13	72	14	50	44	0	3	52	1.17
36316--36359	13	3.4	13	80	0	52	15	2	13	68	1.31
40939--40976	20	1.9	20	100	0	76	28	21	26	23	1.99
40941--40985	20	2.2	20	92	0	72	33	17	24	24	1.96
49022--49064	21	2.0	21	81	4	50	30	2	9	58	1.42
50820--50873	2	27.0	2	100	0	108	50	0	0	50	1.00
52735--52826	3	30.7	3	100	0	184	66	0	33	0	0.92
55710--55844	64	2.1	65	83	5	168	34	17	23	24	1.96
56277--56314	20	2.0	20	89	5	60	50	2	10	36	1.51
57075--57104	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
57494--57550	22	2.5	22	80	2	69	15	29	26	28	1.96
78634--78708	21	3.4	21	78	10	87	29	24	22	24	1.99
78634--78734	21	4.5	23	75	11	86	29	22	22	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78634--78728	45	2.1	44	88	5	138	28	23	23	25	1.99
78649--78734	23	3.8	22	73	7	75	29	22	24	24	1.99
80287--80341	27	2.0	27	82	0	65	10	43	12	32	1.78
81337--81487	64	2.4	64	86	6	209	29	21	18	31	1.97
81337--81507	64	2.7	64	81	8	206	28	22	18	30	1.97
81550--81604	21	2.6	21	91	5	85	29	30	16	23	1.96
83813--83926	41	2.8	41	91	0	156	34	20	17	28	1.95
83833--83926	41	2.3	41	100	0	188	31	17	20	30	1.95
87205--87245	12	3.5	12	86	6	66	46	9	43	0	1.36
87202--87246	23	2.0	23	100	0	90	44	11	44	0	1.39
87200--87243	10	4.2	10	81	18	54	45	11	43	0	1.40
88986--89047	31	2.0	31	90	3	99	41	14	19	24	1.88
91387--91413	10	2.7	10	100	0	54	81	0	0	18	0.69
101805--101857	23	2.4	22	87	6	72	18	18	33	28	1.95
101802--101891	23	4.3	21	68	16	60	22	16	26	34	1.95
102745--102866	40	3.0	40	93	0	208	31	24	22	20	1.98
102797--103048	63	4.1	61	73	9	242	33	23	21	21	1.97
102858--103048	40	4.7	40	83	5	258	35	23	20	20	1.96
102757--102967	103	2.1	101	89	1	314	32	24	21	21	1.98
102858--103070	81	2.6	81	87	3	286	35	23	20	21	1.96
102858--103094	40	5.8	41	82	6	216	36	21	20	21	1.95
102744--103094	21	17.2	21	67	9	179	34	22	21	21	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
102830--103089	81	3.2	80	80	6	272	35	21	21	21	1.96
104655--104704	15	3.5	14	78	10	57	68	2	2	28	1.12
106048--106101	20	2.7	20	85	5	74	38	11	11	38	1.76
107638--107681	21	2.1	21	86	0	61	38	2	2	56	1.24
108264--108381	39	3.0	38	82	15	143	47	0	16	35	1.52
108373--108422	24	2.0	26	84	7	68	66	0	2	32	1.03
112026--112077	21	2.5	21	93	0	86	23	23	25	28	1.99
112644--112710	23	2.9	23	78	14	75	28	26	26	17	1.98
116834--116964	64	2.0	64	88	2	192	19	6	19	55	1.63
116926--117013	27	3.3	26	66	21	65	21	7	18	52	1.70
128841--128910	22	3.2	22	85	0	104	28	25	18	27	1.98
128935--128989	19	2.9	19	97	0	101	34	20	23	21	1.97
130516--130541	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
136473--136786	38	8.5	36	72	16	134	42	2	8	45	1.49
136473--136787	36	8.5	37	78	12	287	42	2	8	45	1.49
136499--136837	36	9.1	36	76	12	147	41	2	9	46	1.47
136830--136870	7	5.6	7	85	8	55	19	2	0	78	0.87
137865--137923	27	2.1	29	84	12	79	25	3	5	66	1.28
137943--138000	27	2.1	28	87	3	82	15	6	5	72	1.24
138011--138037	14	1.9	14	100	0	54	0	14	3	81	0.82
147584--148094	202	2.6	199	81	4	598	33	9	22	33	1.87
