genome.fa.s3409.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01003409.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00007181_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  462136

Tables:   1   2   3   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9077--9115	20	2.0	20	84	0	51	35	10	23	30	1.88
12238--12697	54	8.5	54	90	1	708	25	18	21	35	1.96
16334--16392	25	2.4	25	97	0	109	38	3	40	16	1.66
16834--16878	2	22.5	2	95	0	81	48	0	0	51	1.00
33541--33599	25	2.4	25	97	0	109	38	3	40	16	1.66
34679--34712	2	17.5	2	93	6	61	50	0	0	50	1.00
51344--51402	25	2.4	25	97	0	109	38	3	40	16	1.66
52482--52519	2	19.5	2	94	5	69	50	0	0	50	1.00
67505--67572	27	2.6	27	95	4	122	41	16	11	30	1.84
71159--71226	27	2.6	27	90	4	113	41	14	11	32	1.82
73478--73544	2	33.5	2	100	0	134	49	0	0	50	1.00
73643--73800	21	7.8	20	72	7	86	38	24	17	18	1.93
73768--73996	20	11.4	20	81	5	230	37	25	17	19	1.94
74689--74735	24	2.0	24	87	8	69	25	14	21	38	1.92
74910--74934	12	2.1	12	100	0	50	72	0	28	0	0.86
77230--77463	72	3.3	72	81	10	297	46	17	22	14	1.84
77216--77485	53	5.1	52	90	8	415	45	17	22	13	1.84
77197--77490	72	4.2	68	78	13	276	44	18	22	14	1.85
77216--77485	105	2.6	105	91	7	426	45	17	22	13	1.84
77500--77579	20	4.4	19	80	16	98	13	23	17	45	1.84
77686--77722	14	2.6	14	91	0	65	45	21	0	32	1.52
79661--79765	19	5.8	18	74	15	101	46	22	20	10	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79764--79820	14	3.7	14	72	20	51	8	22	24	43	1.81
79762--79838	33	2.3	34	90	2	120	10	20	25	42	1.84
79936--80251	93	3.4	93	99	0	623	45	18	13	22	1.85
81937--82033	20	5.2	20	72	18	100	46	18	23	11	1.81
81935--81999	21	3.1	21	82	4	96	47	16	24	10	1.79
81984--82040	14	3.7	14	75	20	60	43	22	24	8	1.81
81935--82057	33	3.5	33	90	8	165	46	19	23	10	1.81
82074--82130	14	3.7	14	75	20	60	8	24	22	43	1.81
82058--82137	33	2.4	33	95	0	142	8	21	22	47	1.78
82118--82191	21	3.5	21	80	7	96	14	20	17	47	1.83
82332--82388	14	3.7	14	75	20	60	8	24	22	43	1.81
82316--82395	33	2.4	33	95	0	142	8	21	22	47	1.78
82376--82449	21	3.5	21	81	7	105	13	20	17	48	1.80
82013--82573	258	2.2	258	99	0	1104	29	20	18	31	1.96
82529--82599	33	2.2	33	94	0	124	47	16	23	11	1.79
82978--83170	20	9.6	20	85	5	246	18	19	27	34	1.95
88185--88235	20	2.5	20	93	0	84	29	21	19	29	1.98
88262--88300	20	2.0	19	95	5	69	30	20	30	17	1.96
96305--96992	90	7.7	90	91	0	1087	33	22	18	26	1.97
96305--96992	179	3.8	178	91	2	1076	33	22	18	26	1.97
96305--96992	269	2.6	268	91	1	1101	33	22	18	26	1.97
97020--97364	43	8.0	43	87	3	455	26	29	16	27	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97020--97364	129	2.7	129	89	2	507	26	29	16	27	1.97
99882--99911	12	2.6	12	94	5	53	0	16	3	80	0.85
107797--107837	19	2.1	20	82	13	50	41	19	7	31	1.79
110794--110835	21	2.0	20	86	4	57	33	14	16	35	1.89
117064--117122	2	29.5	2	100	0	118	50	0	0	49	1.00
121780--121830	21	2.5	21	80	3	59	33	25	17	23	1.96
124733--124767	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
124923--124974	13	4.0	13	82	0	68	30	21	21	26	1.98
125781--125824	21	2.1	21	100	0	88	45	9	31	13	1.75
125781--125833	21	2.6	21	91	5	74	43	9	33	13	1.76
128224--128264	12	3.4	12	82	0	55	14	0	7	78	0.96
132034--132249	84	2.6	84	82	6	235	29	4	13	52	1.59
132954--133136	75	2.4	75	83	2	233	26	7	16	49	1.71
133138--133181	20	2.3	19	81	11	54	34	4	0	61	1.16
133245--133282	12	3.2	12	92	0	58	5	52	18	23	1.65
