genome.fa.s4019.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01004019.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00008779_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  225756

Tables:   1   2   

This is table  1  of  2  ( 156 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8376--8402	11	2.5	11	100	0	54	92	7	0	0	0.38
15464--15512	12	4.3	11	80	10	53	75	2	10	12	1.13
15464--15512	23	2.1	23	84	0	62	75	2	10	12	1.13
22090--22126	15	2.3	17	86	9	51	21	5	0	72	1.04
23541--23609	20	3.4	20	70	18	70	57	10	18	13	1.63
23539--23621	41	2.0	41	97	0	157	57	9	18	14	1.63
24684--24774	29	3.1	29	80	0	101	27	21	14	36	1.92
27771--27813	20	2.2	20	95	0	77	13	9	39	37	1.78
28517--28557	21	1.9	22	90	5	66	24	14	17	43	1.86
30559--30644	29	3.0	29	94	0	154	15	33	30	20	1.93
30736--30829	33	2.8	33	87	3	118	8	37	27	26	1.85
30784--30847	24	2.7	23	85	2	74	12	29	34	23	1.92
30887--30944	29	2.0	29	89	0	89	22	27	36	13	1.92
34080--34147	34	2.0	34	97	0	127	38	1	0	60	1.06
34114--34162	25	1.9	26	91	4	82	44	0	0	55	0.99
34060--34147	34	2.7	32	84	8	122	42	1	0	56	1.06
35513--35546	14	2.6	13	90	9	52	38	0	0	61	0.96
35666--35707	19	2.2	19	86	0	57	33	30	14	21	1.93
35668--35836	41	4.2	40	76	6	137	30	26	12	31	1.93
35746--35816	20	3.5	19	77	11	79	25	23	15	35	1.94
35809--35860	18	2.7	20	73	11	63	34	21	11	32	1.89
36624--36657	12	2.8	12	90	0	50	55	29	0	14	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39080--39115	18	2.0	18	94	0	63	55	25	2	16	1.55
39533--39569	14	2.6	14	100	0	74	48	21	0	29	1.50
39469--39633	78	2.1	78	94	0	285	50	18	1	29	1.57
41003--41068	21	3.1	21	86	0	96	25	16	34	22	1.95
41468--41520	21	2.5	21	78	0	61	32	33	13	20	1.91
43584--43632	22	2.3	22	82	6	57	28	12	36	22	1.90
43594--43641	22	2.2	22	84	0	60	25	10	39	25	1.87
43605--43647	22	2.0	22	85	0	59	25	9	39	25	1.85
47439--47482	21	2.1	21	86	0	61	29	27	27	15	1.96
47510--47554	22	2.0	22	86	4	63	31	33	26	8	1.87
49141--49198	23	2.5	23	94	0	98	22	27	24	25	2.00
51233--51294	23	2.7	24	75	12	58	51	0	19	29	1.47
54075--54119	21	2.1	21	87	0	63	15	24	28	31	1.96
56886--56938	16	3.2	16	75	5	52	43	22	1	32	1.64
57111--57179	23	3.0	23	84	0	93	26	24	27	21	1.99
57195--57406	103	2.1	103	92	0	361	36	22	14	26	1.92
61405--61466	23	2.7	24	75	12	58	50	0	20	29	1.49
63389--63438	23	2.2	23	92	0	82	22	26	28	24	1.99
65687--65756	2	35.0	2	100	0	140	50	0	0	50	1.00
66695--66763	23	3.0	23	76	0	75	23	26	24	26	2.00
69033--69229	82	2.4	83	87	2	290	32	17	15	34	1.91
69888--69946	29	2.0	29	100	0	118	37	16	10	35	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71334--71377	16	2.9	15	73	6	52	38	6	4	50	1.50
71662--71694	14	2.4	14	94	0	57	69	0	3	27	1.03
73443--73519	20	3.8	20	98	0	145	37	19	22	20	1.94
73719--73784	22	3.0	22	88	0	105	27	39	12	21	1.88
74121--74266	40	3.7	40	90	0	224	14	16	23	45	1.84
74121--74266	20	7.4	20	86	2	188	14	16	23	45	1.84
76125--76237	20	5.2	20	74	15	91	41	22	17	18	1.90
76146--76187	14	3.1	14	86	3	59	52	26	14	7	1.67
76285--76453	40	4.2	40	85	1	189	21	20	21	36	1.96
76287--76453	60	2.8	60	86	3	212	21	20	21	36	1.95
76285--76453	20	8.5	19	85	5	167	21	20	21	36	1.96
76932--77043	42	2.7	42	80	2	109	21	38	17	22	1.93
76936--77040	21	5.0	21	74	3	95	20	37	19	22	1.95
78426--78461	14	2.6	14	90	0	54	30	0	22	47	1.52
78567--78694	33	3.8	33	89	6	186	43	19	22	14	1.87
