genome.fa.s2690.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01002690.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00005555_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  169424

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3424--4141	228	3.1	229	96	0	1316	45	7	8	38	1.63
4190--4236	20	2.4	19	89	10	76	55	10	17	17	1.69
4371--4417	20	2.4	19	82	10	67	53	10	17	19	1.72
4380--4422	20	2.3	19	88	11	63	51	11	16	20	1.75
6624--6667	21	2.1	21	91	0	70	40	11	31	15	1.83
6701--6766	33	2.0	33	87	0	96	28	1	48	21	1.59
8556--8604	19	2.6	19	93	0	80	30	2	10	57	1.43
8723--10676	198	9.9	198	97	0	3639	35	15	17	31	1.92
8723--10676	394	4.9	396	97	0	3616	35	15	17	31	1.92
8723--10676	592	3.3	593	97	0	3635	35	15	17	31	1.92
12139--12242	6	17.3	6	74	4	66	40	7	31	20	1.80
12202--12246	3	15.0	3	85	0	63	37	2	33	26	1.69
12142--12242	12	8.4	12	82	0	94	39	7	31	20	1.82
13741--14233	183	2.7	183	95	0	871	34	14	17	33	1.90
16066--16102	18	2.1	18	89	0	56	32	5	10	51	1.60
16058--16104	24	2.0	24	86	0	67	34	4	14	46	1.64
16361--16447	39	2.2	39	91	0	147	48	19	13	18	1.81
16868--16940	23	3.2	23	88	0	101	34	4	21	39	1.73
17299--17371	23	3.2	23	88	0	101	34	4	21	39	1.73
17728--17799	23	3.2	23	84	4	92	34	4	22	38	1.73
18046--18085	21	1.9	21	85	10	55	65	5	5	25	1.34
18154--18226	23	3.2	23	82	0	83	35	4	19	41	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18372--18438	30	2.2	29	82	10	73	52	4	0	43	1.21
18584--18679	23	4.2	23	89	0	129	34	4	19	41	1.71
18825--18890	30	2.2	30	82	12	75	53	4	0	42	1.21
19035--19107	23	3.2	23	84	0	92	34	5	21	38	1.77
19466--19538	23	3.2	23	88	0	101	34	4	21	39	1.73
19893--19965	23	3.2	23	88	0	101	34	4	21	39	1.73
20324--20385	23	2.8	23	87	4	92	35	4	22	37	1.76
20329--20392	21	3.0	21	82	13	76	32	4	23	39	1.75
20748--20811	23	2.8	23	90	0	101	35	4	21	37	1.75
21169--21240	23	3.2	24	84	9	89	36	4	20	38	1.72
21588--21658	23	3.2	22	80	8	81	33	5	22	38	1.78
21593--21663	21	3.3	21	78	11	72	33	5	22	38	1.78
22017--22085	22	3.3	20	75	16	68	34	2	21	40	1.68
22429--22501	23	3.2	23	88	0	101	34	4	21	39	1.73
22860--22923	23	2.8	23	90	0	101	35	4	21	37	1.75
22860--22932	23	3.2	24	86	7	98	35	4	20	39	1.72
16666--24146	431	17.5	431	95	3	13386	40	7	12	38	1.73
23290--23362	23	3.2	23	88	0	101	34	4	21	39	1.73
23723--23795	23	3.2	23	88	0	101	34	4	21	39	1.73
26779--26856	35	2.2	34	82	6	102	41	1	15	42	1.55
29492--29526	14	2.4	15	85	9	54	42	0	0	57	0.99
30078--30213	59	2.3	60	82	8	154	31	16	17	34	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30362--30392	4	8.0	4	92	7	55	22	0	0	77	0.77
32327--32363	19	2.0	19	89	5	58	27	10	0	62	1.28
34481--34917	59	7.5	59	71	9	322	37	10	22	29	1.87
34893--35022	59	2.2	59	86	8	176	37	11	19	31	1.87
34482--34978	117	4.2	118	86	4	657	37	10	21	29	1.87
35154--35251	44	2.2	44	94	1	169	38	7	23	30	1.82
35667--35709	21	2.0	21	95	0	77	30	18	20	30	1.97
40176--40225	19	2.5	19	75	25	50	26	6	2	66	1.26
41473--41527	3	17.7	3	92	7	92	65	0	0	34	0.93
41795--42404	112	5.4	112	86	4	807	30	16	21	30	1.96
42302--42602	67	4.5	67	88	1	392	27	17	22	31	1.97
46819--46849	11	2.8	11	90	0	53	35	9	29	25	1.88
51048--51136	3	30.0	3	79	6	101	59	0	3	37	1.14
51371--51411	21	1.9	22	85	5	57	46	9	17	26	1.79
53797--54283	59	8.3	60	72	10	353	37	10	21	29	1.87
