genome.fa.s4507.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01004507.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00009942_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1776135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2144--2183	18	2.2	18	90	0	62	45	12	5	37	1.64
2342--2440	49	2.0	49	100	0	198	29	16	6	48	1.70
2795--2912	37	3.2	37	93	0	200	26	32	18	22	1.97
5256--5280	12	2.1	12	100	0	50	36	16	0	48	1.46
8873--8912	20	2.0	20	100	0	80	25	0	50	25	1.50
9094--9118	13	1.9	13	100	0	50	44	8	8	40	1.63
11289--11330	21	2.0	21	86	9	59	50	2	11	35	1.52
15130--15188	21	2.7	22	81	5	66	23	32	20	23	1.98
19034--19079	21	2.1	21	88	4	65	26	15	30	28	1.96
27455--27535	20	3.8	21	75	12	67	22	35	24	17	1.95
27495--27534	21	1.9	21	89	0	62	25	40	25	10	1.86
30094--30137	23	2.0	23	82	13	56	50	9	2	38	1.47
34330--34422	2	46.5	2	97	0	168	47	0	0	52	1.00
38889--38926	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
39042--39145	3	34.7	3	87	7	122	61	3	34	0	1.14
44295--44386	9	9.4	9	85	13	89	36	1	1	60	1.11
44295--44386	6	14.2	6	84	15	89	36	1	1	60	1.11
44346--44377	2	16.5	2	93	6	57	46	0	0	53	1.00
45745--45803	29	2.0	30	83	9	77	28	6	3	61	1.38
46167--46224	24	2.4	25	77	13	68	32	1	0	65	1.03
46780--46833	28	2.0	27	88	3	81	35	5	0	59	1.21
51056--51094	15	2.6	15	95	0	69	53	0	17	28	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56937--57305	45	7.8	46	76	11	338	24	22	18	34	1.96
57046--57074	14	2.1	14	100	0	58	37	6	13	41	1.72
57001--57118	59	2.0	59	93	3	202	27	18	17	36	1.94
57060--57298	45	5.3	45	88	3	358	25	22	18	33	1.96
57240--57443	77	2.7	77	89	2	295	25	20	19	33	1.96
59444--59486	10	4.1	10	79	8	50	25	0	0	74	0.82
59745--59875	64	2.0	66	92	2	221	34	12	9	44	1.74
60747--60912	10	17.6	9	67	22	65	9	13	6	71	1.30
60746--60845	20	4.8	20	72	16	85	9	12	6	73	1.25
60719--60901	65	2.8	67	81	11	225	9	14	6	69	1.33
62068--62165	21	4.8	20	71	10	72	39	20	17	22	1.92
62133--62361	20	11.4	20	83	5	248	37	26	17	18	1.93
63033--63087	24	2.3	24	83	0	65	25	12	21	40	1.89
63054--63100	24	2.0	24	86	0	67	25	12	21	40	1.89
63271--63295	12	2.1	12	100	0	50	72	0	28	0	0.86
65593--65749	19	8.7	19	80	16	199	45	17	21	15	1.85
65593--65749	72	2.2	72	94	2	271	45	17	21	15	1.85
65579--65743	53	3.1	52	82	14	205	46	17	21	14	1.84
65720--65835	53	2.2	52	86	3	160	18	23	18	38	1.93
65739--65856	53	2.2	53	96	3	220	13	24	17	44	1.85
65758--65856	20	5.4	19	83	14	136	14	23	17	45	1.84
65963--65999	14	2.6	14	91	0	65	45	21	0	32	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67434--67522	43	2.1	42	82	2	106	23	15	38	22	1.93
67920--68091	19	9.6	19	75	14	132	45	24	19	10	1.82
68013--68069	14	3.7	14	75	20	51	43	22	22	10	1.84
67954--68086	33	3.9	33	87	6	169	46	24	20	9	1.79
68103--68161	14	3.9	14	76	20	64	6	16	28	47	1.72
68087--68181	33	2.9	33	93	0	163	7	16	28	47	1.74
68087--68215	19	7.3	19	76	17	134	8	16	28	46	1.76
70140--70203	20	3.2	20	86	4	101	48	15	23	12	1.79
70138--70202	21	3.1	21	86	4	105	49	15	24	10	1.76
70228--70336	19	5.8	19	75	16	93	11	21	21	46	1.81
70271--70347	21	3.7	21	82	6	111	11	23	18	46	1.81
70427--70497	33	2.2	33	97	0	133	47	18	23	9	1.78
70449--70497	14	2.8	19	65	28	54	46	20	24	8	1.77
70431--70487	14	3.7	14	70	20	51	45	21	24	8	1.80
70866--71058	20	9.6	20	84	5	237	18	19	27	35	1.95
