genome.fa.s418.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01000418.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00000765_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  909013

Tables:   1   2   3   4   5   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1--193	55	3.6	54	82	8	191	30	23	16	29	1.96
3--392	50	7.6	55	81	9	210	28	25	16	29	1.96
105--401	50	5.9	51	86	8	369	27	26	15	29	1.96
105--401	98	2.9	98	82	10	350	27	26	15	29	1.96
1526--1591	26	2.6	25	80	15	73	6	16	1	75	1.07
1520--1640	8	13.6	9	68	23	69	6	19	0	72	1.11
1520--1644	17	7.1	18	72	19	77	6	20	0	72	1.11
1596--1645	19	2.5	22	72	24	56	6	22	0	72	1.07
14939--15091	64	2.4	64	75	11	161	25	20	20	33	1.97
16204--16238	15	2.3	15	95	0	61	85	0	0	14	0.59
16204--16238	8	4.7	7	86	13	52	85	0	0	14	0.59
16294--16576	76	3.8	73	81	10	304	44	8	3	44	1.51
16294--16583	38	7.7	37	79	10	263	44	8	3	44	1.51
22285--22350	33	2.1	32	85	5	89	40	21	22	15	1.90
27041--27102	28	2.2	28	91	0	97	27	8	9	54	1.61
28168--28219	23	2.3	23	86	0	68	38	15	15	30	1.88
29345--29469	31	4.0	31	92	2	198	36	23	20	20	1.95
30264--30308	21	2.1	21	87	0	63	15	24	28	31	1.96
33458--33582	31	4.0	31	91	2	189	36	22	20	20	1.95
34376--34420	21	2.1	21	87	0	63	15	24	28	31	1.96
35679--35749	31	2.3	31	97	0	133	22	19	12	45	1.84
42272--42326	28	2.0	28	92	3	94	50	3	9	36	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
42889--43187	142	2.1	142	96	0	553	38	9	15	36	1.80
53875--53911	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
57021--57059	10	3.7	10	83	12	51	82	15	0	2	0.79
57449--57503	2	27.5	2	100	0	110	49	0	0	50	1.00
59189--59314	61	2.1	60	88	4	191	37	22	10	30	1.87
59546--59655	43	2.6	41	81	8	121	29	30	17	23	1.97
59957--60751	84	9.6	84	80	5	837	32	25	17	25	1.97
59919--60751	165	5.0	165	85	1	1053	31	24	18	25	1.97
60944--61140	43	4.5	43	68	15	136	25	31	19	23	1.98
60876--61148	131	2.1	130	87	5	392	24	31	18	25	1.97
65931--65999	23	3.0	23	84	0	93	27	26	26	20	1.99
66656--66706	19	2.7	19	87	0	75	27	27	15	29	1.96
76232--76286	23	2.4	23	75	0	56	25	20	21	32	1.97
78817--78993	90	2.0	89	94	1	309	44	6	11	37	1.68
81425--81519	44	2.2	44	88	0	145	37	8	0	53	1.31
84071--84115	2	22.5	2	100	0	90	51	0	0	48	1.00
99231--99315	21	4.0	21	77	15	68	25	35	24	14	1.93
102834--102878	15	3.0	15	96	0	81	26	33	24	15	1.95
103369--103509	64	2.2	64	83	2	167	26	18	21	32	1.97
103452--103555	45	2.3	45	83	6	131	27	17	20	34	1.95
109745--109792	15	3.2	15	96	0	87	29	33	22	14	1.94
109937--109971	12	2.9	12	91	0	52	37	25	5	31	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
110282--110458	64	2.8	64	83	3	196	27	18	20	33	1.96
110345--110500	64	2.4	64	84	4	190	28	20	17	33	1.96
113048--113126	35	2.3	35	93	0	131	40	11	16	31	1.84
117236--117312	35	2.2	35	95	0	136	42	10	16	29	1.82
123780--123817	4	9.5	4	100	0	76	50	0	23	26	1.50
124191--124243	2	26.5	2	100	0	106	50	0	0	49	1.00
131638--131728	29	3.1	29	64	17	80	31	21	9	36	1.87
131633--131748	58	2.0	58	100	0	232	29	22	8	39	1.84
131713--132104	194	2.0	196	98	1	761	35	17	12	33	1.88
133546--133737	104	1.8	104	90	0	312	33	13	16	36	1.87
133988--134078	20	4.9	20	68	20	72	35	5	15	43	1.70
137890--138223	168	2.0	165	98	1	641	26	16	26	30	1.96
138640--138730	20	4.9	20	70	20	81	35	4	15	45	1.66
140024--140094	16	4.4	16	72	20	60	61	4	0	33	1.15
140042--140099	29	2.0	29	90	6	91	56	5	0	37	1.21
