genome.fa.s2485.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01002485.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00005071_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244926

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
277--367	44	2.0	44	93	6	157	37	16	6	39	1.75
2263--2326	33	2.0	32	96	3	119	28	18	15	37	1.92
7170--7214	21	2.1	21	87	0	63	31	28	24	15	1.96
8014--8138	31	4.0	31	92	2	198	20	20	23	36	1.95
13570--13612	21	2.0	22	90	4	70	25	27	16	30	1.97
14464--14514	22	2.3	22	82	3	57	23	21	15	39	1.92
16900--16949	19	2.6	19	96	0	91	30	30	18	22	1.97
18065--19113	536	2.0	536	89	1	1640	33	17	15	33	1.92
20611--20661	2	25.5	2	95	0	93	0	50	0	49	1.00
20661--20747	2	43.5	2	100	0	174	49	0	0	50	1.00
21658--21714	28	2.0	28	86	0	78	12	47	22	17	1.81
22630--22717	29	3.0	29	84	0	122	14	32	32	19	1.92
24406--24553	80	1.9	80	85	2	208	40	11	11	36	1.78
47399--47523	24	5.2	24	85	4	144	40	20	14	24	1.90
47399--47537	72	1.9	72	84	5	183	42	20	14	23	1.88
51596--51632	18	2.1	18	100	0	74	27	21	24	27	1.99
59932--59975	2	22.0	2	100	0	88	50	0	0	50	1.00
60082--60164	40	2.1	40	81	4	96	36	22	16	24	1.95
60106--60164	20	3.0	20	97	0	109	38	20	20	20	1.93
60166--60405	20	11.9	20	81	9	240	40	24	14	20	1.90
60135--60405	100	2.7	101	84	6	322	40	23	15	21	1.91
60166--60405	60	4.0	60	82	8	265	40	24	14	20	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60429--60825	57	6.9	57	91	0	614	26	15	22	36	1.93
61990--62089	24	4.2	24	77	2	85	60	17	13	10	1.59
62266--62305	14	2.9	14	76	0	53	62	22	10	5	1.46
63187--63219	17	1.9	17	88	11	50	18	0	0	81	0.68
67925--67984	27	2.2	27	90	0	93	28	16	40	15	1.89
69543--69764	111	2.0	111	96	0	408	45	10	7	36	1.68
69826--69866	18	2.3	18	91	4	66	63	2	4	29	1.28
70071--70188	50	2.4	50	82	0	155	21	26	34	17	1.95
70949--71042	3	30.7	3	78	8	91	39	2	0	58	1.10
71519--71552	11	3.2	11	87	8	52	82	2	14	0	0.79
71519--71561	15	2.8	15	89	3	59	79	2	18	0	0.85
72413--72470	17	3.0	20	83	16	70	50	0	0	50	1.00
76050--76081	15	2.1	15	94	0	55	25	18	9	46	1.79
83394--83431	13	2.9	14	88	7	53	81	0	18	0	0.69
84582--85123	77	6.5	83	89	6	757	27	13	21	37	1.90
84587--85123	237	2.2	249	89	7	810	27	12	21	37	1.90
84587--85184	160	3.6	170	78	13	606	28	13	21	36	1.92
85848--86612	113	6.8	112	89	1	1142	38	14	18	29	1.90
86558--86636	36	2.2	36	95	0	140	49	10	20	20	1.77
86888--86966	3	25.7	3	77	10	70	39	2	0	58	1.12
87443--87476	11	3.2	11	87	8	52	82	2	14	0	0.79
87443--87485	15	2.8	15	89	3	59	79	2	18	0	0.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88537--88581	15	3.0	15	78	12	56	55	0	2	42	1.12
89173--89213	20	2.0	20	95	0	73	29	7	19	43	1.78
89889--89943	22	2.5	22	74	11	58	32	9	20	38	1.84
95106--95144	2	19.5	2	100	0	78	48	0	0	51	1.00
95837--95891	22	2.5	22	75	0	56	32	9	20	38	1.84
99037--99101	33	2.0	33	90	0	103	20	32	6	41	1.77
99637--99674	19	2.0	19	89	0	58	68	5	5	21	1.29
99644--99681	19	2.0	19	89	0	58	65	7	5	21	1.38
101801--101857	3	20.0	3	80	10	66	68	0	1	29	1.00
102404--102470	31	2.1	32	83	5	82	56	5	1	35	1.33
103931--103967	19	1.9	19	94	0	65	32	29	16	21	1.95
103995--104079	20	4.2	20	73	11	84	29	23	21	25	1.99
104897--104950	24	2.2	24	93	0	90	20	18	20	40	1.91
105995--106029	18	1.9	18	94	0	61	54	25	2	17	1.57
106200--106350	20	7.8	20	80	10	172	33	21	18	26	1.96
