genome.fa.s4130.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01004130.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00009036_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  105088

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1497--1556	14	4.4	14	89	4	95	23	38	30	8	1.84
1498--1564	27	2.5	28	90	4	102	23	37	28	10	1.88
1632--1664	14	2.4	14	94	0	57	6	30	39	24	1.79
1651--1704	20	2.7	20	94	0	90	11	27	35	25	1.90
1651--1721	10	7.0	9	75	21	61	11	29	33	25	1.91
1760--1818	30	2.0	30	93	3	102	22	23	38	15	1.92
2910--2976	35	1.9	34	90	3	107	32	5	14	46	1.69
5892--5954	33	1.9	33	83	6	83	46	7	17	28	1.76
19836--19900	21	3.1	21	88	0	94	24	21	23	30	1.99
20617--20756	31	4.5	31	89	5	194	41	20	17	21	1.90
20864--20979	59	2.0	59	81	3	135	28	21	6	43	1.78
21012--21072	14	4.3	14	85	2	50	45	16	1	36	1.57
21044--21084	22	2.0	21	85	9	57	41	14	0	43	1.45
21027--21082	14	4.0	14	86	4	60	44	16	0	39	1.47
31180--31221	20	2.3	19	84	12	52	28	19	21	30	1.97
31881--31906	13	2.0	13	100	0	52	46	15	0	38	1.46
32003--32052	23	2.1	24	89	10	77	62	28	0	10	1.27
41445--42041	130	4.5	131	91	3	946	29	22	20	28	1.98
41445--42382	265	3.4	266	84	7	1095	29	21	19	28	1.98
41454--42138	44	15.4	44	70	8	285	28	22	20	28	1.98
41992--42088	51	1.9	51	97	0	185	23	23	20	31	1.98
42068--42278	105	2.0	105	94	0	368	31	19	19	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
42325--42432	50	2.2	50	86	6	157	31	25	13	29	1.94
42195--42562	189	2.0	181	86	7	517	30	21	18	29	1.97
42385--42677	131	2.2	132	90	3	457	31	20	20	27	1.97
43113--43399	36	8.4	35	68	18	194	36	16	22	24	1.94
43113--43237	66	1.9	66	86	6	182	36	18	23	22	1.95
43114--43332	102	2.1	103	88	2	325	36	16	23	23	1.94
43251--43437	30	5.8	30	66	24	94	37	14	20	27	1.91
43216--43476	67	3.9	67	92	1	416	37	14	21	26	1.92
43415--43649	39	6.0	39	85	3	285	37	16	17	29	1.91
43417--43649	78	3.0	78	85	1	315	37	16	16	29	1.91
43406--43633	117	1.9	118	87	0	332	37	15	17	28	1.91
43652--43813	75	2.1	75	89	1	243	41	11	14	32	1.82
48101--48268	50	3.3	50	73	9	117	23	6	8	61	1.48
49734--49791	22	2.6	22	81	5	64	81	1	12	5	0.94
51174--51335	76	2.1	76	88	1	236	31	14	11	42	1.81
51338--51571	39	6.0	39	88	0	299	29	16	16	37	1.91
51587--51705	37	3.4	37	68	23	121	26	22	13	37	1.91
51616--51735	30	3.8	30	67	21	82	28	21	13	36	1.91
51511--51770	67	3.9	67	90	2	389	26	21	14	37	1.92
51511--51770	133	1.9	135	88	3	391	26	21	14	37	1.92
51721--51872	36	4.4	36	75	18	160	22	24	16	36	1.94
51654--51873	102	2.1	103	89	2	336	24	23	15	37	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51749--51874	66	1.9	66	88	6	193	23	23	17	35	1.95
52321--52524	45	4.6	44	71	7	155	29	20	21	28	1.98
52309--52602	131	2.2	131	91	4	475	28	19	20	31	1.97
52554--52652	51	2.0	50	90	6	155	29	15	24	31	1.95
52567--52670	50	2.1	51	83	8	133	30	15	22	31	1.95
52424--52793	190	2.0	181	86	6	519	29	18	21	30	1.97
52709--52919	105	2.0	105	94	0	368	28	19	19	31	1.97
52899--52998	51	2.0	51	100	0	200	33	20	25	22	1.97
53027--53532	44	11.5	44	68	10	203	28	19	22	29	1.98
52945--53540	130	4.5	131	90	3	917	28	19	21	29	1.98
52945--53540	264	2.3	264	93	1	998	28	19	21	29	1.98
59018--59087	22	3.5	20	77	15	72	74	4	15	5	1.17
60464--60623	76	2.1	76	87	1	223	32	15	10	41	1.81
60628--60862	39	6.0	39	86	0	299	30	17	15	36	1.91
60801--61044	67	3.7	67	88	3	341	27	20	14	37	1.92