155195--155231	14	2.5	15	91	8	67	35	0	10	54	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
158485--158532	10	4.9	10	76	5	53	12	27	29	31	1.93
158487--158533	19	2.4	20	89	3	69	12	29	27	29	1.93
159582--160282	350	2.0	350	93	1	1199	27	10	17	43	1.82
174123--174166	23	1.9	23	85	0	61	47	0	4	47	1.22
174490--174542	22	2.5	21	77	17	65	62	1	1	33	1.17
175847--175912	3	22.0	3	84	6	80	63	1	1	33	1.13
176323--177002	118	5.7	118	86	3	823	27	17	15	39	1.90
176440--177002	237	2.4	235	88	3	817	27	17	15	38	1.91
177193--177255	22	2.9	22	82	0	81	36	12	12	38	1.82
177593--177637	20	2.2	20	84	0	63	28	22	15	33	1.95
177890--177940	22	2.4	22	90	3	86	62	0	7	29	1.23
188909--188953	20	2.2	20	84	7	65	66	0	2	31	1.04
189463--189502	2	21.0	2	90	10	66	50	0	0	50	1.00
189793--189834	2	21.5	2	95	4	77	52	0	0	47	1.00
191622--191757	38	3.5	38	86	7	168	41	1	22	33	1.63
201950--201992	19	2.3	19	91	0	68	27	23	32	16	1.96
201994--202030	19	1.9	19	88	0	56	37	16	18	27	1.92
203425--203479	22	2.5	22	88	8	78	29	16	29	25	1.97
204739--204801	3	20.7	3	77	9	65	38	3	0	58	1.14
208909--208949	7	6.0	7	86	13	59	14	17	12	56	1.68
209045--209084	20	2.0	20	85	0	53	20	10	7	62	1.50
209020--209092	34	2.1	35	84	2	94	15	10	10	63	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
214742--214934	71	2.7	72	84	8	232	33	15	21	29	1.94
216268--216346	22	3.6	22	94	0	140	32	15	13	37	1.87
217005--217272	45	6.0	45	92	3	443	23	23	19	33	1.97
217005--217272	89	3.0	90	93	2	443	23	23	19	33	1.97
217250--217421	76	2.3	74	84	5	220	25	20	20	33	1.97
217280--217528	120	2.1	121	91	0	401	23	21	20	34	1.97
217356--217468	45	2.5	45	92	4	183	23	22	20	34	1.97
217160--217532	196	1.9	196	90	2	597	23	21	20	34	1.96
217658--217723	3	21.7	3	81	9	80	37	1	0	60	1.06
219132--219158	3	9.0	3	100	0	54	33	0	0	66	0.92
219234--219263	13	2.3	13	94	0	51	40	3	0	56	1.16
219354--219396	22	2.0	21	82	8	52	48	2	0	48	1.14
222841--222895	22	2.6	21	85	8	67	29	14	29	27	1.95
223824--223888	28	2.3	28	89	0	103	20	15	27	36	1.92
229420--229449	16	1.9	15	93	6	51	56	13	6	23	1.60
230268--230327	27	2.2	27	85	11	79	21	11	23	43	1.85
233540--233635	32	3.1	31	74	16	90	31	10	8	50	1.66
249957--250108	30	5.1	30	76	12	134	38	18	17	25	1.92
249959--250108	60	2.5	60	82	4	178	39	18	16	25	1.91
250587--250638	25	2.1	25	92	0	86	25	32	13	28	1.93
256877--256906	3	10.0	3	92	0	51	70	0	30	0	0.88
257421--257470	24	2.1	23	85	10	66	70	2	8	20	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
258788--258849	3	20.3	3	80	9	72	64	1	0	33	1.03
259110--259988	106	8.4	106	93	1	1389	22	18	25	33	1.97
259110--259988	211	4.2	211	93	1	1437	22	18	25	33	1.97
259110--259991	317	2.8	315	91	2	1421	23	18	25	33	1.97
263530--263579	24	2.1	23	85	10	66	70	2	8	20	1.23
264901--264954	3	18.0	3	81	7	65	64	1	0	33	1.04
270110--270147	20	1.9	20	88	0	58	34	18	7	39	1.80
276416--276484	31	2.2	31	100	0	138	39	5	13	42	1.68
276416--276511	31	3.1	31	89	4	124	40	5	12	41	1.65
276987--277441	118	3.9	118	73	10	420	36	13	17	32	1.89

Tables:   1   2   3   4   5