genome.fa.s2844.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01002844.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00005856_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1090609

Tables:   1   2   3   4   5   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
666103--666142	2	20.5	2	94	5	73	50	0	0	50	1.00
666600--666670	37	1.9	37	100	0	142	33	23	12	29	1.92
668818--668861	23	1.9	23	90	0	70	34	27	20	18	1.96
670017--670081	3	21.0	3	96	3	112	35	0	0	64	0.94
670677--670825	67	2.3	65	83	6	192	21	18	28	31	1.97
670678--670806	67	1.9	67	88	3	197	20	19	27	32	1.97
675263--675292	12	2.5	12	94	0	51	53	26	0	20	1.46
675630--675955	73	4.5	73	89	2	485	32	15	11	40	1.83
675590--675955	37	10.0	36	67	7	193	34	15	10	39	1.82
676000--676184	85	2.2	85	89	0	273	34	17	20	27	1.95
677795--677883	43	2.0	44	81	10	103	28	8	3	59	1.44
677882--677909	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
678964--679146	54	3.4	54	89	0	267	31	22	13	32	1.93
678894--679146	109	2.3	107	81	5	276	31	20	12	35	1.90
679129--679162	16	2.1	16	100	0	68	44	20	11	23	1.84
679633--679670	20	1.9	20	88	0	58	18	34	13	34	1.89
680565--680595	15	2.1	15	93	0	53	22	0	0	77	0.77
681325--681372	25	1.9	25	95	0	87	39	8	18	33	1.81
684020--684073	23	2.3	24	90	3	83	46	11	1	40	1.50
684304--684359	16	3.5	16	76	13	53	41	10	21	26	1.86
685022--685080	20	3.0	20	92	0	100	38	35	6	18	1.78
696604--696678	23	3.4	23	85	5	93	24	29	21	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
697131--697164	13	2.6	13	95	0	59	35	14	5	44	1.70
700602--700662	18	3.4	18	97	0	113	39	1	44	14	1.55
702383--702432	20	2.5	20	86	0	64	28	10	18	44	1.81
709312--709698	129	3.0	129	91	0	623	43	10	9	37	1.71
710383--710441	29	2.0	29	100	0	118	49	13	13	23	1.78
715072--715128	29	2.0	29	100	0	114	47	14	14	24	1.80
717275--717378	52	2.0	52	100	0	208	36	7	9	46	1.66
717454--717509	10	5.6	10	79	8	51	71	1	1	25	1.05
717452--717511	29	2.0	30	83	3	77	71	1	1	25	1.04
723558--723670	4	28.0	4	76	10	97	71	0	7	19	1.16
723687--723719	12	2.8	12	90	0	57	51	6	0	42	1.26
724013--724114	45	2.2	46	82	1	125	54	3	7	33	1.47
724094--724122	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
725805--725829	13	1.9	13	100	0	50	56	0	0	44	0.99
726360--726384	8	3.1	8	100	0	50	12	52	0	36	1.39
727355--727430	30	2.5	31	83	12	95	31	7	15	44	1.75
731571--731644	34	2.2	34	97	2	141	31	27	12	29	1.92
732610--732656	20	2.3	20	85	0	67	34	25	8	31	1.86
736593--736666	20	3.6	20	72	15	62	28	22	25	22	1.99
737395--737612	103	2.1	103	92	0	373	26	12	23	36	1.91
737640--737694	23	2.4	23	84	0	65	25	23	23	27	2.00
743060--743277	103	2.1	103	96	0	400	25	13	23	37	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
743287--743361	23	3.3	23	85	3	91	25	20	22	32	1.98
755794--755866	2	36.5	2	97	0	137	47	1	0	50	1.09
756132--756276	79	1.8	78	92	1	245	40	2	4	53	1.32
759968--759992	13	1.9	13	100	0	50	80	0	12	8	0.92
767127--767161	15	2.3	15	90	0	52	48	5	8	37	1.58
767131--767168	15	2.6	15	83	4	51	47	5	10	36	1.61
774795--774832	6	6.3	6	85	8	51	81	0	2	15	0.80
774800--774832	13	2.6	13	85	4	50	81	0	3	15	0.80
774795--774832	19	2.1	18	95	5	67	81	0	2	15	0.80
783549--783575	9	3.0	9	100	0	54	22	22	11	44	1.84
784266--784327	32	1.9	32	93	6	108	54	11	14	19	1.69
786569--786604	19	1.9	18	88	5	54	41	5	0	52	1.24
786594--786903	5	61.6	5	87	11	449	40	0	0	59	0.97
788831--789122	155	1.9	154	94	0	521	32	12	8	46	1.71
