genome.fa.s418.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01000418.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00000765_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  909013

Tables:   1   2   3   4   5   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
642073--642152	28	2.9	28	98	0	151	21	35	33	10	1.87
642351--642443	48	1.9	48	84	4	125	36	10	20	32	1.87
642694--642872	28	6.5	28	86	11	253	28	0	14	56	1.38
642777--642901	56	2.2	56	84	6	157	33	1	11	53	1.46
646122--646164	20	2.2	20	95	0	77	37	9	25	27	1.87
646358--646679	49	6.3	49	85	7	446	43	1	10	44	1.46
646330--646700	108	3.5	109	85	8	541	43	1	10	44	1.47
646856--646980	11	10.4	11	69	20	65	46	0	8	44	1.38
647229--647267	11	3.5	11	82	3	51	48	0	5	46	1.24
647311--647379	14	5.3	14	77	19	78	44	1	10	43	1.46
647301--647395	26	3.7	26	86	9	131	46	2	7	44	1.43
647376--647417	17	2.5	16	85	11	57	42	0	0	57	0.99
649533--649566	15	2.2	16	94	5	61	55	5	0	38	1.24
649624--649674	15	3.4	15	70	20	52	45	13	0	41	1.44
649624--649688	18	4.0	18	67	30	56	44	12	1	41	1.51
650188--650237	22	2.3	22	89	0	73	28	20	46	6	1.74
650320--650362	14	3.1	14	86	0	68	6	39	32	20	1.80
650398--650458	29	2.1	29	87	0	86	21	29	32	16	1.95
650847--650955	36	3.1	35	64	28	86	54	17	14	13	1.72
650838--650946	34	3.1	34	64	27	84	55	16	13	13	1.69
654977--655293	158	2.0	159	99	0	627	41	12	11	33	1.80
656790--656918	60	2.1	60	80	9	138	34	19	5	41	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
658372--658559	60	3.1	60	82	1	216	30	20	5	43	1.76
659462--659489	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
661449--661473	12	2.1	12	100	0	50	20	16	24	40	1.91
679179--679204	7	3.7	7	100	0	52	53	0	0	46	1.00
679864--679942	2	39.5	2	100	0	158	49	0	0	50	1.00
680396--680493	20	4.8	20	77	3	88	36	23	18	21	1.95
680337--680493	41	3.9	41	70	11	126	38	25	17	18	1.93
680480--680650	20	8.6	20	83	5	98	35	26	18	19	1.95
680460--680669	60	3.5	58	78	7	199	37	25	18	19	1.94
680514--680669	20	7.8	20	85	4	165	35	25	17	21	1.95
680480--680669	40	4.8	40	85	5	199	36	25	17	20	1.94
681352--681398	24	2.0	24	83	8	60	27	14	19	38	1.91
683878--684205	33	9.5	34	81	13	270	46	18	21	14	1.84
683906--684183	19	15.7	19	82	14	380	46	17	21	14	1.83
683906--684183	52	5.2	52	93	4	386	46	17	21	14	1.83
683944--684183	71	3.4	71	87	11	382	46	18	20	14	1.83
684212--684313	19	5.6	19	85	12	151	14	23	17	44	1.86
684420--684456	14	2.6	14	91	0	65	45	21	0	32	1.52
685763--685819	14	3.7	14	77	20	60	45	22	21	10	1.82
685744--685836	33	2.8	33	95	0	168	47	21	20	10	1.80
685707--685841	19	7.6	19	76	16	128	45	23	19	11	1.82
685837--685949	19	6.5	19	74	19	120	7	17	28	46	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
685837--685928	33	2.8	33	93	3	150	7	18	28	45	1.76
685867--685965	19	5.4	18	76	12	80	9	18	27	45	1.79
686013--686481	93	5.1	93	99	0	913	46	18	12	21	1.83
688186--688275	14	5.7	14	67	23	54	44	22	23	10	1.82
688178--688290	33	3.4	33	91	0	190	46	20	22	10	1.80
688200--688290	19	5.3	19	67	24	67	46	21	20	10	1.82
688293--688397	19	5.7	19	75	13	94	11	20	22	44	1.84
688489--688559	33	2.2	33	94	0	124	47	16	23	11	1.79
688741--688794	22	2.5	22	81	0	72	20	16	38	24	1.92
688942--689135	20	9.6	20	79	5	203	19	20	24	35	1.95
688942--689135	60	3.2	60	83	0	244	19	20	24	35	1.95
689102--689199	20	4.8	20	77	3	79	21	18	23	36	1.95
689102--689199	41	2.4	41	77	6	110	21	18	23	36	1.95
690511--690551	2	20.5	2	100	0	82	48	0	0	51	1.00
