genome.fa.s1985.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01001985.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00004046_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  712196

Tables:   1   2   3   4   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5259--5347	45	2.0	45	82	4	108	34	19	15	30	1.93
13381--13421	21	1.9	22	85	5	57	39	9	21	29	1.86
14146--14220	35	2.1	35	92	0	123	33	29	28	9	1.88
14297--14378	24	3.5	24	84	3	112	35	19	18	26	1.95
16848--16895	10	5.6	9	85	14	50	22	22	35	18	1.96
16849--16920	8	9.4	8	73	25	59	20	22	40	16	1.91
16882--16970	13	6.5	13	82	12	106	15	20	46	17	1.85
16903--16943	18	2.3	18	86	0	64	9	19	48	21	1.77
16890--16956	31	2.2	31	88	0	107	13	19	47	19	1.82
16882--16975	44	2.1	44	92	0	152	14	20	46	18	1.83
19007--19081	35	2.1	35	92	0	123	33	29	28	9	1.88
19165--19242	24	3.3	23	83	5	102	35	19	17	26	1.94
21705--21752	10	5.6	9	85	14	50	22	22	35	18	1.96
21706--21777	8	9.4	8	73	25	59	20	22	40	16	1.91
21739--21827	13	6.5	13	82	12	106	15	20	46	17	1.85
21760--21800	18	2.3	18	86	0	64	9	19	48	21	1.77
21747--21813	31	2.2	31	88	0	107	13	19	47	19	1.82
21739--21832	44	2.1	44	92	0	152	14	20	46	18	1.83
31999--32045	18	2.6	18	93	6	78	14	21	27	36	1.93
35243--35322	18	4.5	18	87	1	108	41	13	11	33	1.80
36138--36192	20	2.8	20	88	0	83	32	21	10	34	1.89
36425--37227	59	13.8	59	88	1	991	31	19	13	35	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
40095--40158	23	2.8	22	77	11	67	32	23	26	17	1.96
45803--45878	2	38.0	2	97	0	143	50	1	0	48	1.09
46148--46277	30	4.3	30	93	3	201	30	23	23	22	1.99
46175--46327	30	5.0	31	89	2	96	32	22	21	23	1.98
47084--47140	21	2.7	21	78	10	64	40	15	7	36	1.75
47469--47512	21	2.2	20	87	4	61	15	25	27	31	1.96
48687--48716	2	15.0	2	92	0	51	50	3	0	46	1.18
48989--49232	30	8.1	30	97	0	445	30	24	22	22	1.99
49933--49974	22	2.0	22	85	4	59	33	26	0	40	1.56
50422--50466	21	2.1	21	87	0	63	15	24	28	31	1.96
53540--53578	2	19.5	2	100	0	78	51	0	0	48	1.00
53856--54129	30	9.1	30	97	0	505	30	24	22	22	1.99
54834--54875	22	2.0	22	85	4	59	33	26	0	40	1.56
55323--55367	21	2.1	21	87	0	63	15	24	28	31	1.96
61203--61288	16	5.3	15	72	22	52	75	8	15	1	1.09
61203--61277	16	4.6	17	73	21	54	76	8	16	0	1.02
61928--61976	22	2.2	22	92	0	80	32	24	14	28	1.94
62390--62425	18	2.0	18	88	0	54	19	8	30	41	1.81
62905--63186	36	8.0	36	79	8	294	26	19	14	40	1.89
62863--63035	72	2.4	73	85	5	228	25	19	16	38	1.92
62931--63248	138	2.3	137	83	1	386	28	19	12	39	1.89
63161--63316	68	2.3	67	83	4	199	31	23	8	35	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63922--64371	105	4.3	104	90	3	674	32	26	18	22	1.97
66590--66653	2	32.0	2	96	0	119	50	1	0	48	1.10
66926--67055	30	4.3	30	93	1	208	29	24	23	23	1.99
67028--67104	31	2.5	31	82	4	84	35	22	19	23	1.96
68255--68299	21	2.1	21	87	0	63	15	24	28	31	1.96
76478--76611	41	3.3	41	78	3	137	37	20	16	25	1.93
76524--76580	21	2.8	21	86	2	71	36	17	21	24	1.94
76519--76729	20	10.7	19	78	8	122	39	21	13	25	1.90
76639--76728	19	4.7	19	82	8	94	33	23	11	32	1.90
76585--76728	39	3.7	40	79	8	129	38	24	11	25	1.89
77514--77547	12	2.8	12	90	0	50	55	29	0	14	1.40
80074--80152	20	4.2	20	75	18	89	36	24	16	22	1.94
80065--80136	34	2.1	34	89	0	108	38	23	18	19	1.93
80070--80182	54	2.1	54	91	0	181	37	23	15	23	1.93
81692--81789	21	4.7	21	80	7	110	21	21	35	21	1.96
