genome.fa.s2844.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01002844.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00005856_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1090609

Tables:   1   2   3   4   5   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3629--3656	14	2.0	14	100	0	56	42	14	14	28	1.84
7354--7479	47	2.8	45	84	8	157	40	7	21	30	1.82
9755--9850	24	3.9	24	66	22	65	48	2	3	45	1.29
10332--10382	15	3.3	15	74	20	52	43	5	1	49	1.38
10324--10410	30	2.9	31	81	6	99	42	4	1	51	1.29
14857--14912	25	2.2	25	100	0	112	28	10	19	41	1.85
17591--18786	105	11.4	105	95	0	2047	22	18	25	34	1.96
19025--19586	276	2.0	276	98	0	1088	34	15	19	31	1.92
35027--35099	18	4.1	17	70	26	62	34	4	8	53	1.50
35081--35121	20	2.0	21	85	4	57	39	4	7	48	1.52
35029--35281	47	5.1	47	79	10	254	37	4	8	48	1.55
35025--35276	102	2.5	102	90	2	402	38	4	8	48	1.54
35294--35370	40	1.9	40	89	0	118	38	10	11	38	1.76
36760--36804	23	1.9	23	86	4	63	51	4	0	44	1.21
37308--37343	16	2.2	16	90	5	54	27	11	16	44	1.82
37614--37719	39	2.7	39	79	16	130	42	1	19	35	1.63
41981--42057	27	2.9	27	98	0	145	18	3	19	58	1.54
44045--44570	156	3.4	156	85	3	674	28	17	7	47	1.73
44735--44774	21	2.0	20	85	5	53	35	2	7	55	1.42
49041--49091	22	2.2	24	86	6	70	33	11	9	45	1.74
58031--58084	27	2.0	27	85	7	74	31	11	24	33	1.90
58072--58152	42	1.9	43	85	7	112	24	18	22	34	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58266--58362	44	2.2	44	81	3	115	30	19	23	25	1.98
74746--74803	30	1.9	30	89	6	91	37	5	0	56	1.21
74746--74820	30	2.6	29	82	14	77	36	4	2	57	1.32
74840--74902	28	2.2	28	86	5	83	39	4	3	52	1.38
74954--75134	27	6.4	27	73	12	107	58	3	4	33	1.34
76093--76149	24	2.4	24	93	0	96	26	17	28	28	1.98
77055--77131	23	3.5	22	79	8	70	31	27	19	22	1.98
77071--77131	23	2.7	23	82	2	79	31	26	19	22	1.98
77113--77150	18	2.1	18	95	0	67	31	26	26	15	1.96
77120--77159	18	2.2	18	95	0	71	27	32	22	17	1.96
79188--79258	28	2.5	30	82	11	96	53	22	2	21	1.59
80047--80120	30	2.5	30	78	12	80	22	1	22	52	1.55
88715--88763	21	2.3	22	80	20	59	32	28	16	22	1.95
95222--95273	22	2.5	21	75	15	54	26	30	7	34	1.85
99115--99270	65	2.4	65	83	7	185	30	22	16	30	1.95
104609--104762	65	2.4	65	83	5	179	28	22	17	31	1.96
106093--106389	60	5.0	59	87	2	434	21	19	21	36	1.95
110603--110721	60	2.0	60	89	0	184	22	16	22	37	1.93
114671--114724	28	1.9	28	88	0	81	20	16	12	50	1.78
114828--115060	119	2.0	119	89	3	362	24	18	21	35	1.96
114828--115060	60	3.9	60	89	1	353	24	18	21	35	1.96
117684--117727	20	2.3	19	84	11	54	59	2	0	38	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
118305--118348	21	2.0	23	86	8	65	22	4	2	70	1.17
119702--119733	17	1.9	17	93	6	57	40	6	0	53	1.26
119774--119846	32	2.4	32	84	11	91	42	2	5	49	1.40
119785--119848	32	2.0	32	96	0	119	43	3	4	48	1.39
119954--120048	47	2.0	47	97	0	181	42	6	10	41	1.65
120045--120105	33	1.9	31	90	6	95	40	3	1	54	1.27
122610--122661	27	1.9	27	88	0	77	38	3	17	40	1.68
122685--122728	23	1.9	23	90	0	70	40	11	9	38	1.73
128580--128613	4	8.8	4	93	6	61	76	0	0	23	0.79
130154--130180	13	2.1	13	100	0	54	22	33	14	29	1.94
130171--130248	30	2.5	30	87	4	102	16	20	30	32	1.95
134110--134156	20	2.3	20	81	0	58	36	38	14	10	1.81
134172--134249	22	3.5	22	85	0	102	20	25	23	30	1.98
134167--134250	44	1.9	44	87	0	123	22	26	22	28	1.99
139697--139744	20	2.3	22	79	13	57	68	0	6	25	1.12
