genome.fa.s3345.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01003345.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00007043_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  605145

Tables:   1   2   3   

This is table  1  of  3  ( 359 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
442--484	14	3.2	14	77	12	54	16	0	4	79	0.90
448--487	20	2.0	21	90	5	64	17	0	5	77	0.94
448--498	26	2.0	26	84	0	66	23	0	3	72	1.01
469--513	23	2.0	22	82	4	54	31	0	6	62	1.21
1029--1065	15	2.3	16	90	9	58	62	2	5	29	1.31
1819--1853	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
3336--3381	3	15.7	3	86	4	67	60	2	0	36	1.09
3547--3795	104	2.4	105	79	6	274	25	18	16	39	1.91
3718--4146	221	2.0	218	84	6	564	27	20	16	35	1.94
5002--5086	17	5.3	16	72	17	70	9	11	1	77	1.04
5010--5073	30	2.1	31	85	8	87	10	12	0	76	1.02
16089--16125	15	2.3	16	90	9	58	62	2	5	29	1.31
16891--16933	2	21.5	2	100	0	86	48	0	0	51	1.00
18443--18488	3	15.7	3	86	4	67	60	2	0	36	1.09
19525--19637	29	3.9	28	77	11	113	25	17	7	49	1.72
19519--19639	57	2.1	59	83	7	158	26	16	8	48	1.74
22656--22693	16	2.3	17	86	4	51	50	0	5	44	1.24
24601--24652	26	2.0	26	92	0	86	5	26	0	67	1.13
26044--26087	15	3.3	15	70	29	53	61	0	31	6	1.22
26037--26104	25	2.7	25	95	2	118	60	0	32	7	1.24
26353--26406	8	6.5	8	77	8	54	51	0	3	44	1.19
26353--26406	25	2.2	25	93	0	90	51	0	3	44	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28097--28848	45	16.2	45	75	12	585	11	18	32	38	1.86
28300--28857	90	6.2	90	96	0	992	11	18	31	38	1.86
28109--28857	180	4.0	180	90	4	1007	11	18	32	38	1.86
36068--36098	16	1.9	16	93	0	53	58	16	12	12	1.64
36162--36227	23	2.8	23	79	6	62	60	21	9	9	1.54
36483--36534	24	2.1	26	89	7	81	53	17	13	15	1.72
36963--37128	60	2.8	59	88	5	235	34	6	2	56	1.39
36982--37129	60	2.5	60	93	0	242	35	7	2	55	1.39
36982--37188	60	3.5	60	85	2	184	33	12	2	51	1.53
38331--38400	27	2.6	26	76	14	79	12	18	31	37	1.89
38375--38721	45	7.7	45	83	0	390	10	18	31	39	1.85
38387--38721	180	1.9	180	91	0	553	11	18	31	38	1.86
39049--39073	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
39418--39569	76	2.0	76	100	0	304	23	11	14	50	1.76
41910--41942	17	1.9	17	88	11	50	48	3	0	48	1.17
43527--43558	12	2.4	14	80	20	50	71	6	21	0	1.07
46316--46412	27	3.6	27	85	9	135	13	17	30	38	1.88
46387--46821	45	9.7	45	89	0	521	11	18	30	40	1.86
49035--49075	5	7.8	5	84	10	55	4	21	53	19	1.63
49072--49189	9	12.3	9	73	10	74	27	25	27	19	1.99
49074--49190	19	6.1	19	76	10	103	28	25	25	20	1.99
49152--49190	21	1.9	21	89	5	62	33	23	25	17	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52027--52087	23	2.7	23	94	0	104	26	27	27	18	1.98
52770--52889	64	1.9	63	87	5	179	26	15	20	37	1.92
53398--53427	13	2.2	14	94	5	53	66	0	33	0	0.92
54275--54308	13	2.6	13	95	0	59	29	5	11	52	1.61
54788--54824	11	3.3	11	88	3	56	13	0	21	64	1.27
57569--57601	15	2.2	15	100	0	66	12	30	39	18	1.87
58193--58322	60	2.2	60	85	2	181	34	16	11	37	1.84
59471--59512	20	2.1	20	86	8	59	57	7	7	28	1.52
60163--60190	3	9.3	3	100	0	56	0	35	0	64	0.94
61135--61166	12	2.7	12	95	0	55	65	28	0	6	1.16
69829--69962	60	2.2	60	77	7	137	29	20	3	46	1.68
70975--71031	17	3.5	16	80	7	53	24	14	3	57	1.52
70975--71018	17	2.6	17	85	3	54	25	15	2	56	1.51
79353--79457	33	2.9	38	83	8	123	40	31	11	16	1.84
79641--79716	31	2.5	31	80	4	82	39	32	14	13	1.85
