genome.fa.s1981.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01001981.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00004035_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1059896

Tables:   1   2   3   4   5   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
711285--711958	41	16.8	40	75	9	261	28	18	17	35	1.94
711498--711966	41	11.4	41	83	2	474	27	19	17	36	1.94
715406--715714	43	7.1	43	79	7	311	27	20	18	33	1.96
715406--715734	87	3.8	86	81	4	358	27	21	18	33	1.96
715406--715734	130	2.5	129	82	6	360	27	21	18	33	1.96
719888--719948	19	3.4	19	88	6	83	32	19	27	19	1.96
719917--719969	19	2.9	17	86	11	61	30	16	32	20	1.95
720688--720729	20	2.1	20	95	0	75	21	11	9	57	1.63
724168--724212	18	2.4	19	88	3	65	28	17	33	20	1.95
733547--733710	39	4.2	39	91	0	265	22	18	28	30	1.98
750259--750288	2	15.0	2	100	0	60	0	0	50	50	1.00
750354--750428	29	2.6	29	82	0	87	25	26	16	32	1.96
752541--752584	19	2.3	19	96	0	79	34	13	25	27	1.93
758371--758409	21	1.9	20	84	5	51	35	20	15	28	1.93
777674--777757	42	2.0	42	95	0	150	40	25	8	26	1.83
778333--778390	29	2.0	29	93	0	98	25	13	27	32	1.94
778429--778482	24	2.2	24	93	0	90	44	22	7	25	1.79
792503--792561	22	2.6	23	91	5	102	23	30	27	18	1.98
793170--793319	65	2.3	67	92	3	259	16	25	28	30	1.96
799377--799435	22	2.6	23	91	5	102	23	30	27	18	1.98
800042--800192	66	2.3	67	94	2	268	15	25	28	29	1.96
801560--801858	77	3.9	76	80	5	316	37	11	17	34	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
802109--802241	71	1.9	71	87	6	198	43	9	13	33	1.75
802483--802636	60	2.6	60	80	4	175	35	21	4	38	1.74
802627--802757	41	3.1	41	64	21	99	35	20	6	38	1.78
802626--802801	85	2.1	85	97	0	334	36	19	5	38	1.74
802886--803030	76	1.9	76	89	0	227	37	12	8	42	1.73
805299--805422	60	2.1	60	86	3	169	37	18	4	39	1.72
816974--817016	22	1.9	23	85	4	61	32	0	4	62	1.15
817094--817130	19	1.9	19	89	10	58	43	8	0	48	1.32
832175--832233	25	2.3	27	82	8	70	49	8	8	33	1.64
832807--832912	24	4.5	24	83	2	115	51	15	12	20	1.75
836386--836442	17	3.3	17	74	16	55	22	0	7	70	1.11
840452--841447	259	3.9	257	84	4	1281	34	16	15	33	1.91
848954--849018	2	32.5	2	100	0	130	50	0	0	49	1.00
853393--853434	16	2.5	17	80	7	50	64	0	7	28	1.20
857054--857386	81	4.1	82	84	1	427	23	18	20	37	1.94
857054--857386	164	2.0	163	85	1	443	23	18	20	37	1.94
857354--858055	89	7.9	89	79	8	671	29	20	18	31	1.97
859222--859367	40	3.5	41	75	12	129	30	23	11	33	1.91
866932--866988	3	19.0	3	92	0	60	56	0	10	33	1.34
867549--867587	18	2.2	18	90	0	60	15	0	48	35	1.45
867551--867587	15	2.5	15	90	0	56	13	0	48	37	1.43
867758--867808	26	2.0	26	84	0	66	47	9	7	35	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
868800--869279	200	2.4	201	80	7	498	34	21	10	33	1.87
873168--873236	23	3.0	23	84	0	93	26	24	27	21	1.99
879969--880032	23	2.8	23	76	9	76	28	26	26	18	1.98
880704--880755	21	2.5	21	100	0	104	17	32	21	28	1.96
885292--885342	19	2.6	20	87	3	68	45	5	15	33	1.71
888926--889027	39	2.6	39	83	10	129	17	22	10	49	1.78
888965--889618	139	4.8	138	80	8	734	24	20	17	36	1.94
889217--889626	138	3.0	138	88	0	613	26	21	17	35	1.95
889639--889823	37	5.1	36	71	10	160	40	11	17	31	1.85
889642--889836	73	2.6	74	91	2	304	37	11	16	33	1.86
891239--891350	11	10.3	11	72	11	70	3	13	6	76	1.10
891239--891297	21	2.9	19	83	11	66	3	11	3	81	0.94
891237--891309	15	5.1	14	71	15	53	2	15	2	79	0.96
891236--891306	32	2.2	32	80	14	94	2	15	2	78	0.98
