genome.fa.s2663.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01002663.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00005465_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  975815

Tables:   1   2   3   4   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2786--2846	21	3.0	21	77	22	85	39	22	14	22	1.91
2776--2835	18	3.2	17	77	20	66	36	23	15	25	1.93
21378--21415	9	4.4	9	80	12	53	78	0	10	10	0.95
21356--21412	16	3.8	16	80	11	68	84	0	10	5	0.77
22505--22648	44	3.2	44	71	11	157	28	28	18	24	1.98
22493--22711	90	2.4	93	90	5	347	27	28	19	24	1.98
31418--31466	3	16.3	3	100	0	98	34	0	0	65	0.93
31603--31629	14	1.9	14	100	0	54	22	7	0	70	1.12
31566--31649	44	1.9	44	100	0	168	30	10	11	46	1.75
33905--33965	21	3.2	21	65	29	64	31	4	21	42	1.74
33897--34015	35	3.3	36	90	4	188	31	5	20	42	1.73
38529--38585	19	3.2	18	68	27	50	28	7	17	47	1.73
38514--38631	34	3.3	36	87	8	161	33	5	17	44	1.71
39729--39798	18	3.7	18	76	7	68	40	4	27	28	1.75
41083--41112	7	4.3	7	100	0	60	43	16	13	26	1.85
41122--41508	197	2.0	194	93	3	668	33	10	16	40	1.82
42102--42141	15	2.7	15	100	0	80	17	30	35	17	1.93
42272--42334	19	3.5	19	74	20	55	50	4	0	44	1.23
43791--43823	15	2.1	16	88	5	50	45	3	3	48	1.33
44035--44082	13	3.7	13	77	0	51	43	16	6	33	1.73
44036--44089	26	2.1	26	82	0	63	40	20	9	29	1.83
48530--48558	13	2.1	14	93	6	51	68	6	10	13	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
49451--49507	26	2.1	27	87	9	80	36	19	22	21	1.95
54451--54518	32	2.1	32	94	0	118	27	14	16	41	1.87
60197--60222	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
66894--66951	28	2.1	28	100	0	116	20	13	24	41	1.89
76679--76757	19	3.8	19	72	18	68	32	6	29	31	1.82
76729--76765	19	1.9	19	88	0	56	40	2	27	29	1.70
77185--77263	40	2.0	40	94	0	140	36	22	18	21	1.95
77271--77360	19	4.5	19	72	8	72	36	24	18	20	1.95
77271--77359	40	2.2	40	97	0	169	35	24	19	20	1.95
77184--77454	93	2.9	93	90	1	407	35	24	19	21	1.96
77364--77486	21	6.0	21	79	7	144	30	26	21	21	1.98
77375--77494	61	2.0	61	96	0	222	30	25	21	22	1.99
77429--77541	35	3.0	36	75	11	93	34	21	21	23	1.97
85258--85329	36	2.0	36	100	0	144	30	16	16	36	1.91
109973--110014	5	8.4	5	100	0	84	0	80	0	19	0.70
119154--119206	23	2.3	23	100	0	106	50	7	16	24	1.71
119567--119609	22	2.0	22	100	0	86	51	13	0	34	1.42
119569--119617	22	2.2	22	88	3	71	55	14	0	30	1.40
119572--119722	80	1.9	80	100	0	302	52	15	0	31	1.44
119623--119697	22	3.2	23	75	17	82	54	17	0	28	1.43
119589--119829	112	2.2	112	98	0	464	53	14	0	32	1.42
119701--119990	80	3.5	80	89	5	440	53	12	0	33	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
119570--119945	192	2.0	192	96	0	689	53	13	0	32	1.42
119735--119809	22	3.2	22	75	14	69	56	16	0	28	1.41
119866--119922	18	3.4	18	67	18	59	54	10	1	33	1.45
119589--119945	112	3.2	112	87	5	413	53	13	0	32	1.42
119925--120027	22	4.5	22	71	7	89	50	9	0	38	1.42
119970--120057	15	5.5	15	77	18	88	51	4	1	43	1.29
121473--121574	3	33.7	3	86	5	143	33	1	0	64	1.05
127313--127357	18	2.6	18	89	6	67	31	6	6	55	1.52
128102--128445	83	4.2	82	92	2	521	30	13	20	35	1.91
128102--128445	165	2.1	164	89	3	521	30	13	20	35	1.91
129058--129507	113	4.0	113	93	0	731	37	14	20	28	1.91
129795--129895	3	34.7	3	82	9	129	34	1	0	63	1.06
135491--135541	20	2.5	20	100	0	102	11	19	19	49	1.79
135531--135580	23	2.2	23	85	0	64	16	16	12	56	1.68
