genome.fa.s296.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01000296.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00000545_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  216456

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7710--7750	12	3.2	13	87	12	59	36	0	0	63	0.95
7711--7750	21	1.9	21	90	10	64	35	0	0	65	0.93
7711--7750	6	6.2	6	86	13	53	35	0	0	65	0.93
8232--8298	32	2.1	32	88	0	98	29	28	0	41	1.56
9384--9425	22	2.0	21	86	13	59	42	2	0	54	1.13
18331--18361	15	2.1	15	94	5	55	35	9	0	54	1.33
21069--21117	14	3.5	14	78	10	55	26	8	20	44	1.79
23810--23881	31	2.3	32	82	2	83	25	8	22	44	1.80
23857--23926	33	2.1	34	89	2	106	15	8	30	45	1.76
24621--24646	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
28467--28557	11	8.0	11	71	11	51	48	1	3	47	1.25
28469--28537	17	4.0	17	74	12	52	47	0	2	49	1.16
28467--28543	26	3.1	25	77	18	81	48	0	2	49	1.15
28467--28534	32	2.1	32	81	10	77	48	0	2	48	1.16
28467--28534	2	35.0	2	71	11	52	48	0	2	48	1.16
29105--29165	12	5.3	12	88	9	60	44	1	1	52	1.20
29118--29162	2	22.5	2	100	0	90	48	0	0	51	1.00
29241--29277	19	1.9	19	94	0	65	43	0	29	27	1.55
29246--29293	20	2.5	19	86	3	60	45	0	33	20	1.52
29502--29613	2	56.5	2	73	15	90	49	1	2	46	1.26
29835--29877	16	2.8	15	86	6	68	51	9	0	39	1.34
29978--30022	14	3.2	14	84	12	65	53	26	0	20	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29963--30022	28	2.1	28	84	0	75	51	26	0	21	1.48
30240--30296	22	2.4	25	82	11	75	43	1	0	54	1.10
30888--30928	17	2.5	17	88	4	57	51	2	0	46	1.14
30888--30928	2	21.0	2	80	14	50	51	2	0	46	1.14
30891--30954	28	2.3	28	83	5	85	56	3	1	39	1.25
30963--31029	21	3.2	20	79	8	71	46	29	0	23	1.53
30405--33012	523	5.0	518	72	14	2199	43	12	8	35	1.73
31427--31461	2	17.5	2	100	0	70	51	48	0	0	1.00
31566--31616	7	7.3	7	86	0	75	47	35	0	17	1.48
31482--31583	48	2.1	49	83	7	127	49	13	5	31	1.66
31834--31890	22	2.4	25	82	11	75	43	1	0	54	1.10
32468--32531	29	2.2	27	82	15	83	53	7	1	37	1.40
32479--32520	2	21.0	2	80	9	50	52	4	0	42	1.22
32582--32633	14	3.7	14	84	0	59	48	25	0	26	1.52
32946--32972	13	2.1	13	100	0	54	44	0	0	55	0.99
33020--33070	2	25.5	2	100	0	102	50	0	0	49	1.00
33154--33204	7	7.3	7	86	0	75	47	35	0	17	1.48
33068--33171	49	2.1	49	84	7	131	49	13	6	30	1.68
30596--33569	498	5.7	503	70	18	1688	43	12	7	36	1.71
33506--33539	15	2.4	15	90	9	54	50	5	0	44	1.26
33641--33680	21	1.9	21	89	0	62	52	17	0	30	1.45
33627--33687	21	2.9	21	72	13	54	49	26	0	24	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33201--34441	564	2.2	554	90	3	1972	42	11	8	36	1.73
34068--34101	15	2.4	15	90	9	54	50	5	0	44	1.26
34180--34240	7	8.7	7	75	0	50	42	32	0	24	1.55
34196--34235	14	2.8	15	85	11	57	45	27	0	27	1.54
34177--34240	21	3.1	21	79	2	67	45	31	0	23	1.53
35079--35317	39	6.5	36	74	12	139	43	3	7	45	1.50
35105--35343	38	6.5	37	76	14	194	44	3	6	45	1.47
38472--38517	19	2.4	19	92	0	74	13	13	6	67	1.41
41869--42487	81	7.6	82	76	6	587	30	25	21	23	1.99
41910--42557	164	3.9	164	94	0	1055	31	24	20	24	1.98
43117--43352	36	6.4	37	75	16	125	44	3	7	44	1.50
43142--43382	38	6.5	37	80	9	217	44	3	6	44	1.47
52909--52946	20	1.9	20	94	0	67	26	31	26	15	1.96
56611--56653	14	3.1	14	89	0	68	13	13	16	55	1.69
56914--56963	10	5.1	10	74	13	50	8	8	22	62	1.49
