genome.fa.s2660.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01002660.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00005459_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2211860

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1764--1811	3	16.3	3	95	4	89	66	0	0	33	0.92
2197--2253	20	2.8	20	89	0	87	24	49	1	24	1.60
3866--3919	24	2.2	24	87	6	74	51	11	3	33	1.55
13411--13457	23	2.0	23	95	0	85	40	27	12	19	1.88
15015--15093	19	4.3	19	66	18	67	43	29	10	17	1.82
14989--15100	55	2.0	57	91	3	183	44	26	10	17	1.82
16892--16947	3	19.0	3	92	3	96	66	0	0	33	0.92
17329--17387	20	3.0	20	89	0	91	25	49	1	23	1.60
19030--19083	24	2.2	24	87	6	74	51	11	3	33	1.55
28278--28324	23	2.0	23	95	0	85	40	27	12	19	1.88
29946--30024	19	4.3	19	66	18	67	43	29	10	17	1.82
29920--30031	55	2.0	57	91	3	183	44	26	10	17	1.82
31689--31854	60	2.8	60	81	1	163	30	22	4	43	1.72
34468--34520	3	18.0	3	92	3	90	66	0	0	33	0.92
34903--34961	20	3.0	20	89	0	91	25	49	1	23	1.60
36384--36437	2	27.5	2	96	3	101	50	0	0	50	1.00
36634--36687	24	2.2	24	87	6	74	51	11	3	33	1.55
45868--45914	23	2.0	23	95	0	85	40	27	12	19	1.88
47474--47552	19	4.3	19	66	18	67	43	29	10	17	1.82
47448--47559	55	2.0	57	91	3	183	44	26	10	17	1.82
49349--49413	3	22.0	3	93	3	114	66	0	0	33	0.92
49796--49854	20	3.0	20	89	0	91	25	49	1	23	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51496--51549	24	2.2	24	87	6	74	51	11	3	33	1.55
61062--61108	23	2.0	23	95	0	85	40	27	12	19	1.88
62669--62747	19	4.3	19	66	18	67	43	29	10	17	1.82
62643--62754	55	2.0	57	91	3	183	44	26	10	17	1.82
64546--64602	3	19.0	3	89	7	89	64	0	0	35	0.93
64985--65043	20	3.0	20	89	0	91	25	49	1	23	1.60
66691--66744	24	2.2	24	87	6	74	51	11	3	33	1.55
75940--75986	23	2.0	23	95	0	85	40	27	12	19	1.88
77605--77683	19	4.3	19	66	18	67	43	29	10	17	1.82
77579--77690	55	2.0	57	91	3	183	44	26	10	17	1.82
79343--79456	59	1.9	59	85	1	156	30	19	4	45	1.70
79343--79473	60	2.2	59	83	1	154	30	20	3	45	1.69
82110--82169	3	20.0	3	89	6	95	66	0	0	33	0.92
82551--82608	20	2.9	19	85	7	80	25	50	1	22	1.59
84030--84061	2	16.5	2	93	6	57	50	0	0	50	1.00
84256--84302	23	2.0	23	88	8	69	46	10	2	40	1.50
84255--84308	24	2.2	24	80	6	65	50	11	3	35	1.56
87065--87095	14	2.1	15	94	5	55	38	22	0	38	1.54
94939--95028	23	3.8	24	85	1	103	27	14	18	38	1.90
94948--95038	24	3.9	24	86	1	96	28	13	19	38	1.89
95068--95142	35	2.1	35	92	0	123	9	28	29	33	1.88
97161--97190	13	2.3	13	100	0	60	16	46	23	13	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97193--97225	16	2.1	15	94	5	57	12	42	21	24	1.86
99752--99841	23	3.8	24	85	1	103	27	14	18	38	1.90
99761--99851	24	3.9	24	86	1	96	28	13	19	38	1.89
99881--99955	35	2.1	35	92	0	123	9	28	29	33	1.88
102849--102895	23	2.0	23	95	0	85	40	27	12	19	1.88
104456--104534	19	4.3	19	66	18	67	43	29	10	17	1.82
104430--104541	55	2.0	57	91	3	183	44	26	10	17	1.82
106199--106364	60	2.8	60	81	1	163	30	22	4	43	1.72
108980--109014	3	12.0	3	87	6	54	65	0	0	34	0.93
109395--109453	20	3.0	20	89	0	91	25	50	1	22	1.58
110075--110121	21	2.3	21	89	7	71	31	2	0	65	1.04
114860--117188	106	22.0	106	95	0	4114	33	25	17	23	1.96
114860--117175	740	3.1	740	96	0	4249	33	25	18	23	1.96
117317--117422	36	2.9	36	92	2	169	22	23	15	38	1.92
117340--117403	21	3.3	21	65	24	59	25	23	12	39	1.90
117854--117900	21	2.3	21	89	7	71	31	2	0	65	1.04