82104--82243	63	2.2	63	78	5	149	31	37	14	17	1.89
83940--84019	20	4.1	20	86	1	117	51	20	17	11	1.75
84021--84067	20	2.3	20	92	0	76	10	17	25	46	1.79
84590--84677	20	4.4	21	80	13	105	28	14	21	35	1.93
84588--84696	40	2.7	40	79	9	123	27	14	23	33	1.94
87466--87511	12	3.6	12	81	16	56	45	17	19	17	1.85
87472--87512	12	3.1	13	80	19	57	46	14	17	21	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89801--89841	21	2.0	21	95	0	73	29	14	7	48	1.71
92223--92321	33	3.0	33	91	1	155	32	7	14	46	1.71
92307--92361	13	4.2	13	75	13	58	34	3	12	49	1.59
92695--92751	22	2.6	22	97	0	105	12	28	38	21	1.89
92789--92822	18	1.9	18	88	5	52	38	11	8	41	1.73
92916--92947	16	2.0	17	88	11	50	43	21	21	12	1.86
94808--95077	135	2.0	135	100	0	540	44	21	11	22	1.84
98816--98848	2	17.0	2	93	6	59	51	0	0	48	1.00
99004--99857	182	4.7	182	88	2	1146	41	14	16	27	1.87
102244--102287	21	2.1	21	95	0	79	40	11	34	13	1.81
102319--102415	33	3.0	32	92	4	158	27	0	47	24	1.52
104186--104234	19	2.6	19	96	0	89	32	2	10	55	1.45
104613--105066	203	2.3	197	84	3	552	37	14	16	31	1.89
106558--106618	18	3.6	18	89	8	83	40	3	34	21	1.69
106558--106637	6	13.3	6	83	0	70	40	2	31	26	1.69
106558--106636	15	5.3	15	78	3	79	40	2	31	25	1.69
112870--112976	28	3.8	29	89	8	168	43	16	21	17	1.87
113747--114221	197	2.4	195	85	5	618	37	13	16	32	1.87
123633--123696	27	2.4	28	81	7	78	32	20	34	12	1.90
132340--132381	11	4.0	11	78	12	52	76	0	0	23	0.79
133899--133940	17	2.3	19	88	8	61	71	2	0	26	0.98
134160--134274	55	2.1	55	88	0	167	28	20	20	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
134209--134654	80	5.5	80	79	5	380	24	19	24	30	1.98
134213--134654	160	2.7	163	81	6	520	25	19	24	30	1.98
134651--134737	35	2.5	35	90	7	135	28	10	20	40	1.85
134723--135431	36	19.8	36	74	15	519	40	13	20	25	1.88
134794--134983	101	1.9	102	88	2	292	40	13	19	26	1.89
134752--134999	138	1.8	136	89	3	390	39	14	20	25	1.90
134752--135176	174	2.4	174	94	1	753	40	13	20	25	1.89
134968--135320	102	3.3	102	74	11	386	41	13	19	25	1.87
135086--135155	21	3.6	21	67	21	62	40	12	20	27	1.88
135098--135218	42	3.0	42	85	7	155	46	12	19	22	1.83
135098--135251	78	2.0	79	85	1	211	44	12	19	22	1.85
135314--135393	42	1.9	41	92	2	133	45	11	20	23	1.83
134896--135431	216	2.5	210	85	9	735	41	12	19	25	1.87
136666--136891	95	2.6	87	78	15	246	32	20	17	29	1.96
136714--136913	95	2.1	96	86	3	287	33	19	16	32	1.93
139265--139328	7	9.3	7	80	13	62	78	4	0	17	0.92
140324--140365	22	1.9	22	90	9	68	42	2	14	40	1.58
145793--145857	21	3.0	22	82	13	80	38	0	0	61	0.96
145793--145844	3	17.7	3	84	11	72	34	0	0	65	0.93
155265--155605	114	3.0	114	93	0	574	34	15	19	30	1.93
157665--157776	54	2.1	54	86	0	152	37	16	23	23	1.93
158136--158212	22	3.5	22	89	0	118	33	15	14	36	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
158650--158941	113	2.5	115	93	3	480	40	13	19	26	1.89
158881--158981	40	2.5	40	98	0	193	48	9	22	18	1.78
158762--159094	159	2.1	153	92	3	540	41	13	20	24	1.88
158921--159679	113	6.7	113	85	6	885	39	14	18	28	1.89
159375--159438	20	3.2	20	65	12	51	42	9	20	28	1.83
159482--159767	124	2.4	122	85	6	370	42	15	19	23	1.88
159905--159969	21	3.0	22	80	14	80	41	0	0	58	0.98
159900--159958	18	3.3	18	76	7	66	40	0	0	59	0.97
159905--159956	3	17.7	3	84	11	54	38	0	0	61	0.96
160430--160460	15	2.1	15	93	0	53	83	3	12	0	0.75

Tables:   1   2   3   4