genome.fa.s1985.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01001985.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00004046_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  712196

Tables:   1   2   3   4   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
162262--162625	54	6.6	54	79	10	308	33	21	16	29	1.95
162268--162602	168	2.0	169	82	4	417	33	21	16	28	1.95
166547--166586	21	1.9	21	89	0	62	27	0	35	37	1.57
171089--171128	21	1.9	21	85	10	55	35	10	2	52	1.48
177782--178129	54	6.4	54	86	2	337	32	21	18	27	1.97
177786--178083	162	1.8	162	84	2	411	32	22	19	26	1.97
177786--178085	108	2.8	107	84	3	379	32	22	19	26	1.97
179664--179691	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
191400--191469	3	23.3	3	82	0	86	37	1	2	58	1.22
201210--201239	13	2.3	13	94	0	51	86	10	3	0	0.67
202489--203049	134	4.2	135	77	5	487	32	22	15	29	1.95
204762--204836	27	2.8	26	75	18	73	22	4	6	66	1.32
206031--206270	95	2.5	95	78	6	256	30	15	26	27	1.96
206596--206872	59	4.7	59	92	0	455	35	11	21	31	1.89
211996--212040	22	2.0	23	86	4	65	31	15	28	24	1.96
211995--212046	22	2.5	20	79	11	59	30	15	28	25	1.96
211828--212046	95	2.3	96	82	7	259	29	15	26	27	1.96
212373--212836	59	7.9	59	89	1	646	34	11	21	31	1.90
214777--214908	35	3.7	35	89	3	194	41	28	0	29	1.61
215396--215675	148	1.9	142	92	4	470	47	10	6	35	1.63
215834--215929	35	2.7	35	83	3	104	30	0	26	43	1.55
217417--217522	53	2.0	53	96	0	194	24	16	27	32	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
217922--217950	14	2.0	15	93	6	51	31	0	0	68	0.89
219247--219279	17	1.9	18	88	11	52	39	9	12	39	1.74
225981--226013	16	2.1	16	88	11	50	69	12	0	18	1.18
228510--228540	3	10.3	3	92	0	53	29	3	0	67	1.06
229068--229133	28	2.4	28	94	0	114	28	21	7	42	1.80
229082--229139	28	2.1	28	93	0	98	27	24	8	39	1.84
229089--229149	28	2.2	28	84	0	77	31	27	6	34	1.83
237893--237958	31	2.1	31	88	0	96	34	13	28	22	1.92
238963--239000	19	2.0	19	94	0	67	44	0	0	55	0.99
238967--239008	19	2.2	19	86	0	57	47	0	0	52	1.00
239351--239418	31	2.2	31	91	0	118	23	30	13	32	1.93
239573--239702	59	2.2	60	86	2	174	33	15	18	33	1.92
239599--239717	59	2.0	59	83	6	152	31	16	16	34	1.92
241113--241162	13	3.6	14	80	20	61	70	2	2	26	1.09
241118--241159	7	6.1	7	78	15	52	71	2	0	26	0.98
241637--241718	33	2.5	33	89	0	119	29	12	19	39	1.88
241772--241830	3	20.7	3	83	16	81	67	0	0	32	0.91
242816--243073	110	2.4	110	89	2	389	22	19	24	34	1.96
247068--247117	7	6.9	7	82	17	66	72	0	0	28	0.86
247063--247116	27	2.1	27	86	13	78	72	0	1	25	0.95
247071--247116	4	12.2	4	82	17	55	73	0	0	26	0.83
247589--247670	33	2.5	33	90	4	121	28	13	20	37	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
247729--247769	3	14.3	3	80	19	52	65	0	0	34	0.93
248071--248143	23	3.2	23	100	0	146	41	9	13	35	1.77
248514--248560	21	2.2	21	77	7	51	34	17	17	31	1.92
250085--250127	16	2.7	16	77	0	50	39	2	2	55	1.25
250604--250678	35	2.1	37	90	5	118	38	16	16	29	1.90
253150--253188	8	5.0	8	84	6	53	10	17	12	58	1.61
254313--254374	23	2.7	22	80	9	72	79	6	14	0	0.93
254313--254381	20	3.2	20	82	10	66	79	5	13	1	0.97
254992--255042	22	2.3	22	96	0	93	35	27	11	25	1.91
255455--255490	18	2.0	18	94	0	63	16	8	33	41	1.78
256021--256178	36	4.3	36	92	2	262	25	20	12	41	1.87
256064--256318	138	1.8	138	86	1	368	27	19	13	40	1.88
255972--256303	174	1.9	175	85	3	454	27	19	12	40	1.88
256197--256318	36	3.4	36	84	3	156	23	21	14	40	1.90
