genome.fa.s4114.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01004114.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00009003_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1048340

Tables:   1   2   3   4   5   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19802--19855	26	2.1	26	100	0	108	35	3	38	22	1.72
22897--22964	23	3.0	23	73	0	64	17	27	22	32	1.96
23203--23253	18	2.8	18	84	0	66	43	1	19	35	1.63
29218--29324	50	2.1	50	81	6	128	20	18	20	40	1.92
35778--35816	6	6.2	6	82	11	51	35	0	5	58	1.20
35924--35962	3	13.3	3	83	5	53	28	2	2	66	1.18
37442--37508	13	5.1	14	71	10	61	29	4	0	65	1.12
37778--37885	29	3.7	28	73	9	90	25	17	9	47	1.77
38222--38251	15	2.0	15	100	0	60	40	6	6	46	1.56
39197--39238	3	14.3	3	90	5	68	28	0	2	69	1.01
40760--40802	22	2.0	22	95	0	77	20	32	18	27	1.96
49048--49078	16	1.9	16	93	0	53	83	0	9	6	0.79
49123--49194	25	2.8	25	72	4	63	45	6	4	43	1.50
49159--49443	38	7.6	38	83	7	350	43	7	3	45	1.49
49159--49443	148	1.9	148	86	4	405	43	7	3	45	1.49
49696--49737	21	2.0	21	90	0	66	40	21	14	23	1.90
52426--52480	22	2.6	21	77	8	58	30	16	32	20	1.94
52825--52910	27	3.2	27	63	12	68	37	19	16	26	1.93
52788--53185	54	7.4	54	87	2	487	37	19	16	27	1.92
59346--59387	22	1.9	22	90	0	66	38	14	23	23	1.92
59705--59968	54	4.9	54	87	0	332	37	19	15	27	1.92
62494--62529	18	2.0	18	100	0	72	27	5	16	50	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64895--64938	23	1.9	23	100	0	88	38	9	13	38	1.77
66203--66227	12	2.1	12	100	0	50	44	0	0	56	0.99
74962--75011	18	2.8	18	84	0	64	36	20	0	44	1.52
75236--75383	67	2.2	67	86	1	208	37	22	22	17	1.94
75236--75357	23	5.4	23	76	10	117	36	23	22	17	1.94
80698--80745	18	2.7	18	80	0	60	33	18	2	45	1.61
80735--80767	17	1.9	17	88	11	50	39	15	0	45	1.46
80954--81009	23	2.5	23	76	2	60	39	25	19	16	1.91
81018--81143	44	2.9	44	85	0	180	34	23	20	22	1.97
81019--81133	21	5.3	21	69	8	86	34	24	19	21	1.96
81033--81115	23	3.7	23	72	6	80	31	27	20	20	1.97
84566--84598	13	2.5	13	81	18	50	18	0	3	78	0.87
86376--86440	29	2.2	29	86	5	96	38	3	6	52	1.42
86404--86473	19	3.5	19	74	11	68	32	2	8	55	1.45
86398--86484	41	2.1	41	91	0	138	34	3	6	55	1.44
86423--86481	19	2.9	21	72	12	68	30	3	6	59	1.40
86440--86550	29	3.9	29	79	2	134	37	1	8	52	1.42
93290--93563	91	3.0	90	84	3	352	35	15	22	26	1.94
93397--93886	208	2.4	208	86	1	705	37	14	22	25	1.92
93179--93764	299	2.0	297	87	2	854	36	15	22	25	1.94
100389--100456	37	1.9	34	85	8	91	61	11	7	19	1.53
101126--101187	29	2.1	29	82	5	72	33	6	19	40	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
109963--109988	12	2.2	12	100	0	52	38	15	26	19	1.91
112995--113028	3	11.3	3	93	0	59	38	0	0	61	0.96
114875--114910	18	2.1	18	89	5	56	41	5	5	47	1.50
115306--115359	24	2.4	24	84	9	69	37	5	5	51	1.49
121547--121596	17	2.9	17	87	0	73	42	6	14	38	1.70
123736--123782	15	3.1	15	90	0	76	25	44	10	19	1.82
124465--124509	22	2.1	21	84	12	56	44	35	2	17	1.62
129052--129135	42	2.0	42	100	0	168	28	9	23	38	1.86
135702--135746	22	2.0	22	100	0	90	13	20	26	40	1.89
165668--165766	27	3.9	27	70	17	95	46	13	19	21	1.83
165894--166021	20	5.7	20	68	22	76	40	13	25	20	1.89
166242--166371	27	5.3	26	65	28	81	42	13	23	21	1.87
165679--166413	47	15.6	47	88	1	1017	43	12	21	22	1.86
168441--168493	21	2.6	21	90	3	81	20	15	30	33	1.93
173128--173852	47	14.7	46	74	11	425	45	12	19	22	1.83