133249--133285	18	2.1	18	89	0	56	8	51	16	24	1.71
134407--134492	32	2.7	31	85	1	109	53	9	16	20	1.70
135318--135343	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
137427--137531	23	4.7	23	85	4	126	28	26	20	23	1.99
144228--144318	23	4.0	23	78	5	85	29	23	18	28	1.98
154238--154828	298	2.0	297	92	1	977	30	15	19	34	1.93
183415--183448	14	2.3	15	90	5	52	26	38	0	35	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
184148--184172	12	2.1	12	100	0	50	40	0	0	60	0.97
185282--185380	42	2.4	42	86	6	130	22	19	34	24	1.96
185283--185380	21	4.7	20	80	10	99	22	19	33	24	1.97
185460--185519	29	2.0	30	93	6	104	43	16	6	33	1.74
188321--188390	34	2.1	32	86	5	95	22	30	15	31	1.95
188811--188908	21	4.7	20	75	10	81	25	18	32	23	1.97
188988--189045	30	2.0	29	90	10	91	44	17	5	32	1.70
188988--189047	29	2.0	30	93	6	104	43	16	6	33	1.74
189441--189467	13	2.1	13	100	0	54	40	22	7	29	1.81
190845--190907	19	3.3	19	76	10	65	17	12	6	63	1.49
195986--196197	54	4.0	52	80	3	201	34	14	20	29	1.93
196561--196639	22	3.6	22	91	0	131	32	16	11	39	1.84
197308--197522	45	4.8	45	84	1	243	26	23	17	32	1.96
197308--197522	89	2.4	90	84	2	272	26	23	17	32	1.96
197541--197689	45	3.3	45	89	0	208	24	22	20	33	1.97
197419--197644	122	1.9	122	85	0	317	25	22	19	33	1.97
197379--198095	167	4.3	167	81	9	731	25	21	20	32	1.97
197709--197945	45	5.3	45	89	0	357	23	21	21	33	1.97
197541--198021	257	1.9	256	89	0	755	24	21	20	33	1.97
197888--198095	76	2.8	75	89	2	337	28	19	20	31	1.97
198348--198389	3	13.7	3	95	5	75	33	0	0	66	0.92
209117--209174	3	18.7	3	89	7	89	34	1	0	63	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
209117--209174	16	3.7	15	88	6	71	34	1	0	63	1.04
209117--209174	19	3.1	19	85	11	84	34	1	0	63	1.04
209118--209174	22	2.6	22	94	0	96	35	1	0	63	1.05
210776--211022	128	1.9	128	94	0	431	37	7	7	48	1.59
222896--222996	52	1.9	52	91	0	166	32	13	22	30	1.93
223399--223451	22	2.4	22	96	0	97	35	13	13	37	1.83
224126--224339	45	4.8	45	88	1	288	25	22	18	33	1.97
224193--224925	167	4.3	166	75	11	707	25	21	19	33	1.97
224359--224732	138	2.8	135	90	3	590	23	22	20	33	1.97
224358--224858	183	2.9	179	83	9	621	24	22	19	33	1.97
224358--224731	45	8.3	45	88	3	556	23	22	20	33	1.97
224636--224925	118	2.4	120	88	3	426	25	21	20	32	1.97
224750--224852	45	2.3	45	88	1	145	29	22	18	30	1.97
225170--225222	3	18.3	3	78	21	60	37	0	0	62	0.96
225173--225218	5	9.2	5	82	17	60	39	0	0	60	0.97
233795--234124	165	2.0	164	95	4	594	30	13	16	39	1.88
235678--235729	3	16.7	3	88	7	77	34	1	0	63	1.06
235678--235729	16	3.3	15	89	7	68	34	1	0	63	1.06
235678--235729	22	2.4	22	93	0	86	34	1	0	63	1.06
235678--235729	19	2.7	20	91	5	81	34	1	0	63	1.06
237282--237513	121	1.9	119	86	10	328	37	7	7	46	1.60
242592--242872	141	2.0	137	89	8	435	20	21	9	47	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
247037--247107	25	3.1	25	62	29	66	21	22	21	35	1.96
247037--247237	45	4.5	45	92	0	305	25	22	19	32	1.97
247256--247404	45	3.3	45	92	0	226	24	22	19	33	1.97
247134--247359	122	1.9	122	90	0	362	26	21	18	34	1.96
247089--247567	167	2.9	167	92	1	782	24	22	19	34	1.97
247423--247660	45	5.3	45	90	0	359	23	22	21	33	1.97
247256--247790	257	2.1	254	87	1	791	23	22	20	32	1.98
247679--247780	44	2.3	45	86	3	136	27	23	18	30	1.98
247558--247853	119	2.5	120	89	3	436	25	20	21	32	1.98
248105--248166	3	20.0	3	93	6	106	35	0	0	64	0.94

Tables:   1   2   3