136592--136636	15	2.9	14	84	15	54	73	2	0	24	0.95
136658--136748	38	2.4	39	81	9	107	48	5	0	46	1.25
136776--136871	38	2.6	36	87	6	138	43	8	5	42	1.57
136824--136848	12	2.1	12	100	0	50	44	8	8	40	1.63
136806--136914	41	2.8	36	82	14	105	46	6	4	42	1.50
137481--138343	85	10.5	83	82	5	822	23	21	25	29	1.99
137592--138321	241	3.0	240	84	5	856	23	21	25	29	1.99
141672--141716	19	2.4	19	92	3	74	66	8	13	11	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
144027--144118	38	2.4	39	80	10	100	47	5	0	46	1.25
144146--144241	38	2.6	36	87	6	138	43	8	5	42	1.57
144194--144218	12	2.1	12	100	0	50	44	8	8	40	1.63
144176--144285	42	2.8	36	81	15	98	47	6	4	41	1.49
159042--159419	190	2.0	188	91	4	607	29	21	14	34	1.92
159439--159994	136	4.0	137	93	4	915	35	22	12	28	1.91
162459--162561	31	3.4	29	78	14	93	43	0	2	52	1.22
164071--164110	20	2.0	20	85	0	53	25	27	7	40	1.82
165224--165268	15	3.1	15	80	6	65	40	8	20	31	1.83
165222--165266	14	3.1	14	81	6	63	37	6	20	35	1.79
165551--165601	23	2.2	23	82	0	57	45	1	1	50	1.24
165589--165659	19	3.6	19	70	10	54	47	1	1	49	1.18
165609--165744	29	4.6	30	73	14	106	50	0	0	47	1.11
165583--165718	29	4.6	30	75	18	99	50	1	0	47	1.15
165593--165718	66	2.0	60	82	11	146	52	0	0	46	1.11
165610--165719	28	3.8	28	79	14	91	53	0	0	45	1.06
165690--165740	23	2.2	23	89	6	77	45	0	1	52	1.12
165692--165738	18	2.6	19	83	6	53	42	0	2	55	1.12
165730--165773	22	2.0	22	86	0	61	50	4	0	45	1.22
166265--166401	43	3.2	44	78	13	133	28	18	24	27	1.98
166846--166907	21	3.0	21	90	0	88	0	41	19	38	1.51
166844--166952	21	5.2	21	82	2	85	1	39	17	41	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
175195--175355	41	4.0	41	84	7	213	30	19	14	35	1.92
175196--175354	82	2.0	81	91	3	257	30	19	14	35	1.92
175384--175537	42	3.7	42	76	8	143	23	22	20	33	1.97
175341--175582	42	5.8	42	74	8	127	26	21	20	32	1.97
176587--176674	38	2.2	40	82	7	101	27	9	23	39	1.85
177564--177630	29	2.3	29	87	7	93	37	1	1	59	1.16
178242--178332	3	30.3	3	95	0	146	34	4	0	61	1.16
179726--179766	20	2.0	21	85	4	57	41	2	2	53	1.27
183850--183882	15	2.3	15	89	5	50	48	0	3	48	1.17
192299--192763	82	5.6	82	93	2	790	27	13	23	35	1.92
193607--194053	113	4.0	113	95	0	770	37	14	19	28	1.91
194386--194509	3	41.3	3	98	0	230	33	1	0	64	1.03
195902--195942	20	2.0	21	85	4	57	41	2	2	53	1.27
197125--197163	18	2.3	16	86	8	51	30	0	2	66	1.05
197140--197199	28	2.2	27	88	5	86	35	0	1	63	1.05
204743--204811	28	2.5	28	76	21	81	40	5	2	50	1.41
208294--208353	21	2.7	23	92	7	106	13	21	40	25	1.89
210950--210989	21	1.9	21	89	0	62	10	25	40	25	1.86
213022--213046	12	2.1	12	100	0	50	24	24	8	44	1.80
214839--214878	21	1.9	21	85	10	55	35	10	2	52	1.48
221528--221591	32	2.0	32	84	3	85	45	4	3	46	1.39
222397--222431	2	18.0	2	94	5	63	48	0	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
226379--226427	2	24.5	2	100	0	98	51	0	0	48	1.00
227021--227064	23	2.0	21	82	8	52	40	6	0	52	1.28
227112--227140	13	2.1	14	93	6	51	48	3	0	48	1.18
227118--227471	118	2.9	121	91	3	570	49	7	4	37	1.53
233140--233188	26	1.9	25	95	4	89	36	2	6	55	1.37
239986--240026	2	21.0	2	95	5	75	51	0	0	48	1.00
239985--240031	8	6.6	7	88	11	53	53	0	0	46	1.00
241780--241837	29	2.0	29	96	0	107	17	5	15	62	1.50
248566--248599	11	3.2	11	91	4	52	2	17	17	61	1.46
248608--248641	18	1.9	18	88	5	52	14	26	32	26	1.95

Tables:   1   2   3   4