genome.fa.s1989.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01001989.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00004063_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  499561

Tables:   1   2   3   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2069--2094	13	2.0	13	100	0	52	46	0	15	38	1.46
8917--9116	74	2.7	74	86	4	271	34	17	24	24	1.96
9083--9134	22	2.5	20	87	6	68	28	15	26	28	1.96
9459--9914	59	7.7	59	85	3	587	34	11	19	34	1.88
9459--9916	179	2.6	176	85	3	598	34	12	19	34	1.89
12506--12723	95	2.3	95	83	0	265	36	14	23	25	1.93
13061--13458	59	6.8	59	90	3	579	32	12	19	35	1.90
13725--13751	14	1.9	14	100	0	54	44	22	14	18	1.86
17899--18322	211	2.0	211	97	0	803	34	9	20	34	1.85
20360--20402	4	9.8	4	90	10	50	20	2	4	72	1.14
20360--20402	9	4.9	8	86	13	50	20	2	4	72	1.14
20424--20455	15	2.0	17	88	11	50	9	6	15	68	1.36
25935--26008	30	2.5	30	77	14	73	56	4	2	36	1.32
25970--26013	23	2.0	22	86	13	63	56	0	2	40	1.11
26202--26245	17	2.5	17	85	3	61	50	4	4	40	1.43
29313--29354	16	2.7	15	79	13	50	14	2	7	76	1.10
30300--30340	18	2.3	18	91	0	64	24	36	2	36	1.69
34080--35024	6	157.7	6	92	0	650	36	0	13	49	1.48
34084--34148	8	7.9	8	89	6	103	50	10	0	38	1.37
34152--35020	12	74.1	12	90	7	1245	35	0	14	50	1.44
34152--35020	18	49.4	18	89	8	1245	35	0	14	50	1.44
35927--35978	26	2.0	26	96	0	95	34	13	7	44	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39222--39299	3	26.7	3	73	19	67	32	1	0	66	1.00
39219--39293	11	7.0	11	77	17	68	33	1	0	65	1.01
39222--39299	28	2.9	27	82	5	86	32	1	0	66	1.00
41195--41576	131	2.9	131	89	0	559	34	9	17	39	1.82
50725--50783	26	2.3	26	96	0	109	40	15	15	28	1.87
55837--55961	46	2.8	44	84	8	171	40	8	21	30	1.82
56362--56445	21	4.0	21	85	0	114	27	19	27	26	1.99
62563--62611	19	2.6	19	70	0	53	16	4	8	71	1.26
69991--70018	2	14.0	2	100	0	56	0	0	50	50	1.00
73584--73616	12	2.9	11	91	8	57	75	0	18	6	1.00
73595--73631	14	2.5	15	91	8	58	81	0	13	5	0.86
73608--73650	21	2.0	21	86	0	59	81	0	11	6	0.87
73581--73651	25	2.9	24	76	14	65	77	0	15	7	0.97
74944--75244	135	2.2	134	82	2	345	30	22	17	28	1.97
75707--75760	24	2.2	24	84	9	74	14	5	11	68	1.37
76210--76690	131	3.7	130	87	1	629	34	9	16	40	1.80
76214--76704	262	1.9	262	86	0	694	33	9	16	40	1.80
77669--77795	59	2.1	61	94	4	222	25	24	10	39	1.87
81369--81428	26	2.3	27	88	2	86	43	15	10	31	1.79
81304--81596	94	3.0	94	83	4	343	40	13	8	37	1.75
81300--81531	94	2.5	95	88	0	349	40	15	8	35	1.79
81657--81817	66	2.4	68	88	3	229	40	15	8	36	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81399--81926	160	3.2	159	89	4	727	39	14	7	37	1.75
81723--81911	94	2.0	94	88	2	281	38	16	8	37	1.79
90899--90986	45	1.9	46	90	2	142	27	25	20	27	1.99
92649--92692	22	2.0	22	100	0	88	36	4	22	36	1.75
95027--95503	239	2.0	239	91	0	774	29	15	17	37	1.91
96045--96083	18	2.2	17	86	4	51	28	20	5	46	1.72
100256--100426	62	2.8	60	82	5	191	31	24	8	35	1.85
100303--100460	61	2.6	61	81	5	185	30	24	10	34	1.90
102098--102202	37	2.8	37	85	0	138	40	15	13	30	1.85
102273--102366	37	2.5	37	87	0	125	42	14	12	29	1.83
102766--102806	18	2.1	20	86	13	59	26	0	0	73	0.84
102766--102812	22	2.1	23	84	11	62	25	2	0	72	0.96
102826--102874	25	2.0	24	84	4	62	34	4	0	61	1.15
103052--103119	9	7.4	9	70	15	50	23	2	0	73	0.97
103060--103099	13	3.0	13	85	14	55	22	2	0	75	0.93
