genome.fa.s2772.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01002772.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00005712_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  622842

Tables:   1   2   3   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
403--593	20	9.6	20	82	5	217	19	19	25	35	1.96
649--700	20	2.6	20	96	0	95	21	13	26	38	1.90
1431--1469	19	2.0	20	90	9	64	46	0	2	51	1.14
1625--1666	20	2.1	20	100	0	84	42	19	9	28	1.82
1956--1987	2	16.0	2	93	0	55	46	0	3	50	1.17
1996--2031	18	1.9	19	88	5	56	52	11	5	30	1.59
4044--4102	26	2.2	27	82	8	68	72	8	13	5	1.24
4108--4132	9	2.8	9	100	0	50	68	0	8	24	1.16
8584--8611	3	9.3	3	100	0	56	67	0	32	0	0.91
10703--10758	22	2.5	23	77	8	62	37	1	1	58	1.19
11153--11234	44	1.9	41	87	7	119	31	6	29	32	1.82
11155--11245	19	4.4	20	76	17	105	35	5	28	30	1.80
11557--11597	19	2.0	20	86	9	57	31	21	21	24	1.98
11612--11704	20	4.7	20	81	5	107	29	20	22	27	1.98
13187--13221	18	1.9	18	100	0	70	14	28	28	28	1.95
15970--15994	5	5.0	5	100	0	50	80	0	0	20	0.72
16917--16968	27	1.9	27	84	7	70	51	1	3	42	1.31
23920--23944	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
48665--48690	4	6.5	4	100	0	52	23	0	0	76	0.78
50148--50257	55	2.0	55	100	0	220	43	3	7	45	1.49
50819--50918	2	53.5	2	76	13	79	53	1	0	46	1.07
55761--55793	11	2.8	12	86	9	50	27	0	6	66	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59597--59631	18	1.9	18	94	0	61	28	22	22	25	1.99
61312--61352	18	2.3	18	87	4	57	60	2	7	29	1.36
67983--68029	22	2.1	23	88	4	69	44	2	0	53	1.12
67977--68056	32	2.5	32	80	14	92	47	2	0	50	1.14
68209--68253	23	2.0	23	86	0	63	53	2	2	42	1.25
73971--74015	14	3.5	14	77	22	62	37	0	35	26	1.57
73968--74014	24	2.0	24	100	0	94	38	0	36	25	1.56
73969--74022	24	2.2	24	93	0	90	40	0	33	25	1.56
88299--88334	19	1.9	18	94	5	63	44	11	11	33	1.75
91414--91462	16	2.9	16	87	6	53	44	6	22	26	1.76
91427--91462	16	2.2	16	95	0	63	41	5	27	25	1.77
92097--92162	27	2.4	28	89	2	98	43	33	10	12	1.76
95695--95756	29	2.2	28	91	2	97	38	11	8	41	1.70
95936--95980	14	3.1	14	84	6	63	26	2	0	71	0.98
95934--95978	15	3.1	15	83	6	65	26	2	0	71	0.98
97277--97330	22	2.4	23	81	6	83	27	3	12	55	1.54
100763--100799	18	2.1	18	100	0	74	32	32	24	10	1.90
101005--101054	15	3.3	15	81	10	66	40	36	8	16	1.77
100998--101064	33	2.1	31	91	8	109	37	34	11	16	1.85
101014--101062	15	2.9	18	76	17	59	38	36	8	16	1.78
104980--105173	96	2.0	96	86	2	273	32	24	15	27	1.95
107746--107877	40	3.3	40	88	3	187	37	18	19	25	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
107746--107858	20	5.7	20	89	1	174	38	17	19	23	1.93
108438--108485	20	2.5	20	82	3	62	35	25	18	20	1.95
110384--110467	20	4.5	20	78	17	108	40	22	20	16	1.91
110407--110486	34	2.4	34	93	0	133	40	22	22	15	1.91
110476--110545	20	3.6	20	92	5	117	18	20	21	40	1.92
111033--111112	41	2.0	41	82	5	99	20	38	20	21	1.93
111586--112172	291	2.0	293	98	1	1142	28	17	19	34	1.95
112889--112953	19	3.7	18	73	21	66	13	23	20	43	1.87
112958--113032	20	3.8	20	84	5	107	21	21	24	33	1.97
112892--112986	33	2.8	33	85	7	129	15	24	20	40	1.91
115418--115471	24	2.2	24	93	0	90	40	20	18	20	1.91
118236--118289	25	2.2	25	83	6	65	46	1	5	46	1.37
129180--129225	24	1.9	24	95	0	83	2	39	8	50	1.46
134297--134342	24	1.9	24	95	0	83	2	39	8	50	1.46
136245--136294	24	2.0	25	92	3	84	66	6	10	18	1.42
136819--136859	16	2.6	16	88	3	57	36	12	21	29	1.90