692434--692826	39	10.1	38	77	8	276	43	5	9	42	1.60
692848--692887	10	4.0	10	81	12	55	22	2	0	75	0.93
692840--692898	30	2.0	30	87	6	86	25	3	0	71	1.02
693655--693719	24	2.6	25	74	9	62	27	6	0	66	1.15
701532--701583	19	2.7	19	79	5	61	50	3	0	46	1.20
702296--702333	20	1.9	20	88	0	58	21	26	10	42	1.85
702970--703003	18	1.9	18	88	5	52	70	0	0	29	0.87
702964--702995	13	2.4	14	85	15	50	65	0	0	34	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
707064--707138	12	6.3	12	73	11	66	49	2	0	48	1.15
707046--707103	23	2.4	23	82	5	71	50	1	0	48	1.11
707447--707483	19	1.9	19	94	0	65	21	18	29	29	1.97
711133--711169	2	19.0	2	94	5	67	51	0	0	48	1.00
711758--711874	60	2.0	60	81	6	139	41	10	9	38	1.71
732118--732162	22	2.0	22	91	0	72	13	22	22	42	1.88
735055--735094	16	2.6	16	88	4	55	35	22	7	35	1.82
737807--737841	3	11.7	3	100	0	70	0	31	0	68	0.90
740006--740035	3	10.0	3	100	0	60	66	0	0	33	0.92
741849--741877	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
743079--743192	58	2.0	58	91	0	183	27	34	7	30	1.85
744769--744851	31	2.7	31	84	3	105	40	7	9	42	1.65
746186--746255	36	2.0	35	91	5	115	45	18	5	30	1.72
750661--750730	36	2.0	35	91	5	115	45	18	5	30	1.72
753193--753233	18	2.3	18	86	0	55	26	2	2	68	1.15
753194--753233	19	2.2	18	86	4	53	25	2	2	70	1.13
753871--753907	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
755412--755474	28	2.2	29	86	8	85	50	7	6	34	1.57
759355--759486	67	2.0	67	93	0	228	26	27	11	34	1.91
761446--761497	14	3.5	14	78	14	59	55	15	13	15	1.69
770394--770431	20	1.9	20	88	0	58	34	10	23	31	1.89
778747--778784	20	1.9	20	88	0	58	34	10	23	31	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
780765--780825	22	2.8	21	80	9	59	32	18	22	26	1.97
785343--785403	22	2.8	22	89	0	86	27	22	22	26	1.99
794429--794758	115	2.9	115	91	2	513	31	17	22	28	1.97
794670--794810	48	2.9	49	87	5	198	33	17	21	27	1.96
794555--794925	163	2.3	164	88	4	536	31	17	22	27	1.97
794718--795077	116	3.1	115	91	2	562	30	17	24	28	1.97
796126--796211	45	1.9	45	85	0	118	18	26	17	37	1.93
802715--802761	21	2.2	21	100	0	94	25	25	21	27	1.99
807249--807336	26	3.5	26	75	10	92	14	12	44	28	1.82
807555--807614	23	2.6	24	81	7	70	55	0	0	45	0.99
823125--823156	2	16.0	2	100	0	64	0	50	0	50	1.00
824988--825044	29	2.0	29	89	0	87	21	21	10	47	1.80
825017--825822	81	9.9	81	88	0	1117	29	21	11	36	1.89
825017--825822	326	2.5	323	87	1	1144	29	21	11	36	1.89
830978--831029	23	2.3	23	77	6	63	19	19	38	23	1.93
837961--838099	22	6.3	22	87	2	208	30	28	25	14	1.95
839622--839656	18	1.9	18	88	0	52	20	20	31	28	1.97
840305--840329	12	2.1	12	100	0	50	40	0	24	36	1.55
844054--844083	15	1.9	16	93	6	53	63	3	13	20	1.43
846438--846473	15	2.4	15	100	0	72	25	16	25	33	1.96
848874--848945	34	2.1	34	92	7	121	43	9	22	25	1.83
849042--849116	35	2.1	35	100	0	150	42	9	22	25	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
849582--849612	15	2.1	15	93	0	53	45	0	0	54	0.99
856525--856579	26	2.1	27	86	3	76	56	1	20	21	1.51
862416--862449	16	2.1	16	88	0	50	58	2	0	38	1.13
864756--864846	42	2.1	44	90	6	143	35	2	6	56	1.38
867155--867252	45	2.2	45	94	1	169	42	5	19	32	1.73
867406--867501	38	2.5	38	86	0	138	27	20	28	23	1.99
867419--867482	21	3.2	21	65	24	57	25	25	28	21	1.99
873044--873083	21	1.9	21	94	0	71	12	30	35	22	1.91
873508--873582	23	3.3	22	70	15	71	40	8	20	32	1.81
873497--873594	46	2.2	45	92	3	169	42	7	17	32	1.76

Tables:   1   2   3   4   5