genome.fa.s2660.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01002660.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00005459_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2211860

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
815627--815684	14	3.8	14	75	20	62	44	18	25	10	1.82
815612--815746	19	7.7	19	75	17	105	46	23	20	8	1.79
815612--815703	33	2.8	33	88	3	143	45	20	22	10	1.82
815675--815756	38	2.2	38	88	0	119	46	28	15	9	1.78
815675--815747	19	3.8	19	92	0	119	47	28	16	6	1.72
815753--815828	40	1.9	39	89	2	116	21	21	21	36	1.95
815770--815835	20	3.3	20	93	0	114	21	21	19	37	1.94
816327--816431	21	5.0	21	74	3	95	20	37	19	22	1.95
816325--816434	42	2.6	42	78	5	116	20	37	19	22	1.94
817696--817780	33	2.5	33	86	1	107	44	16	22	16	1.86
817795--817890	33	2.8	33	85	3	120	15	23	18	41	1.89
817862--817950	20	4.4	20	85	2	117	20	22	22	34	1.96
820383--820436	24	2.2	24	93	0	90	40	20	18	20	1.91
820730--820782	20	2.7	20	87	0	79	28	20	16	33	1.95
820752--820818	21	3.2	21	82	2	64	32	19	22	25	1.97
820872--820921	19	2.6	19	87	3	64	20	20	28	32	1.97
820916--821026	21	5.4	21	82	8	120	16	18	26	38	1.92
820896--821026	41	3.2	41	93	0	208	16	18	26	38	1.92
820896--821049	82	1.9	82	81	5	186	18	18	25	37	1.94
821034--821196	20	8.0	20	71	11	89	21	17	22	38	1.94
827475--827507	16	2.1	16	100	0	66	57	24	12	6	1.57
827573--827631	16	3.7	16	90	0	100	55	22	11	10	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
828360--828414	24	2.3	24	96	0	101	58	12	10	18	1.63
828403--828435	14	2.4	14	94	0	57	54	27	12	6	1.60
828373--828434	24	2.6	24	86	0	79	54	20	11	12	1.68
834539--834860	38	8.8	36	75	15	234	43	3	6	46	1.48
834525--834874	37	9.5	36	73	15	243	42	4	7	46	1.50
834700--834724	11	2.3	11	100	0	50	40	8	8	44	1.63
834521--834860	75	4.6	75	79	10	283	42	4	7	45	1.51
834823--834868	24	1.9	24	82	8	58	34	0	8	56	1.30
834884--834913	11	2.6	11	94	5	51	20	0	0	80	0.72
836276--836312	6	6.2	6	87	0	56	35	2	0	62	1.10
837923--837967	19	2.4	19	92	3	74	11	13	8	66	1.44
841303--841810	165	3.1	163	87	1	712	29	25	21	23	1.99
841303--841810	164	3.1	164	88	0	712	29	25	21	23	1.99
841290--841814	81	6.4	79	78	6	465	29	24	20	24	1.99
842411--842722	38	8.5	35	72	17	197	42	4	7	46	1.50
842397--842747	37	9.5	36	72	15	209	42	4	7	46	1.51
842573--842597	11	2.3	11	100	0	50	40	8	8	44	1.63
842696--842741	24	1.9	24	82	8	58	34	0	8	56	1.30
842754--842789	16	2.3	16	90	4	56	22	0	0	77	0.76
864849--864878	2	15.0	2	100	0	60	50	0	50	0	1.00
865023--865105	41	2.0	41	81	6	98	45	4	4	44	1.46
865364--865402	21	1.9	21	89	5	62	41	2	0	56	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
869297--869881	291	2.0	293	97	2	1124	31	18	25	24	1.97
870573--870691	36	3.3	36	96	0	220	7	41	13	37	1.73
881876--881900	5	5.0	5	100	0	50	80	0	0	20	0.72
883092--883164	7	9.9	7	76	19	60	65	1	1	31	1.09
883092--883164	33	2.2	32	85	11	94	65	1	1	31	1.09
883187--883238	22	2.5	21	84	12	63	48	11	3	36	1.58
883291--883351	19	3.3	19	82	11	81	45	6	1	45	1.39
883307--883416	46	2.4	46	81	4	125	50	3	1	44	1.30
907775--907816	21	2.0	21	85	0	57	54	16	0	28	1.42
909538--909586	2	24.5	2	100	0	98	51	0	0	48	1.00
910126--910150	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
912268--912299	2	16.0	2	93	0	55	53	0	0	46	1.00
918139--918205	21	3.2	20	74	16	64	19	17	26	35	1.94
918184--918237	27	2.0	27	100	0	108	18	14	25	40	1.89
918203--918323	39	3.0	39	87	7	172	23	15	22	38	1.92
