genome.fa.s3260.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01003260.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00006850_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  203219

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9476--9542	19	3.6	18	80	15	73	16	23	29	29	1.96
9541--9600	22	2.7	22	92	0	93	18	45	23	13	1.84
16754--16832	20	4.0	20	87	9	99	16	27	26	29	1.97
16755--16835	10	8.2	9	75	17	63	16	28	27	28	1.97
16755--16832	30	2.5	31	75	19	83	15	28	26	29	1.96
16853--16914	22	3.0	22	77	15	71	19	48	20	11	1.79
16855--16902	17	2.8	17	93	0	87	18	47	22	10	1.79
30647--30703	30	1.9	30	88	0	87	49	0	3	47	1.18
30671--30725	18	2.8	20	76	18	53	50	0	1	47	1.11
30649--30727	29	2.7	30	82	2	79	49	0	2	48	1.14
31183--31225	18	2.4	18	92	0	68	11	0	30	58	1.34
32244--32274	16	1.9	16	93	0	53	25	19	16	38	1.92
33160--33254	26	3.8	24	69	23	72	24	8	1	66	1.26
33458--33505	20	2.2	22	85	10	64	25	10	0	64	1.25
34605--34672	29	2.3	28	82	7	73	54	8	11	25	1.65
38790--39023	55	4.4	55	82	7	243	28	25	15	30	1.96
38929--39279	51	6.8	51	88	3	459	25	23	17	32	1.97
39649--39878	36	6.4	36	87	2	275	20	19	23	36	1.95
39649--39887	108	2.2	109	84	4	306	20	19	23	37	1.94
41070--41447	125	3.0	125	87	1	517	25	24	16	33	1.96
51416--52135	136	5.3	136	85	3	730	27	22	16	33	1.95
51416--52135	272	2.6	272	83	3	806	27	22	16	33	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52775--52869	42	2.3	42	80	10	106	31	22	18	27	1.97
52775--53322	226	2.4	226	90	1	848	32	18	22	26	1.97
55412--55472	4	14.8	4	83	13	79	1	21	0	77	0.86
55410--55473	22	3.0	22	88	9	96	3	20	0	76	0.92
55407--55474	13	5.4	12	80	13	75	2	19	0	77	0.89
55407--55482	29	2.7	28	86	8	100	2	21	0	76	0.91
55407--55472	25	2.6	26	86	13	93	3	19	0	77	0.90
56850--56898	20	2.3	22	89	6	75	44	12	24	18	1.84
58969--59032	15	4.3	15	71	13	51	53	9	12	25	1.68
58971--59038	29	2.3	28	82	7	73	52	8	11	26	1.67
60745--60801	30	1.9	30	88	0	87	49	0	3	47	1.18
60769--60823	18	2.8	20	76	18	53	50	0	1	47	1.11
60747--60825	29	2.7	30	82	2	79	49	0	2	48	1.14
61281--61323	18	2.4	18	92	0	68	11	0	30	58	1.34
62346--62376	16	1.9	16	93	0	53	25	19	16	38	1.92
63263--63357	26	3.8	24	69	23	72	24	8	1	66	1.26
63424--63461	18	2.2	18	85	4	51	21	7	0	71	1.11
63563--63610	20	2.2	22	82	10	55	25	10	2	62	1.38
64712--64778	29	2.3	27	82	10	71	55	8	10	25	1.63
67031--67750	136	5.3	136	84	3	716	27	22	16	33	1.96
67031--67750	272	2.6	272	82	3	790	27	22	16	33	1.96
68346--68926	226	2.6	226	88	2	848	31	18	22	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75441--76134	108	6.3	109	87	3	930	27	28	15	28	1.96
75441--76134	55	12.7	55	87	2	941	27	28	15	28	1.96
75441--76134	219	3.2	218	87	2	921	27	28	15	28	1.96
77142--77185	20	2.1	21	91	4	72	13	4	0	81	0.83
77118--77185	9	6.8	10	73	20	54	14	7	1	76	1.07
87467--88185	136	5.3	135	82	4	651	27	21	16	34	1.95
87594--88185	272	2.2	272	83	3	728	26	22	16	34	1.95
88980--89064	42	2.0	42	86	4	118	32	21	21	24	1.97
88986--89061	20	3.7	20	72	16	66	34	19	22	23	1.97
88768--89102	168	2.0	168	88	2	494	33	18	21	27	1.96
89182--89288	42	2.6	41	73	5	99	34	19	18	27	1.95
91374--91417	11	3.6	11	78	21	52	2	15	0	81	0.78
91374--91427	19	2.9	17	82	15	63	3	16	0	79	0.87
91374--91427	26	2.0	27	96	3	101	3	16	0	79	0.87
91384--91440	26	2.2	26	81	6	62	5	14	5	75	1.15