140046--140112	29	2.4	27	74	16	64	56	7	0	35	1.27
140405--140472	28	2.5	27	79	13	68	41	1	0	57	1.08
140418--140473	17	2.9	20	87	10	64	42	0	0	57	0.99
140440--140483	17	2.4	18	92	7	72	34	0	0	65	0.93
140414--140483	10	7.3	10	76	15	76	38	0	0	61	0.96
140440--140495	19	3.1	19	82	10	55	33	0	5	60	1.19
140477--140526	24	2.0	25	84	3	66	42	0	10	48	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
148183--148302	60	2.1	55	87	7	168	31	10	12	45	1.77
154872--154938	22	3.2	22	66	12	68	41	13	8	35	1.76
154866--154945	41	2.0	41	100	0	160	42	12	7	37	1.71
156214--156494	137	2.0	139	97	1	539	30	14	23	30	1.94
161429--162048	309	2.0	311	99	0	1226	33	22	15	28	1.95
170880--170904	12	2.1	12	100	0	50	8	32	16	44	1.76
171125--171166	18	2.4	18	84	11	52	50	7	0	42	1.30
172048--172087	2	19.5	2	94	5	71	47	0	2	50	1.14
174346--174380	17	2.1	17	100	0	70	5	22	28	42	1.76
182142--182177	19	1.9	19	94	5	65	41	0	0	58	0.98
182120--182202	21	3.9	21	75	13	71	49	1	2	46	1.22
182080--182227	64	2.3	64	76	11	144	49	1	1	47	1.18
182583--182643	32	1.9	32	96	0	113	27	16	4	50	1.65
182606--182693	46	1.9	45	90	2	140	28	19	5	46	1.72
185034--185068	10	3.4	10	92	4	52	65	0	0	34	0.93
185034--185069	15	2.3	16	85	4	56	66	0	0	33	0.92
186225--186280	22	2.5	24	77	13	66	75	5	3	16	1.13
186232--186286	22	2.6	21	77	11	58	74	3	5	16	1.15
186304--186611	36	8.3	36	85	5	384	43	7	2	46	1.47
187402--187453	19	2.7	19	100	0	104	28	17	26	26	1.97
188288--188339	18	2.9	18	94	0	95	17	21	32	28	1.96
194029--194075	21	2.3	20	85	14	69	57	2	25	14	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
197108--197192	45	1.9	44	90	2	134	36	14	9	40	1.78
206410--206458	23	2.1	23	85	7	64	57	14	2	26	1.48
206757--206798	17	2.5	17	100	0	84	4	40	14	40	1.67
207111--207136	13	2.0	13	100	0	52	0	30	0	69	0.89
207657--207778	65	1.9	63	85	9	167	35	18	18	27	1.94
207876--207930	24	2.3	24	78	6	58	32	10	16	40	1.83
208227--208287	23	2.7	23	78	0	77	19	26	24	29	1.99
208506--208533	3	9.3	3	100	0	56	32	0	0	67	0.91
213417--213443	14	1.9	14	100	0	54	0	11	0	88	0.50
215206--215270	28	2.3	28	83	0	94	21	23	16	38	1.93
222799--222845	16	2.9	16	84	6	60	68	4	0	27	1.08
224080--224121	2	20.5	2	95	4	75	47	2	0	50	1.14
224147--224396	37	6.8	36	88	3	322	43	8	2	45	1.48
226608--226639	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
231597--232586	149	6.9	145	84	7	979	20	34	21	23	1.97
231760--232586	137	5.9	138	85	5	930	20	34	21	23	1.97
231604--232586	286	3.5	280	82	7	1110	20	34	21	23	1.96
253022--253180	63	2.5	63	84	5	203	27	17	27	28	1.98
253135--253180	19	2.5	19	82	10	60	26	17	32	23	1.97
261273--261413	64	2.2	65	83	1	167	27	19	24	29	1.98
261292--261451	65	2.5	65	85	1	205	27	16	25	30	1.97
261402--261448	19	2.5	19	83	10	62	25	17	31	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
262517--262559	18	2.4	18	96	0	77	25	16	20	37	1.93
267180--267236	23	2.5	23	79	0	69	28	14	10	47	1.76
272420--272581	29	5.6	29	84	4	202	37	4	24	33	1.75
279366--279410	17	2.6	18	89	7	74	20	48	22	8	1.76
279411--279555	57	2.5	56	78	11	143	37	6	21	35	1.79
279412--279573	29	5.6	29	80	10	163	35	5	22	36	1.78
284149--284208	21	2.8	22	77	10	70	26	31	23	18	1.97
287224--287267	22	2.0	22	95	0	79	27	6	0	65	1.17
287553--287603	12	4.3	12	76	18	54	29	0	1	68	1.00
287553--287603	17	2.9	17	80	8	59	29	0	1	68	1.00

Tables:   1   2   3   4   5