genome.fa.s4114.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01004114.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00009003_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1048340

Tables:   1   2   3   4   5   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
756618--756685	28	2.3	30	87	5	95	17	17	14	50	1.79
761150--761201	22	2.3	22	83	9	61	59	0	0	40	0.97
761348--761372	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
761376--761411	3	12.0	3	93	0	63	63	0	2	33	1.08
762984--763033	3	16.3	3	80	12	57	60	0	0	40	0.97
762967--763038	33	2.3	31	82	17	96	54	0	0	45	0.99
762997--763039	21	2.0	21	91	8	70	53	0	0	46	1.00
763162--764160	46	21.8	46	92	2	1618	33	18	21	25	1.96
763162--764160	91	10.9	92	92	2	1618	33	18	21	25	1.96
766114--766272	75	2.1	75	90	1	248	29	20	19	30	1.97
774612--774654	22	2.0	21	86	4	59	58	0	0	41	0.98
774840--774869	3	10.0	3	100	0	60	66	0	0	33	0.92
776436--776485	3	16.3	3	84	12	66	62	0	0	38	0.96
776419--776490	30	2.3	30	88	9	101	55	0	0	44	0.99
776419--776491	27	2.6	28	87	10	96	54	0	0	45	0.99
777109--777147	16	2.6	15	80	11	53	51	10	5	33	1.58
779606--779630	8	3.1	8	100	0	50	52	0	36	12	1.39
780798--780883	27	3.2	27	61	12	68	37	19	16	26	1.93
780762--780954	54	3.6	54	94	0	332	37	21	16	24	1.93
780776--780996	108	2.0	108	87	0	316	37	20	17	24	1.94
787282--787386	54	1.9	54	82	0	129	38	17	19	25	1.93
791773--792232	224	2.1	223	84	4	604	40	13	14	32	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
792105--792372	107	2.5	107	79	8	280	40	11	11	36	1.77
792847--793009	75	2.2	75	84	4	204	30	15	14	40	1.86
792997--793058	23	2.7	24	85	12	85	37	11	16	35	1.84
792988--793059	23	3.2	21	83	14	83	34	11	20	33	1.88
793065--793230	74	2.2	75	83	1	199	31	18	10	39	1.85
794629--795225	54	11.3	54	87	4	835	35	17	18	28	1.94
794605--795218	208	2.9	211	85	7	757	34	17	18	29	1.94
794629--795179	262	2.1	265	88	4	799	35	17	18	28	1.94
798783--799145	129	2.8	129	88	4	507	33	10	16	39	1.82
802971--803000	15	1.9	16	93	6	53	50	0	6	43	1.28
803237--803944	133	5.3	134	84	2	796	32	21	15	31	1.94
803237--803851	269	2.3	267	86	1	847	32	21	15	30	1.94
806157--806520	131	2.8	131	85	3	482	31	12	15	40	1.85
807389--807424	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
810510--810545	15	2.5	14	90	4	54	38	0	0	61	0.96
810511--810574	14	4.3	15	75	9	60	43	1	0	54	1.09
812064--812088	13	1.9	13	100	0	50	48	4	0	48	1.20
812127--812173	17	2.8	17	83	0	58	51	4	0	44	1.21
812216--812263	2	23.5	2	82	4	51	50	0	4	45	1.21
812281--812327	22	2.0	25	84	12	64	48	8	0	42	1.33
812332--812369	15	2.6	15	87	4	51	52	0	0	47	1.00
812328--812365	19	2.0	19	90	10	60	55	0	0	44	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
813352--813409	23	2.7	21	81	7	64	20	25	17	36	1.94
819302--819349	21	2.3	21	100	0	96	33	12	25	29	1.92
819823--821131	81	16.6	81	87	4	1666	31	20	11	35	1.89
819823--821131	395	3.3	397	83	8	1684	31	20	11	35	1.89
824556--824587	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
826497--827359	81	10.7	81	86	2	1166	30	20	12	35	1.90
828017--828094	39	2.0	39	92	0	129	28	21	16	33	1.95
828021--828085	21	3.2	20	67	20	55	29	21	16	32	1.96
828629--828658	11	2.6	12	94	5	53	66	0	33	0	0.92
832097--832298	100	2.0	101	93	0	343	29	26	18	25	1.98
833028--833060	17	2.0	17	94	5	59	84	3	12	0	0.72
835620--835647	11	2.5	11	100	0	56	92	7	0	0	0.37
842788--842834	20	2.5	19	80	16	53	25	25	19	29	1.98