93312--93372	30	2.0	31	84	6	81	57	6	16	19	1.61
94752--94801	25	2.0	25	84	0	64	52	8	10	30	1.64
96670--96706	20	1.9	18	89	10	56	54	0	5	40	1.24
96778--96947	39	4.5	37	81	6	164	45	4	7	42	1.52
96742--96940	75	2.7	75	85	3	233	47	4	7	41	1.49
96919--96975	21	2.5	22	83	16	71	42	1	10	45	1.49
96767--96956	37	5.1	37	81	6	202	45	4	7	41	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96931--96977	21	2.2	21	92	3	76	44	2	8	44	1.46
96919--96989	21	2.9	24	78	20	67	42	1	9	46	1.46
96991--97048	26	2.1	28	90	6	93	46	3	6	43	1.47
97294--97529	64	3.7	63	77	9	226	30	24	19	26	1.98
97294--97503	65	3.2	64	79	9	230	30	24	18	26	1.98
97475--97523	19	2.6	19	84	9	57	24	28	20	26	1.99
105460--105498	2	19.5	2	94	0	69	48	0	2	48	1.15
105883--105934	23	2.3	22	86	3	68	36	11	9	42	1.74
105883--105938	22	2.5	23	85	2	78	37	14	8	39	1.77
105965--106173	64	3.2	65	80	9	232	29	24	19	26	1.98
106145--106180	16	2.1	18	90	10	58	27	25	22	25	2.00
106909--106941	5	6.8	5	89	6	50	42	0	12	45	1.41
106909--106945	10	3.8	10	89	7	58	40	0	10	48	1.38
106909--106950	14	2.9	14	85	3	57	40	0	9	50	1.35
108266--108297	17	1.9	17	93	6	57	25	6	6	62	1.42
115916--116025	47	2.3	49	83	9	138	40	13	24	21	1.90
116297--116440	49	2.9	49	84	1	180	25	19	9	46	1.79
117483--117599	46	2.5	46	90	0	180	26	19	10	43	1.83
117820--118186	54	6.8	54	85	2	477	26	17	20	34	1.95
117820--118186	108	3.4	108	87	1	538	26	17	20	34	1.95
122868--122998	46	2.8	46	91	0	217	24	19	11	45	1.83
123104--123335	54	4.3	54	86	1	286	25	18	21	34	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
123672--123727	19	2.8	20	81	10	69	32	14	14	39	1.86
130076--130208	45	2.9	46	86	2	196	24	18	9	47	1.78
130409--130913	54	9.3	54	82	3	557	24	17	21	36	1.95
130445--130913	220	2.2	216	83	4	611	24	17	21	36	1.95
132788--133331	39	14.9	37	81	12	624	45	2	6	44	1.44
132920--132972	15	3.3	16	71	7	54	47	0	7	45	1.31
132914--133226	31	8.9	32	70	22	193	45	1	6	46	1.37
132946--133320	77	5.1	76	85	11	494	45	1	6	45	1.40
133101--133153	15	3.3	16	71	7	54	47	0	7	45	1.31
132806--133300	181	2.7	181	96	0	902	46	2	6	44	1.43
133264--133317	28	1.9	28	85	7	74	46	3	7	42	1.49
134473--134504	17	1.9	17	93	6	57	25	6	6	62	1.42
134542--134587	11	4.3	11	78	10	51	19	2	0	78	0.86
136212--136280	19	3.6	19	73	21	63	47	1	2	47	1.25
136357--136399	13	3.2	13	83	6	50	48	2	0	48	1.14
136371--136433	23	2.8	23	84	11	78	47	0	0	52	1.00
136306--136402	47	2.1	47	83	12	121	51	2	0	46	1.12
136369--136431	21	3.0	21	78	15	67	47	0	0	52	1.00
140339--140412	24	3.1	23	75	7	67	50	12	12	25	1.74
140392--140443	12	4.4	12	76	11	54	59	11	9	19	1.59
140392--140443	24	2.2	23	83	6	68	59	11	9	19	1.59
143348--143378	14	2.2	14	100	0	62	25	29	19	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
147218--147248	16	1.9	16	93	0	53	12	3	6	77	1.08
148648--148703	27	2.1	27	82	0	67	44	5	5	44	1.49
148866--148918	24	2.1	25	89	6	81	52	0	0	47	1.00
148917--149371	230	2.0	225	95	3	822	46	6	7	40	1.57
149847--149977	62	2.1	62	98	0	253	30	13	8	47	1.73
154001--154086	21	4.1	21	72	22	65	46	2	2	48	1.27
154042--154114	23	3.3	23	74	11	64	52	2	0	45	1.15
154100--154142	20	2.2	20	83	8	52	44	0	0	55	0.99
155583--155614	9	3.6	9	100	0	64	53	0	0	46	1.00
156378--156522	66	2.1	66	81	12	159	38	16	15	29	1.89

Tables:   1   2