78619--78675	14	3.7	14	70	20	51	43	17	24	14	1.86
78744--78876	20	6.7	20	91	2	198	17	22	23	36	1.94
81275--81328	24	2.2	24	90	0	81	42	20	16	20	1.89
82170--82256	20	4.3	20	94	0	138	22	18	27	31	1.97
82250--82435	20	9.3	20	95	0	318	20	23	19	36	1.96
83485--83525	16	2.6	16	100	0	82	43	19	12	24	1.85
83677--83704	14	2.0	14	100	0	56	50	7	0	42	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84280--84360	31	2.6	31	72	0	72	34	8	13	43	1.75
87720--87761	22	1.9	22	85	0	57	45	9	0	45	1.36
100787--100835	20	2.5	20	89	0	80	36	16	18	28	1.92
103965--104020	18	3.0	18	78	16	69	28	10	10	50	1.71
103965--104020	21	2.9	19	75	12	60	28	10	10	50	1.71
104246--104291	20	2.3	20	96	0	83	36	13	19	30	1.90
104331--104370	20	2.0	20	95	0	71	25	17	30	27	1.97
104736--104800	34	1.9	34	87	0	94	30	15	29	24	1.96
106166--106263	23	4.3	23	89	0	142	27	24	28	19	1.98
106495--106551	30	1.9	29	82	3	69	35	22	8	33	1.85
112792--112920	59	2.2	59	87	0	177	27	18	25	27	1.98
112974--113023	21	2.3	21	79	3	55	18	6	22	54	1.65
113016--113203	45	4.2	45	95	1	333	36	6	24	31	1.82
113071--113144	25	3.2	25	62	31	63	39	8	22	29	1.83
115833--115879	18	2.6	17	80	9	58	82	6	8	2	0.90
119904--119941	7	5.6	7	81	6	51	15	10	15	57	1.64
119911--119957	20	2.3	20	88	3	67	17	6	21	55	1.64
119905--119945	13	3.1	13	89	3	55	14	7	19	58	1.59
119950--120137	45	4.2	45	93	1	306	37	6	23	32	1.81
120944--121185	43	5.8	44	70	13	124	34	20	21	23	1.97
121064--121188	43	2.9	43	83	6	157	35	16	20	27	1.94
122325--122364	12	3.5	12	80	13	57	42	20	20	17	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
122320--122390	22	3.3	21	77	11	72	43	16	21	18	1.88
123032--123216	32	5.8	32	88	3	266	33	21	16	28	1.95
123032--123216	96	1.9	96	91	0	298	33	21	16	28	1.95
126283--126364	30	2.8	30	84	1	103	35	31	18	14	1.91
127645--127745	24	4.6	23	80	14	92	26	24	17	30	1.97
127667--127726	24	2.5	24	91	5	95	25	25	16	33	1.96
129597--129824	41	5.5	41	86	4	316	32	17	19	29	1.95
133063--133103	14	2.9	14	85	7	55	73	0	2	24	0.96
133158--133191	17	2.0	17	88	0	50	73	2	0	23	0.97
136563--136608	19	2.5	18	86	6	65	23	0	10	65	1.24
139733--139767	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
143165--143273	21	5.6	21	67	22	94	33	19	26	20	1.96
143157--143264	39	2.9	36	82	8	144	34	20	24	21	1.97
143154--143264	36	3.0	36	82	7	159	33	19	25	21	1.97
145232--145293	30	2.1	30	93	0	106	25	4	32	37	1.77
156531--156581	3	17.0	3	86	8	59	31	1	0	66	1.03
156526--156572	24	1.9	25	91	4	78	29	2	0	68	1.02
158589--158632	22	2.0	22	81	0	52	27	4	15	52	1.63
161736--161769	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
162075--162561	242	2.0	242	99	0	956	36	13	13	35	1.85
166010--166053	21	2.1	21	86	0	61	22	20	38	18	1.93
166181--166224	23	1.9	23	100	0	88	22	22	27	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
166662--166705	21	2.1	21	86	0	61	31	0	13	54	1.39
166682--166744	28	2.2	30	94	5	112	30	0	12	57	1.36
167215--167261	17	2.7	18	83	9	62	44	0	8	46	1.33
170621--170763	49	2.9	49	94	3	241	41	0	11	46	1.41
170910--171059	27	5.3	27	73	21	112	40	1	9	49	1.43
170923--171100	35	5.4	35	74	19	161	38	1	10	49	1.45
170901--171202	62	4.9	63	76	12	220	43	0	8	47	1.41
170978--171202	14	17.1	13	73	21	111	44	1	8	46	1.41
170910--171188	11	23.9	11	69	20	117	41	1	9	47	1.42
170932--171126	97	2.2	86	80	14	209	41	1	10	47	1.45

Tables:   1   2