852284--852379	23	3.9	24	72	18	81	47	6	1	44	1.35
852320--852375	30	2.0	28	82	10	69	48	7	1	42	1.41
852389--852422	14	2.4	14	85	0	50	44	23	0	32	1.54
853182--853222	17	2.5	17	81	14	50	2	36	2	58	1.24
857775--858165	186	2.1	185	95	0	694	45	8	3	42	1.50
858099--858155	19	2.9	20	76	12	55	45	1	1	50	1.22
859209--859270	7	8.9	7	96	0	115	14	43	0	41	1.45
859690--859714	13	1.9	13	100	0	50	24	0	24	52	1.48
859910--859987	16	4.9	15	72	15	50	48	11	2	37	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
860017--860115	19	4.9	21	69	19	59	41	5	7	46	1.53
859969--860122	21	7.5	21	69	23	87	40	6	5	46	1.54
860192--860226	2	17.5	2	93	0	61	45	0	0	54	0.99
860839--860918	40	2.0	40	92	4	135	31	12	17	38	1.87
862424--862450	14	1.9	14	100	0	54	0	7	0	92	0.38
864086--864187	23	4.4	23	77	10	84	33	24	24	17	1.96
864099--864195	46	2.1	46	84	7	126	34	21	25	18	1.96
864099--864195	23	4.2	23	78	5	106	34	21	25	18	1.96
864283--864322	16	2.6	15	85	14	55	45	20	5	30	1.72
864264--864332	14	4.7	15	74	15	63	40	20	5	33	1.76
871156--871304	23	6.4	23	82	2	147	36	24	22	16	1.94
872007--872054	20	2.4	20	89	0	69	16	18	25	39	1.91
885482--885531	24	2.1	24	85	7	66	60	10	2	28	1.40
888444--888582	46	3.0	45	86	5	172	23	23	9	43	1.83
888510--888648	66	2.1	66	93	0	233	23	26	7	42	1.81
888457--888694	112	2.1	113	88	2	354	23	25	7	42	1.81
888590--888705	20	5.0	25	69	22	99	25	25	5	44	1.74
888570--888706	46	3.0	46	94	0	238	24	25	6	43	1.78
889322--889358	14	2.6	14	100	0	74	24	21	13	40	1.89
889634--889691	27	2.1	28	84	15	77	46	22	0	31	1.52
895408--895594	20	8.4	20	69	20	97	24	21	10	44	1.83
895423--895607	46	4.0	46	87	2	282	24	21	10	43	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
899337--899624	39	7.7	38	80	14	235	48	2	6	42	1.41
899344--899599	36	6.8	36	77	12	187	48	1	6	42	1.40
899344--899622	75	3.7	73	78	13	273	48	2	6	42	1.41
899637--899674	18	2.1	18	85	9	51	23	2	0	73	0.95
899649--899696	7	6.4	7	78	21	53	18	2	0	79	0.84
900922--900974	10	5.8	9	76	10	54	20	5	0	73	1.03
905063--905122	21	2.9	21	92	2	104	36	18	15	30	1.91
911995--912024	2	15.0	2	92	0	51	46	0	0	53	1.00
917162--917338	64	2.8	64	81	11	202	30	23	16	29	1.96
925730--925923	65	3.1	62	72	21	163	32	21	17	27	1.96
925789--925906	57	2.1	55	80	13	134	32	21	18	27	1.97
929438--929754	37	8.2	36	83	11	289	45	3	7	43	1.49
929432--929746	80	4.0	79	79	16	300	44	3	7	44	1.49
929657--929753	35	2.7	35	82	3	122	47	1	7	44	1.37
929771--929815	7	6.3	7	82	12	56	11	2	0	86	0.65
929771--929819	8	6.6	8	84	13	61	12	2	0	85	0.68
929771--929826	13	4.6	12	82	10	60	12	3	0	83	0.76
929771--929814	13	3.1	14	90	6	63	11	2	0	86	0.66
929778--929819	21	2.0	20	95	4	75	11	0	0	88	0.53
933933--933971	16	2.6	16	88	11	57	46	2	5	46	1.38
949117--949155	18	2.2	18	85	0	51	12	2	38	46	1.56
950181--950233	17	3.1	16	78	5	52	45	3	13	37	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
952168--952293	45	2.8	44	76	7	119	22	14	20	42	1.88
954282--954334	17	3.1	16	86	5	70	41	5	15	37	1.70
954302--954353	18	2.9	18	81	16	63	44	5	11	38	1.65
955494--955546	27	1.9	28	88	3	81	24	9	20	45	1.81
960738--961132	54	7.3	54	85	2	265	29	20	18	32	1.96
960763--961130	108	3.4	108	87	0	495	29	19	18	32	1.96
960808--961127	162	2.0	162	93	1	552	30	18	18	32	1.95
966580--966992	54	7.8	54	85	5	495	30	17	19	31	1.96
966556--966923	161	2.3	162	86	2	517	29	17	20	32	1.96
966877--966970	46	2.0	46	88	8	138	34	17	13	35	1.89

Tables:   1   2   3   4   5