892357--892403	20	2.4	19	89	7	67	46	14	19	19	1.84
892549--892828	149	1.9	149	82	5	352	21	27	16	34	1.95
896122--896220	44	2.2	44	96	0	180	46	7	21	25	1.76
896347--896396	21	2.4	21	80	6	57	28	18	18	36	1.94
897711--897803	39	2.4	39	85	7	127	20	19	9	50	1.75
898000--898404	137	2.9	138	86	2	555	24	22	18	34	1.96
898433--898614	37	5.0	36	75	5	150	37	12	17	32	1.87
898422--898614	73	2.6	74	90	1	291	37	11	17	33	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
898425--898588	37	4.5	36	74	8	152	39	12	16	32	1.86
900057--900122	16	4.0	17	81	18	77	0	16	3	80	0.84
900057--900122	11	6.6	10	75	18	57	0	16	3	80	0.84
901426--901705	149	1.9	149	83	1	364	20	24	17	37	1.94
903336--903370	15	2.4	15	95	4	63	71	0	14	14	1.15
904989--905399	138	3.0	139	83	5	499	24	20	19	35	1.95
905411--905609	37	5.4	36	73	4	175	35	11	17	35	1.86
905415--905609	73	2.6	74	90	4	288	34	11	17	35	1.87
907130--907180	11	4.8	10	76	19	50	0	19	1	78	0.85
907135--907190	18	3.3	18	90	7	82	0	17	3	78	0.89
907135--907209	6	12.5	6	77	16	59	1	17	4	77	0.99
908622--908895	149	1.8	149	80	1	325	20	23	19	36	1.95
911639--911675	12	3.1	12	92	0	56	45	18	5	29	1.72
915319--915369	22	2.3	22	89	0	75	54	5	7	31	1.53
921755--921785	15	2.1	15	100	0	62	6	19	6	67	1.35
925797--925897	48	2.1	48	92	0	166	34	21	15	27	1.94
926144--926751	55	11.0	55	88	3	839	34	19	10	35	1.86
935590--935657	30	2.3	30	84	0	82	42	19	5	32	1.75
943756--943830	39	1.9	38	83	2	96	20	37	20	22	1.94
943824--943919	47	2.1	45	90	7	149	28	33	15	22	1.95
943938--944054	43	2.8	40	71	12	103	23	32	18	24	1.97
949072--949108	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
950845--950932	45	1.9	46	86	2	124	23	21	12	42	1.87
950934--951081	48	3.1	49	84	4	203	29	24	15	30	1.96
951327--951822	56	9.0	55	89	2	728	34	19	11	34	1.88
951327--951822	167	3.0	164	90	2	735	34	19	11	34	1.88
953465--953514	20	2.5	19	87	6	64	36	16	22	26	1.94
960768--961058	141	2.0	143	94	2	516	37	18	13	29	1.89
964853--964889	18	2.1	18	100	0	74	18	21	21	37	1.94
967649--967693	21	2.1	21	87	0	63	35	0	15	48	1.45
968556--968737	50	3.6	50	83	1	213	47	14	10	26	1.78
968692--968811	60	2.0	59	85	3	161	49	10	12	27	1.74
969314--969356	15	2.9	14	82	10	50	34	0	0	65	0.93
969460--969503	21	2.1	21	83	8	54	38	2	0	59	1.10
971936--971964	14	2.1	14	100	0	58	20	0	13	65	1.26
971891--971952	11	5.7	11	86	3	90	17	3	19	59	1.51
972160--972206	21	2.1	21	84	7	58	46	0	10	42	1.38
983410--983606	89	2.2	87	87	6	288	47	12	12	26	1.77
988211--988251	10	4.1	10	83	0	55	29	29	0	41	1.56
988293--988333	18	2.3	18	91	4	66	29	4	2	63	1.28
990011--990046	18	2.0	18	88	0	54	27	27	16	27	1.97
990537--990608	26	3.0	24	68	27	62	27	6	2	62	1.35
995335--995439	15	6.9	15	72	19	56	72	3	5	18	1.20
996029--996133	37	2.8	37	92	2	176	32	13	14	40	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
996707--996889	83	2.2	84	86	1	244	25	20	22	31	1.98
996949--997193	36	6.9	36	76	13	222	40	13	20	25	1.88
996983--997169	102	1.8	102	82	6	245	39	12	20	27	1.89
998026--998120	32	2.9	32	88	1	136	35	21	11	31	1.89
999172--999250	33	2.4	33	85	8	99	2	15	5	77	1.05
999209--999255	18	2.5	20	86	10	64	2	10	4	82	0.88
999192--999251	27	2.2	27	79	8	68	1	11	5	81	0.91
1002288--1002360	19	4.1	18	74	10	60	72	5	5	16	1.22
1002484--1002570	39	2.2	38	82	15	99	63	3	2	31	1.23
1002603--1002647	23	2.0	23	86	8	65	68	4	6	20	1.29

Tables:   1   2   3   4   5