genome.fa.s3942.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01003942.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00008518_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  365498

Tables:   1   2   3   

This is table  1  of  3  ( 295 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
4818--4880	20	2.9	21	79	9	65	15	25	34	23	1.95
8693--8732	21	1.9	21	85	10	55	35	10	2	52	1.48
10638--10695	21	2.8	21	97	0	107	15	27	36	20	1.93
11234--11292	31	1.9	31	89	0	91	42	6	8	42	1.61
11317--11359	22	2.0	22	100	0	86	51	13	0	34	1.42
11319--11367	22	2.2	22	88	3	71	55	14	0	30	1.40
11373--11447	22	3.2	23	75	17	82	54	17	0	28	1.43
11451--11493	22	2.0	22	95	0	77	48	13	2	34	1.56
11402--11849	54	8.2	54	88	8	685	52	12	0	34	1.44
11453--11501	22	2.2	22	85	3	62	53	14	2	30	1.52
11339--11854	166	3.1	166	90	6	820	51	13	0	34	1.44
11590--11668	18	4.4	18	66	23	58	54	11	0	34	1.36
11620--11667	22	2.1	22	84	3	60	56	12	0	31	1.37
11671--11713	22	2.0	22	100	0	86	51	13	0	34	1.42
11673--11721	22	2.2	22	88	3	71	55	14	0	30	1.40
11725--11767	22	2.0	22	100	0	86	51	13	0	34	1.42
11727--11775	22	2.2	22	88	3	71	55	14	0	30	1.40
11779--11821	22	2.0	22	95	0	77	51	11	0	37	1.39
11781--11829	22	2.2	22	85	3	62	55	12	0	32	1.37
11838--11910	22	3.3	22	66	19	53	54	15	0	30	1.41
11913--11955	22	2.0	22	90	0	68	53	9	0	37	1.33
11864--12164	54	5.5	54	81	13	391	52	12	0	34	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11958--12010	14	3.5	14	72	18	52	56	7	0	35	1.28
11801--12153	166	2.1	166	95	0	634	52	12	0	34	1.42
12003--12076	22	3.2	22	69	19	53	52	16	1	29	1.52
12079--12121	22	2.0	22	100	0	86	51	13	0	34	1.42
12081--12129	22	2.2	22	88	3	71	55	14	0	30	1.40
12098--12240	30	4.5	33	81	11	113	49	5	0	44	1.25
12152--12240	15	6.0	15	89	1	135	48	1	0	50	1.08
12152--12240	30	3.0	30	93	1	153	48	1	0	50	1.08
14146--14231	39	2.2	41	82	14	101	38	3	3	54	1.34
14812--14871	30	2.0	29	81	12	68	63	3	5	28	1.31
24200--24229	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
24356--24427	31	2.3	31	85	4	92	31	22	12	33	1.91
27792--27833	22	2.0	21	86	13	59	28	0	7	64	1.20
32411--32478	35	1.9	36	87	3	102	30	14	33	20	1.93
36534--36701	43	3.9	43	75	10	146	35	22	13	27	1.92
42040--42075	14	2.6	14	90	0	54	77	2	19	0	0.88
41290--42426	571	2.0	564	98	0	1491	41	14	18	24	1.89
43451--43525	22	3.5	22	81	5	73	30	18	17	33	1.94
45432--45576	54	2.7	55	95	1	265	28	19	23	28	1.98
45542--45593	20	2.6	20	96	0	95	26	15	30	26	1.96
52518--52661	54	2.6	55	94	3	247	29	18	23	29	1.97
53177--53236	25	2.4	25	91	0	93	33	38	15	13	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53580--53611	2	16.5	2	93	6	57	50	0	0	50	1.00
53949--54034	22	4.0	22	81	13	97	22	19	27	30	1.98
54874--54917	20	2.3	19	84	4	52	50	2	13	34	1.55
56803--56843	18	2.2	18	86	8	55	78	4	4	12	1.07
56937--56997	15	4.0	15	72	10	61	78	3	3	14	1.00
56968--57000	17	2.1	17	88	11	52	84	0	0	15	0.61
58736--58939	110	1.9	106	81	6	248	24	19	24	32	1.98
58854--59006	68	2.3	67	91	1	243	27	17	22	32	1.97
60199--60232	10	3.3	10	91	4	50	14	2	0	82	0.79
70390--70428	19	2.2	17	86	9	51	76	5	5	12	1.11
77315--77361	21	2.3	20	78	10	51	46	8	8	36	1.65
78062--78116	26	2.0	26	82	13	65	56	1	16	25	1.50
79113--79176	24	2.5	25	71	21	60	68	4	0	26	1.09
79208--79292	42	2.1	41	82	8	102	41	9	3	45	1.53
79343--79374	15	2.1	15	100	0	64	50	31	12	6	1.65
