genome.fa.s2538.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01002538.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00005154_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  352938

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
957--983	12	2.2	12	100	0	54	59	11	7	22	1.56
1062--1111	22	2.2	23	85	3	66	38	18	8	36	1.80
2401--2481	37	2.1	38	86	4	110	17	20	9	51	1.73
3890--3918	14	2.1	14	100	0	58	44	0	0	55	0.99
9125--9216	30	3.1	30	76	7	89	31	32	20	15	1.94
10829--10887	26	2.3	25	79	5	64	44	0	6	49	1.29
11272--11348	35	2.2	35	95	0	136	41	0	18	40	1.50
11834--11873	18	2.2	18	100	0	80	50	30	10	10	1.69
15211--15281	29	2.4	29	95	0	124	29	28	11	30	1.91
20248--20285	18	2.1	18	90	0	58	65	5	15	13	1.43
42445--42815	85	4.4	83	81	7	371	49	5	19	25	1.71
42445--42814	42	8.8	42	74	12	298	49	5	19	25	1.71
45349--45397	20	2.5	20	100	0	98	14	18	24	42	1.87
49919--50042	62	2.0	62	100	0	248	37	14	20	27	1.92
53936--53992	30	1.9	30	100	0	114	17	21	31	29	1.96
57098--57150	21	2.5	21	84	0	70	20	26	18	33	1.96
57140--57233	20	4.7	20	89	2	152	38	19	21	21	1.94
57140--57233	41	2.3	40	90	3	152	38	19	21	21	1.94
57778--57856	20	3.9	21	85	5	85	51	16	18	12	1.75
57833--57902	33	2.1	33	94	0	122	47	17	21	14	1.82
57918--57995	33	2.4	33	91	0	129	12	21	19	46	1.83
59681--60053	94	4.1	93	90	3	542	22	11	18	47	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60150--60187	20	1.9	20	94	0	67	50	26	15	7	1.72
60193--60300	19	5.8	19	73	14	100	10	21	21	47	1.80
60753--60819	21	3.2	21	66	6	55	23	35	20	19	1.95
60701--60819	42	2.8	42	81	5	107	22	36	18	22	1.95
62167--62202	14	2.6	14	95	0	63	33	0	22	44	1.53
62339--62385	19	2.5	19	96	0	85	46	25	14	12	1.80
62380--62509	19	7.6	19	67	23	101	12	23	18	45	1.83
62386--62509	33	3.8	33	96	0	221	12	23	18	45	1.83
62405--62492	14	5.6	14	69	23	50	11	23	19	45	1.83
62504--62570	20	3.3	20	67	19	57	22	20	25	31	1.98
65034--65087	24	2.2	24	90	0	81	40	20	16	22	1.91
65949--66082	41	3.3	41	82	5	130	29	18	17	35	1.94
65948--66098	20	7.5	20	85	4	164	27	18	17	36	1.93
65969--66098	41	3.2	40	84	4	147	26	18	18	36	1.94
65948--66097	61	2.5	61	84	5	180	27	18	17	36	1.93
66642--66687	23	2.0	23	82	4	56	45	0	6	47	1.28
75265--75290	3	8.7	3	100	0	52	69	0	0	30	0.89
83019--83092	20	3.7	20	76	3	85	41	18	21	17	1.90
83022--83102	41	2.0	41	100	0	162	43	17	22	17	1.88
83036--83108	21	3.5	21	77	3	94	42	19	23	15	1.88
83101--83152	20	2.6	20	93	0	86	26	28	19	25	1.98
83671--83738	20	3.5	19	82	6	82	47	25	16	11	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83734--83899	20	9.1	19	73	16	127	12	21	22	43	1.85
83739--83815	39	2.0	39	87	5	111	9	19	25	45	1.80
83787--83874	33	2.6	33	89	1	131	11	23	25	39	1.88
85899--85982	42	2.0	42	85	0	114	21	39	16	22	1.92
87380--87415	14	2.6	14	95	0	63	30	0	25	44	1.54
87595--87745	19	8.7	19	64	21	71	15	23	20	41	1.90
87599--87725	33	3.9	32	85	8	184	14	23	19	41	1.89
87592--87724	66	2.0	66	95	0	239	16	23	19	40	1.91
89346--89399	24	2.2	24	90	0	81	38	20	16	24	1.92
90434--90491	20	2.9	20	94	0	98	37	22	22	17	1.93
90510--90573	19	3.6	19	84	14	84	14	23	18	43	1.86
92563--92629	19	3.5	19	83	4	89	37	23	23	14	1.93
92618--92675	14	3.9	14	79	16	71	48	25	17	8	1.75
92602--92680	32	2.4	33	95	2	142	46	24	18	10	1.80
92687--92782	19	5.6	17	72	21	78	11	19	22	45	1.82