103308--103347	18	2.2	19	86	4	55	20	7	0	72	1.08
107534--107601	14	4.6	14	81	15	75	79	7	13	0	0.93
107559--107601	10	4.4	10	80	14	54	81	6	11	0	0.87
107545--107610	25	2.8	25	80	15	77	81	6	12	0	0.85
107571--107608	17	2.2	18	95	4	69	84	5	10	0	0.77
107545--107610	18	3.8	17	82	7	71	81	6	12	0	0.85
108214--108268	22	2.5	22	93	0	92	38	25	10	25	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
108681--108717	18	2.0	19	94	5	67	18	5	32	43	1.73
109229--110503	106	12.0	106	91	0	1903	34	25	17	22	1.96
111253--111357	37	2.8	37	86	0	147	40	15	13	31	1.85
111774--111820	23	2.0	23	84	15	62	27	2	0	70	0.99
111833--111881	11	4.5	11	72	23	50	34	4	0	61	1.15
111831--111884	27	2.0	26	85	3	72	35	3	0	61	1.14
111953--112117	27	6.2	26	68	23	78	28	3	1	66	1.19
112076--112124	25	2.0	25	84	8	64	26	2	0	71	0.97
112223--112262	19	2.0	20	90	4	64	22	7	0	70	1.12
119396--119714	138	2.3	138	84	5	412	30	14	14	41	1.85
120292--120332	18	2.3	19	87	8	59	43	7	0	48	1.30
120592--120638	24	1.9	25	91	4	78	40	4	0	55	1.19
120594--120625	17	1.9	16	93	6	55	40	3	0	56	1.15
123963--124012	25	2.0	26	88	11	77	42	4	2	52	1.31
124057--124119	27	2.3	27	79	17	69	38	3	0	58	1.14
124163--124219	21	2.8	21	89	5	82	56	1	0	42	1.10
126843--126901	9	6.3	9	76	5	55	37	5	1	55	1.32
131420--131480	29	2.1	29	84	3	79	40	3	3	52	1.34
131695--131739	19	2.3	20	88	11	76	48	11	0	40	1.39
132110--132140	16	1.9	16	93	0	53	35	3	6	54	1.42
138818--138846	13	2.2	13	100	0	58	41	34	10	13	1.79
141170--141219	17	2.9	17	78	0	55	44	10	12	34	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
141772--141991	45	4.9	45	83	6	268	40	13	23	22	1.89
141781--142035	45	5.6	45	80	6	207	40	12	22	25	1.89
145115--145242	65	2.0	63	86	7	177	29	21	17	31	1.96
151047--151123	23	3.5	22	74	13	77	28	24	18	28	1.98
153875--154049	90	2.0	89	86	7	248	41	13	20	25	1.88
154432--154714	45	6.3	45	82	2	282	43	11	21	24	1.85
154432--154714	90	3.1	89	81	3	325	43	11	21	24	1.85
154432--154714	135	2.1	134	85	4	372	43	11	21	24	1.85
161043--161202	67	2.4	67	82	3	171	40	14	15	29	1.87
161077--161204	67	1.9	67	86	0	184	40	15	16	27	1.89
170362--170561	98	2.0	100	95	4	361	30	12	10	47	1.74
193287--193314	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
193809--193861	26	2.0	26	96	0	97	18	18	11	50	1.76
193853--194154	34	7.9	34	73	21	127	28	24	10	35	1.89
193844--194288	79	5.6	79	92	0	728	28	24	11	36	1.89
194124--194278	45	3.7	45	74	18	179	27	25	12	34	1.92
194789--194839	20	2.5	21	84	9	70	19	33	15	31	1.93
196515--196564	25	2.0	25	96	0	91	44	10	0	46	1.37
199222--199251	15	2.0	15	93	0	51	33	10	43	13	1.77
200768--200820	25	2.1	25	100	0	106	41	30	7	20	1.80
202089--202118	14	2.1	15	93	6	53	46	0	20	33	1.51
202494--202544	20	2.5	20	81	6	68	31	15	31	21	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
202967--203413	58	7.7	58	90	2	677	35	9	19	35	1.85
202973--203415	172	2.5	175	90	2	707	35	10	18	35	1.85
202973--203433	230	2.0	229	88	3	667	35	9	19	35	1.85
209499--209547	21	2.3	21	93	6	82	32	10	22	34	1.88
210560--210597	12	3.2	12	77	7	51	2	31	0	65	1.06
212647--212699	20	2.5	22	87	6	74	33	16	22	26	1.96
213732--213814	24	3.5	24	93	0	139	36	18	15	30	1.92
216872--216907	18	2.0	18	100	0	72	27	16	0	55	1.42
218359--218724	41	9.1	40	78	7	366	30	10	20	37	1.87
218538--218613	36	2.3	32	75	18	82	31	10	19	38	1.86

Tables:   1   2   3