256991--258384	105	13.3	105	83	5	1411	32	25	20	21	1.97
258845--258919	35	2.1	37	90	5	118	38	16	16	29	1.90
269605--269759	57	2.7	55	77	10	152	32	10	19	36	1.87
269547--269759	115	1.9	109	83	7	275	32	11	18	37	1.86
269779--270393	227	2.7	227	85	3	795	29	22	16	31	1.96
271839--271870	2	16.0	2	93	0	55	50	3	0	46	1.17
272328--272379	12	4.4	11	79	13	50	5	0	11	82	0.82
274033--274088	22	2.7	21	78	8	60	58	8	8	23	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
275286--275732	92	4.9	92	80	3	389	29	14	21	34	1.93
275727--275802	39	1.9	39	86	5	109	36	18	13	31	1.89
278116--278152	13	2.6	15	79	16	51	48	10	27	13	1.75
278081--278152	28	2.6	29	82	8	78	50	13	22	13	1.77
278090--278152	14	4.5	14	74	18	51	47	14	23	14	1.80
279480--279509	3	10.0	3	92	0	51	33	3	0	63	1.11
279767--279806	21	1.9	21	94	0	71	35	30	20	15	1.93
282636--282673	20	1.9	20	94	0	67	31	34	15	18	1.92
282684--282842	65	2.5	65	86	1	203	32	23	15	29	1.95
282684--282863	64	2.8	63	82	5	182	31	23	16	28	1.96
290244--290405	65	2.5	65	90	1	245	31	24	16	28	1.96
290244--290423	64	2.8	64	85	4	236	30	24	16	28	1.97
291729--291785	23	2.4	23	80	11	62	66	7	7	19	1.39
291740--291785	22	2.1	22	84	8	58	65	8	8	17	1.45
311533--311578	2	23.5	2	95	4	85	50	0	0	50	1.00
313016--313051	15	2.3	15	95	4	63	30	8	13	47	1.73
319204--319449	53	4.6	53	80	11	213	31	9	18	40	1.83
319223--319449	106	2.1	105	81	9	257	30	9	18	40	1.82
320076--320113	18	2.1	18	90	0	58	34	23	18	23	1.96
320926--321321	121	3.3	121	68	16	295	33	17	20	28	1.95
321434--321478	23	2.0	23	95	0	81	37	17	22	22	1.94
321863--321943	23	3.4	23	80	16	78	53	0	0	46	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
321888--321957	26	2.6	28	78	19	78	51	0	0	48	1.00
321925--321969	17	2.6	18	82	10	58	53	0	2	44	1.13
321966--322035	25	2.7	27	82	8	83	45	0	1	52	1.09
322051--322094	22	2.0	22	86	8	63	50	4	0	45	1.22
322073--322124	24	2.3	22	81	15	54	51	3	0	44	1.19
322169--322202	17	2.0	17	88	11	52	61	0	0	38	0.96
322186--322242	21	2.7	22	81	13	66	50	0	3	45	1.18
322190--322270	23	3.5	22	73	15	67	46	0	3	49	1.19
322340--322417	19	4.2	18	87	9	95	33	12	6	47	1.67
322340--322417	39	2.1	37	86	11	106	33	12	6	47	1.67
323894--323936	21	2.1	20	91	4	68	25	0	0	74	0.82
325032--325346	157	2.0	157	95	3	573	32	20	14	32	1.93
334566--334908	38	9.2	36	64	10	122	32	18	10	38	1.85
334501--334988	74	6.6	74	89	1	699	31	19	11	37	1.87
334501--334988	149	3.3	148	88	1	708	31	19	11	37	1.87
335726--335776	21	2.4	21	83	0	66	35	25	17	21	1.95
336168--336227	31	2.1	30	84	12	81	50	18	1	30	1.57
336345--336389	23	2.0	23	86	4	65	37	20	0	42	1.52
337789--337822	17	2.1	16	88	5	50	14	8	0	76	1.01
344180--344222	20	2.1	21	87	8	63	18	13	0	67	1.23
344179--344228	20	2.5	20	75	15	59	18	18	0	64	1.30
347993--348026	17	2.1	16	88	5	50	14	8	0	76	1.01
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
350331--350441	36	3.1	36	82	7	116	30	18	8	42	1.80
350331--350441	37	3.1	35	82	7	123	30	18	8	42	1.80
350583--350788	98	2.1	96	79	6	218	33	20	16	29	1.95
352387--352447	20	3.0	21	71	9	63	14	6	4	73	1.20
354126--354167	22	1.9	22	95	0	75	78	0	7	14	0.95
354147--354171	13	1.9	13	100	0	50	84	0	8	8	0.79
354154--354236	33	2.6	30	75	17	78	73	4	8	13	1.22
354344--354370	10	2.7	10	100	0	54	70	7	0	22	1.12
357377--357490	53	2.1	54	80	3	131	15	21	14	48	1.81
361335--361430	46	2.1	46	92	0	156	34	14	20	30	1.93

Tables:   1   2   3   4