80857--80890	14	2.4	14	95	0	59	11	29	44	14	1.81
83155--83313	4	39.8	4	100	0	318	25	0	24	50	1.50
84717--84741	12	2.1	12	100	0	50	56	0	8	36	1.29
86353--86397	21	2.1	21	95	0	81	35	0	0	64	0.94
86434--86693	37	7.0	36	81	11	226	44	2	6	46	1.42
87916--87961	8	6.4	7	85	14	51	23	2	0	73	0.94
87916--87962	20	2.4	21	82	13	64	25	2	0	72	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87917--87970	28	1.9	28	88	0	81	22	1	1	74	1.02
93173--93199	8	3.4	8	100	0	54	59	0	14	25	1.36
93361--93411	9	5.4	9	75	25	52	76	3	0	19	0.94
93361--93419	10	6.1	10	74	7	59	74	3	0	22	0.96
93359--93413	19	2.9	19	100	0	110	74	3	0	21	0.97
94598--94679	39	2.1	38	82	6	94	51	4	0	43	1.23
98358--98411	26	2.1	26	96	3	101	11	3	24	61	1.46
103059--103103	23	2.0	23	86	8	65	33	15	0	51	1.44
105276--105309	17	2.0	17	100	0	68	11	52	0	35	1.38
113724--113876	60	2.5	60	94	0	270	36	9	15	38	1.80
114153--114201	21	2.3	21	89	0	71	65	10	10	14	1.47
114545--114575	16	1.9	16	93	0	53	38	16	19	25	1.92
117276--117659	41	9.4	41	77	12	271	33	18	19	29	1.95
117298--117660	83	4.4	81	84	6	410	31	18	19	30	1.96
117298--117660	124	3.0	124	78	10	379	31	18	19	30	1.96
119492--119519	3	9.3	3	100	0	56	32	0	0	67	0.91
120729--120787	22	2.8	22	84	5	77	20	5	20	54	1.63
120899--120995	43	2.3	43	84	10	119	21	20	23	34	1.97
121377--121410	15	2.3	15	89	0	50	14	29	11	44	1.81
143311--143348	19	2.0	20	89	5	60	57	2	15	23	1.51
151469--151504	18	1.9	19	88	5	56	2	13	36	47	1.58
153587--153633	20	2.2	22	85	7	62	42	0	2	55	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
155847--155999	61	2.5	62	76	8	163	28	26	5	39	1.78
158353--158404	20	2.6	20	96	0	95	38	26	13	21	1.90
158394--158492	21	4.8	20	72	6	72	36	23	19	21	1.95
158459--158652	20	9.6	20	81	5	221	35	25	19	19	1.95
158459--158652	60	3.2	60	83	0	253	35	25	19	19	1.95
159030--159100	33	2.2	33	92	0	115	11	22	18	47	1.80
159220--159274	14	3.6	14	73	21	56	40	23	27	9	1.85
159220--159290	33	2.2	33	92	0	115	42	25	23	8	1.82
159286--159350	19	3.7	19	74	19	77	10	23	21	44	1.83
159308--159397	14	5.7	14	72	23	72	10	26	23	40	1.86
159291--159405	33	3.5	33	90	0	194	10	25	20	43	1.84
159712--159764	13	4.2	13	80	9	56	22	0	18	58	1.39
159718--159866	38	4.2	37	67	25	113	25	2	17	55	1.53
159794--159853	19	3.2	19	62	9	50	25	1	15	58	1.46
159848--159883	14	2.6	14	95	0	63	33	0	22	44	1.53
159990--160091	19	5.6	19	84	13	151	44	17	23	14	1.86
160098--160425	33	9.5	33	81	10	313	14	20	17	46	1.83
160120--160425	19	17.4	19	80	16	374	14	20	17	47	1.82
160120--160397	52	5.2	52	94	4	484	14	21	16	47	1.82
162728--162752	12	2.1	12	100	0	50	0	28	0	72	0.86
162927--162973	24	2.0	24	87	8	69	38	21	14	25	1.92
163646--164014	20	18.5	20	86	4	458	20	18	26	34	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
174282--174323	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
182519--182549	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
185565--185638	21	3.5	21	90	3	105	21	32	21	24	1.98
189746--189803	31	1.9	30	85	3	80	27	17	8	46	1.77
195015--195135	54	2.2	54	91	0	188	28	28	17	24	1.97
202505--202645	54	2.6	54	86	2	194	27	29	18	24	1.98
202734--202775	19	2.2	19	83	8	50	30	4	16	47	1.67
205925--205967	2	21.5	2	100	0	86	51	0	0	48	1.00
206411--206447	2	18.5	2	100	0	74	0	48	0	51	1.00
211711--211744	17	2.0	17	94	0	59	20	0	2	76	0.92

Tables:   1   2   3