genome.fa.s3856.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01003856.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00008289_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  822684

Tables:   1   2   3   4   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
4239--4286	20	2.4	19	82	6	51	20	16	27	35	1.94
4345--4404	24	2.6	24	79	10	72	28	15	20	36	1.92
4696--4852	65	2.4	65	78	10	169	26	17	22	32	1.97
4934--5326	41	9.5	41	80	7	395	28	21	18	31	1.97
4965--5326	83	4.4	83	88	1	505	27	21	18	32	1.97
4964--5326	124	2.9	123	82	6	410	28	21	18	32	1.97
8730--9053	43	7.6	42	81	4	337	22	21	21	34	1.97
8730--9048	85	3.7	85	85	4	376	22	21	21	34	1.97
9858--9885	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
9931--9960	14	2.1	15	93	6	53	63	26	3	6	1.35
11792--11816	11	2.3	11	100	0	50	40	0	28	32	1.57
11878--11957	23	3.6	22	77	5	90	22	25	27	25	2.00
15473--15510	18	2.1	18	90	0	58	21	10	36	31	1.87
21642--21683	21	2.0	21	81	9	50	54	0	19	26	1.44
21771--21808	18	2.1	18	90	0	58	21	10	36	31	1.87
25633--25735	45	2.3	44	83	11	120	32	19	20	28	1.97
29105--29201	45	2.2	45	78	12	103	50	1	2	46	1.20
29112--29171	23	2.6	22	78	19	61	48	1	0	50	1.11
29121--29180	23	2.6	22	76	23	61	46	1	0	51	1.10
29168--29256	22	4.3	21	74	14	69	41	1	3	53	1.24
29196--29272	23	3.3	23	85	3	102	41	1	2	54	1.22
29323--29368	19	2.7	16	78	18	56	56	0	0	43	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29336--29386	16	3.0	18	75	18	56	56	1	0	41	1.10
33416--33457	22	1.9	22	85	0	57	66	0	2	30	1.04
36052--36141	43	2.1	43	97	0	171	31	0	11	57	1.33
48007--48065	25	2.4	25	100	0	118	38	16	10	33	1.83
53453--53528	35	2.2	35	90	0	116	38	23	1	36	1.64
53917--54164	130	1.9	130	92	0	415	35	15	13	35	1.86
53931--54195	130	2.0	129	81	4	300	39	13	13	33	1.84
54635--54667	16	1.9	18	88	11	52	63	6	3	27	1.32
61450--61511	31	2.0	31	100	0	124	22	22	12	41	1.88
71982--72006	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
72485--72558	27	2.7	27	87	0	94	40	22	10	25	1.87
75883--75937	24	2.3	24	100	0	110	21	23	9	45	1.80
77594--77675	32	2.5	32	80	7	94	43	0	1	54	1.07
82103--82130	11	2.5	11	100	0	56	10	7	0	82	0.85
84735--84797	20	3.2	20	88	0	99	39	6	25	28	1.80
85646--85702	21	2.7	21	89	5	80	22	15	29	31	1.95
91013--91063	20	2.5	20	84	12	61	31	15	25	27	1.96
91054--91177	54	2.3	54	87	2	169	30	20	20	28	1.98
91693--91764	21	3.3	21	77	21	85	25	16	29	29	1.97
91693--91774	21	3.8	22	76	22	84	23	17	29	30	1.97
104688--104740	21	2.5	20	82	11	61	18	11	15	54	1.70
113232--113393	32	5.1	33	86	4	172	30	20	13	34	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
114598--114793	45	4.4	45	81	6	227	40	10	18	30	1.85
114583--114792	90	2.3	89	83	5	253	40	10	19	30	1.85
114688--114837	45	3.3	45	84	5	144	40	10	15	34	1.80
121454--121682	45	5.1	45	86	2	291	41	8	19	30	1.81
121438--121717	135	2.1	135	80	9	313	39	8	19	32	1.83
124514--124548	17	2.1	16	89	5	52	74	0	0	25	0.82
124515--124548	15	2.2	16	90	10	54	73	0	0	26	0.83
126892--126941	25	1.9	27	88	8	77	32	0	8	60	1.26
127678--127743	24	2.7	24	82	17	66	54	0	4	40	1.21
127785--127817	17	1.9	17	88	11	50	42	0	0	57	0.98
128041--128078	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
136769--136828	30	2.0	29	87	3	84	40	8	18	33	1.80
139249--139294	23	2.0	24	91	4	76	28	6	4	60	1.40
139240--139296	23	2.3	23	79	8	60	24	7	3	64	1.34
140481--140509	10	2.9	10	100	0	58	20	0	0	79	0.74