53798--54283	235	2.1	235	89	3	746	38	10	21	29	1.87
54227--54339	59	1.9	59	89	3	174	36	12	18	32	1.88
53798--54295	117	4.2	118	88	1	689	38	11	21	29	1.88
53798--54309	118	4.4	117	87	3	656	38	10	21	29	1.87
54471--54567	44	2.2	43	88	3	140	43	6	20	29	1.76
54954--55000	21	2.2	21	88	0	67	23	21	27	27	1.99
54995--55050	7	8.3	7	78	7	53	17	23	16	42	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60867--60906	17	2.3	17	86	4	53	32	5	12	50	1.62
61587--61669	3	27.0	3	78	4	85	42	0	1	56	1.07
63125--63161	15	2.4	17	78	21	53	40	8	0	51	1.32
63212--63255	23	1.9	23	85	0	61	29	4	0	65	1.12
64018--64054	17	2.1	19	90	10	60	27	5	0	67	1.12
69336--69384	6	8.5	6	84	11	59	79	0	20	0	0.73
69348--69402	5	10.6	5	79	13	58	81	0	16	1	0.77
69346--69384	11	3.5	11	86	13	62	82	0	17	0	0.68
69334--69402	28	2.4	30	79	15	83	78	0	20	1	0.83
69348--69383	16	2.2	16	100	0	72	83	0	16	0	0.65
69332--69398	16	4.4	14	78	19	64	79	0	19	1	0.82
71546--71763	114	1.9	114	89	0	337	34	15	20	29	1.93
73850--74043	50	3.9	50	94	0	325	36	13	22	28	1.92
74410--74486	22	3.5	22	96	0	145	33	11	14	40	1.82
74994--75316	164	2.0	166	91	2	535	34	14	13	38	1.84
75319--75682	76	4.8	76	96	0	683	23	19	21	34	1.96
75804--76000	76	2.6	76	96	0	360	24	20	21	34	1.97
75933--76081	45	3.3	45	95	1	262	23	20	20	35	1.96
76209--76276	3	22.0	3	82	5	82	36	0	0	63	0.95
82020--82065	22	2.1	22	100	0	92	30	8	17	43	1.79
89171--89465	95	3.1	95	64	19	259	49	5	9	35	1.58
89087--89478	192	2.0	195	97	2	745	48	5	7	38	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
100311--100343	16	2.2	15	89	10	50	30	9	12	48	1.71
104144--104176	15	2.1	16	88	5	50	27	0	15	57	1.38
111994--112020	14	1.9	14	100	0	54	14	37	3	44	1.63
112712--112791	32	2.5	32	83	0	88	27	28	25	18	1.98
113060--113120	30	2.0	31	87	3	88	26	27	22	22	1.99
113113--113167	27	2.0	27	89	0	83	29	29	30	10	1.91
113904--113947	18	2.4	19	77	11	56	34	13	11	40	1.81
116570--116623	19	2.8	20	80	11	67	29	14	3	51	1.60
116578--116672	19	5.0	19	80	2	93	29	17	6	46	1.73
117068--117108	2	20.0	2	95	5	73	48	2	0	48	1.14
117067--117112	6	7.4	7	92	7	50	45	6	0	47	1.28
119028--119337	159	1.9	162	88	3	466	32	25	20	21	1.97
119028--119337	80	3.8	79	88	2	431	32	25	20	21	1.97
120855--120911	26	2.2	26	96	0	105	29	21	15	33	1.94
120855--120919	26	2.5	26	89	0	94	27	23	16	32	1.96
121235--121517	151	1.9	152	99	0	559	30	18	11	39	1.85
124436--124486	22	2.6	18	78	21	66	52	9	0	37	1.34
124439--124481	22	2.0	22	100	0	86	51	11	0	37	1.39
128178--128217	20	2.0	21	85	14	57	37	15	5	42	1.68
128177--128221	20	2.2	20	80	11	56	40	13	4	42	1.64
131527--131588	21	3.1	19	80	13	70	25	38	24	11	1.88
131529--131568	20	2.0	20	90	5	62	25	37	25	12	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
143717--143800	43	2.0	43	87	0	123	30	14	13	41	1.84
146112--146147	16	2.2	16	90	0	54	25	2	5	66	1.27
149524--149610	35	2.5	34	77	18	90	55	9	8	27	1.60
149605--149688	33	2.5	33	84	9	107	63	15	1	20	1.38
150839--150888	24	2.1	24	100	0	100	54	8	0	38	1.30
151981--152036	25	2.2	26	83	3	69	69	0	0	30	0.89
151997--152038	17	2.4	18	77	18	52	66	0	0	33	0.92
151986--152060	33	2.3	33	81	9	82	66	0	0	33	0.92
151979--152058	23	3.2	24	77	18	67	68	0	0	31	0.90
153795--153911	59	2.0	60	84	1	155	27	23	22	27	1.99

Tables:   1   2