173276--173403	20	5.7	20	66	22	58	43	11	23	21	1.85
173249--173596	167	2.1	167	91	3	567	44	12	20	22	1.85
173202--173744	27	22.5	26	67	23	248	45	13	19	21	1.84
173296--173549	120	2.1	120	83	4	325	45	12	19	22	1.83
173536--173616	20	3.7	20	73	20	72	39	14	25	19	1.90
173390--173838	148	3.1	144	82	9	538	45	13	18	22	1.84
173556--173786	74	3.1	74	75	17	253	46	14	19	19	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
174901--174940	19	2.0	20	85	4	55	32	20	7	40	1.80
179340--179405	29	2.2	30	84	12	84	21	7	10	60	1.54
184920--184961	10	4.0	10	80	20	50	85	0	2	11	0.68
184930--184964	11	3.0	12	83	8	54	82	0	2	14	0.77
184921--184964	23	2.0	22	90	4	70	84	0	2	13	0.73
186380--186426	21	2.2	21	88	0	67	21	23	19	36	1.95
192404--192436	16	2.0	17	94	5	59	84	6	9	0	0.76
192427--192477	26	2.0	24	85	7	66	68	3	17	9	1.33
199229--199288	21	2.8	21	85	10	68	23	35	25	16	1.95
210921--210947	14	1.9	14	100	0	54	14	7	3	74	1.18
211539--211617	27	2.9	28	92	3	133	43	8	15	32	1.77
212134--212169	18	2.0	18	100	0	72	44	5	11	38	1.63
214105--214216	32	3.5	32	83	0	116	33	19	11	34	1.88
221331--221361	16	1.9	16	93	0	53	61	9	6	22	1.50
222671--222760	33	2.8	33	75	6	85	36	5	6	51	1.52
226964--227002	20	2.0	20	84	0	51	48	5	15	30	1.66
226997--227067	19	3.7	19	86	3	106	43	4	21	30	1.71
226982--227074	38	2.4	39	77	12	111	45	4	19	31	1.70
226997--227069	39	1.9	37	88	5	110	42	4	21	31	1.72
230369--230402	18	1.9	17	88	5	50	50	0	11	38	1.39
232023--232065	22	2.0	22	85	0	59	44	2	11	41	1.53
239799--239966	46	3.9	45	74	19	169	27	29	20	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
239843--239914	18	4.0	18	92	0	108	23	31	19	25	1.98
239914--239953	17	2.3	17	86	4	53	27	27	20	25	1.99
239914--239958	18	2.5	18	85	7	56	28	28	20	22	1.98
239879--239966	45	1.9	46	88	2	133	26	27	21	25	1.99
240380--240429	25	2.0	25	92	0	82	24	22	10	44	1.83
247725--247764	19	2.1	19	85	0	53	35	2	7	55	1.42
252073--252155	41	2.0	40	84	11	107	20	16	18	44	1.87
255678--255835	53	3.0	53	87	5	230	26	16	18	37	1.92
262910--262951	17	2.5	17	100	0	84	23	14	11	50	1.76
286393--286548	55	2.8	55	86	2	197	36	14	19	30	1.91
286466--286571	54	2.0	54	88	0	158	36	9	20	33	1.85
286766--287224	68	6.8	68	86	3	588	31	12	24	31	1.92
286766--287224	135	3.4	135	86	4	613	31	12	24	31	1.92
286767--287224	203	2.3	204	87	1	643	31	12	24	31	1.92
287177--287491	162	2.0	160	82	3	391	34	11	24	29	1.90
287177--287494	81	3.9	82	82	4	344	35	11	24	29	1.90
293227--293269	21	2.0	21	82	13	52	51	4	6	37	1.50
299883--299948	29	2.2	31	89	5	100	37	15	4	42	1.67
310703--310770	30	2.3	30	80	12	77	26	13	13	47	1.79
312277--312328	17	3.0	17	79	20	63	34	25	3	36	1.74
312265--312316	17	2.9	18	78	16	63	32	21	5	40	1.77
312284--312328	18	2.6	17	82	6	63	37	28	2	31	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
315702--315727	9	2.9	9	100	0	52	34	11	7	46	1.69
327741--327782	21	2.1	20	86	8	59	16	7	4	71	1.26
328447--328488	19	2.2	19	83	8	50	26	2	0	71	0.98
329849--329888	21	1.9	21	90	10	64	47	7	27	17	1.74
333397--333729	49	6.8	49	84	2	368	26	19	14	38	1.91
333395--333729	98	3.4	97	84	2	445	26	19	14	38	1.91
333395--333729	147	2.3	147	84	3	433	26	19	14	38	1.91
336806--336860	26	2.1	26	100	0	110	14	29	18	38	1.90
338366--338650	49	5.8	49	86	1	383	28	18	14	38	1.90
338366--338650	97	2.9	97	86	1	399	28	18	14	38	1.90

Tables:   1   2   3   4   5