71570--71617	20	2.4	20	89	0	78	27	10	16	45	1.80
86626--86689	22	2.9	22	92	2	101	57	20	4	17	1.57
87039--87121	33	2.5	33	92	0	130	36	16	25	21	1.94
87450--87507	28	2.1	28	93	0	98	50	13	5	31	1.64
87457--87517	28	2.2	28	81	0	77	57	13	3	26	1.51
90963--91008	24	1.9	24	90	0	74	15	0	21	63	1.31
90964--91016	24	2.2	24	86	0	70	15	0	22	62	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91762--91849	15	5.9	15	83	2	97	39	9	18	32	1.82
91768--91849	30	2.8	30	90	1	121	37	9	17	35	1.82
91982--92029	25	1.9	25	87	8	71	47	0	0	52	1.00
92178--92252	28	2.6	29	82	14	93	52	2	1	44	1.23
92264--92325	18	3.2	19	77	11	63	48	0	1	50	1.10
92552--92649	42	2.3	42	92	0	160	48	17	18	15	1.81
93681--93737	29	1.9	30	89	3	89	52	21	12	14	1.73
94155--94212	28	2.1	28	86	0	80	36	17	12	34	1.87
94357--94495	60	2.4	59	80	4	158	36	12	13	36	1.84
96481--96548	29	2.3	29	97	0	127	33	22	8	35	1.85
96937--96974	19	2.0	19	94	0	67	55	10	13	21	1.67
107312--107380	33	2.1	33	100	0	138	11	33	10	44	1.74
120550--120616	27	2.5	27	95	0	116	34	20	17	26	1.96
123274--123325	24	2.2	24	100	0	104	76	0	7	15	0.99
123272--123324	12	4.5	12	76	2	54	75	0	7	16	1.02
123517--123578	18	3.4	18	78	17	65	54	3	8	33	1.46
123606--123680	3	24.7	3	73	17	57	68	0	2	29	1.04
123627--123685	13	4.6	13	80	15	61	64	0	1	33	1.04
123628--123686	14	4.0	16	75	16	65	62	0	1	35	1.05
124131--124242	37	3.0	37	90	0	152	32	11	13	42	1.80
124780--124968	83	2.3	83	87	1	272	25	20	22	30	1.98
124970--125033	30	2.1	31	88	2	94	29	9	14	46	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
125035--125151	36	3.2	36	82	7	146	42	12	16	28	1.84
126171--126265	32	2.9	32	87	1	136	34	20	12	32	1.90
127318--127389	18	3.9	18	82	10	67	1	12	8	77	1.04
127318--127389	26	2.8	24	84	12	90	1	12	8	77	1.04
127315--127395	37	2.2	36	80	8	92	1	11	9	77	1.04
130469--130515	9	5.6	9	82	12	55	76	0	2	21	0.89
130469--130529	25	2.5	25	83	2	70	73	0	4	21	1.01
130759--130789	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
130837--130886	14	3.8	13	84	10	57	62	0	4	34	1.14
131337--131448	37	3.0	37	94	0	188	32	12	14	41	1.83
132011--132057	21	2.2	21	96	0	85	27	34	17	21	1.95
132077--132434	21	17.2	19	88	4	302	20	23	21	34	1.97
132108--132434	42	7.8	42	92	0	537	20	23	21	34	1.97
132108--132434	63	5.2	63	92	0	537	20	23	21	34	1.97
133003--133035	6	5.5	6	100	0	66	0	18	48	33	1.48
133132--133413	21	13.5	21	91	3	437	34	22	22	20	1.97
134469--134533	30	2.2	30	94	5	114	27	6	10	55	1.58
137944--137998	21	2.6	21	75	11	67	20	1	12	65	1.35
139256--139312	25	2.3	25	100	0	114	31	21	10	36	1.87
142813--142856	10	4.2	10	78	21	54	29	0	0	70	0.88
142817--142853	7	5.1	7	93	6	65	29	0	0	70	0.88
142814--142856	3	13.7	3	81	18	52	30	0	0	69	0.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
143571--143613	21	2.0	21	95	0	77	23	34	34	6	1.82
144248--144294	15	3.3	14	82	11	60	34	0	0	65	0.93
144380--144409	15	2.0	15	93	0	51	43	0	0	56	0.99
155908--155981	15	4.9	15	90	4	114	75	0	5	18	0.99
156333--156369	18	2.1	18	90	10	58	27	13	5	54	1.61
156984--157047	22	2.9	22	86	4	85	34	12	15	37	1.85
157321--157663	123	3.0	112	88	6	456	39	15	18	27	1.90
157437--157729	123	2.4	123	92	0	489	40	14	16	27	1.88
157701--157795	39	2.4	39	87	3	138	46	9	23	21	1.80
158038--158073	12	2.8	13	91	8	65	30	0	0	69	0.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8