142721--142765	22	2.0	22	95	0	81	51	15	0	33	1.44
143365--143571	103	2.0	103	97	0	387	42	16	16	23	1.88
147552--147612	23	2.7	23	87	5	88	24	29	26	19	1.99
147620--147845	103	2.2	103	94	1	400	37	24	12	25	1.91
148324--148364	20	2.0	20	85	0	55	9	31	31	26	1.89
148389--148431	21	2.0	21	90	0	68	16	23	27	32	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
154486--154538	23	2.3	23	83	6	72	28	26	26	18	1.98
154554--154771	103	2.1	103	93	0	373	37	23	13	25	1.91
155253--155293	20	2.0	20	90	0	64	9	34	31	24	1.88
165078--165130	19	2.7	19	97	2	97	39	11	7	41	1.69
170451--170498	23	2.1	23	84	7	62	22	33	20	22	1.97
182109--182147	15	2.4	17	87	8	55	48	0	5	46	1.24
185017--185092	30	2.6	30	89	2	127	25	17	13	44	1.84
200657--200693	18	2.1	18	100	0	74	10	32	5	51	1.60
201766--201802	18	2.0	19	89	5	58	24	0	2	72	0.97
202471--202496	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
209049--209081	17	2.0	17	88	5	50	60	9	12	18	1.57
210821--210998	95	1.9	96	87	1	268	34	11	23	29	1.91
211160--212197	516	2.0	521	97	1	1980	31	18	20	29	1.97
217121--217164	21	2.1	21	82	0	52	40	6	0	52	1.28
217628--217682	21	2.7	20	78	13	58	65	3	0	30	1.10
217740--217850	39	2.9	38	82	15	138	45	0	18	35	1.50
217855--217890	16	2.1	16	90	10	54	72	0	0	27	0.85
235013--235067	22	2.5	22	91	2	85	58	12	18	10	1.63
238442--238485	21	2.1	21	91	0	70	40	11	31	15	1.83
238519--238582	33	1.9	33	93	0	110	31	0	45	23	1.53
240621--241327	201	3.7	198	83	11	902	36	14	16	32	1.89
240816--241185	179	2.1	180	92	1	618	36	13	18	31	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
241632--241674	18	2.4	18	84	7	52	27	34	2	34	1.70
244001--244493	251	2.0	252	84	3	654	38	15	15	30	1.88
247707--247869	87	1.9	87	94	2	292	34	15	10	38	1.82
247783--247832	23	2.2	23	96	0	91	36	24	6	34	1.80
250023--250058	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
250694--250725	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
254679--254735	2	28.5	2	100	0	114	50	0	0	49	1.00
254862--254905	21	2.1	21	87	4	63	40	13	29	15	1.86
255687--255727	20	2.0	20	100	0	82	29	9	24	36	1.87
262271--262308	3	12.7	3	100	0	76	0	65	0	34	0.93
262307--262338	3	10.7	3	100	0	64	31	34	0	34	1.58
262389--262417	13	2.2	13	100	0	58	58	6	0	34	1.25
263197--263293	30	3.2	30	68	5	77	16	11	10	61	1.55
263350--263383	17	1.9	18	88	5	52	47	11	2	38	1.55
274797--274874	23	3.3	23	85	1	102	33	21	20	24	1.97
274881--275098	103	2.1	103	96	0	400	36	23	13	26	1.92
275970--276014	21	2.1	21	83	0	54	33	28	22	15	1.95
277516--277611	32	3.0	32	75	14	108	31	17	16	34	1.93
277518--277609	31	2.9	32	76	9	98	32	18	17	31	1.94
277603--277699	30	3.2	30	95	0	167	24	20	23	30	1.98
278974--279020	2	23.5	2	100	0	94	51	0	0	48	1.00
281564--281683	62	2.0	62	91	1	197	45	7	14	32	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
282138--282288	76	2.0	77	81	5	182	31	15	9	43	1.78
282255--282296	22	2.0	21	85	4	57	19	9	7	64	1.46
301886--301966	29	2.8	29	86	0	108	13	16	19	50	1.77
309995--310021	9	3.0	9	100	0	54	33	0	0	66	0.92
312276--312326	12	4.3	12	76	18	54	31	0	1	66	1.03
312314--312386	26	2.9	27	84	13	93	42	0	1	56	1.08
312348--312390	12	3.4	12	81	12	59	32	0	2	65	1.06
312288--312443	63	2.5	64	90	5	248	40	0	1	57	1.10
312339--312423	37	2.2	39	84	14	106	41	0	1	57	1.06
312413--312456	21	2.1	21	86	0	61	43	2	2	52	1.26

Tables:   1   2   3