918263--918334	21	3.5	20	73	21	67	20	18	23	37	1.94
918211--918338	42	3.1	42	88	5	183	21	17	23	37	1.94
918764--918789	12	2.2	12	100	0	52	23	15	46	15	1.83
923098--923127	15	2.0	15	100	0	60	40	20	26	13	1.89
923116--923157	21	2.0	21	100	0	84	47	14	23	14	1.80
923188--923271	29	2.9	29	92	0	132	11	36	32	19	1.88
923275--923359	33	2.6	33	86	3	109	8	37	27	27	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
923346--923373	14	2.0	14	100	0	56	7	28	42	21	1.79
923416--923473	29	2.0	29	89	0	89	22	27	36	13	1.92
926311--926351	21	2.0	21	95	0	73	75	0	24	0	0.80
943117--943246	61	2.1	61	83	5	156	34	15	12	37	1.85
947853--947941	46	1.9	46	88	4	135	37	11	7	43	1.70
952617--952656	21	1.9	21	94	0	71	62	0	2	35	1.09
952612--952659	21	2.4	19	83	12	69	60	0	2	37	1.09
963716--963771	29	1.9	29	88	0	85	35	16	7	41	1.75
973047--973089	22	1.9	23	85	4	61	62	0	2	34	1.08
975536--975608	31	2.4	31	83	0	92	42	19	13	24	1.87
979573--980900	332	4.0	332	99	0	2631	35	22	16	25	1.95
979573--980900	663	2.0	664	99	0	2631	35	22	16	25	1.95
986826--986859	16	2.1	16	100	0	68	29	29	20	20	1.98
987554--987610	28	2.0	28	100	0	114	36	14	24	24	1.92
991225--991298	32	2.3	32	88	6	114	39	21	9	29	1.85
992565--992757	20	9.6	20	81	9	117	34	26	19	19	1.96
992603--992755	40	3.8	40	90	0	234	32	26	18	22	1.97
992565--992757	60	3.2	60	81	6	230	34	26	19	19	1.96
993128--993177	18	3.0	18	69	22	54	12	24	20	44	1.85
993128--993196	32	2.2	32	87	5	97	11	23	18	46	1.82
993276--993361	19	4.3	19	79	8	91	47	18	19	13	1.82
993390--993504	20	6.1	19	75	15	96	11	24	18	46	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
993420--993504	41	2.1	41	86	4	118	10	24	16	48	1.78
993419--993502	20	4.2	20	79	8	107	11	23	16	47	1.80
995403--995438	14	2.6	14	95	0	63	33	0	22	44	1.53
995545--995641	19	5.4	19	83	14	134	46	17	20	15	1.84
995545--995660	52	2.2	52	95	3	207	44	17	22	15	1.86
995674--995840	33	4.8	33	73	18	160	13	23	17	45	1.83
995656--995965	72	4.4	71	78	14	320	13	22	17	45	1.84
995656--995979	53	6.1	53	92	6	527	13	23	17	45	1.84
999190--999418	20	11.4	20	84	1	226	19	17	25	37	1.94
1002344--1002385	23	2.0	21	86	13	59	35	2	2	59	1.23
1002555--1002585	15	2.1	15	93	0	53	54	3	6	35	1.42
1007553--1007603	25	2.0	25	84	0	66	56	1	1	39	1.22
1013399--1013768	183	2.0	183	86	4	514	31	27	10	30	1.91
1013581--1014085	210	2.4	209	82	4	597	29	26	12	31	1.93
1013681--1014224	210	2.6	210	78	8	494	31	27	12	29	1.93
1023675--1023701	14	1.9	14	100	0	54	7	7	18	66	1.40
1023973--1024034	19	3.4	19	64	8	56	38	6	8	46	1.59
1023965--1024037	36	2.0	36	100	0	146	38	5	10	45	1.63
1031910--1031954	18	2.6	18	82	6	58	44	0	26	28	1.55
1032534--1032633	28	3.6	28	87	0	155	47	28	9	16	1.76
1037367--1037400	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
1047839--1047889	20	2.5	20	80	0	57	39	17	19	23	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1055272--1055313	19	2.2	19	91	0	66	35	0	21	42	1.53
1055410--1055447	14	2.8	13	84	7	58	42	5	0	52	1.24
1055410--1055453	13	3.3	12	82	17	52	43	6	0	50	1.29
1055666--1055691	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
1056090--1056143	15	3.7	15	73	26	53	42	9	3	44	1.54
1056080--1056164	15	5.5	15	69	21	52	45	8	2	43	1.46
1060432--1060465	17	1.9	18	88	5	52	20	2	26	50	1.63
1068073--1068180	34	3.1	34	87	5	144	43	0	1	54	1.11
1068072--1068178	16	5.9	18	72	13	87	44	0	1	53	1.11
1068074--1068137	2	35.0	2	79	17	68	45	0	0	54	0.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9