genome.fa.s2070.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01002070.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00004227_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  812484

Tables:   1   2   3   4   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6756--6803	18	2.7	18	83	0	60	35	20	0	43	1.52
10034--10087	26	2.1	26	100	0	108	22	38	3	35	1.72
32365--32418	14	3.9	14	83	9	56	14	11	12	61	1.58
32361--32416	28	2.0	28	85	0	76	12	12	14	60	1.59
32619--32721	10	9.2	10	69	21	62	12	11	17	58	1.63
32617--32718	20	5.1	20	73	20	70	13	12	16	56	1.67
32643--32738	24	4.2	23	74	16	83	11	13	18	56	1.67
33531--33588	29	2.0	30	86	3	82	43	5	20	31	1.74
36210--36372	39	4.2	39	85	0	220	23	17	28	30	1.97
41148--41496	46	7.6	46	87	1	493	40	13	22	22	1.89
46300--46343	19	2.4	18	92	7	72	45	4	20	29	1.71
46307--46346	19	2.1	19	100	0	80	45	5	20	30	1.72
46721--47254	46	11.6	46	85	1	649	43	12	20	23	1.86
47919--47969	25	2.0	25	96	0	93	27	7	39	25	1.83
50550--50587	18	2.1	18	100	0	76	39	15	10	34	1.82
52189--52226	7	5.7	7	84	12	53	2	23	0	73	0.95
52183--52226	14	3.4	13	84	9	54	4	22	0	72	1.02
54343--54417	19	3.8	19	78	8	71	2	18	1	77	0.96
54353--54414	21	3.1	19	80	17	63	1	19	1	77	0.94
54352--54417	19	3.4	19	83	8	80	1	18	1	78	0.90
54341--54436	31	3.1	30	78	14	99	4	19	1	75	1.03
75127--75189	29	2.1	31	82	5	76	42	6	17	33	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75181--75250	30	2.4	30	88	7	99	40	5	20	34	1.76
76751--76796	2	23.0	2	100	0	92	50	0	0	50	1.00
79030--79078	16	2.8	17	75	19	55	42	8	16	32	1.77
79030--79091	20	3.3	19	80	12	67	43	9	16	30	1.80
83158--83237	16	5.1	16	73	14	51	75	1	7	16	1.10
83215--83244	4	7.2	4	92	7	51	73	0	3	23	0.98
83250--83280	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
83597--83640	23	1.9	23	86	9	63	63	0	2	34	1.07
84110--84211	37	2.8	37	87	0	132	30	11	14	43	1.82
84899--85530	106	6.0	105	87	3	839	22	18	24	33	1.97
85708--85937	115	2.0	115	99	0	451	23	18	24	33	1.97
86357--86417	24	2.5	24	91	0	95	40	3	19	36	1.68
86598--86674	22	3.5	22	92	0	127	22	14	25	37	1.92
87309--87365	13	4.1	14	77	18	57	0	14	7	78	0.94
87295--87330	18	1.9	19	88	5	56	0	13	5	80	0.88
87303--87359	14	3.9	16	71	17	52	0	14	5	80	0.87
87304--87360	30	1.9	30	89	7	89	0	14	5	80	0.87
91744--91793	24	2.1	23	85	3	64	74	0	8	18	1.06
92091--92128	19	2.0	19	85	10	51	65	0	2	31	1.06
92658--92754	37	2.6	37	90	0	140	29	13	14	42	1.84
99384--99421	18	2.1	18	90	9	60	44	5	2	47	1.39
99412--99523	38	3.0	39	77	13	128	33	18	8	39	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99924--100100	36	5.1	37	69	15	88	30	16	11	41	1.84
99815--100194	102	3.7	102	85	2	496	32	16	10	40	1.82
100126--100212	37	2.4	37	84	7	106	33	13	8	44	1.73
100022--100287	139	1.9	139	80	6	306	32	16	10	40	1.83
103643--103740	48	2.0	48	96	0	178	31	5	13	50	1.63
104251--104295	23	2.0	22	83	12	56	11	15	13	60	1.60
118981--119185	47	4.4	47	94	2	337	33	19	7	39	1.80
119295--119409	61	1.9	61	92	0	194	31	26	16	26	1.97
120328--120395	29	2.4	28	76	11	66	32	20	8	38	1.84
121198--121255	30	1.9	30	89	6	91	37	18	5	37	1.74
128229--128562	172	1.9	172	92	1	553	29	19	17	33	1.94
132304--132444	36	3.9	35	85	9	194	37	19	24	19	1.94
132299--132444	72	2.0	72	94	0	256	39	18	23	18	1.92
133723--133796	38	1.9	38	94	0	130	48	13	6	31	1.68
133900--134003	38	2.7	37	82	5	127	33	11	4	50	1.60