79418--79467	12	4.5	12	72	27	56	46	2	0	52	1.12
80999--81033	6	5.8	6	100	0	70	48	0	0	51	1.00
83932--83966	15	2.3	15	100	0	70	42	45	5	5	1.51
84909--85317	192	2.1	192	94	0	710	31	17	18	32	1.94
86703--87148	65	6.5	65	71	16	269	29	18	12	40	1.87
86889--87010	42	3.0	41	80	11	137	21	15	14	48	1.81
86844--87041	37	5.2	37	79	10	195	25	17	14	42	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86683--87213	282	1.9	282	91	0	875	28	18	12	40	1.87
87208--87334	35	3.6	35	87	5	184	42	16	7	33	1.77
90776--90805	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
90832--90905	18	4.4	17	68	11	53	21	6	1	70	1.18
90848--90893	21	2.1	23	88	8	69	23	4	0	71	1.03
91106--91145	20	2.1	19	85	4	53	17	2	5	75	1.10
96831--96936	32	3.4	32	94	5	182	24	18	23	33	1.97
97209--97256	22	2.0	24	84	11	64	29	0	22	47	1.51
99017--99164	73	2.0	73	89	5	228	56	11	2	29	1.48
104469--104501	17	1.9	17	100	0	66	66	6	6	21	1.35
104513--104557	16	2.7	17	86	6	65	57	2	0	40	1.11
104696--104763	31	2.1	34	86	8	97	45	0	8	45	1.34
105723--105768	23	2.0	23	87	4	67	58	15	6	19	1.58
106783--106855	19	3.8	19	100	0	146	21	35	16	26	1.94
106821--106965	64	2.2	65	85	3	186	31	23	15	29	1.96
114992--115073	23	3.6	23	70	11	71	26	25	23	24	2.00
117678--117839	65	2.5	65	86	1	218	32	21	16	30	1.95
117678--117856	64	2.8	64	82	4	216	31	22	16	29	1.96
120584--120669	32	3.0	30	75	19	92	33	2	33	30	1.71
122931--122980	26	1.9	26	84	8	66	50	4	4	42	1.40
124211--124259	10	4.7	10	80	9	62	57	0	0	42	0.99
124212--124255	12	3.8	12	85	11	56	54	0	0	45	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
124212--124255	22	2.0	23	90	4	72	54	0	0	45	0.99
124564--124705	41	3.3	41	70	16	135	21	22	21	35	1.96
124520--124708	87	2.2	87	89	1	281	22	21	19	37	1.95
125450--125492	22	2.0	22	100	0	86	41	11	13	32	1.81
127018--127066	12	4.0	12	89	2	71	55	0	0	44	0.99
127020--127070	10	4.7	10	77	17	57	56	0	0	43	0.99
127374--127516	41	3.4	41	71	16	128	20	23	21	33	1.97
127331--127519	87	2.2	87	89	0	279	23	21	19	35	1.96
127605--127651	20	2.3	20	88	0	67	42	19	17	21	1.89
128261--128303	22	2.0	22	95	0	77	44	9	13	32	1.76
128555--128604	26	1.9	26	84	8	66	50	4	4	42	1.40
129822--129870	12	4.0	12	89	2	71	55	0	0	44	0.99
129824--129874	10	4.7	10	77	17	57	56	0	0	43	0.99
130178--130320	41	3.4	41	72	16	146	20	23	20	34	1.96
130135--130323	87	2.2	87	92	0	306	22	21	19	36	1.95
131061--131102	22	1.9	22	95	0	75	42	4	14	38	1.66
132719--132767	12	4.0	12	89	2	71	55	0	0	44	0.99
132721--132771	10	4.7	10	77	17	57	56	0	0	43	0.99
133075--133217	41	3.4	41	71	12	135	20	23	20	35	1.96
133032--133220	87	2.2	87	89	1	281	23	21	19	36	1.95
133830--133872	22	2.0	22	100	0	86	41	11	13	32	1.81
135392--135440	12	4.0	12	89	2	71	55	0	0	44	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
135394--135444	10	4.7	10	77	17	57	56	0	0	43	0.99
135748--135886	40	3.4	39	69	20	113	21	23	20	34	1.97
135859--135917	32	1.9	32	86	6	86	16	23	18	40	1.91
136617--136659	22	2.0	22	100	0	86	41	11	13	32	1.81
137271--137386	42	2.8	42	92	2	180	25	25	15	34	1.95
141991--142042	21	2.5	21	81	3	61	38	19	25	17	1.93
142010--142105	41	2.4	40	77	6	104	36	22	19	20	1.95
142031--142124	20	4.7	20	77	7	82	32	25	18	23	1.97
142699--142834	19	7.1	19	90	1	209	13	22	19	45	1.84
144269--144399	63	2.1	63	98	0	253	21	18	36	23	1.95

Tables:   1   2   3