106200--106394	94	2.1	94	84	4	252	35	20	17	25	1.95
106498--106664	71	2.5	66	80	13	162	49	16	2	31	1.60
117461--117583	42	2.9	42	78	7	133	24	18	34	22	1.96
117461--117578	21	5.6	21	77	0	101	23	18	33	23	1.97
118484--118545	31	2.0	31	90	0	97	19	46	19	14	1.83
118520--118578	8	7.4	8	78	21	54	16	38	22	22	1.93
118470--118545	13	5.5	13	79	14	80	18	46	19	15	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
118532--118579	10	5.6	9	85	14	50	18	35	22	22	1.96
120986--121087	24	4.2	24	80	12	111	21	14	18	45	1.85
123283--123344	31	2.0	31	90	0	97	19	46	19	14	1.83
123319--123377	8	7.4	8	78	21	54	16	38	22	22	1.93
123269--123344	13	5.5	13	79	14	80	18	46	19	15	1.85
123331--123378	10	5.6	9	85	14	50	18	35	22	22	1.96
125780--125881	24	4.2	24	80	12	111	21	14	18	45	1.85
128075--128136	31	2.0	31	90	0	97	19	46	19	14	1.83
128111--128150	8	5.5	8	77	22	52	15	42	22	20	1.88
128061--128136	13	5.5	13	79	14	80	18	46	19	15	1.85
130572--130673	24	4.2	24	80	12	111	21	14	18	45	1.85
131826--131869	20	2.2	20	91	0	70	50	20	13	15	1.78
131856--131903	20	2.4	20	96	0	87	37	27	20	14	1.92
131909--131980	19	4.0	19	66	25	57	50	22	15	12	1.77
131896--131968	33	2.2	33	87	0	101	49	23	15	12	1.78
132087--132131	20	2.2	20	84	0	63	20	13	17	48	1.80
134028--134105	20	4.0	20	76	3	86	47	19	17	15	1.83
134129--134166	14	2.7	14	100	0	76	7	13	26	52	1.67
135184--135525	15	22.5	15	88	5	508	47	0	0	51	1.06
135505--135688	32	6.4	31	76	23	197	36	0	10	53	1.35
135533--135624	22	3.7	22	71	25	76	38	0	9	52	1.35
135364--135580	60	3.3	66	85	9	254	44	0	3	51	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
135725--135812	14	5.7	14	65	19	50	35	0	7	56	1.28
135554--136041	112	4.3	109	84	8	508	33	0	12	53	1.41
135715--135831	32	3.7	32	95	1	209	33	0	11	54	1.37
135505--135943	143	3.1	142	90	8	648	34	0	12	53	1.38
135858--135943	32	2.7	33	96	3	158	33	0	12	53	1.39
135505--136023	255	2.0	251	89	6	782	34	0	11	53	1.40
135882--135939	18	3.4	18	68	22	54	31	0	12	56	1.35
136070--136127	31	1.9	31	89	3	91	43	8	6	41	1.62
141625--141703	37	2.1	37	90	0	122	36	24	21	17	1.94
141844--141894	19	2.6	20	90	3	77	43	23	17	15	1.88
141844--142161	20	15.6	20	77	7	156	39	18	22	19	1.93
141969--142159	40	4.7	40	85	3	238	36	16	24	21	1.94
141948--142167	123	1.8	122	85	3	309	37	16	24	21	1.94
142345--142460	6	19.5	6	99	0	225	32	50	16	0	1.45
142985--143109	51	2.4	52	88	11	211	36	12	23	28	1.91
143002--143088	25	3.4	25	67	9	77	32	17	21	28	1.96
143145--143200	6	9.5	6	98	1	105	0	16	51	32	1.44
149672--149750	31	2.5	31	89	0	122	35	12	15	36	1.85
150673--150896	41	5.4	41	79	5	229	41	24	15	19	1.90
150673--150855	62	3.0	62	89	0	285	42	23	15	18	1.89
150802--150869	20	3.3	20	71	4	64	35	26	17	20	1.95
151027--151054	6	4.7	6	100	0	56	32	50	17	0	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
151346--151454	19	5.4	19	78	13	101	32	28	4	34	1.78
157272--157331	30	2.0	30	90	6	95	35	6	16	41	1.75
157470--157537	19	3.8	19	79	15	90	20	39	20	19	1.92
157482--157536	17	3.2	16	76	19	58	20	41	21	16	1.90
157470--157536	34	2.0	34	96	0	125	20	38	20	19	1.93
157638--157677	20	1.9	22	90	10	66	37	40	10	12	1.77
158821--158868	19	2.5	20	86	3	62	50	6	14	29	1.67
160086--160145	30	2.0	30	90	6	95	31	6	16	45	1.74
160419--160458	20	1.9	22	90	10	66	37	37	10	15	1.80
166817--166868	2	26.0	2	100	0	104	50	0	0	50	1.00

Tables:   1   2