142909--142955	24	2.0	24	95	0	85	25	17	12	44	1.84
148204--148271	23	3.0	23	82	0	82	17	23	26	32	1.97
148820--148884	27	2.4	27	97	0	121	32	12	13	41	1.82
152786--152853	27	2.6	27	93	4	113	32	11	16	39	1.84
156415--156482	19	3.7	18	70	23	52	61	1	1	35	1.14
157352--157417	23	2.8	23	77	6	62	39	1	7	51	1.40
157382--157421	16	2.5	16	87	0	53	42	2	2	52	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
162351--162401	20	2.6	20	93	3	86	33	11	7	47	1.69
167520--167554	15	2.4	15	90	4	54	0	22	5	71	1.07
167540--167601	27	2.3	27	76	18	65	12	19	9	58	1.62
178195--178232	20	2.0	20	84	5	51	18	13	2	65	1.37
182312--182360	22	2.3	20	80	13	53	34	6	4	55	1.44
187500--187590	45	2.0	45	97	0	173	29	17	10	41	1.84
191567--191916	45	7.9	44	77	7	235	41	18	15	23	1.89
191547--191934	89	4.4	89	81	5	401	40	18	16	24	1.91
191589--191934	134	2.6	134	79	5	367	40	18	16	24	1.91
191961--192105	74	2.0	74	85	0	200	48	10	14	26	1.75
191961--192118	37	4.2	36	82	3	172	49	10	15	24	1.76
192578--192648	25	2.8	25	82	4	79	49	1	12	36	1.50
193181--193237	24	2.5	22	78	18	62	1	14	3	80	0.92
193205--193238	15	2.4	14	85	9	50	2	14	0	82	0.79
193257--193594	174	1.9	174	87	1	498	31	22	10	34	1.89
200808--200854	24	1.9	25	86	4	69	29	21	10	38	1.87
203349--203394	20	2.3	20	96	0	83	26	41	2	30	1.68
205716--205767	21	2.5	21	83	0	68	34	21	34	9	1.86
210041--210156	42	2.9	40	79	6	135	37	25	11	25	1.89
210078--210151	20	3.6	20	82	7	94	35	24	12	28	1.91
210444--210494	19	2.7	19	93	0	84	31	25	5	37	1.80
210121--210769	321	2.0	323	91	1	1043	35	14	9	41	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
211354--211401	24	2.0	24	83	4	60	47	0	2	50	1.12
218186--218237	17	3.2	17	72	10	54	36	3	11	48	1.58
218407--218486	32	2.5	32	97	0	151	40	15	3	41	1.64
223952--224071	56	2.2	55	86	3	161	45	23	10	20	1.82
232920--232955	15	2.4	15	100	0	72	19	41	27	11	1.85
237772--238024	122	2.1	122	96	0	461	34	12	16	37	1.86
238211--238346	58	2.3	59	83	3	186	29	19	23	27	1.98
242542--242566	12	2.1	12	100	0	50	44	40	8	8	1.63
252270--252311	18	2.3	19	79	4	50	42	7	21	28	1.79
254271--254325	27	2.0	28	82	7	67	7	12	5	74	1.20
257079--257129	26	1.9	27	88	4	77	41	17	13	27	1.87
257728--257761	11	3.1	11	100	0	68	44	8	8	38	1.67
259077--259115	20	2.0	20	94	0	69	10	23	35	30	1.88
259002--259169	75	2.3	75	92	1	275	20	23	26	29	1.99
259623--259680	28	2.1	28	93	0	98	22	6	15	55	1.64
261939--261979	20	2.0	20	85	4	55	26	19	31	21	1.97
262391--262598	44	4.7	44	89	3	294	31	21	6	40	1.79
262499--262575	24	3.4	24	63	31	60	29	22	7	40	1.82
264183--265714	765	2.0	764	95	0	2760	35	17	9	37	1.83
268130--268168	20	1.9	20	84	5	51	25	23	33	17	1.96
268532--268769	87	2.7	88	89	3	345	31	22	6	39	1.79
268532--268769	44	5.4	44	89	3	345	31	22	6	39	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
275316--275349	16	2.1	16	94	0	59	41	11	5	41	1.66
275319--275357	16	2.5	16	87	4	53	46	10	5	38	1.60
281149--281189	22	1.9	21	90	5	64	41	36	2	19	1.65
284605--284675	20	3.6	20	96	1	126	36	12	5	45	1.66
289148--289308	70	2.3	70	91	0	259	32	21	16	29	1.95
291155--291197	14	3.1	14	90	6	52	13	27	0	58	1.37
291166--291197	7	4.6	7	100	0	64	12	28	0	59	1.34
291155--291197	21	2.0	21	86	8	61	13	27	0	58	1.37
292687--292715	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
292709--292751	23	1.9	22	81	13	52	53	0	2	44	1.13

Tables:   1   2   3   4