150630--151505	105	8.3	105	95	0	1540	34	24	18	22	1.96
154820--154956	33	4.2	33	94	0	229	43	15	17	23	1.87
155211--155261	21	2.4	21	73	0	57	21	23	23	31	1.98
155487--155574	28	3.1	28	81	3	106	42	10	17	30	1.82
161095--161155	31	2.0	31	90	3	97	32	6	24	36	1.81
162789--162924	33	4.1	33	98	0	245	44	14	14	25	1.84
163191--163286	42	2.3	42	83	0	111	28	20	22	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
163480--163521	13	3.1	13	75	24	50	45	9	9	35	1.69
163478--163560	28	3.0	28	83	3	105	44	9	16	28	1.80
164438--164503	12	5.5	12	73	10	55	33	39	1	25	1.65
164438--164501	24	2.7	24	80	9	76	34	39	1	25	1.65
164438--164507	30	2.7	24	69	23	59	32	38	2	25	1.71
168031--168093	32	1.9	33	83	3	83	22	12	31	33	1.91
168416--168440	12	2.1	12	100	0	50	40	0	0	60	0.97
168695--168732	19	2.1	19	85	5	51	39	5	0	55	1.23
168766--168800	17	2.0	18	94	5	63	40	8	0	51	1.33
170907--170939	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
171826--171866	15	3.0	14	86	10	50	31	0	2	65	1.05
178401--178473	20	3.5	20	75	10	74	43	15	23	17	1.87
178376--178473	43	2.3	43	89	0	142	43	17	21	17	1.87
178392--178454	20	2.9	22	69	13	58	44	12	22	20	1.85
187241--187393	65	2.4	65	86	5	204	30	17	19	32	1.95
195083--195239	66	2.4	64	85	8	212	29	17	24	28	1.97
205116--205174	21	2.8	21	94	0	100	16	20	30	32	1.95
205426--205460	9	3.9	9	84	0	52	51	0	14	34	1.42
207500--207635	17	7.8	18	69	8	102	35	8	12	43	1.74
207525--207633	34	3.2	34	85	1	137	37	9	10	43	1.70
209883--209928	22	2.0	24	84	16	62	69	8	0	21	1.15
210717--210751	16	2.2	16	100	0	70	71	11	5	11	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
215423--215485	17	3.5	19	77	14	62	68	1	6	23	1.22
215426--215471	19	2.5	19	82	10	60	69	0	4	26	1.07
216070--216104	13	2.6	13	90	4	52	68	0	17	14	1.21
216990--217041	21	2.5	22	75	9	54	53	26	1	17	1.54
217053--217106	14	3.7	15	75	7	58	48	18	0	33	1.49
217074--217125	21	2.5	22	75	15	56	46	17	0	36	1.48
221559--221694	29	4.6	29	74	8	114	60	7	14	17	1.57
221559--221673	59	1.9	59	82	6	144	59	6	14	19	1.58
221533--221748	30	7.3	29	72	10	100	61	8	12	17	1.55
221561--221728	88	1.9	88	81	7	207	61	7	12	17	1.53
221653--221716	29	2.2	28	86	10	85	68	6	9	15	1.36
222125--222234	54	2.0	54	98	0	211	30	30	9	30	1.88
222974--223027	22	2.5	22	90	0	81	9	18	38	33	1.83
223095--223125	3	10.0	3	93	6	53	64	0	0	35	0.94
223482--223770	126	2.3	126	85	2	375	28	21	21	28	1.99
228379--228462	34	2.5	34	84	0	105	35	10	23	29	1.89
228381--228479	34	2.9	34	83	0	99	39	10	23	27	1.86
231302--231339	19	2.0	19	94	0	67	26	13	15	44	1.83
231264--231329	28	2.3	26	73	16	60	27	10	10	51	1.69
234521--234584	34	2.0	32	85	11	87	28	26	15	29	1.96
234924--234964	20	2.0	20	95	0	73	14	29	39	17	1.89
236435--236482	19	2.5	20	82	3	62	31	10	6	52	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
237350--237410	34	1.9	32	83	12	81	26	29	13	31	1.93
237751--237791	20	2.0	20	90	0	64	14	26	39	19	1.90
241039--241066	14	2.0	14	100	0	56	28	0	7	64	1.20
245885--246138	131	2.0	128	90	5	399	48	14	9	27	1.75
248489--248522	17	2.1	16	88	5	50	35	11	20	32	1.89
250390--250431	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
251346--251501	76	2.0	77	80	8	176	46	5	11	36	1.64
262574--262622	19	2.7	17	84	9	53	26	20	28	24	1.99
262639--262709	19	3.7	19	94	3	117	19	21	33	25	1.97
262675--262832	65	2.4	65	81	10	198	25	18	24	31	1.97

Tables:   1   2   3   4