60907--61024	30	3.8	30	73	20	98	27	22	14	35	1.93
60877--60994	35	3.5	35	72	21	124	25	22	15	37	1.93
60834--61044	65	3.2	65	90	3	307	26	21	13	37	1.91
60963--61131	87	1.9	87	89	2	259	22	23	15	37	1.93
61013--61066	21	2.6	21	87	0	81	24	24	14	37	1.93
61595--61798	45	4.6	44	70	9	148	29	20	21	28	1.98
61583--61875	131	2.2	130	90	4	453	27	20	20	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61831--61925	50	1.9	50	93	4	165	27	16	24	31	1.97
61841--61943	50	2.1	50	87	7	147	30	16	22	31	1.96
61698--62066	189	2.0	181	86	7	519	28	18	21	30	1.97
61982--62192	105	2.0	105	94	0	368	28	19	20	31	1.97
62167--62271	51	2.1	51	96	0	192	35	19	23	21	1.96
62103--62729	44	14.1	44	69	10	272	28	20	22	28	1.98
62218--62813	130	4.5	131	90	3	917	29	19	22	29	1.98
62218--62813	264	2.3	264	93	1	998	29	19	22	29	1.98
70931--71287	130	2.7	131	88	3	527	29	19	20	29	1.97
71723--72009	36	8.4	35	67	19	160	37	15	22	24	1.93
71722--71847	66	1.9	66	87	6	184	35	18	23	22	1.95
71724--71942	102	2.1	103	89	2	334	37	15	23	23	1.93
71891--72008	37	3.4	37	69	27	121	38	13	22	25	1.91
71826--72086	67	3.9	67	92	1	407	37	14	21	26	1.92
71928--72047	30	3.8	30	70	21	100	37	14	20	27	1.91
72025--72259	39	6.0	39	87	3	312	36	16	17	29	1.92
72025--72259	78	3.0	78	87	1	346	36	16	17	29	1.92
72262--72423	75	2.1	75	89	1	243	41	11	14	32	1.82
76764--76931	50	3.3	50	73	9	117	23	6	8	61	1.48
78343--78399	20	2.8	19	76	10	51	80	3	7	8	1.00
79790--79949	76	2.1	76	87	1	223	31	14	11	42	1.81
79954--80188	39	6.0	39	86	0	299	30	17	15	36	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80127--80387	67	3.9	67	93	1	407	26	21	14	37	1.92
80233--80352	30	3.8	30	71	21	100	27	21	15	35	1.93
80338--80489	36	4.4	36	75	18	160	22	24	16	36	1.94
80271--80490	102	2.1	103	90	2	354	24	23	15	36	1.94
80366--80491	66	1.9	66	88	6	193	23	23	17	35	1.95
80926--81218	131	2.2	130	89	4	444	28	20	19	31	1.97
81171--81268	50	2.0	50	93	4	171	28	16	24	30	1.96
81184--81286	50	2.1	50	87	7	147	30	16	22	31	1.96
81043--81408	189	2.0	181	86	7	513	28	19	21	30	1.97
81325--81535	105	2.0	105	95	0	377	28	19	19	31	1.97
81510--81614	51	2.1	51	96	0	192	35	19	23	21	1.96
81136--81713	290	2.0	294	87	3	846	29	19	21	29	1.97
81561--81876	130	2.4	133	87	6	471	30	19	22	27	1.98
81497--81929	45	9.6	44	73	9	257	30	19	22	27	1.98
81680--82059	179	2.2	171	88	6	557	27	19	23	28	1.99
81430--82193	309	2.5	308	91	3	1199	29	19	22	29	1.98
81856--82201	130	2.6	131	87	4	496	28	19	21	29	1.98
89130--89291	76	2.1	76	88	1	236	31	15	11	41	1.82
89294--89528	39	6.0	39	87	0	308	29	18	15	36	1.92
89467--89727	67	3.9	67	93	1	416	26	21	14	37	1.92
89573--89692	30	3.8	30	71	21	100	27	21	15	35	1.93
89678--89764	36	2.4	36	92	0	147	24	22	14	37	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89611--89830	102	2.1	103	89	2	345	25	22	15	37	1.93
89706--89831	66	1.9	66	85	9	177	24	23	15	36	1.94
90278--90490	45	4.6	45	66	14	121	32	19	20	27	1.97
90297--90711	140	3.0	139	90	1	638	31	18	20	29	1.97
90521--90864	180	1.9	184	89	3	534	29	18	22	30	1.97
90786--91118	45	7.5	45	69	10	150	28	20	22	28	1.98
90718--91337	264	2.3	265	91	3	1000	28	20	23	28	1.98
90707--91337	130	4.8	130	90	3	992	28	19	23	28	1.98
91340--92024	130	5.2	130	93	1	1154	29	22	20	27	1.98
91337--92024	264	2.6	260	93	1	1160	29	22	20	27	1.98

Tables:   1   2