791961--792010	14	3.7	14	73	7	50	42	0	0	58	0.98
794392--794444	3	17.7	3	80	0	61	62	1	5	30	1.29
794608--794708	35	2.9	35	76	4	105	19	21	19	38	1.93
803467--803647	65	2.8	62	77	16	172	27	21	23	27	1.99
803488--803644	65	2.4	64	86	5	201	27	21	22	28	1.99
803488--803697	64	3.3	63	77	8	217	26	20	23	29	1.99
806330--806393	21	2.9	22	72	11	60	25	25	21	28	1.99
806330--806413	43	2.0	43	82	17	104	23	22	23	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
812218--812377	65	2.5	64	81	6	180	28	19	22	29	1.98
817022--817056	6	5.7	6	86	6	52	48	0	0	51	1.00
816994--817052	13	4.5	13	70	14	50	47	0	0	52	1.00
816994--817066	19	3.7	20	77	16	73	47	0	0	52	1.00
818591--818630	15	2.7	15	84	0	53	55	2	10	32	1.47
819837--819889	3	17.7	3	76	0	52	60	1	7	30	1.35
820044--820129	2	43.0	2	100	0	172	50	0	0	50	1.00
823083--823163	24	3.4	23	75	6	81	11	8	37	43	1.71
823274--823301	14	2.0	14	100	0	56	42	0	14	42	1.45
826340--826381	13	3.4	13	80	12	52	35	2	0	61	1.09
831154--831722	71	8.0	70	74	6	389	31	18	9	39	1.83
831546--831684	34	4.0	34	74	5	125	27	17	9	45	1.79
831192--831690	210	2.4	211	83	4	594	31	20	9	39	1.85
833598--833644	11	4.1	11	81	10	58	36	6	0	57	1.24
833599--833644	24	1.9	24	90	0	74	36	6	0	56	1.25
834543--834610	31	2.2	31	86	0	91	27	13	11	47	1.78
845573--845699	43	3.0	43	81	2	157	27	19	22	29	1.98
845795--845922	44	3.0	43	74	4	114	32	14	19	33	1.91
846233--846288	21	2.7	21	85	0	67	3	32	17	46	1.66
846254--846298	21	2.1	21	84	8	56	2	35	15	46	1.58
850650--850690	2	20.5	2	100	0	82	51	0	0	48	1.00
852242--852275	11	3.1	11	91	0	50	70	2	0	26	1.01
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
858079--858133	26	2.1	26	83	10	67	65	0	9	25	1.22
858318--858342	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
860327--860354	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
864294--864344	18	2.9	17	76	21	52	66	1	0	31	1.03
866885--866911	4	6.8	4	100	0	54	22	0	0	77	0.76
868232--868279	21	2.2	21	85	7	60	68	2	6	22	1.23
869374--869420	17	2.9	17	81	12	55	53	0	0	46	1.00
870006--870079	20	3.7	20	83	0	85	36	21	17	24	1.95
878312--878370	12	5.2	12	78	10	61	55	1	0	42	1.09
878310--878357	16	2.9	17	84	12	64	54	0	0	45	0.99
881708--881753	20	2.3	20	100	0	92	21	10	10	56	1.64
882817--882998	37	5.0	36	71	14	113	35	21	8	34	1.84
882820--883265	71	6.2	71	75	8	289	32	19	10	37	1.86
882912--883177	34	7.5	34	68	15	112	34	19	9	37	1.84
882903--883214	143	2.2	144	77	5	328	33	19	9	36	1.85
883584--883969	198	1.9	198	81	6	460	36	22	16	25	1.94
884975--885092	45	2.6	46	85	2	150	23	23	8	44	1.81
885136--885711	81	7.1	81	88	0	830	30	19	11	38	1.87
886268--886322	17	3.2	17	97	0	101	40	23	7	29	1.81
889621--889655	18	1.9	18	100	0	70	28	42	5	22	1.76
890796--890887	45	2.0	46	87	2	132	27	21	5	45	1.73
890949--891530	81	7.2	81	86	1	790	30	20	10	38	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
890949--891530	242	2.4	242	87	2	808	30	20	10	38	1.86
892828--892853	13	2.0	13	100	0	52	53	23	0	23	1.46
895669--895718	21	2.4	21	80	9	59	34	30	8	28	1.86
903200--903229	16	1.9	16	93	6	53	26	46	0	26	1.53
914898--914975	20	4.2	20	73	21	87	20	33	32	14	1.92
914919--915003	34	2.5	35	96	1	154	20	35	27	17	1.95
914946--915002	15	3.5	15	72	25	53	19	36	24	19	1.94
915115--915156	21	2.0	21	95	0	75	23	21	28	26	1.99
915185--915224	20	1.9	21	85	10	55	37	37	10	15	1.80
927976--928007	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00

Tables:   1   2   3   4   5