71178--71203	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
71760--71854	31	3.1	31	83	3	111	58	4	5	31	1.39
72144--72186	19	2.2	19	83	8	50	23	4	0	72	1.04
78632--78661	3	10.0	3	100	0	60	0	33	0	66	0.92
78795--78821	14	1.9	14	100	0	54	44	40	0	14	1.46
79675--79700	12	2.2	12	100	0	52	50	0	0	50	1.00
82440--82543	42	2.5	42	90	1	172	25	44	9	20	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93420--93738	41	7.7	41	82	2	316	28	20	19	31	1.96
93419--93654	124	1.9	124	86	5	334	29	19	18	31	1.96
93420--93738	82	3.9	83	86	1	381	28	20	19	31	1.96
97082--97207	42	3.0	41	76	5	126	38	17	19	24	1.93
97101--97235	42	3.2	42	75	4	130	40	17	19	22	1.91
99080--99113	12	2.8	12	90	4	50	20	50	17	11	1.77
100267--100356	2	46.5	2	75	14	64	47	5	1	45	1.33
100267--100355	27	3.5	26	69	16	78	48	5	1	44	1.33
100272--100356	43	2.0	43	80	0	98	47	5	1	45	1.34
109430--109484	24	2.2	25	83	3	67	18	9	1	70	1.22
109705--109746	14	2.9	14	89	3	57	28	19	7	45	1.76
116838--116916	32	2.5	31	81	6	95	75	3	16	3	1.09
116839--116952	10	11.3	10	68	24	62	75	2	18	3	1.06
116839--116940	27	3.6	28	76	14	93	75	2	17	3	1.08
116907--116957	8	7.3	7	77	14	52	78	0	19	1	0.85
119565--119616	21	2.6	21	90	6	81	32	13	7	46	1.72
123666--123717	21	2.6	21	90	6	81	32	13	7	46	1.72
124646--124705	25	2.4	25	97	0	111	28	10	10	51	1.67
128532--128575	22	2.0	22	86	8	63	45	25	2	27	1.65
145313--145352	20	2.0	20	90	0	62	22	32	22	22	1.98
145476--145525	20	2.5	20	80	6	57	32	30	16	22	1.95
146252--146281	15	1.9	16	93	6	53	13	26	13	46	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
148615--148677	28	2.3	27	78	8	63	46	1	3	49	1.27
148757--148790	16	2.0	18	88	11	54	64	5	2	26	1.30
148913--148955	21	2.0	21	95	0	77	41	0	11	46	1.40
150698--150958	84	3.2	82	79	5	294	24	19	23	32	1.98
151196--151264	19	3.8	19	74	16	74	50	30	14	4	1.62
151209--151251	14	2.9	14	77	16	50	48	30	13	6	1.69
151391--152287	165	5.4	165	85	5	865	25	19	24	30	1.98
151391--152287	249	3.6	247	80	5	857	25	19	24	30	1.98
151391--152325	414	2.3	412	85	2	1243	25	20	24	30	1.99
153447--153666	95	2.5	86	80	15	261	30	19	20	30	1.97
153495--153693	94	2.1	96	86	4	296	31	17	18	33	1.94
158486--158546	25	2.4	24	78	10	68	54	1	6	37	1.37
159200--159234	17	2.0	17	88	5	52	37	0	2	60	1.12
159302--159359	26	2.2	27	84	9	75	65	1	1	31	1.13
159315--159382	19	3.5	19	76	17	59	69	1	0	29	0.98
159341--159409	33	2.0	35	88	5	106	65	2	0	31	1.08
159338--159388	19	2.6	20	81	6	68	74	0	0	25	0.82
159339--159395	25	2.4	25	82	5	73	73	0	0	26	0.83
170636--170674	2	19.5	2	100	0	78	51	0	0	48	1.00
170694--170859	85	2.0	84	84	7	219	30	18	21	29	1.97
170838--170885	13	3.7	13	88	0	78	33	16	20	29	1.95
170831--170885	26	2.1	26	93	0	92	36	14	21	27	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
174814--174889	23	3.3	23	88	0	107	28	26	23	21	1.99
175470--175591	54	2.3	53	85	2	154	27	22	22	27	1.99
184349--184533	32	5.8	32	75	5	149	36	19	10	34	1.86
184361--184533	64	2.7	65	78	4	199	36	19	10	32	1.87
186066--186130	20	3.0	21	80	8	69	26	16	33	23	1.96
186186--186215	15	2.0	15	100	0	60	33	20	26	20	1.97
191089--191135	17	2.8	17	75	15	53	34	21	8	36	1.84
191245--191551	62	5.0	62	80	5	300	28	19	15	36	1.92
191245--191530	124	2.3	124	83	3	360	28	19	15	36	1.93
191685--192076	36	10.9	36	90	0	595	38	20	22	18	1.94

Tables:   1   2