139804--139835	9	3.6	9	91	0	55	34	21	34	9	1.86
141751--141789	19	1.9	19	85	10	51	48	25	2	23	1.63
149579--149612	17	2.0	17	100	0	68	23	23	11	41	1.87
155595--155684	26	3.5	26	87	0	135	21	21	8	48	1.76
155675--155713	20	1.9	21	94	5	71	23	28	5	43	1.75
155703--155851	34	4.1	34	72	20	111	29	22	11	36	1.89
155694--155839	79	1.8	79	91	2	240	29	23	11	34	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
156257--156327	22	3.5	20	80	16	83	29	22	15	32	1.95
156352--156389	20	1.9	19	89	5	58	21	28	15	34	1.94
157483--157510	13	2.2	13	100	0	56	14	25	7	53	1.66
158044--158092	16	3.1	16	96	0	89	42	34	0	22	1.54
159759--159868	44	2.5	45	80	4	125	42	22	10	23	1.85
166442--166573	41	3.2	41	77	6	142	34	20	16	28	1.95
166442--166604	82	2.0	82	87	2	238	31	20	17	30	1.96
166669--166712	20	2.2	20	100	0	88	38	20	13	27	1.90
166989--167113	42	3.0	42	80	7	150	39	16	13	31	1.87
167104--167189	42	2.1	41	86	6	120	38	18	17	25	1.92
178463--178500	15	2.5	15	87	8	51	71	0	0	28	0.87
178506--178549	22	2.0	21	86	4	61	70	2	4	22	1.17
178530--178591	16	4.0	15	75	10	54	75	1	1	20	0.97
178497--178571	38	2.1	37	82	7	91	69	1	4	25	1.14
178559--178625	14	5.2	13	71	16	50	73	2	8	14	1.20
178692--178732	18	2.4	17	87	4	55	73	0	7	19	1.07
179545--180154	270	2.3	268	87	4	856	26	18	21	33	1.96
180131--180310	89	2.0	89	85	2	245	26	12	20	40	1.88
188721--188754	13	2.6	13	90	0	50	47	14	5	32	1.69
192606--192647	11	3.7	11	84	6	57	78	0	7	14	0.95
192606--192641	17	2.1	18	89	5	56	77	0	5	16	0.94
209931--210018	42	2.1	42	93	0	149	35	10	18	36	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
216953--216995	2	21.5	2	100	0	86	48	0	0	51	1.00
223024--223066	20	2.2	20	100	0	86	18	27	13	39	1.89
223585--223624	16	2.5	16	83	0	53	7	0	30	62	1.23
225160--225195	2	17.5	2	94	5	63	0	50	2	47	1.15
227053--227374	157	2.1	157	91	3	515	36	4	8	50	1.54
227505--227529	6	4.2	6	100	0	50	36	0	0	64	0.94
227973--228012	10	4.0	10	84	9	55	35	0	0	65	0.93
233351--233572	111	2.0	111	94	1	392	23	15	16	44	1.86
238038--238175	38	3.7	37	77	13	140	41	10	4	43	1.59
238039--238175	39	3.6	38	82	8	174	40	10	4	43	1.60
238141--238199	24	2.5	24	88	5	84	44	10	3	42	1.55
238097--238220	63	2.0	62	93	1	212	41	10	3	44	1.55
239219--239260	22	1.9	22	90	0	66	9	14	16	59	1.60
243771--244197	210	2.0	215	97	2	810	36	17	21	25	1.95
244884--244930	21	2.2	21	84	3	58	72	2	0	25	0.96
245108--245155	23	2.1	22	84	3	60	66	4	0	29	1.10
246665--247350	237	2.9	233	88	2	1016	27	18	14	39	1.90
246888--247339	124	3.7	124	83	7	624	28	17	14	39	1.89
247005--247355	113	3.0	114	80	11	415	27	17	15	39	1.90
248913--248969	16	3.6	16	81	13	73	10	19	0	70	1.16
260753--260800	23	2.1	22	88	3	69	68	2	0	29	1.01
261940--262015	3	26.3	3	80	19	83	67	2	0	30	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
264695--264754	15	4.0	15	87	8	86	51	0	1	46	1.10
264695--264754	30	2.0	30	93	0	102	51	0	1	46	1.10
264753--265465	32	23.7	32	68	23	355	34	0	12	53	1.39
264742--265482	54	13.5	54	76	14	698	34	0	12	53	1.39
264785--264827	22	2.0	22	95	0	77	32	0	16	51	1.45
264839--264881	22	2.0	22	100	0	86	34	0	13	51	1.42
264989--265461	18	28.3	17	63	24	70	33	0	12	53	1.38
265107--265149	22	2.0	22	100	0	86	34	0	13	51	1.42
265138--265191	14	3.6	14	72	18	54	37	0	5	57	1.22
264753--265562	166	4.9	165	87	7	1081	33	0	12	53	1.40

Tables:   1   2   3   4   5