119372--119399	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
119595--119641	23	2.0	23	88	8	69	46	10	2	40	1.50
119594--119647	24	2.2	24	80	6	65	50	11	3	35	1.56
122405--122435	14	2.1	15	94	5	55	38	22	0	38	1.54
124846--124921	30	2.5	31	80	2	82	30	14	7	47	1.73
124846--124933	31	2.9	30	77	9	88	28	13	6	51	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
141645--141702	28	2.0	29	96	3	109	50	13	13	22	1.77
146332--146390	29	2.0	29	96	0	109	49	11	13	25	1.76
154118--154182	31	2.1	31	88	5	96	38	10	13	36	1.80
154947--155023	31	2.5	30	85	8	100	35	11	14	38	1.82
158936--159029	45	2.1	45	95	0	170	55	7	12	24	1.63
160708--160878	60	2.9	59	79	10	163	44	5	16	32	1.72
161917--161953	17	2.1	19	85	10	51	29	5	10	54	1.57
164871--164907	18	2.1	18	89	0	56	32	21	0	45	1.52
170703--170742	20	2.0	20	90	0	62	52	7	0	40	1.30
173360--173866	254	2.0	254	99	0	1005	32	11	20	35	1.88
180776--180836	3	20.3	3	100	0	122	32	0	34	32	1.58
182193--182242	20	2.5	20	100	0	100	46	10	0	44	1.37
184246--184318	29	2.5	28	78	10	85	53	6	20	19	1.67
184363--184387	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
186206--186477	111	2.4	113	79	4	275	41	11	8	38	1.72
193702--193744	2	22.5	2	81	9	54	46	0	4	48	1.22
193702--193749	16	2.9	17	84	6	64	45	0	6	47	1.27
194457--194499	7	5.9	7	81	8	50	32	0	0	67	0.91
194571--194619	18	2.7	18	78	6	55	63	8	4	24	1.40
194512--194661	80	1.9	77	81	6	176	56	4	2	36	1.34
195053--195092	21	1.9	21	89	0	62	42	5	0	52	1.23
195115--195161	20	2.3	21	85	7	69	68	6	6	19	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
202906--202990	33	2.6	33	100	0	170	23	17	22	36	1.95
206386--206471	31	2.7	32	78	7	95	32	19	15	32	1.93
209282--209392	44	2.5	44	77	0	132	29	21	18	29	1.97
209370--209480	44	2.5	44	94	0	186	30	18	18	32	1.95
210022--210071	20	2.5	20	86	0	64	30	14	24	32	1.94
214513--214577	27	2.4	27	80	7	71	49	3	1	46	1.27
218551--218668	62	1.9	63	87	5	177	41	14	16	27	1.87
242687--242921	51	4.8	50	81	8	302	46	16	12	24	1.81
242681--242921	95	2.4	99	83	7	312	47	17	12	23	1.81
243059--243092	2	17.5	2	93	6	61	50	0	0	50	1.00
243983--244358	163	2.3	162	91	2	585	40	12	17	29	1.86
249451--249799	184	1.9	184	95	1	637	36	13	15	34	1.87
251635--251676	21	2.0	21	100	0	84	9	9	14	66	1.44
251547--251887	112	3.0	112	93	0	583	25	12	14	47	1.78
251772--251974	92	2.2	92	92	0	334	28	11	14	45	1.79
251952--252002	20	2.5	20	90	0	84	21	11	5	60	1.52
252352--252420	24	2.9	25	75	18	67	50	2	1	44	1.25
252435--252507	14	5.3	14	67	8	51	49	1	1	47	1.18
252435--252507	28	2.6	28	74	6	78	49	1	1	47	1.18
252551--252607	23	2.4	23	73	2	60	40	15	7	36	1.75
252560--252799	87	2.8	87	90	2	358	34	14	8	42	1.76
252635--252694	23	2.6	23	86	0	84	36	18	5	40	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
252722--252781	23	2.6	23	78	7	77	33	16	6	43	1.74
254555--254621	27	2.5	27	90	0	98	35	4	17	41	1.70
264795--264860	21	3.1	21	97	0	123	3	34	21	40	1.68
265024--265073	5	10.4	5	87	8	50	72	0	2	26	0.96
265025--265073	14	3.4	14	88	2	62	71	0	2	26	0.97
265024--265090	19	3.5	18	80	10	71	70	0	1	28	0.96
265037--265084	5	10.2	5	89	10	57	66	0	0	33	0.92
265036--265107	36	2.0	36	81	10	85	63	0	1	34	1.03
265684--265765	37	2.2	37	86	4	112	32	6	18	42	1.75
272838--272868	15	2.1	15	100	0	62	41	6	0	51	1.27

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9