92709--92766	14	3.9	14	79	16	71	8	17	25	48	1.75
92692--92782	32	2.8	33	94	3	166	10	18	23	47	1.80
92767--92820	20	2.8	19	86	5	72	16	24	24	35	1.95
92755--92820	19	3.4	19	81	4	78	15	22	24	37	1.92
93293--93337	18	2.5	18	85	0	63	11	15	46	26	1.79
94859--94902	22	2.0	22	100	0	88	18	13	45	22	1.84
95090--95183	20	4.7	20	80	7	91	24	17	25	32	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95172--95264	20	4.5	21	75	4	91	18	24	17	39	1.91
95111--95245	41	3.3	41	83	4	139	20	20	20	37	1.94
95172--95267	41	2.3	41	96	1	174	18	23	16	40	1.91
95388--95579	103	1.9	101	95	3	330	25	10	20	43	1.83
99494--99518	4	6.2	4	100	0	50	24	0	0	76	0.80
100458--100499	20	2.1	20	100	0	84	54	14	16	14	1.71
104385--104417	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
104443--104512	31	2.3	30	82	2	77	20	7	12	60	1.56
104712--104764	6	8.8	6	100	0	106	0	49	16	33	1.47
105340--105383	22	2.0	22	95	0	79	70	4	0	25	1.06
108377--108452	3	24.7	3	84	5	98	36	0	1	61	1.04
108949--108980	15	2.1	16	94	5	57	78	6	15	0	0.95
110736--110787	20	2.6	21	76	11	56	26	7	0	65	1.20
120115--120324	54	3.9	54	90	0	330	38	14	22	24	1.92
121373--122238	76	11.4	76	99	0	1678	21	21	21	35	1.96
122370--122445	3	24.7	3	84	5	98	36	0	1	61	1.04
122942--122973	15	2.1	16	94	5	57	78	6	15	0	0.95
125583--125627	23	2.0	23	86	0	63	57	13	13	15	1.65
130347--130458	36	3.2	36	75	14	126	41	13	17	27	1.87
130289--130458	68	2.5	66	82	4	189	40	12	19	27	1.88
130985--131393	124	3.3	124	68	14	350	24	17	24	33	1.96
130546--131474	252	3.7	251	85	4	1157	25	17	24	33	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
131410--131668	110	2.4	108	90	3	398	22	18	24	34	1.96
142346--142400	26	2.0	27	83	13	69	56	7	7	29	1.53
142696--142781	42	2.0	42	95	0	154	32	4	33	29	1.78
144092--144248	80	2.0	80	100	0	314	26	17	14	42	1.87
160004--160060	26	2.2	25	79	11	62	15	17	8	57	1.63
162134--163108	105	9.4	105	90	5	1551	33	24	17	24	1.96
162134--163108	200	4.7	202	91	5	1407	33	24	17	24	1.96
163502--163549	21	2.4	21	89	6	73	29	2	0	68	1.01
165208--165331	50	2.4	52	84	9	175	26	22	20	29	1.99
166943--166990	18	2.7	18	100	0	96	25	20	29	25	1.99
168742--168780	20	2.0	19	90	5	60	43	0	23	33	1.54
168905--169008	51	2.1	50	83	1	127	21	31	30	16	1.95
174160--174190	2	16.0	2	93	6	55	48	0	51	0	1.00
180740--180802	22	2.6	22	82	12	63	39	1	4	53	1.31
186900--186925	3	8.7	3	100	0	52	69	0	30	0	0.89
187232--187268	20	1.9	19	89	10	58	45	10	24	18	1.81
187413--187444	15	2.1	15	94	0	55	65	0	0	34	0.93
193838--193988	76	2.0	76	98	0	293	40	14	14	30	1.86
197448--197529	30	2.7	30	82	1	83	28	29	10	31	1.91
199567--199660	20	4.7	20	80	2	89	23	18	24	34	1.96
199547--199661	20	5.7	20	78	5	88	23	17	23	35	1.95
199650--199742	20	4.5	21	78	4	100	17	24	18	39	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
199589--199723	41	3.3	41	82	4	139	19	21	20	38	1.94
199650--199742	41	2.3	41	100	0	186	17	24	18	39	1.91
201413--201488	31	2.5	31	93	4	127	17	50	23	9	1.74
201603--201666	31	2.1	31	91	5	103	17	48	23	10	1.78
201425--201782	178	2.0	180	98	1	702	27	37	17	16	1.92
202441--202783	39	9.1	38	74	16	220	43	6	3	46	1.46
202441--202780	38	9.1	37	79	12	297	43	6	3	46	1.46
209550--209574	13	1.9	13	100	0	50	36	0	0	64	0.94
211220--211548	163	2.0	163	100	0	658	26	29	10	33	1.89
223580--223645	23	2.9	23	82	8	80	27	19	27	25	1.99

Tables:   1   2